gan (gan,LOC107738389,LOC107684660,LOC107722487,LOC107666225)


Basic Information

Item Value
gene id gan
gene name gan,LOC107738389,LOC107684660,LOC107722487,LOC107666225
gene type misc
species mexican tetra (Astyanax mexicanus)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035914.1
NCBI id CM008317.1
chromosome length 41377133
location 10572743 ~ 10591523 (+)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome

Sequence

>TU213516
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>XM_007250944.2
GTTAGTAGTCTGGAGCTGCTACTGTCATAGCCTGATGGGATCCATGTAATCTGTTGaggtttagagttagagttgTAGAGTGGGAGTCTGGGGTTATTTAAACCTTCACAGATCTATAGGAGTGGATTTATAACTGTAACAGATCTGAATTTCACAGTTCAGGCTCTGCACCATCGTTAATGTTTTGATACCCAGCCTAAAGTAAGTACAGAGTTACTGTACCCGCAGCTGGGGGAGTTATTAGTGTAACAGCATGTCTGCGGCTGGGGCTGAGGGTGGGGCAGATGGTGGGTCGGCGGTATCGGACCCTCAGCACTCTCAGAAGCTCCTGAGAGCTCTCCGCTCGTTCAGGCAGGAGGGCAGCTTTCAGGACGCTGTGTTGGTGCTGGAGGGAGAGGAGATCCCAGTTCAGAAGAATATTCTGGCTGCTGCGAGTCCGTACATCAGGACCAAGCTAAATTACAACCCACCCAAGGAAGACGGATCTGTGTACAAAATTGAGCTGCAGGGCATCTCTGTCCTCATCATGAAGCAGATCTTGGACTACATATTCAGTGGAGAGATCACCCTAAATGAGGACACTATCCAGGATGTGGTCCAGGCTGCTGACCTGCTGCTCCTCACGGACCTCAAGTCGTTGTGCTGCCAGTTCCTGGAGAGCTGCATCACAGCTGAGAATTGCATCGGCATACGACTGTTCTCCCTGCACTACTGCCTGCACCACGTCCACCATGTGGCCACTGAGTACCTGCAGACGCACTTCAGAGATGTAGCGGACACCGAGGAGTTCCGTGAGCTGCCACCTGATCGGCTGTGTGAGCTCTTGTCCATGGAGAAGCTCAACGTGGGAAATGAGAAGCACGTACTGGAGGCGGTGGTCCGCTGGCTCGCCCACGACATTGAGGCTAGACGGGTCCATATGAAGGAGGTGATGTCTGCAGTGTGGGTGCAGGGTCTGGACCAGAGCTACCTGCAAGAACAAATGCTGGGAGACCCCCTCATGAGGGAGGTAATCGGACAGTGCTGCATGGAGCCCCTAGGAGGCGCAGCCCAGCAAGGAGAGGCATTGCTTGCTGCCTTTAAGCCCCGCGGCTACTCTGAGTGCATTGTCATTGTAGGGGGAGAGGACAGAGCcaCTCGAAAGCCCTCTGCGGTGACGCGCTGCATGTGTCCCCTCTATGACAGGAACCGGCAGTTGTGGATTGATCTGCAGCCCATGAATGAGAGGCGAATTGGGCACGGCGTGGTAACTGCTGATGGATGCCTTTTTGCGATTGGAGGAACGGATGAAAACAAAACTGTCCTGTCTAGTGGAGAAAAATATGACCCAGAGACCAATACCTGGACCCCAATCCCAGCAATGAAGCAGGCCAGGCGACACTTTGGTATTGCTGAGCTGGATGGGATGATCTATGTGCTGGGTGGAGAAAATGAAGACACTGAAGTTCTCCTTACCATGGAAGTATTTGACCCCCACTTTAATACCTGGACCACCCAGACTAGTATGACCACAGTCAGAAAGTTTAGCTGCTGCGCCACCATGAAGAAGAAGCTTTTTGTGATGGGAGGAGGATCTTATGGGAAGATTTATGACTCAGTGGAATGCTATGACCCCAAAACTCAGCAGTGGACTACACTGTGCCCTCTAAAGGAGAGGAGGTTTGGTGCTGTGGCGTGTGGAGTAGGTCAGGAGCTCTATGTGTTTGGAGGAGTGAGAAGCAGGGATGCTGATAATCCTGAGTCCAGTCAAATGACCATCTGCAAGTCTGAGTTCTTTCATGACGAGTTGAAAAGATGGGTGCTCCTCGATGATCAGAACCTGTGCATACACACTACATCATCCTTTGTATACGGTGCTGTTCCTATTGGCGCAAGCATATATGTAGTGGGAGAGCTCGACACAGGCACTAGTTATGACTATGTTCGAGAGTTCCGGCGCAGCACAGGCACTTGGCACCCTACGAGACCTCTCCTGCCATCGGACCTGTGTAAGACTGGCTGTGCCGCCCTTCGCATCGCTAATTGCAAGCTGTTCCGACTGCAGCTCAAGCAGGGCCTTTTCAGGATCCGAGTGCCATCTACTTAATCCACGAGCACATTCATGATCCCTGCATCTTCTCTCCATTACCTGTTTGGAGGAAAGTTGCATGTGGGGATTGGGTATTGCTGCAGCCTTGGCCGAATCTGGAGATTAGACTTAAAGAATACTTAAGTTTGGGCTATGGGGAGGTTTGGGCctcttttgtttactttgttttgaTGCCTTTTTGAGGAAACATGCATAGACCACCACATTATTGGTAGACCACccttttattaaacttaaagGGATTTGAGTGTCATAGTTTTATAAGGTAACTATTCAAGCTGCTTTTTAGTGTTAATAGTGTGATTGTAGTGGAGCTTTGGGTGTCGCTTGGTGCTGCTGGTCTTTAATGGCCAGCATTTAAAGCTTGTTTGCGAAATTGTCTTTGCTTGACAATTTTGATCATCTTTTTCTTTACATAAATGGAGTTATGCAATAGTTTTTGGACGTTTCTGAAGTTTAGGAGAAAGACCACGCCTGGTACTCCTCCCTCCATGCGAATGCTTGGCTATTCTTCTTGTATTCCCTAGGATTCCAACAAACCCTCAAAAAGGGAGGGGTTGGTCTTCTGGTGAAAAGCATAAGCTGCCCAGAAATACCGCCTTAGTTCTTCTCCCtcttttttaacagtttatagtcacagtacatgtttttctgcactttttcACTCTTGTTCGTTTTCAACCTTGGTGCGCTTTGTTTGGGCTGGTGTGAATAGAGTAATCTCATTTGGATGCGGACCAAAACAACCACAACGAGAATCttgagaggaggtggtctcagcCCAGTCTGAAAGGAGCACTGGGGCACTAAGTTTTTGGTGAGAATGTACAGTTTCAGCTAAATAGCTATTTAAATGCCAAATGTTTTACCTTATACATGAccaaaataattactacagcAATGAACAGTATCCATCTCTGCTATTCTTCCATGCTTAAAAGTGCACTAATCCAGGTCACAGGACCTTTCTCCTGTATTTACTTCCTTGCTCCCCCCACACAGGTCTAACCAATGAGAGGGGAGAAAGTTCTCACGTTTTGTGCCCTTGTAAACTCTTTTAGTTTACATAATGATTTAGTCGGTTTTCACATCTGAAAGTCCAATCCAGAGTCTGAACCAAGATTCGGGCCAATCTGTTtgttacattaaatacatttgctCTGGATAGTTTTGGTTTCAGCCATTTAGTGCACTTTGCTGCAACCTGTCGTCATCAACTATGTGGGCTGTGTCTCCCTGCAACTTTCCTGTAACTGTTCCAAAAGTCTTGACCATCCAGAGAAGTGCTTTTACACTCcagatgtctctctctctgtggtctgaccttttaaacatgttttttttttttttttttttttttcagattaaactAAAGTCCAAAAGTCTGGGCTAAACATGGTACTTATGAAAGCACACTTACAAGTTCACACCAGAGCCAACAGATTTTAGGTGTAAAAACACCTTTAAATTTGAGTATCCCATCGATAGGACTATCAGAAATGGTCAAGGAGAACGTTTGCCCATGAAGAGATAGTGTgtacatttttactgtatatgcAAAACTCATGGGTACCCTCATCAAAATTTGCTTCTATGGTACGGTGTACAATTTACCTCACATAGAGTTAAtttcatataatattaaaacattaaagagGGGCTTAGGATGCTTTTAGGagcatgttttatgtttacagCTGGTAGAGTGGTCTCTTCATCTACACAGATTAAAATCTTATCTCCTCTAAGATTCGTTACACTAAGATATAGAGTAGGTATTCTAACGTGTTTAAGTCACTGTATGAATCTTGTGGTTGACCCTTAAACTGGCCTTCCACTCACTACAGACGGCTTTGGCATCTGGCGACCCCATTTGTTGTGTGCGTGTACCAGCTGCTGCTGTCCGTTCTAATTGAAGGCCCAAACGTTACAAATTCACTTCTGCAGAAACTCACCCACACATGCTAGCAAATCTGCAGGTTTGGAGGAAGTTGTATATTACTCATAGTATACACCTATACTACCTTTTGTCTCCATATTTGACAGGCTTCActgcaattatatatatatatatatatatatatatatataatatatatatatatatatattatatatatatatatatatatatacaccgtATATATACGCTTGCTCATAATGACTACTActatctgtgttttttaaattaacattaaaccTCTGCCTTGTAAGCACCTCCTCTTCATTGCACCACACTTCTAAAAATAAAGTTGCATTTAATGGTTCCTTGAGGTATACCAGAGAAAAGACACTTTTTGAGTTTATAGAACCTTCTTTTATGTAAGTCGTCAATGGAATTTTCGGCAAATTGCCCACCACATAGTCCATCTATCACGAACATCAGTCACTGACCATTAGTCATGAATTAAAAACCTGCACTACTACAtaatggcatttttcagcaggataatgcttgcCCATAAACATCAAGGGTCTCCCAGAATTTCAGTGTCTGTAAATTACAAACATATCaggcatgggttgctgtggtaacaaGGTCGGCATCAGTAATTAACCTTTGGTGCTCTTTATGGAAACCCTGTACTTCTGTCTCTCTGGATTTATGAAGGTCATTGTTTGTCATGTTGTGGGTCCGATTTGAGTGTCCAGAGCATCCAGACTGAGACGCATCTGTACGAATctgattatatttacatttcaaacCACCGGGAAGCAACAAGTCTGTTTTACTATGTtttctggctgttcagactatcaaacattaatctggatacaatttagatattttaaaaatgtttgggcTGGCTTGTCAGTCTGGACATAGCTATCAACTGGTTATACCAATGGTTTATGGTTCTTAAATGGACCAAAAGTTCTGCTTCTAGGGTGTCATTAAAATATCCACTTa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Function

