atg16l1 (atg16l1,LOC107689588,LOC107551872)


Basic Information

Item Value
gene id atg16l1
gene name atg16l1,LOC107689588,LOC107551872
gene type coding
species mexican tetra (Astyanax mexicanus)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035897.1
NCBI id CM008300.1
chromosome length 26953843
location 24012645 ~ 24038337 (+)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome

Sequence

>XM_022670271.1
TCCCTCTGGCGCTCTGGGCGGAAGAGCGGGCATGGCGGACCCGGATGTAGAGAGCGGAGTGGGCTGAGATCAGTTAttattacagttgtacaggttatatTGGTTATTATTGTTGATCCTGTTCAGCAGCGCTAAAATCCTTGATCACCTGCATCGATCACTGATCACTCTGATCaccacagagagagggagagagggagcacAGCGCGCGGAGAGGAACCGACAGaaaggTGTGTAGGAGATGGCGGGACGCAGGGTGGAGTGTACGTGGAAGAGACACGTTGTGGAGCAGCTAAAGCTGAGGGACCGAGTGCAGCGGCAGGCATTTGAGGAGCTCATACACCAGTataACAGGTTGCTGGAGAAGTCTGATCTGCAGGGAGTTCTGTCAGAGAGGCTGCAGACTGAGAAGTATGAGCTGCAGAACAGACATGACCTCAGcccaGGCGCTGAGTCTCTGCAGCAGGAAATGGCTCAGATCCGAATTCGGCACCAGGAGGAACTCACAGAGCTCCACAAGAAGCGTGGAGAGTTGGCCCAAAGTGTGATTGAACTAAATTATCAGATTCAGCAGAAGGACAAAGAAATCCAGAGCAATGAGGCCAAgatgtTGGAGTATCAGCAGCAGATCTCTCAGCTAGAGGGGGAATGTCGTGATTTGCGGAACTCTCTAGCGGATTTGGAGCGAGCCAATCAGACTCTGCGCGATGAATACGATGCTCTGCAGATCACGTTCAGCGCTCTGGAGGAAAAACTGAGGAAAACCACAGAGGATAATCAGGAGCTGGTGACCCGCTGGATGGCAGAAAAAGCTCAGGAGGCCAACAGACTCAATGCTGAGAACGAGAAGGACTGCAGGCGCAGACAAGCTAAATTGCAGAAGGATCTGGCAGATGCTGCCAAAGAGCCACTGCCTATTGACCCGGAAGATGACATCGAGGTCCTTTCTTCAGAGGACTCTGCAAAAGCACCAGGAGAGACGTCTCCAAGCAGACTGCCCAGCCGAGCACCTAgtAAACGTCTGTCTCAACCTCCCCCTGCTGGACTGCTGGACTCCATCTCCAACATCTtcggaAGGCGTCGCTCGCTGAATTCTCATGGGACGTCTCCAGATAGTTCGGATGTTCCGTCTGGAGTGTGCGCGGAGGTCCGAGTGCCATCCACTGCGCTGCACACCTTCgaTGCACACGACGGCGAGGTTAACGCAGTGAGGTTCAGTCCTGGATCCCGTCTCCTAGCAACAGGAGGGATGGACCGTCGGGTGAAGCTGTGGGAGGTGGTAGCAGgTCGATGTGAACCTAAGGGGGCACTGACGGGCAGTAACGCTGGAATCACCAGTATTGAGTTTGACAGCGCTGGCTCATATCTTCTGGCTGCATCCAACGACTTCGCCAGCAGAATCTGGACTGTAGACGACTACAGGCTGAGGCACACACTGACCGGCCACAGCGGGAAGGTTCTGTCTGCACGGTTTCTGCTGGATAACGCTCGCATCGTCTCCGGCAGCTATGACCGGACACTCAAACTCTGGGATCTGCGCAGCAAAGTCTGTATGAAGACGGTGTTTGCGGGCTCCAGCTGTAACGACATTGTGTGCACGGAGCAGTGCGTGATGAGCGGACACTTCGATAAGAAGGTTCGATTCTGGGATATCCGGGCTGAGAGTATAGTGTGTGAGTTGGAGCTGTTGGGTCGTGTTACGTCTTTAGACCTGAATCACGATCGAACGGAACTGCTCACCTGTTCCCGTGACGACCTGGTAAAAATTATTGACCTACGCAACAACTCTGTGCGGCAGACCTTCAGTGCTCAGGGCTTCAAGTGTGGCTCTGACTTCACCCGAGTTACCTTTAGtccTGATGGGGGTTATGTAGCTGCGGGTTCTGCAGATGGTGTTCTGTACGTGTGGAACGTTCTCACAGGGAAACTCGACAAAACCCTGGATAAGAATCACAGCTCTGCTATTAACTCTGTGTCCTGGTCTCCGTCGGGAACCTACGTGGTCAGTGTGGAGAAGGGCAGCAAGGCGGTGCTTTGGTCTGACCTGTGATTGGTCTGCCTCCTCCCTGGCGCGATGTGATTGGACAAGGTGACGAAAGACGTCGCACTTTCTTCTCTGGCACTTGGACTGGATTTACTATGAAGGGGCGGAGCTTGAATCCTCTGGTTCTGAGAGACCGAACACTTTAACTGCATTCATATCAGCACTCCTGTatacacctgcacacacacacacacacacacacacacactatatatatatacacacacacactgtcgcACAAacgctctcactcacacacctaTCAGGAGAGACACGTGTGACAGTCTGACATCTGCTTTCCAAAAGATTTAAAGGAGTTGTTAGTATAACCACTGCTTGACAATgccatgagtgtgtgtgtacgtgtgtgattgcatgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtttgctttttgTTCTTCTTGCCTTACATATTAAACTGCTCATGAAGtctatgctgtgtgtgtgtgtgtgtgtgggggtttgCCTGCAATATCTGAGTCTACCACTAGAGTGTGCTGCTATACAGAATTTCGGTGCAGCTCCTGCTCTCTGCTGATTGGGCGAGTTGGTCTCtgtggctcttaaagggaatttcCACCCGCTTATCGTTTCTGTTCTGCATTATTCAGGGTTTAAAGTTTTAGAAAATGGTTATGGATGCACAGGTTGGTTTAGGTGATCTGATCTCTTAGCCTTATTACACCAGGGCTGTGTACTGACGATACTGATCACGAAACAGTATACCACGATATACTGCAATACTGTAAACACAGTGAGAAACTGagattgtttaaatcaaatttcataaaagtacaaatattcTATCCTATTTATAAATTCTGAATAAGAAAGTTTGCTCTGAATTCAGTAAAAACGTTACAACACTGCTATCCAGggggcggggtttaaacacaacactaaattaaccacttctgacaccaatctttacatgtggCCTAGTATAACTTAATAGTTTGTATTAAAaagaatattgtgtttttataaatcGATACAGTAATGTAGAACAAAATATCACTTAAACCACTGACTAACCCATCAGCTGATAAAGAGTGAGTTTCTGCTACACATATTAATaactacacattaaataataacaatgctgtattaatgaaatattgtaatgttaAATCAAATACGatggttaaaaaataaacattccaGAAAATCCAGCTTGTGACAACACcgttaacaaaaataaaattaaacatggtGTAGGTAGCGCTGCCCTCAGTGCTGCAGTATTTAAACTACAACTACCGCAGTATtacattaatacaaaaatgataaataatataaactgcTGTTTGTTTATTGGTTGTTTGTTGGTATGATGTTTAATCTATAGCGTTTGTGCTTCTCTGAATATGATGGAAATCCAGACTGGATTTCTCAGTTTAGCTGCATAGTTTAGGCCCAGATTGGCGACTATCCAGTAGGACTGTACtcttataaatatacatatatgtgcTCAGTTCACCTTGTAGCATCAAGGCATTGCCAAGGTTATCTGTATTGTTGTACTGGTGAATGTAGAACATTGCTGAAAGATGGTGGACTTTCCCTTTAAGTACACATCAATGACATTTTTACAAATTTGTCAAATCCTTCCAATAAGTGTTTAATTCAAATATAAAtactaagtaaaaaaattgAAGTTAATAAGCATTGTAAAGAGcaattcacatttttatttcaaaatcaattttattttataatgaatggaccaatagaaatgctccaaaatgactttaaatggACTTGCATTGAAAGTGAagtaggacacacacacacactacacactcataCTTACTGTCTCAGCTTGTTAGAGACTCAGCTTGTTATGTAGCCTCACAGAGGTTTAAGCTGCCCTCATGTTTTGTAGATAATAAAGAGGTGGGTGTGGCTTTAAATTGATTGACAGCAGAATGAGCCAGTCAGTGCTGCACAGGTTAATCCCCCTTTTACATTGTGCAGACCCAGCGttaacccacacacactcacacacacactgtgtctcATTGGTTCTGCTGCATCATGTGAGTAAGGCTTGAGTTCAGCACCATACCAGAAGCATTGTGGGTCTGGCTAAAGTTGACCGCTGTATTTCATAGGCTAAAGCTGTGTATAAGTTATGATGAACTGATAGATGTAAatgaactgtgtgtgtatgtttgagaAATGTTTACACGCCAACAAACGTCTGACTCAGCCGAGTGTGTACTGTCCTTCATTAACCTGCACACCCACGTTTCTGATATTCTGTCCCTGTGGCACAGACTGCATGTATATACACAACTCCAGTTCCAGTAAATTTGGGAAGttgtgaaaaacataaataaaaacagattacaATGA
