plpbp (prosc,LOC107671833,LOC107715029,LOC107707038,LOC107598604,LOC107697965,LOC107593998)


Basic Information

Item Value
gene id plpbp
gene name prosc,LOC107671833,LOC107715029,LOC107707038,LOC107598604,LOC107697965,LOC107593998
gene type misc
species mexican tetra (Astyanax mexicanus)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035911.1
NCBI id CM008314.1
chromosome length 35718434
location 17479938 ~ 17524353 (+)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome

Sequence

>TU179329
AGCCTTTAGAaaaaaacagttattttggttaaaaagtgCTATATCTGGGTCTTGCCTTCTTTTACGATCTGccaattactgttttttgttcATGGTAAATGAAATTTccctttaaaaagcattaaaaagtcACCAGCTTATAATTCTAATGCAGCTCATAACTATTGTAAATAATGGAGTGCCACAGGGTTCTATTAAAGGGCCTATTAAACTGATGATAATCATAGAACTGTAACTGTGTGGGCTTACATACATGGCATATTAGGTTAAGCACTGAGCacaaataatatttaagttagaCAAATTACAAATCGACACCTttctaaaacctaaaaatctttcaggaaacacacaaaaaaaacagatgtcaGTTCTTATGGCTATTTAAAGATGTGCAATGGCTGTAACTATGCaatatttatggcatttagtCTTTACTAATAAGAAGaactttatattatagtaaaaatgTCATCATTTTGCAATTAAGGATGACCTGAATGGTGGAGATTGAATCAGTGAGGGAGCTTAGTCTTGGAAggctattaaaattaaattaaaagtcacATTTTATTTCGAATTGAGGTTCGTTAAGGGATGATTTAGACAAAAACGTACATTTTccctaaaaatcattattttagaaTAATGTTATGACAAATTAATAGATTTCAATCCATAATAAACTTCACTTTGAGATTTGAGTTGTGCATACCagagtttgagaaccactgctctaAAGGAAGGGTGAATAActgacaaaaatacaaaacattttcttttttaaactaaagCGTCTTACTATGCAGAATTAATGATGGGTGTATGAacctattttaacatattttggattttcagtatttacattgttaaactAACCACCGGTGGTTACTGTCTGTGCACTTTGCTTTGAAGGGTAAATGTAAATTTGTCCTAATATGACCATATGTAcagtatcttaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaagactatctTGTCCATCAGTGGTTGTACATAAACTACTTGATCTGTGAGTTGATGAgcaataaaaatta
>XM_022677280.1
TTGGCTGGGCTGCGCCGCTATGTGGAGAGTAGTGATGTCGGAGGAGGTTGGGAGGAAGGTGCAGGCGGTGGTGGACCGGGTACAGCAGGCGGTTACCCGCCGCCCGAAGactttaCCATGTGTGGCTCCTCGATTAGTAGCTGTCAGTAAAACGAAGCCGCCGGACATGGTGCTGGAGGCTTACAAACACGGACAGCGCAACTTTGGAGAGAACTATGTAAATGAACTGTTGGAGAAAGCCACTCACCCTCTGATTTTATCATCATGCCCTGAAATTAAGTGGCATTTCATTGGACACCTACAGaagaataatgttaataaactCTTGGGTGTTACAAACCTCTACATGGTGGAGACGGTTGACTCTGTTAAACTGGCCGACAAAGTGAACAGCTCGTGGCAGAAGTTACGAGGGTCTAACGCTCGGAGGTTAAAGATCATGGTGCAGATCAACACCAGCGGAGAGGAAAGTAAACACGGCCTGCCTCCTGATGAAACCGTTAACACCATCAAGCACATCGTATCTCAGTGTACTGCCCTGGACTTCGCTGGACTCATGACTATTGGCCGTTATGGCTATGACCTCAGTGACGGACCCAATCCAGACTTCCAGATGCTGCTGAAGTGTCGAGAGCAGGTGTGTGAGAGTCTGAAGCTCTCAGTAGAACAGGTGGAGCTGAGTATGGGCATGTCCACGGACTTTGAGCATGCGATTGAGGTAGGCTCTACTAATGTCCGTGTTGGTAGCACTATTTTTGGAACTCGGGAATATCCAACCACCCCAAGCCCCAGCCCGGAGAAAAAGCCAAAGGTCGTATCCGAAGAAGCGGCGAAAAAGATGGAGCGGCTTACAGTGAGCGATCATTAAAGACGTGAAGAGAGGAGCGCTGGATCTGAGGAGTTACAGAGGACTTTTTGAGCATTTCACAGACAATACTGGAACACTGGTGGAGGCCTACCCACACCACATCTCAATTATTGCTCTTAAGTGAAGGTGGTTTTAAGGTTTAAGGTAGAAGCTGTACAGTTGTAAAATCTTCATAGCTTTTTCACATTATCACGTTTGATAACATAAAGATGCAAAGAACACTGCTTGCAAACACATTACTGGTAGTTTTGTTGTGCCATTGTAGCTAGAAccttttgagttttttttttttgttgtttttggacACTAAAtctgaatttttcttttatttcttaactaatttaaattgtgtctttttgtttaacaaaaaaaatcaaacaaaccagagtttGTTGGTTATGTCAGTCGAACGAAACATGGActgctgtgtctctctctttagtaAGACATTTGGATTTGTGAAAAGagaaagtaatgtaatgtaaatgtattgtttacCTACTCGTCTGTTGCTGTGAAAGCTGTTTTAAGACTGGTGTTTGGCCTTTTTGAAAAAATGTCaccttattttattatgtttaactaTTAATTAACACTGCACTTGGGTTCATATTGTAATTCAGtctaattcatattaatttTCTGTGTAGTAGGATTTGCATTAACTGGAGAAAATTTGCTTTAGATTCTTTTtagagcagtggttctcaaatcTTTTAAAACCATGTACCAAACGCGATCATACTAGAGCTTAGTACCGTCAACTTTAATTTTAAACCCTGCAGCacattttcaccaaaaaaaaacaggttctgGAACCCGACAAGTTTGTTTCTAGCTGGAACTGAAAAATAGTAGGTTCTTGAGCATAAAACCGTGATGACATCTGTAATGTGTCTCAATTATCTCAACTCCCTCTGTTGGTGACGTATTCTGTGATGTATCCTCGGTTCCGCTAAAACCGTTGTAAAGAGAGCTGGTTTGCTGAAAAGCACCATGGTtcttaaagccccactaggtaggaattccttgatttttttatctttttaaataagtaactgtagagggagcccacgagcacaaaatctcaatcctacctagtggagctttaaataaGACTGAATGGCTGGatattatggcaaaaatctaaatcacaatgtttttcttaattttggtcAATATAATATAGTTCAGTTATTGAtttgaacagtataaaagccacaGTCTGTGGTGTACGCGAGTAAACATGCGTTGAAAGAGCTGCTGGGGGATGTGGTTAAAAATATTAtcactatatttaaatatttcttttttttacgatacacagtatttatccTATTTTGacacagacaaaatgcatcagcagtggcAGATTCTGATATTCTATTATTGAACCATTATTTAATGCATagtactgtgattttattccatttttgctgcacattgtttaattaaacagggtttttttccactttctttaattaaatgtacagtagaGTTAGTGTTCTTTAaacactaaaagaaaaaaatatatatattgtccagCCTTTagaaaaaacagttattttggttaaaaagtgCTATATCTGGGTCTTGCCTTCTTTTACGATCTGccaattactgttttttgttcATGGTAAATGAAATTTccctttaaaaagcattaaaaagtcACCAGCTTATAATTCTAATGCAGCTCATAACTATTGTAAATAATGGAGTGCCACAGGGTTCTATTAAAGGGCCTATTAAACTGATGATAATCATAGAACTGTAACTGTGTGGGCTTACATACATGGCATATTAGGTTAAGCACTGAGCacaaataatatttaagttagaCAAATTACAAATCGACACCTttctaaaacctaaaaatctttcaggaaacacacaaaaaaaacagatgtcaGTTCTTATGGCTATTTAAAGATGTGCAATGGCTGTAACTATGCaatatttatggcatttagtCTTTACTAATAAGAAGaactttatattatagtaaaaatgTCATCATTTTGCAATTAAGGATGACCTGAATGGTGGAGATTGAATCAGTGAGGGAGCTTAGTCTTGGAAggctattaaaattaaattaaaagtcacATTTTATTTCGAATTGAGGTTCGTTAAGGGATGATTTAGACAAAAACGTACATTTTccctaaaaatcattattttagaaTAATGTTATGACAAATTAATAGATTTCAATCCATAATAAACTTCACTTTGAGATTTGAGTTGTGCATACCagagtttgagaaccactgctctaAAGGAAGGGTGAATAActgacaaaaatacaaaacattttcttttttaaactaaagCGTCTTACTATGCAGAATTAATGATGGGTGTATGAacctattttaacatattttggattttcagtatttacattgttaaactAACCACCGGTGGTTACTGTCTGTGCACTTTGCTTTGAAGGGTAAATGTAAATTTGTCCTAATATGACCATATGTAcagtatcttaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaagactatctTGTCCATCAGTGGTTGTACATAAACTACTTGATCTGTGAGTTGATGAgcaataaaaattaattaa

