G98494


Basic Information

Item Value
gene id G98494
gene name NA
gene type non-coding
species mexican tetra (Astyanax mexicanus)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035907.1
NCBI id CM008310.1
chromosome length 11650534
location 9063169 ~ 9153581 (+)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome

Sequence

>TU132757
ctgttcaCTTTCATTGCATTTTTATTCTCACAAAGCATCCATATTCTTTTCACTGTCACATGTGCTATTTCTGAATATCACCCCACCCATGCATTAaccccacccactcactcactcactcactcacaaaaACTGACCACTGCACATGCTTCACTTAATCCTGTGTACCAACACTTATAACATGAATGTTTTGATATAGAATGGacatttttgcatttaattaaatgtcCTTGATTTATTTTAACCCTTCAATACAGCCTTTGGGTCAGTAGTGACCTCTGACCAATccgaaatgttttaaatgtttatgttatgtttttgttacAGTCAAAATGATGTGTTATCATATTTACTGTCACTGCTGTGTATCGATCAGTTTGTGTGAAATAAGTGAATTTAGTTTATACTAAATGTATTCAGtgtaaaatgtcaaaatatttaaGAGTGAAATACGTCTACATTTAAAGCTTAAATACCCAGATCTTTAAGAGTGAAATACTTATACATTTAAGGGTCagcttaaaagcttaaaaactcatatatttaaGAGTCGAACACCCACATATTAAGGGTTAAATATTCACACGTTTAAGGGATGAATATTCATAGTTACCCATTTACCCACACATGTAAAGCTTTCATATTTAACACCCACATTATTAAAAGGGTTAAGATCTTGTTCTTGTCTAACAGGTAAATTCAGTATGTAAATGGTTAAACACTCATATAACAGTTCAGCACTTATACATTTAATGTAGAGAAGACCATACCTTTATAAGGTAAACACCCACACAATTTAGGGTTAAATGCTCATGTGTTTAAGGGTTAAACACCTACATAATTAAACCCTGTGATGTACAGTAATGTTGTTGATGAATCAGCTGTTGTTGGATTTGCAGCTGCCATGAAACCTCTGGCTGAGGTTCAGCTAATAACGGCCAGAGCCGGGGAAGGAGGGGCCAGCACGGACTCGGATGGATTCGACGATCTGGATTGGACAGTGTGGAATAGAATAACCCTGTGATTGGACGTTGTGGACCTGATATGTCTGTGATTGGACAAtatgaaatagaaaaaaaaagactggttAACAGTCTGAAAATTAAATCGTCCTGTTATTGGACAGTGTGGAGTAGAATCACACGTGATTGGACAGTGTTGAGTAGAAAAACCCTGTCAAtgaacagtgttaaataaccCTGTGATCAGACAGTGTGAAGTAGACCACTTGTGATTGGACAGTGTGGAGTAGACTCACTTGTTATTGGACAATGTTGAGTCAAACAATTCTGTAACTGGACAGTTTAAAATGGACAAAGATGTGTGATTGGACACTGTGAATATAACGATTTGATTGGACAATGGAAAACCTAGGAGGAAGAATTGGACCATACATAAGTAAGGTAACCCTGTGATTGGACAGTTTTTGGATTACACGCTGTTGTACAGGCTGGgacagtgctaatgctaatgccccCCGCCTTTCTGGACTCCACCCCTCAGCCTCCACTTCCTCACCGGAGAGCAGCAGGTAGCGCTCATCACACGCCTCCCTAAGCCCCGCCCAGTGTGGTGATGGTCCTGGCAATAAGTGTAGAAGTTGTGTAGAAGAAGTCGTGGAGTTCCTGTGGAGCATCTGTAGAACTGCCCCGTAATAAATGTGACCTACTGTCATCATGGCTTTACCCTGATTTAATACTTACTGTGGATTATTTattgctgtatgtgtgtgtgagtgtgtgtacactgTTAATCCTCACGTCCCGGTTTCCCAAGTGTGAAAGAGTCTGATGTGCAATAAAAACCCAACCGATACACACTGTGACttcagttacacacacacatacacacacacactgcacactgtaGACTCTAACACTGAAAAACCTTTGCTTTAGCCGAGGAGAGATTAAGGCGGAGTCAGTAATGATACAGATAcagttctgtttgtttgttccagatcactagaaaagaaataaacatgatttCTGTCACCCCGAGACTAAGAATATTGTtcatcattttaatcaaattattattttttaccttaatttttaactttattttaaacttaaattcTAAAGggaacacaaataaatatatgtattaataataaaaaatacaagttaaaaCAGTAATGAGAACGTAAAGTTTCCACTAACCgtattaaaacagtaatgttGATGTAAAAATGGTACCAATATGAAACTCCTATTAAAGTGACCAAATAATGGAACTGTTTTTTGCTGTACCTGTATCAATGTGGACACAGCCTAAacatttactgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgagagagagagagagagaaaggttcTATCTGTGTTCTATGATCTGCTGCTTAATGGAGTCAGGGCACTGTTTAATGTGAATTATGATGAAAAactgtaaatcatttatttttgaaaagtgtaattgtgtgtgtgtgtgtgtgtgttgtgagtcgACTCTGTGTAGGGTGTGAACCGGTGTGTATCGTTCTATGTTCTGGTTTCAGTGTGTTCTGGTTGTAGAACCCTGTGTTGGTGTTGTGGAGCATGCTGACCTGTGGTGGTTTCCTGTACAGAACTGCTGGATGTGAagttgtgtgtaaagttttactGAGCTCACATAAACC
>TU132759
TTGCTGGACTATAGCTACCTGAGCGACTGCTGGACTATAGCTACCTGAGTGACTGCAGGACTATAGCTACCTGAGCGACTGCTGGACTATAGGTACCTGAGCGACTGCTTGGCTATAGGTACTTGAGCGACTGCTGGACTACAGGTCCTTGAGTGACTGCTGGACTATAGGTACCTGAGCAACTGCTGGACTATAGGTACCTGAGTGACTGCTGATTTAGGGGACCTCAGCGAATTTAAGTGATTTAAGTGACTTCTGGATTTTAGGGACATGAGCAACATCTGGATTATAGGAACCTGAATAGCTGCTGGACTGTAGGGACCTGAGCTACAACTGTATTATAGGGACCTGAGTTGCTGCTAGTTTAGGGGACCTGATCAATATCTGGATTATAGGGACCTGAGCAACCGATGAATTATAGGACCCTGAGCTATCGCTGAATAGTAGGACCCTGAGCGACTGCTAGATTATAGAGACCTGAGTGTCTGCTGATTTAGAggacctgattggctgaagggTTTAGGGGGTCTAAGTGGCTGCTGTTTCTGGAGGACTGAAAGTTCCAGGTGGGGTACCAGTAGGGTGTAGCTCAGCagcaaatgtacacacacacatacacacacacacacacacacacactgcacactgtaGACTCTAACACTGAAAAACCTTTGCTTTAGCCGAGGAGAGATTAAGGCGGAGTCAGTAATGATACAGATAcagttctgtttgtttgttccagatcactagaaaagaaataaacatgatttCTGTCACCCCGAGACTAAGAATATTGTtcatcattttaatcaaattattattttttaccttaatttttaactttattttaaacttaaattcTAAAGggaacacaaataaatatatgtattaataataaaaaatacaagttaaaaCAGTAATGAGAACGTAAAGTTTCCACTAACCgtattaaaacagtaatgttGATGTAAAAATGGTACCAATATGAAACTCCTATTAAAGTGACCAAATAATGGAAaATAATTTTT

