LOC111194532


Basic Information

Item Value
gene id LOC111194532
gene name NA
gene type coding
species mexican tetra (Astyanax mexicanus)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035913.1
NCBI id CM008316.1
chromosome length 28317440
location 10390479 ~ 10407671 (+)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome

Sequence

>XM_022678901.1
CAGAAGGAATTCTCAGTCCTCTCAGCACAGCTGCGTTTGGGAGAGGAGCTGGAGCAGGTCCCTTACGGCTCTTCATCATGACTCCACTCCTCTTtctgctcctcttcctccttcatCGACTTCCAGGTGCACTATGTACTGTGACCACAATCGAAAACCAGGCTGTATTAGAGGGTCAGTCAGTGATCATTCCTTGCCATTACAACCCTCAGTATACGCAGAACGTGAAGTACTGGTGTAAAGGCTCGATGAAGGAGTTCTGCAGCAGCTTGGCTCGTACTGATGATCCGGAATCGGCTCCGTTTGGGAAGGGAAAACTAACCATAGCTGATGACCCGGCCCAGTATGTGTTCACCGTCACCATGCGAGAGCTGAAGGAGGAAGACTCAGGCTGGTACTGGTGTGGAGTGGAGGTTGGCGGCATGTGGAGTGTGGACAGCACTGCGTCCATTTATATCAGTGTTGTACATGGTATGAGAGTGGAGAGCAGCATGGTCAGTGGTGAGGAAGGCGGCAGTGTTGTTGTGCAGTGCCTCTACAGCGAAAAATACAGAGACAGTGAGAAGCGATGGTGCAGGAGTGGCCACTTGAACTCATGCATAGTGACGGATGCTAACGGAACATTCAGCAGCAGATCTGTGCTCATCAGAGACGACAGGAAGGATACTGTTACCGTGACGATGAGGAGGCTGGAGTTGCGGGATGCAGGATGGTACTGGTGCGGAGCCGGCCAGCAGCACGTGACCGTTCACGTGTTAGTCACGCCAAGACCAACCACCACACAGTCTATTACAACGCCTGGCAGCTTAACCACAAAGTATCCAGTCATGGTAAAGGCACCAGACACCAAAAGTCCTGTGTTCTGGCAGCCTGTCCTGACGGTGTGTGGAgctctgctgctcctgctgaGTGCAGTCTTGGTATCATGGAGGATGATGGAGCAGTGGAgGAAGAAACCAATGACAAGAGCAGTACATGACACAAAAGCTAAACTAATGTTGAGCCCAATGAATGGTAGGGATGGAGAGAACACTTCACTCCTCTTCCTGAACTCCTCAGTCCAGCAGGTCCAAATACCCTGATCGAGAACACATGGGTTCTAAAAGAAGGTctggaaaaagaagaagagaggaagacACTGAAAGAAGAACTTAAGAGATAATAAGAAGCTTTAAGatgtttatttgttgtattattttaaagttgaaCATTAGGTACATccgttttttttatcagtttgtaATGTAGCTTTTTATTTCAGGATTTTATCAAAATGTTTATACATATCAGTTTTCACTAGTGATTGTCAATACATTTGAATATATGTTGATTCTTCCACACATTAAACACTTAAATCATACACACTGGCCcagatttactttaaaaacataagaccctgtttacacctggtaaCGTTATACATCTTAAGTATTAAGATTATTTCAGGATTAGGCTAAACCACataaaatgcaagtgtaaaaataatccaaaattgATTTAATCCAGTTATAAATCTACTTACTTAAACTAAttcaggagatggtctgagacgtatttaaaacagatacaaatctacttacttaaactaatttaagaggtggtctgagaccTGAAGTAGTTTGAGTGATCCAATTTTATATCTAGTTTAAATCTGTCTCAGATCACCTCCTTAAGTGGTttgtttgagtgatcagatttgtatcagtttttaaattagtcTCAGACCACCAAGCTGAAGTGGTTTGTTTGAGTTTTCATATTTGTACCTTTTAAgtttgtctcagaccacctcctgaaatAGTTTGAGTGATAcaattttatatctattttaaattcATCTTAGACACCTTGTTtaagtaatcagatttgtattggTTTAAatttgtctcagaccaccttccgAAGTGATTTGTTTAAGTGATtgaatttgtatctgttttaaattagtctcagaccaccttctgaagtggttctgtttgagtgatcagatttgtatctattTTAAATTAGTCTCAGACCACCCACTGAAGTGGTTGGTTTGCGTGAtctgatttgtatctgttttaaatgtgtctcagaccacctcctgaactGGTTCTGTTTGAGTGATCAAATTTGTATCAGTTTTTGTAATGCGTCTTAGaccatctcctgaagtggtttgagtgatccaattttatatctattttaaatgtgtctcagacaaCCTCCTGAAGTACTTTGAGTGATTGAATTTGTTTCTGTTTagaatgtgtctcagaccatctcctgaaGTGACTTGTTTAAGTGATCAAATTTGTATCAATTTTTAAATTTCGTCTCAGACCACATTCTGAAGTAGTTTATTTGAATAATCGTATTTGTATCAGTTTctaatgtgtctcagaccacatTCTGAAGTAGTTTAATTGAATGACCGAATTTGTATCAGTTtttaatgtgtctcagaccacatTCTGAAGTAGTTTAATTGAATGACCGGATTTGTATCAGTTTTTAATGTGTCTCAGGCCATATTCTGAAGTAGTTTATTTGAATAATCGTATTTGTATCAGTTTTTAATGTGTCTCAGGCCATATTCTGAAGTAGTTTAATTCTATAAGTGGTTTTGTTTGAGTGAGTGGACTTGTATCGGTTTAATGCATCTCAGATCACCTCATGAAGTGGTTTGTTTGAATGATAacatttgtatctgttttatatctattttaaattcGTCTCAAACAATTCTATAAGTGGTTTTGTTTGAGTGAGTGGACTTGTATCGGTTTAATGCATCTCAGATATCTGGTTTGTTTGATTTAACGTAtttgtacatgttttaaatttatctcagaccacctcctgaagtggtttcaGTGAGTTATTTTTATGTGGCTTGACCTTATCCAGATATAATTCTTGATACTGAAGATGACCAGATGTAAACAGGTGTCACTCCTCATCGGAAAGCTGTTTGCTAATTGTGTGGAAAAGTATTATTCGTATGAAATCCAGATATTTTCTAAAGCAAATGACTGATTTTGATTATCACAATTGTACTTTCTCTGTGAGCCCAGGATATTGATGCccagtttgttttattgtagGGACTGTATGAAGAGGTTATCATTATGAATGTGCTTAGCAGATTAGCAGATGTTTGTGAGTTTGTATATTAATGTACATCATCTGTTGTTGGTCTAATTCTTTAATAGAATctacataaatattaaaatccgTTTTCAGTCCTGTCA
>XM_022678902.1
CAGAAGGAATTCTCAGTCCTCTCAGCACAGCTGCGTTTGGGAGAGGAGCTGGAGCAGGTCCCTTACGGCTCTTCATCATGACTCCACTCCTCTTtctgctcctcttcctccttcatCGACTTCCAGGTGCACTATGTACTGTGACCACAATCGAAAACCAGGCTGTATTAGAGGGTCAGTCAGTGATCATTCCTTGCCATTACAACCCTCAGTATACGCAGAACGTGAAGTACTGGTGTAAAGGCTCGATGAAGGAGTTCTGCAGCAGCTTGGCTCGTACTGATGATCCGGAATCGGCTCCGTTTGGGAAGGGAAAACTAACCATAGCTGATGACCCGGCCCAGTATGTGTTCACCGTCACCATGCGAGAGCTGAAGGAGGAAGACTCAGGCTGGTACTGGTGTGGAGTGGAGGTTGGCGGCATGTGGAGTGTGGACAGCACTGCGTCCATTTATATCAGTGTTGTACATGGTATGAGAGTGGAGAGCAGCATGGTCAGTGGTGAGGAAGGCGGCAGTGTTGTTGTGCAGTGCCTCTACAGCGAAAAATACAGAGACAGTGAGAAGCGATGGTGCAGGAGTGGCCACTTGAACTCATGCATAGTGACGGATGCTAACGGAACATTCAGCAGCAGATCTGTGCTCATCAGAGACGACAGGAAGGATACTGTTACCGTGACGATGAGGAGGCTGGAGTTGCGGGATGCAGGATGGTACTGGTGCGGAGCCGGCCAGCAGCACGTGACCGTTCACGTGTTAGTCACGCCAAGACCAACCACCACACAGTCTATTACAACGCCTGGCAGCTTAACCACAAAGTATCCAGTCATGGTAAAGGCACCAGACACCAAAAGTCCTGTGTTCTGGCAGCCTGTCCTGACGGTGTGTGGAgctctgctgctcctgctgaGTGCAGTCTTGGTATCATGGAGGATGATGGAGCAGTGGATTGAGCCCAATGAATGGTAGGGATGGAGAGAACACTTCACTCCTCTTCCTGAACTCCTCAGTCCAGCAGGTCCAAATACCCTGATCGAGAACACATGGGTTCTAAAAGAAGGTctggaaaaagaagaagagaggaagacACTGAAAGAAGAACTTAAGAGATAATAAGAAGCTTTAAGatgtttatttgttgtattattttaaagttgaaCATTAGGTACATccgttttttttatcagtttgtaATGTAGCTTTTTATTTCAGGATTTTATCAAAATGTTTATACATATCAGTTTTCACTAGTGATTGTCAATACATTTGAATATATGTTGATTCTTCCACACATTAAACACTTAAATCATACACACTGGCCcagatttactttaaaaacataagaccctgtttacacctggtaaCGTTATACATCTTAAGTATTAAGATTATTTCAGGATTAGGCTAAACCACataaaatgcaagtgtaaaaataatccaaaattgATTTAATCCAGTTATAAATCTACTTACTTAAACTAAttcaggagatggtctgagacgtatttaaaacagatacaaatctacttacttaaactaatttaagaggtggtctgagaccTGAAGTAGTTTGAGTGATCCAATTTTATATCTAGTTTAAATCTGTCTCAGATCACCTCCTTAAGTGGTttgtttgagtgatcagatttgtatcagtttttaaattagtcTCAGACCACCAAGCTGAAGTGGTTTGTTTGAGTTTTCATATTTGTACCTTTTAAgtttgtctcagaccacctcctgaaatAGTTTGAGTGATAcaattttatatctattttaaattcATCTTAGACACCTTGTTtaagtaatcagatttgtattggTTTAAatttgtctcagaccaccttccgAAGTGATTTGTTTAAGTGATtgaatttgtatctgttttaaattagtctcagaccaccttctgaagtggttctgtttgagtgatcagatttgtatctattTTAAATTAGTCTCAGACCACCCACTGAAGTGGTTGGTTTGCGTGAtctgatttgtatctgttttaaatgtgtctcagaccacctcctgaactGGTTCTGTTTGAGTGATCAAATTTGTATCAGTTTTTGTAATGCGTCTTAGaccatctcctgaagtggtttgagtgatccaattttatatctattttaaatgtgtctcagacaaCCTCCTGAAGTACTTTGAGTGATTGAATTTGTTTCTGTTTagaatgtgtctcagaccatctcctgaaGTGACTTGTTTAAGTGATCAAATTTGTATCAATTTTTAAATTTCGTCTCAGACCACATTCTGAAGTAGTTTATTTGAATAATCGTATTTGTATCAGTTTctaatgtgtctcagaccacatTCTGAAGTAGTTTAATTGAATGACCGAATTTGTATCAGTTtttaatgtgtctcagaccacatTCTGAAGTAGTTTAATTGAATGACCGGATTTGTATCAGTTTTTAATGTGTCTCAGGCCATATTCTGAAGTAGTTTATTTGAATAATCGTATTTGTATCAGTTTTTAATGTGTCTCAGGCCATATTCTGAAGTAGTTTAATTCTATAAGTGGTTTTGTTTGAGTGAGTGGACTTGTATCGGTTTAATGCATCTCAGATCACCTCATGAAGTGGTTTGTTTGAATGATAacatttgtatctgttttatatctattttaaattcGTCTCAAACAATTCTATAAGTGGTTTTGTTTGAGTGAGTGGACTTGTATCGGTTTAATGCATCTCAGATATCTGGTTTGTTTGATTTAACGTAtttgtacatgttttaaatttatctcagaccacctcctgaagtggtttcaGTGAGTTATTTTTATGTGGCTTGACCTTATCCAGATATAATTCTTGATACTGAAGATGACCAGATGTAAACAGGTGTCACTCCTCATCGGAAAGCTGTTTGCTAATTGTGTGGAAAAGTATTATTCGTATGAAATCCAGATATTTTCTAAAGCAAATGACTGATTTTGATTATCACAATTGTACTTTCTCTGTGAGCCCAGGATATTGATGCccagtttgttttattgtagGGACTGTATGAAGAGGTTATCATTATGAATGTGCTTAGCAGATTAGCAGATGTTTGTGAGTTTGTATATTAATGTACATCATCTGTTGTTGGTCTAATTCTTTAATAGAATctacataaatattaaaatccgTTTTCAGTCCTGTCA

