LOC103047855 (LOC108410431)


Basic Information

Item Value
gene id LOC103047855
gene name LOC108410431
gene type coding
species mexican tetra (Astyanax mexicanus)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035897.1
NCBI id CM008300.1
chromosome length 26953843
location 24102558 ~ 24120298 (+)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome

Sequence

>XM_022670253.1
GCGTTTCCCTTTCCCCGTTATGCAGAGGATCGAGTAACCGAGCGGATCTGTTTATATGAAATCCGGATTAAACaacaatcaataatcaatatcaGCTAATTTGCAGCGCCCAGGGATGCGCTAGATCCAGATCCGAATTTAAATCCGGATTATCCGCTTCAGTATGGACGCGCTGCTGCAATTTGAGGAGTGTATACGGGACTCGCCCTGCTTCAGaCGGACACTGGAGCAGCACGAGAGCGACGTAGAAGAGCTGGAGGGACGCGTAGAGAAGGTGGTGAAGTTGTGCAGTAAGGTGGTGGAGGCAGGGCAGGTGTATACAGAGTGTAATCAGCTGTTCCTCTCCGCTCTCGCAGAGTTCACACACTACCATAGCAAACACACCGTCATAGCGaattgCCTGCATCAGTTTAACCAGGGCCTGCAGGAGATGATCCAGTTCCACACTATGCTGCTTGATCAGAGTCAGAGAGCGATAACCCAACAACTCACACACCTGCTGTCACAGTTTCTGCCGCACATCCGTGAGGCGCAGCGTGAGTTTGTGAGGATAGGGGGCGATGTAGAGTTAGCTGCGGTAAAAAACGCTCAGATCTCCCAAAACAAACCTGCAGAGGCAGAACGAGCCAGCCACCTGCTGCTCGCCACGCGCAAGTGCTTCCAACACTTCGCCCTGGACTACTGCCTACAGctaAATAATTTCAAGGTTCAGCAGAAGCTGGACATCCTGAATTCAgTGTTCTCTTACTTTCATGCACAGTATACATTCTTCCACCAAGGGTTTGACCTGCTGAGAGACCTGGAGCCAACCATGAAGACCATGGCATCTGAGCTGGCCCAGCTGTCCACTGAGTGTGTGTCTAAAAGGAAAGATCTAGAAAACCAGCACCTGCTCGTCCAACAGAGGGATGCCTGTGGAGAAGCAGTTGTAGTGTTGAGTCCGTCCAATGAAGGATCCATTCAGGGCTACCTTTTCAAACGCTCTCGCAGGAAGAATAAGACGTGGAAGAGGTGTTGGTTCTCCACCAATAATAACCAGCTGCTGTACTCAAAAACACACAAGgagctGCCAACAGTGTTGTTTGATGATTTGCGGCTGTGTGCAGTAAAATCTCTGGATTCCATTGATCGGCGCTTTTGTTTTGAGCTTCTGAGTGTACAGAAgggctGTGTGTTACAGGCGGACTCTGAGGAACTGAAGATGGCGTGGATAAACGCTGTGCAGAGCTGTATTGATCTGGCGTATCGGGAGAAAGTGGAGTCTGAACATACTCAGgtAAAACCCTCACCACCTGTCCCAGTTCCTGACCCTCCCTCCTTACCTGCTGCTCTGGGCGTGGCCCTTCGTGGTCATGGTAACAATCGCTGCTGTGACTGTGGGGAGGCGGAACCACGCTGGGCAAGTGTAAACCTGGGTATCACAGTCTGTATCGAGTGCTCAGGTATACACAGGAGTCTTGGTGTTCACCTATCTAAGGTGCGTTCTCTTACTCTGGATTCATGGGACCCGGAACAGCTGAAGCTGCTGTGTGTTCTGGGTAATGATGTCATCAACAGCATATATGAGTGTGGTCCCTGTGACGGAGTGGAGAAGCCCAGTCCTCAGAGCCCTCGgcaGGTGAGGGAGGTGTGGATAAGGAAGAAGTATGTGGAGAGGAGTTTTGTGAAGAGAGACAGTGAGCCTGCTGATGCTGAGGCGGGGAGGCAGCAGGCTGGAGCCAGGCTGTACCAGGCAGCGCTGGATGGGGAGCTGGTCTGCATGGCCCGGGCTCTGGCTCAGGGGGCAGAGGTGAACTGGAGTAACGCTCAGGCGGGACGGACCGCTCTGATTGGTGCAGCTATTGGGGGTTCTTTACTGGCGTGTGAGTTTTTACTGCAGAATGGAGCGAATGTGAACTACAGAGACCAGCATGGACAAGCTGCACTACACAATGCCGCCACACGGGGGCACACTGGGCAGGTGTGTCTGCTGTTAAAGAGAGGAGCCAATCAGTACGCAGCGGATGAAAGGGGAATGGACCCACTGAGTATCGCCATAGAAACGGCTCACGCTGACATTGTCACACTgttAAGGATGGCCCGGATGAATGAGGAAATGAGGGACTCTGAGGGTTTTTTTGGATCTGTAGGAGACGACGAAACATTCCAGGATATTTTCCGTGATTTCAGTGACATGGCATCACATAACCCTGAGCGTCTGTCTCGCCGGCAGTTCAGCCGCAGTgctgaggaagaagaggaggaggatgggGTGGATGGAGCAGCTGGTGGGACGGAAGATGAAAAGACGTAGTGGAATAGCAGTGGAGGAGCTGTGGAGGAGCCTGTGGAGTTTGGAGTGGAGATTGCTGGTCTGGGGTCAGGTGGGGGTTTAAGTTTAGGGTCAGTGTTGGGCATTTTGGTGCTAAAAGCTGTTGACTGAACTGCATTTGCAAAGGGAACATCTCTATTTAGTTTTTAGGAGCAGCatttttattagcatttaaTAGTAACAGATACATTATACATAGAAGTTTAATGATTAAGTAATTAAATCTATTGTGTCTTTAAACTAATGCACTGTTAAAGCCAATTTATACTTTTGTGTCTAACATACGCTGGTGCGTATGTGTAATGGCAAATCATACACTGTAATTCTTTTTCAAAAGTGAAGACTAGCGGTGTGAAGGTGATTTTAGTTGTAGAGCAGCCGAGTGCTCAGGGTGCCCAACACTGTCCTAGTTAAGGTTTGGGGGTTTATGGGTAATGAGATCAGTCAGATTGACAGTTTAAGGGAAAACTATTAATTGGTGTAGATTGAAGCTCCTCCCCGTTACATTCCAGTCCAGCTGATCTGAGCTCTGAAAGGTCATATAATACATTTCATAACAGTTCTGTGaatagatttatatttattaatatttaaagttttaactgCATTTCAAATATTGAATTTAGCTGTCAGAGAATAACTGAACTGAGCTGAAATATTAATCAGGTATTAACAcaacattaattattaatgataattattaataaccttacactgctttaaaaaaatagctcAATCAATCATATTCTGAATCAAATTAACATATAAACTATATAGTTGTAGATATTACCTTTGtggtttaatatttttgtaatattagcTTAAAGTCGATTATGCAAGAtatcaaacacaaaaaaaaaattataatgatgaaactggcactcattaggatcGCCCCCAGCAAAGTAAGAGAAAAAGTTCCCTCTGTTCCATAGGAtatgttcatcagagttaccagtctcAGAAACCACGAGTTAACAGCtccacagataagagcacctaaatgctttacagagtatttagtattttggtttgtttaacacttttaagttactacatgattccttatgtgttccttcatagatcacttcactattcatttactatgtaggaaaaaatattgTCCAAACTTATATGATACAAGCTCCTAACTATGAACCAGAACCAATTTAAAACAAGAAATGTCTAAAAATTGTGATTTGCCTCACATATTAAAGACTTTCGaataaatacatagaaaaaTGTAAGAACACTACATTTAaatctacagtaaaacataacaaaaaaacatgcagtggAACCTTAGTTGTGTTTTTATGGCAGTTAATATTTCAGCTCCGTCTCTCTGTaagcaggtaaactcagtatTTAATCCAgggattttatttaaatgtagattatatatattgtgaccCTTCAGCCTCCCCCGGGGGGGGGTTAGTCTGGACTGACCCTGCTGCTAACAGAGGCTGCTCATTCGAAGCTGAAGccgctaacagactgctggtgttatgAACTGATTTCAGCAGCGTGTATGAAgagaatcagagaaacggaaCTCTGAGGAACAGTACTGAACCTCCGTTACTGCTGGTGGAGAAGCGGAAGCGGAGGAATATAGGAATTTGTGTAATAAGGGACCTAAGGGACGTGTGCAGCTCTTACCGTCGGCTAATTCAGCCTCACTCTACTAAAAGCTTTAGTTTAACACATTTCTGcgttacagtgtgtgtacaggcatatatttacagtatactgCTATATTTACATATTCCTCTATAAACTCTAAATCTGTAACTCTGCTGTTGGCAAAGCTGCTCAGCCGTTAATTGTTCTCCTGTAGATGTTTATGCTGGTAAACGTGAACgttaaaaacttaattttaataaCGATAAATGAGATCATGAAATGTTTCAACCGGCTGGATGAGTCGAATCAGGCAGTTTAACCCTTTTATCATCTTTATCATCAAAAAAGCAATGAAATACAACCCCAATTCAAATGAAGTTGGGAcattgtgtaaaacataaataaaaacagaatacaatgGTTTGCAAATCCTTTTCACCCTATATTCAATTGAATTCTCTAAAaagacaagatatttaatgATCAAACTGATAAACCTTATTGGTTTTTGTAAATATTCCctcattttgaatttgatgatGCAATATGTAAAGAAGATGGACAGGATCATGTTTAGCACTGTGTTACATCACTTTTTCTTTATACACTCAATAAGTGTTTGGGAACTGAGGACTTTGTAGGTGGAATTCTTTCCCATTCTTGCTTGATGTAGAAGTACTTTTCCAGTCTTTTTTTGCCCCTGTCCCAAATTCTTTGGAATGTTTGAAcatttgaacattaaatatcttgtcttTGAAGTGAATTCAATTGAATATAGGttgaaaaagatttttttaaaactgaaactaaacggTTAAACAGAAGTTAAAGGGATAAATGGTGACTCCATTCAAAATTCATAATGGACCAATGACTACAGCTGAGTTAAACATGCCATATGTCAGCTAAAGTGTCTTTTAACCATATTTTTCCAGATTAAAGATGGAAAACAACTTAGTTTGTTGGTTTATGCATCTTTAACATAGGAGGtgcttttatcaaattaaaGGTGCTTGTTTTGATTTTTACTCTAGTTTGAGGGGGTTAATATATAAGTGCA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>XM_022670255.1
GCGTTTCCCTTTCCCCGTTATGCAGAGGATCGAGTAACCGAGCGGATCTGTTTATATGAAATCCGGATTAAACaacaatcaataatcaatatcaGCTAATTTGCAGCGCCCAGGGATGCGCTAGATCCAGATCCGAATTTAAATCCGGATTATCCGCTTCAGTATGGACGCGCTGCTGCAATTTGAGGAGTGTATACGGGACTCGCCCTGCTTCAGaCGGACACTGGAGCAGCACGAGAGCGACGTAGAAGAGCTGGAGGGACGCGTAGAGAAGGTGGTGAAGTTGTGCAGTAAGGTGGTGGAGGCAGGGCAGGTGTATACAGAGTGTAATCAGCTGTTCCTCTCCGCTCTCGCAGAGTTCACACACTACCATAGCAAACACACCGTCATAGCGaattgCCTGCATCAGTTTAACCAGGGCCTGCAGGAGATGATCCAGTTCCACACTATGCTGCTTGATCAGAGTCAGAGAGCGATAACCCAACAACTCACACACCTGCTGTCACAGTTTCTGCCGCACATCCGTGAGGCGCAGCGTGAGTTTGTGAGGATAGGGGGCGATGTAGAGTTAGCTGCGGTAAAAAACGCTCAGATCTCCCAAAACAAACCTGCAGAGGCAGAACGAGCCAGCCACCTGCTGCTCGCCACGCGCAAGTGCTTCCAACACTTCGCCCTGGACTACTGCCTACAGctaAATAATTTCAAGGTTCAGCAGAAGCTGGACATCCTGAATTCAgTGTTCTCTTACTTTCATGCACAGTATACATTCTTCCACCAAGGGTTTGACCTGCTGAGAGACCTGGAGCCAACCATGAAGACCATGGCATCTGAGCTGGCCCAGCTGTCCACTGAGTGTGTGTCTAAAAGGAAAGATCTAGAAAACCAGCACCTGCTCGTCCAACAGAGGGATGCCTGTGGAGAAGCAGTTGTAGTGTTGAGTCCGTCCAATGAAGGATCCATTCAGGGCTACCTTTTCAAACGCTCTCGCAGGAAGAATAAGACGTGGAAGAGGTGTTGGTTCTCCACCAATAATAACCAGCTGCTGTACTCAAAAACACACAAGgagctGCCAACAGTGTTGTTTGATGATTTGCGGCTGTGTGCAGTAAAATCTCTGGATTCCATTGATCGGCGCTTTTGTTTTGAGCTTCTGAGTGTACAGAAgggctGTGTGTTACAGGCGGACTCTGAGGAACTGAAGATGGCGTGGATAAACGCTGTGCAGAGCTGTATTGATCTGGCGTATCGGGAGAAAGTGGAGTCTGAACATACTCAGgtAAAACCCTCACCACCTGTCCCAGTTCCTGACCCTCCCTCCTTACCTGCTGCTCTGGGCGTGGCCCTTCGTGGTCATGGTAACAATCGCTGCTGTGACTGTGGGGAGGCGGAACCACGCTGGGCAAGTGTAAACCTGGGTATCACAGTCTGTATCGAGTGCTCAGGTATACACAGGAGTCTTGGTGTTCACCTATCTAAGGTGCGTTCTCTTACTCTGGATTCATGGGACCCGGAACAGCTGAAGCTGCTGTGTGTTCTGGGTAATGATGTCATCAACAGCATATATGAGTGTGGTCCCTGTGACGGAGTGGAGAAGCCCAGTCCTCAGAGCCCTCGgcaGGTGAGGGAGGTGTGGATAAGGAAGAAGTATGTGGAGAGGAGTTTTGTGAAGAGAGACAGTGAGCCTGCTGATGCTGAGGCGGGGAGGCAGCAGGCTGGAGCCAGGCTGTACCAGGCAGCGCTGGATGGGGAGCTGGTCTGCATGGCCCGGGCTCTGGCTCAGGGGGCAGAGGTGAACTGGAGTAACGCTCAGGCGGGACGGACCGCTCTGATTGGTGCAGCTATTGGGGGTTCTTTACTGGCGTGTGAGTTTTTACTGCAGAATGGAGCGAATGTGAACTACAGAGACCAGCATGGACAAGCTGCACTACACAATGCCGCCACACGGGGGCACACTGGGTGTGTCTGCTGTTAAAGAGAGGAGCCAATCAGTACGCAGCGGATGAAAGGGGAATGGACCCACTGAGTATCGCCATAGAAACGGCTCACGCTGACATTGT