Function

symbol description
prosc PLP dependent protein

NR:

description
proline synthase co-transcribed bacterial homolog protein-like isoform X1

GO: NA

KEGG:

id description
K06997 yggS, PROSC; PLP dependent protein

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU179329 False 1052 lncRNA 0.31 2 17479938 17524348
XM_022677280.1 True 3467 mRNA 0.37 8 17511071 17524353

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC103024256 LOC108425513,LOC107671862,LOC107697970,LOC107756420 coding upstream 19105 17376371 ~ 17460833 (+)
LOC103047606 si:ch211-210c8.6,LOC108425517,LOC106567173 coding upstream 131132 17342501 ~ 17348806 (+)
dazap2 dazap2 coding upstream 169874 17301927 ~ 17310064 (+)
LOC103025506 LOC108425525 coding upstream 441907 16955751 ~ 17038031 (+)
LOC111194095 NA coding upstream 612605 16854268 ~ 16867333 (+)
fam50a fam50a coding downstream 19429 17543782 ~ 17562016 (+)
LOC103023305 NA coding downstream 40054 17564407 ~ 17589725 (+)
sars sars,LOC107671868,LOC107697960 coding downstream 76771 17601124 ~ 17627589 (+)
LOC103044854 LOC103044854,LOC108425484 coding downstream 106418 17630771 ~ 17732521 (+)
LOC103026658 LOC108425505,LOC107715025,LOC107671876,LOC106572368,LOC105022778 coding downstream 279730 17804083 ~ 18021997 (+)
G132588 NA non-coding upstream 11724 17466270 ~ 17468214 (+)
G132586 NA non-coding upstream 104276 17372066 ~ 17375662 (+)
G132585 NA non-coding upstream 115806 17362582 ~ 17364132 (+)
G132547 NA non-coding upstream 255283 17222902 ~ 17224655 (+)
G132549 NA non-coding upstream 257382 17184100 ~ 17222556 (+)
G132718 NA non-coding downstream 204964 17729317 ~ 17734305 (+)
G132741 NA non-coding downstream 220608 17744961 ~ 17746840 (+)
G132750 NA non-coding downstream 247001 17771354 ~ 17771564 (+)
G132752 NA non-coding downstream 249382 17773735 ~ 17773996 (+)
G132767 NA non-coding downstream 376920 17901273 ~ 17902022 (+)
LOC103031494 NA other upstream 1742157 15730897 ~ 15737781 (+)
ddost ddost,LOC107673085,LOC107687429 other upstream 2013853 15459862 ~ 15466085 (+)
fam131c fam131c other upstream 2082369 15364390 ~ 15397569 (+)
G132146 LOC106581475 other upstream 2239541 15240080 ~ 15240397 (+)
G132109 szrd1,ca144,LOC103023907,LOC107687433,LOC107716129,LOC107673108,LOC107737539 other upstream 2307041 15168008 ~ 15172897 (+)
G133076 NA other downstream 1519141 19043494 ~ 19044186 (+)
LOC103042214 LOC103042214 other downstream 1823115 19347468 ~ 19360891 (+)
G133246 NA other downstream 2599037 20123390 ~ 20124548 (+)
LOC103029397 ndrg3,LOC103029397,LOC107724194,LOC107705728,LOC107696989,LOC107693556,LOC108429301 other downstream 2768810 20293163 ~ 20495831 (+)
tcea2 tcea2 other downstream 3242563 20766916 ~ 20783861 (+)

Expression


Co-expression Network