G148498


Basic Information

Item Value
gene id G148498
gene name NA
gene type non-coding
species mexican tetra (Astyanax mexicanus)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035913.1
NCBI id CM008316.1
chromosome length 28317440
location 1508432 ~ 1511769 (+)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome

Sequence

>TU200995
TAAAGATTCACTTTTTCAACACAAATGAAGCTTTAATTAAACACAATGATAACATCTCCAATAATTTACTGTTAATAATTCATCATTAATAGTTAATAGTACTTTATTAGCTCTATAGTTATGTTAGCTATGTGCTAAAGCCAGATAGCAAAAGGATGTcgaatcaacgttgattcaatgtcaaTCTCTATGaggaaatgttaaataaaggttgttttaagttatttttccattttccaaGCTTAAAAAGTACAGCTTTTAAGTACAGCTTTTTTTAGCTAATGCACCCAAAAAAGATTTacgtttattcaatgttttttttttatatgtattgttttatattaaagtttactgacattaaatatgaatattgcAGTATAGTAAGggaacttttaaataataagtattaatattcattttattatttaaggaaAGCATCTTtcacttaaaataattatttggcATGTAATTCAGAACCATAACTATTTAAAACCCTTAAataaacgttgattcaacgcAAGAATTTCATTATTAACCAATTATCTTTACCAAActatgttaaataaaggtttcaggctgttttaaaattgtttttaattttcgaACTTTAAAATTTGTAGTTTTTGTAGCGAATGCAACCAAAAAGATATacgtttattcaatgtttttatatgGGTGGttgtattaaactttacttacattaaatatgaatatttctATTCATATATGAActttttaaaaccttaaaaaaaagctttgatttAAAAAGAATTTCAACATTAACTGATGATCCCTATGaggaaatgttaaataaaagctgttttactgttgttttttcttttcccacTTTAAAAGTTGTAGTTTTAGTTAATGCAACCAAAAAGATTATTAAATCTTAACATTAACCGATGATCTCTATGaggaaatattaaataaaggttgttttaagattattttaaggttgttttttaattttccaacTTTAAAAGTTGTAGTTTTAGTTAATGCAGCCAAAAAGATTGTTCAATTGCAACATTAACCCATGATCTCTATGaggaaatgttaaataaaggttgttttaaggctgttttaagataatttttccattttccaaatttaaaagttgtagttttagttaatgcaacaacaaaaaacaaacgtTTATTCAATGTCCCTTGCTTTTCTAACAGAGGAGTTAATCAGAGTACTTTATCAGTTCTATTTGAACAAGTGCATACAAATATGTAACAAAAGGCTGAATTTAGGGCATGCTAGTTTTTCATTGATCAGTAAGAGGTTACTGAAACTGTGAtgaatgagtgaaatataatCCAGGAACACAATAAATCAAGATAAACCCGGCTATTATTCTGGTTTTGTGCCTCAGAGACACAAGAGGCCTCGTTTTTCCATCCACGTGTCCCGGCTAGCTTCCGCTAAGCATTAGCTAACGCTCGGTCCATTATAATATCACATTACCACAGGTTTCCaataacatatacagtataaatcacTCTAATCCTTCACTGCCCCCCTACACAACTCACTTAATCTCTAAATCAATGCTTTATTACCTAACAAAGAGCTCCCAATTAGGCTACAGGCTAGCATAGGATTAGCATCACATCAAAAACCATAGTCATTTTCTCTAAAAACTCActttaatgactttttaataACATTCTTCACAATCTTCACCTCTTGGTCTCTTCTATTCTGGCTAAAACTGAACGTGATGTTTTTACATtagttaaaattaaatgtattgtttattagAGTTCATGGCTAAGTTTACGCTAGCTCAAATaatagccaaaaaaaaacacaaacctctGGGTTGTgcattttaaaacctttaaaaaaagaaagtcaacacacatttttcacagtttCTCAGGGCTGGGTAAAAGCAGACTACATAGCACCCTAGGATTATGTATTTTTAGAAGTAGTAAAAAAGTAATCAAGATTCAGGACATTTATAGATAAACTGTGATTACTTGTTTTAAGAGATCAAAAAGCAGAAAACTACAAAAAAGAAGGTTGCTATGACAATCTgatgtaaatatattacatattagaAGACTGCTACTttgaaatcacaaaaaaaaatattgttagcattagcattagcattattactattacaaaGCCTTTATAGACCTCATAAACTACCAGCAAGgttactgttttattatatgGACCATGTTGAAGACAAATAGATCAAAATTTCTGGTAAAATCGGTCTTTGTCAACCAGCGTGATTAGGCATAGTCAAAATCAAAGGAAATATATACTtccaaacataaataaattattaaaataataaaagaaattgagctaattcaatttaaaactttaaaattattataccAAAATTGTCAGGTAAtcaaatttttttaattattagatcAATTGCTTTGCACAATAAGTCTATTTAGAATTATTTGATGGTTAAGTGAATAAAACTGGTTTGGATTTAGTTTACTttctaaaatatacagtaaactaTAATATTAGAGCCTATAAAATTGAGGCCAGGCAgctaatcataatatatgatctatttTAGCCTAGGGGGGAGTGACTAAACACTGAtgcacccagtatgcaaattaaAAATGGCAATCGATTAAACTTATTATCATTATAACTGGACGTTCAATTAACTAAGTAGAGTTTTGAAGTTAAATATATCCATTTTTGCTCGAAACTGTGGGAAATTGTGAGTTTACAGagtatattttctatattttttgctTAGAACAGCTTTTCAACCTACTTAACCATTAAAGACCAGCTTAATCCATttgaaaaacaacttttatgatGTGGTCTTGAAACAGTAGACTTATCTGGTAACTATGCACCTTTTCCATGATTCTTCTAAGcgttaaagtataaaaatatggAAGAACTATTCAATAAGAATAACAATTCCTTCAATCTGAAATGCCTCAATATACAATTCtgattaaaagttttttaacaTCCCCTttatagatacagctctggaaaaaaataagagagaacttcagtttctgaatcggtttctctga