Function

GO: NA

KEGG:

id description
K13073 PIGR; polymeric immunoglobulin receptor

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_022678901.1 True 3236 mRNA 0.39 8 10390479 10407671
XM_022678902.1 False 3186 mRNA 0.39 7 10390479 10407671

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC103040403 dad1,LOC103040403,LOC107713681,LOC107558269 coding upstream 4321 10382880 ~ 10386158 (+)
LOC103032326 NA coding upstream 249966 10133810 ~ 10140513 (+)
LOC111194527 NA coding upstream 336057 10051320 ~ 10054422 (+)
LOC103032638 LOC101168737 coding upstream 340729 10042726 ~ 10049750 (+)
LOC111194523 NA coding upstream 463665 9899328 ~ 9926814 (+)
LOC111194617 NA coding downstream 33052 10440723 ~ 10452490 (+)
LOC103024215 NA coding downstream 35319 10442990 ~ 10443712 (+)
LOC103021908 tpm4b,tpm4,LOC108427191,LOC107696831,LOC105022485,LOC108280645 coding downstream 150443 10558114 ~ 10583740 (+)
rab8a rab8a,LOC107687930,LOC107696202,LOC103479775 coding downstream 178088 10585759 ~ 10593172 (+)
sugp1 sugp1,LOC107729615,LOC107563402 coding downstream 200927 10608598 ~ 10621005 (+)
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LOC103040721 LOC108427133,LOC108280800 other upstream 27104 10320269 ~ 10363375 (+)
LOC103021810 kcnj10,LOC107684569,LOC107730827,LOC107683767,LOC107750225,LOC108280182,LOC107576513 other upstream 110649 10191520 ~ 10279830 (+)
LOC103031168 NA other upstream 237762 10142124 ~ 10152717 (+)
G150674 tpgs1 other upstream 537625 9851218 ~ 9852854 (+)
G150579 NA other upstream 823382 9555659 ~ 9567097 (+)
LOC111194616 NA other downstream 2122 10409793 ~ 10442243 (+)
mau2 mau2,LOC106573592 other downstream 214988 10622659 ~ 10635541 (+)
G150935 NA other downstream 333062 10740733 ~ 10741138 (+)
LOC103037335 LOC108280688,LOC108427207 other downstream 870694 11278365 ~ 11531411 (+)
LOC111194536 NA other downstream 1123898 11531569 ~ 11539837 (+)

Expression


Co-expression Network