symbol description
gan Predicted to act upstream of or within cytoskeleton organization. Human ortholog(s) of this gene implicated in giant axonal neuropathy 1. Orthologous to human GAN (gigaxonin).

NR:

description
PREDICTED: gigaxonin

GO: NA

KEGG:

id description
K10453 KLHL16, GAN; kelch-like protein 16 (gigaxonin)

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU213516 False 3224 lncRNA 0.37 1 10587756 10590979
XM_007250944.2 True 8016 mRNA 0.41 11 10572743 10591523

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC103035018 grm3,LOC108444204,LOC108263977,LOC107671160,LOC107665551,LOC107559415 coding upstream 43251 10465789 ~ 10529492 (+)
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LOC111194762 NA coding upstream 1456667 9113979 ~ 9116076 (+)
LOC111194832 NA coding upstream 1458689 9110094 ~ 9114054 (+)
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LOC103045650 NA coding downstream 311430 10902953 ~ 10912967 (+)
LOC103040136 NA coding downstream 325929 10917452 ~ 10924422 (+)
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G157388 sema3a,sema3ab,LOC108264812 non-coding upstream 518768 10048811 ~ 10053975 (+)
G157387 NA non-coding upstream 544837 10027519 ~ 10027906 (+)
G157334 NA non-coding upstream 982171 9585206 ~ 9590572 (+)
G157513 NA non-coding downstream 68270 10659793 ~ 10660427 (+)
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G157540 LOC103039511,LOC100702099,LOC100707594,LOC105905159,LOC108412826,LOC105889141,LOC102291458 non-coding downstream 163556 10755079 ~ 10756662 (+)
G157546 NA non-coding downstream 290207 10881730 ~ 10882468 (+)
G157557 NA non-coding downstream 426892 11018415 ~ 11018813 (+)
G157383 NA other upstream 630938 9940829 ~ 9941805 (+)
G157055 NA other upstream 2001866 8569930 ~ 8570877 (+)
G156840 cd9a,LOC108438826,LOC107686554,LOC107733276,LOC107559685 other upstream 2966075 7600567 ~ 7606668 (+)
LOC111194759 NA other upstream 3141175 7372376 ~ 7431568 (+)
ptprq ptprq,LOC108413201,LOC107705767,LOC107686600,LOC107564908 other upstream 3401118 7093507 ~ 7171625 (+)
klhl36 klhl36,LOC107684687,LOC107722460,LOC107666227 other downstream 109265 10700788 ~ 10713982 (+)
LOC103038570 cs012,zgc:112052,LOC103038570,LOC107666220,LOC108424746,LOC107587048,LOC107683025,LOC103371715 other downstream 160176 10751699 ~ 10754698 (+)
hipk2 hipk2,LOC107722467 other downstream 439542 11031065 ~ 11143471 (+)
LOC103031933 ttc38,LOC103031933,LOC108414465,LOC104940279,LOC106573176,LOC100694777,LOC107722483,LOC107673144 other downstream 1748483 12340006 ~ 12366770 (+)
hsbp1 hsbp1,hsbp1b,LOC107583924,LOC107553992,LOC107670150,LOC107749299 other downstream 2143996 12735519 ~ 12741002 (+)

Expression


Co-expression Network