>XM_022670279.1
AATACAGACTGACCGGGGaaaggTGTGTAGGAGATGGCGGGACGCAGGGTGGAGTGTACGTGGAAGAGACACGTTGTGGAGCAGCTAAAGCTGAGGGACCGAGTGCAGCGGCAGGCATTTGAGGAGCTCATACACCAGTataACAGGTTGCTGGAGAAGTCTGATCTGCAGGGAGTTCTGTCAGAGAGGCTGCAGACTGAGAAGTATGAGCTGCAGAACAGACATGACCTCAGcccaGGCGCTGAGTCTCTGCAGCAGGAAATGGCTCAGATCCGAATTCGGCACCAGGAGGAACTCACAGAGCTCCACAAGAAGCGTGGAGAGTTGGCCCAAAGTGTGATTGAACTAAATTATCAGATTCAGCAGAAGGACAAAGAAATCCAGAGCAATGAGGCCAAgatgtTGGAGTATCAGCAGCAGATCTCTCAGCTAGAGGGGGAATGTCGTGATTTGCGGAACTCTCTAGCGGATTTGGAGCGAGCCAATCAGACTCTGCGCGATGAATACGATGCTCTGCAGATCACGTTCAGCGCTCTGGAGGAAAAACTGAGGAAAACCACAGAGGATAATCAGGAGCTGGTGACCCGCTGGATGGCAGAAAAAGCTCAGGAGGCCAACAGACTCAATGCTGAGAACGAGAAGGACTGCAGGCGCAGACAAGCTAAATTGCAGAAGGATCTGGCAGATGCTGCCAAAGAGCCACTGCCTATTGACCCGGAAGATGACATCGAGGTCCTTTCTTCAGAGGACTCTGCAAAAGCACCAGGAGAGACGTCTCCAAGCAGACTGCCCAGCCGAGCACCTAgtAAACGTCTGTCTCAACCTCCCCCTGCTGGACTGCTGGACTCCATCTCCAACATCTtcggaAGGCGTCGCTCGCTGAATTCTCATGGGACGTCTCCAGATAGTTCGGATGTTCCGTCTGGAGTGTGCGCGGAGGTCCGAGTGCCATCCACTGCGCTGCACACCTTCgaTGCACACGACGGCGAGGTTAACGCAGTGAGGTTCAGTCCTGGATCCCGTCTCCTAGCAACAGGAGGGATGGACCGTCGGGTGAAGCTGTGGGAGGTGGTAGCAGgTCGATGTGAACCTAAGGGGGCACTGACGGGCAGTAACGCTGGAATCACCAGTATTGAGTTTGACAGCGCTGGCTCATATCTTCTGGCTGCATCCAACGACTTCGCCAGCAGAATCTGGACTGTAGACGACTACAGGCTGAGGCACACACTGACCGGCCACAGCGGGAAGGTTCTGTCTGCACGGTTTCTGCTGGATAACGCTCGCATCGTCTCCGGCAGCTATGACCGGACACTCAAACTCTGGGATCTGCGCAGCAAAGTCTGTATGAAGACGGTGTTTGCGGGCTCCAGCTGTAACGACATTGTGTGCACGGAGCAGTGCGTGATGAGCGGACACTTCGATAAGAAGGTTCGATTCTGGGATATCCGGGCTGAGAGTATAGTGTGTGAGTTGGAGCTGTTGGGTCGTGTTACGTCTTTAGACCTGAATCACGATCGAACGGAACTGCTCACCTGTTCCCGTGACGACCTGGTAAAAATTATTGACCTACGCAACAACTCTGTGCGGCAGACCTTCAGTGCTCAGGGCTTCAAGTGTGGCTCTGACTTCACCCGAGTTACCTTTAGtccTGATGGGGGTTATGTAGCTGCGGGTTCTGCAGATGGTGTTCTGTACGTGTGGAACGTTCTCACAGGGAAACTCGACAAAACCCTGGATAAGAATCACAGCTCTGCTATTAACTCTGTGTCCTGGTCTCCGTCGGGAACCTACGTGGTCAGTGTGGAGAAGGGCAGCAAGGCGGTGCTTTGGTCTGACCTGTGATTGGTCTGCCTCCTCCCTGGCGCGATGTGATTGGACAAGGTGACGAAAGACGTCGCACTTTCTTCTCTGGCACTTGGACTGGATTTACTATGAAGGGGCGGAGCTTGAATCCTCTGGTTCTGAGAGACCGAACACTTTAACTGCATTCATATCAGCACTCCTGTatacacctgcacacacacacacacacacacacacacactatatatatatacacacacacactgtcgcACAAacgctctcactcacacacctaTCAGGAGAGACACGTGTGACAGTCTGACATCTGCTTTCCAAAAGATTTAAAGGAGTTGTTAGTATAACCACTGCTTGACAATgccatgagtgtgtgtgtacgtgtgtgattgcatgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtttgctttttgTTCTTCTTGCCTTACATATTAAACTGCTCATGAAGtctatgctgtgtgtgtgtgtgtgtgtgggggtttgCCTGCAATATCTGAGTCTACCACTAGAGTGTGCTGCTATACAGAATTTCGGTGCAGCTCCTGCTCTCTGCTGATTGGGCGAGTTGGTCTCtgtggctcttaaagggaatttcCACCCGCTTATCGTTTCTGTTCTGCATTATTCAGGGTTTAAAGTTTTAGAAAATGGTTATGGATGCACAGGTTGGTTTAGGTGATCTGATCTCTTAGCCTTATTACACCAGGGCTGTGTACTGACGATACTGATCACGAAACAGTATACCACGATATACTGCAATACTGTAAACACAGTGAGAAACTGagattgtttaaatcaaatttcataaaagtacaaatattcTATCCTATTTATAAATTCTGAATAAGAAAGTTTGCTCTGAATTCAGTAAAAACGTTACAACACTGCTATCCAGggggcggggtttaaacacaacactaaattaaccacttctgacaccaatctttacatgtggCCTAGTATAACTTAATAGTTTGTATTAAAaagaatattgtgtttttataaatcGATACAGTAATGTAGAACAAAATATCACTTAAACCACTGACTAACCCATCAGCTGATAAAGAGTGAGTTTCTGCTACACATATTAATaactacacattaaataataacaatgctgtattaatgaaatattgtaatgttaAATCAAATACGatggttaaaaaataaacattccaGAAAATCCAGCTTGTGACAACACcgttaacaaaaataaaattaaacatggtGTAGGTAGCGCTGCCCTCAGTGCTGCAGTATTTAAACTACAACTACCGCAGTATtacattaatacaaaaatgataaataatataaactgcTGTTTGTTTATTGGTTGTTTGTTGGTATGATGTTTAATCTATAGCGTTTGTGCTTCTCTGAATATGATGGAAATCCAGACTGGATTTCTCAGTTTAGCTGCATAGTTTAGGCCCAGATTGGCGACTATCCAGTAGGACTGTACtcttataaatatacatatatgtgcTCAGTTCACCTTGTAGCATCAAGGCATTGCCAAGGTTATCTGTATTGTTGTACTGGTGAATGTAGAACATTGCTGAAAGATGGTGGACTTTCCCTTTAAGTACACATCAATGACATTTTTACAAATTTGTCAAATCCTTCCAATAAGTGTTTAATTCAAATATAAAtactaagtaaaaaaattgAAGTTAATAAGCATTGTAAAGAGcaattcacatttttatttcaaaatcaattttattttataatgaatggaccaatagaaatgctccaaaatgactttaaatggACTTGCATTGAAAGTGAagtaggacacacacacacactacacactcataCTTACTGTCTCAGCTTGTTAGAGACTCAGCTTGTTATGTAGCCTCACAGAGGTTTAAGCTGCCCTCATGTTTTGTAGATAATAAAGAGGTGGGTGTGGCTTTAAATTGATTGACAGCAGAATGAGCCAGTCAGTGCTGCACAGGTTAATCCCCCTTTTACATTGTGCAGACCCAGCGttaacccacacacactcacacacacactgtgtctcATTGGTTCTGCTGCATCATGTGAGTAAGGCTTGAGTTCAGCACCATACCAGAAGCATTGTGGGTCTGGCTAAAGTTGACCGCTGTATTTCATAGGCTAAAGCTGTGTATAAGTTATGATGAACTGATAGATGTAAatgaactgtgtgtgtatgtttgagaAATGTTTACACGCCAACAAACGTCTGACTCAGCCGAGTGTGTACTGTCCTTCATTAACCTGCACACCCACGTTTCTGATATTCTGTCCCTGTGGCACAGACTGCATGTATATACACAACTCCAGTTCCAGTAAATTTGGGAAGttgtgaaaaacataaataaaaacagattacaATGA
>XM_022670287.1
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Function

