LOC103028539


Basic Information

Item Value
gene id LOC103028539
gene name NA
gene type non-coding
species mexican tetra (Astyanax mexicanus)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035911.1
NCBI id CM008314.1
chromosome length 35718434
location 26253474 ~ 26259570 (+)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome

Sequence

>TU182623
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>TU182625
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>TU182628
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>TU182629
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>XR_001518636.2
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>XR_001518637.2
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>XR_002650931.1
TGTGGGTTTAAGTGACCGCGGAGTGCCGCGTGTTAATGATAAGGGTCTGTCCGAATTCACTCGTGTTTCCCCGCTACTTAGTCAACTAAACAGAATTCCGTGTGTAGCGCAgcactaatgagggagtagcGGGTCATTTCGGATACACCCCGAGAGGACCTGCGCAGTACGGCGGGCGGCGGTTGTTCCGCGTGCGATGGCGTCGCTGCTGCTCCAGCGCGCAGATCTTTGAACTACTTTAGCATGAGTATCTCAAGATGCAGGGACTGACTGGAGGATAATTACTCTAAAATTCAACaggtgaacaaaaaaaagtcctaaaacattaattttaaacCCATACAAACAACTAAAATCCAAATAAGATCCAGCTGAAgatgctgagataaatgtggcTGTGAAATACGTAACGTACAACAGTAATGTGATATAAAATTTGGTCAAGTGGTTTAACAGAATATTGTGGATCTTTTGTAATGTCTTAGAGATGTCCGAGTGATGTCCAGAAAgtacacacttaacacacacagtactccattataaaaaagaatgtttatttttcatgaACACAGTGTAATATCTAAGAATATTTATCATTTTGGTCATAAAACAGCTCAAATACAGTCAATTACAGAAACTGTCCAACAAGTTTTAAGACTTCTAAGACTCACTATAAATTCATAACTATAGGCAGGCACCAATCAAATGACTAGCTAGTCAGTCTCCTTGGTACATAAAATTGCTTACATGTTTTCTTATTTGCCTCCAATTGCAGATATGAACTGTGGGGGAAACCCTTTCTGCTTTTTGTGACCTTTTGCACATCATTTAGAGTCAACCTGTTTGCAATCTTCTTTAATGCTTTCAGACTTTAATTCTTTTATTAAGATtcttttgttgtaattttttaatgttctgttcATTTTTATCCTAATTTGTTTACaagttttgttcttttttgttcttgtttctGTGAGTGTTGTATGTGGAGTGGATGCTTGCACTGGTACAGTTGGGAATCTTTCTGCTGTTGGGAGTTAAACTGATGtgttGTTGAGGTTTTGGACACCACAAAAGGGAACATTGAGAAGCAGTTTAACATCCAAATCTCAAGAACAAGCATTCTGGGGGGAGGCATTCTGCAGTGGCCACAGCTAAAAGGTGACAGTTTTTGGGGAGGCAGGAGTTGAATATGGGTGCTCATGGAAAAGAATCTAACAGAAGTGGTGACTTTGAGGGACCACAACTTAAGATGGACAACTCTGATGGAAAGTGGCATGTACAGgccAAGGCAGAGATTGTGATGTTATCCATTCATCCTCAGCTGAGAGTCAAGAGGAATGAGATCAGAGTGAGCTGGAGATGACCCACTTTCTTCATACAGCTGAAGATGATCAGGGTGGGGACAGCATCCTGTTATACCGGTCACCTTTCTTCAGTGGCTCCCAGAACAAGGTCCTCGTTCACAGAAGAA
>XR_002650932.1
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Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU182623 False 1051 lncRNA 0.44 7 26253597 26259570
TU182625 True 1788 lncRNA 0.39 6 26253597 26259570
TU182628 False 1035 lncRNA 0.44 6 26253597 26259570
TU182629 False 1086 lncRNA 0.44 7 26253597 26259570
XR_001518636.2 False 558 lncRNA 0.49 6 26253637 26259133
XR_001518637.2 False 1414 lncRNA 0.41 6 26253474 26259133
XR_002650931.1 False 1474 lncRNA 0.41 6 26253474 26259133
XR_002650932.1 False 786 lncRNA 0.49 7 26253485 26259133

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
megf6 megf6 coding upstream 1765 26130739 ~ 26251709 (+)
LOC103042961 LOC108434670 coding upstream 124072 26115140 ~ 26129402 (+)
ttc34 ttc34 coding upstream 139394 26105422 ~ 26114080 (+)
LOC103043995 NA coding upstream 152503 26069053 ~ 26100971 (+)
LOC103044282 ccdc30 coding upstream 195122 26041395 ~ 26058352 (+)
emc1 emc1,LOC107593385 coding downstream 312499 26572069 ~ 26583163 (+)
ubr4 ubr4 coding downstream 326060 26585630 ~ 26646332 (+)
LOC103022966 LOC108434628 coding downstream 390252 26649822 ~ 26683055 (+)
LOC103022653 tas1r1 coding downstream 429581 26689151 ~ 26698449 (+)
LOC103022045 NA coding downstream 445148 26704718 ~ 26713269 (+)
LOC111194125 NA non-coding upstream 192058 26058733 ~ 26061416 (+)
G134896 NA non-coding upstream 326065 25920238 ~ 25927409 (+)
G134862 NA non-coding upstream 476316 25776700 ~ 25777158 (+)
G134838 NA non-coding upstream 516691 25735604 ~ 25736783 (+)
G134688 LOC103046877,LOC108410447,LOC105890629,LOC107087052,LOC105935867 non-coding upstream 697398 25545602 ~ 25556076 (+)
G134992 NA non-coding downstream 5882 26265452 ~ 26266390 (+)
G135044 NA non-coding downstream 127380 26386950 ~ 26387226 (+)
G135050 NA non-coding downstream 148975 26408545 ~ 26409102 (+)
G135079 NA non-coding downstream 293189 26552759 ~ 26553217 (+)
G135081 NA non-coding downstream 297153 26556723 ~ 26557392 (+)
G134662 NA other upstream 792072 25460467 ~ 25461402 (+)
cfap126 cfap126 other upstream 822300 25426734 ~ 25431174 (+)
G134632 atp2b3 other upstream 928775 25320141 ~ 25324699 (+)
emd LOC108436312 other upstream 947126 25300781 ~ 25306348 (+)
LOC103026913 flna,LOC108436314,LOC101154674 other upstream 957138 25237471 ~ 25296336 (+)
G135096 alg13,LOC107597764 other downstream 369299 26628869 ~ 26638528 (+)
LOC103044303 LOC103044303 other downstream 936735 27196305 ~ 27197918 (+)
LOC111194129 NA other downstream 1501577 27761147 ~ 27871003 (+)
LOC103041614 NA other downstream 1753339 28012909 ~ 28040566 (+)
LOC103039855 LOC108443465 other downstream 1923736 28183306 ~ 28204183 (+)

Expression


Co-expression Network