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko04966 Collecting duct acid secretion

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU200995 True 3059 lncRNA 0.29 2 1508432 1511769

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC103026285 saga,LOC108440874,LOC108280708 coding upstream 26906 1464657 ~ 1481526 (+)
LOC107197232 LOC108436029 coding upstream 47710 1447455 ~ 1460722 (+)
LOC103027172 NA coding upstream 95427 1402023 ~ 1413005 (+)
LOC103022131 LOC108280703 coding upstream 315788 1122015 ~ 1192644 (+)
LOC103028630 NA coding upstream 454497 991084 ~ 1053935 (+)
proc LOC108440860,LOC108440861 coding downstream 11832 1523601 ~ 1535483 (+)
LOC103025667 wdr33,LOC107695163 coding downstream 41026 1552795 ~ 1592500 (+)
LOC103034819 LOC108440876 coding downstream 127540 1639309 ~ 1671242 (+)
LOC103035142 phb2a,phb2,LOC108440869,LOC107653518,LOC100703857,LOC107564245,LOC101465856,LOC107705310 coding downstream 355354 1867123 ~ 1886581 (+)
LOC111194472 NA coding downstream 385704 1897473 ~ 1902454 (+)
G148493 NA non-coding upstream 7034 1488987 ~ 1501398 (+)
G148490 NA non-coding upstream 10099 1490482 ~ 1498333 (+)
G148491 NA non-coding upstream 15443 1486400 ~ 1492989 (+)
G148492 NA non-coding upstream 18876 1486887 ~ 1489556 (+)
G148487 NA non-coding upstream 37989 1468652 ~ 1470443 (+)
G148506 NA non-coding downstream 69583 1581352 ~ 1584025 (+)
G148507 NA non-coding downstream 77388 1589157 ~ 1589608 (+)
G148521 NA non-coding downstream 121291 1633060 ~ 1634757 (+)
G148523 NA non-coding downstream 171689 1683458 ~ 1688461 (+)
G148531 NA non-coding downstream 185315 1697084 ~ 1712456 (+)
G148442 NA other upstream 303032 1200285 ~ 1205400 (+)
LOC103021490 LOC103021490 other upstream 310855 1194535 ~ 1197577 (+)
LOC103032064 LOC108440872,LOC107705307,LOC107653521,LOC107660320 other downstream 491830 2003599 ~ 2193725 (+)
G148599 NA other downstream 600904 2112673 ~ 2114465 (+)
tnk2 tnk2 other downstream 781863 2293632 ~ 2403354 (+)
LOC103027938 NA other downstream 1482437 2994206 ~ 3010066 (+)
G149226 NA other downstream 2480041 3991810 ~ 4009735 (+)

Expression


Co-expression Network