symbol description
atg16l1 Predicted to be involved in autophagosome assembly and negative stranded viral RNA replication. Predicted to be active in autophagosome membrane. Is expressed in intestine. Human ortholog(s) of this gene implicated in inflammatory bowel disease 10. Orthologous to human ATG16L1 (autophagy related 16 like 1).

NR:

description
autophagy-related protein 16-1 isoform X3

GO: NA

KEGG:

id description
K17890 ATG16L1; autophagy-related protein 16-1

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_022670271.1 True 4430 mRNA 0.46 18 24012645 24038337
XM_022670279.1 False 4222 mRNA 0.45 18 24013090 24038337
XM_022670287.1 False 4427 mRNA 0.46 18 24012645 24038337

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC103021374 LOC103021374,LOC108411837 coding upstream 2030 24002130 ~ 24010615 (+)
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LOC103033930 wbscr17,LOC108411682,LOC107714690,LOC107582595,LOC107727938 coding upstream 391790 23600418 ~ 23620855 (+)
LOC103034256 flot2,LOC108411680,LOC106581211,LOC105011286,LOC106612814,LOC107727921 coding upstream 432405 23564348 ~ 23580240 (+)
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LOC103047855 LOC108410431 coding downstream 64221 24102558 ~ 24120298 (+)
LOC103042016 NA coding downstream 90947 24129284 ~ 24148571 (+)
G5893 NA non-coding upstream 78293 23932650 ~ 23934352 (+)
G5892 hip1 non-coding upstream 82414 23927581 ~ 23930231 (+)
G5830 NA non-coding upstream 94261 23916071 ~ 23918384 (+)
LOC103043618 NA non-coding upstream 184162 23827210 ~ 23828483 (+)
G5861 tyw1,LOC108443711,LOC108278267,LOC107727925,LOC107716137,LOC107659914 non-coding upstream 188574 23784094 ~ 23824071 (+)
G5913 NA non-coding downstream 42301 24080638 ~ 24081361 (+)
G5898 NA non-coding downstream 50314 24088651 ~ 24090482 (+)
G6049 NA non-coding downstream 69627 24107964 ~ 24108997 (+)
G6051 NA non-coding downstream 76610 24114947 ~ 24125362 (+)
LOC111192653 NA non-coding downstream 214818 24253155 ~ 24253912 (+)
LOC103022942 LOC106931471,LOC106940241,LOC101067200,LOC107659943,LOC106603438 other upstream 105171 23876999 ~ 23907474 (+)
LOC103035426 NA other upstream 165278 23839993 ~ 23847367 (+)
G5871 NA other upstream 178815 23832236 ~ 23833830 (+)
G5797 srsf1a,srsf1b,LOC103029385,LOC108415197,LOC107587230,LOC107704814,LOC108278759,LOC108278234,LOC107661749 other upstream 661339 23312512 ~ 23351306 (+)
LOC103024639 NA other upstream 856279 23081391 ~ 23156366 (+)
LOC103027586 LOC108425877 other downstream 1373857 25412194 ~ 25428351 (+)
G6576 ywhae,ywhae1,LOC107690422,LOC107578326 other downstream 2001819 26040156 ~ 26046246 (+)
LOC103042574 NA other downstream 2880954 26919291 ~ 26931495 (+)

Expression


Co-expression Network