Function

NR:

description
PREDICTED: arf-GAP with coiled-coil, ANK repeat and PH domain-containing protein 3-like

GO:

id name namespace
GO:0008270 zinc ion binding molecular_function

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_022670253.1 True 6049 mRNA 0.42 22 24102558 24120298
XM_022670255.1 False 2057 mRNA 0.52 20 24102558 24116055

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
ilkap ilkap coding upstream 1325 24094276 ~ 24101233 (+)
dgkd dgkd coding upstream 14756 24064679 ~ 24087802 (+)
LOC111192623 LOC108411842 coding upstream 45848 24044397 ~ 24056710 (+)
atg16l1 atg16l1,LOC107689588,LOC107551872 coding upstream 64221 24012645 ~ 24038337 (+)
LOC103021374 LOC103021374,LOC108411837 coding upstream 91943 24002130 ~ 24010615 (+)
LOC103042016 NA coding downstream 8986 24129284 ~ 24148571 (+)
LOC103043883 NA coding downstream 35341 24155639 ~ 24156948 (+)
LOC111192631 NA coding downstream 37297 24157595 ~ 24161442 (+)
LOC107196838 LOC107196838,LOC108410423 coding downstream 46179 24166477 ~ 24170637 (+)
LOC103043067 LOC103043067,LOC108410425 coding downstream 53088 24173386 ~ 24175817 (+)
G5898 NA non-coding upstream 12076 24088651 ~ 24090482 (+)
G5913 NA non-coding upstream 21197 24080638 ~ 24081361 (+)
G5908 NA non-coding upstream 73489 24028653 ~ 24029069 (+)
G5906 NA non-coding upstream 78128 24023958 ~ 24024430 (+)
G5905 NA non-coding upstream 78654 24022936 ~ 24023904 (+)
LOC111192653 NA non-coding downstream 132857 24253155 ~ 24253912 (+)
LOC111192656 NA non-coding downstream 151252 24271550 ~ 24279468 (+)
G6167 NA non-coding downstream 264137 24384435 ~ 24384926 (+)
G6168 NA non-coding downstream 264805 24385103 ~ 24394430 (+)
G6189 NA non-coding downstream 304564 24424862 ~ 24429277 (+)
LOC103022942 LOC106931471,LOC106940241,LOC101067200,LOC107659943,LOC106603438 other upstream 195084 23876999 ~ 23907474 (+)
LOC103035426 NA other upstream 255191 23839993 ~ 23847367 (+)
G5871 NA other upstream 268728 23832236 ~ 23833830 (+)
G5797 srsf1a,srsf1b,LOC103029385,LOC108415197,LOC107587230,LOC107704814,LOC108278759,LOC108278234,LOC107661749 other upstream 751252 23312512 ~ 23351306 (+)
LOC103024639 NA other upstream 946192 23081391 ~ 23156366 (+)
LOC103027586 LOC108425877 other downstream 1291896 25412194 ~ 25428351 (+)
G6576 ywhae,ywhae1,LOC107690422,LOC107578326 other downstream 1919858 26040156 ~ 26046246 (+)
LOC103042574 NA other downstream 2798993 26919291 ~ 26931495 (+)

Expression


Co-expression Network