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU132757 True 2631 lncRNA 0.38 2 9101484 9104134
TU132759 False 1028 lncRNA 0.41 4 9063169 9153581

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
ccdc107 LOC107555866 coding upstream 28868 9024387 ~ 9034301 (+)
krr1 krr1 coding upstream 136661 8916576 ~ 8926508 (+)
LOC111193444 NA coding upstream 167572 8862740 ~ 8895597 (+)
LOC103033147 phlda1 coding upstream 241980 8818913 ~ 8821189 (+)
nap1l1 nap1l1,LOC106576514,LOC106609764 coding upstream 248029 8799265 ~ 8815140 (+)
cpsf6 cpsf6,LOC107729149 coding downstream 26204 9179785 ~ 9195720 (+)
LOC103042523 far1,LOC107590516,LOC103366393 coding downstream 61271 9214852 ~ 9268400 (+)
LOC111193395 NA coding downstream 209487 9363068 ~ 9365903 (+)
LOC103028562 ephb6,LOC108432347,LOC107724759,LOC107672963,LOC107549482,LOC107744289,LOC108270687 coding downstream 251239 9404820 ~ 9458769 (+)
LOC103028240 LOC108432345 coding downstream 319816 9473397 ~ 9508318 (+)
G98483 NA non-coding upstream 98000 8963313 ~ 8965169 (+)
G98462 NA non-coding upstream 152884 8910008 ~ 8910285 (+)
G98460 NA non-coding upstream 155485 8907264 ~ 8907684 (+)
G98457 NA non-coding upstream 168889 8894054 ~ 8894280 (+)
LOC111193443 NA non-coding upstream 169907 8862875 ~ 8893262 (+)
G98508 yeats4,LOC107555875,LOC107590554 non-coding downstream 24925 9178506 ~ 9179318 (+)
G98630 NA non-coding downstream 134059 9287640 ~ 9292655 (+)
G98635 NA non-coding downstream 155677 9309258 ~ 9309691 (+)
LOC111193403 NA non-coding downstream 175326 9328907 ~ 9338005 (+)
G98657 NA non-coding downstream 221275 9374856 ~ 9375545 (+)
G97931 NA other upstream 1932360 7127804 ~ 7130809 (+)
G97926 NA other upstream 1993040 7068688 ~ 7070129 (+)
apoc1 NA other upstream 1997140 7062132 ~ 7066029 (+)
adar adar,LOC107723500 other upstream 2381478 6654350 ~ 6681691 (+)
G97678 s10a1,LOC108429935,LOC106570100,LOC105901452,LOC105027143,LOC108437929,LOC106588175 other upstream 2498166 6532516 ~ 6565003 (+)
G98636 NA other downstream 158825 9312406 ~ 9312803 (+)
G98840 NA other downstream 842623 9996204 ~ 10002046 (+)
G98845 NA other downstream 906852 10060433 ~ 10069002 (+)
G98934 grik5,LOC107551699 other downstream 1018972 10172553 ~ 10178459 (+)
G98967 NA other downstream 1340210 10493791 ~ 10498518 (+)

Expression


Co-expression Network