necab2 (necab2,LOC107694920,LOC107672281,LOC106573751)


Basic Information

Item Value
gene id necab2
gene name necab2,LOC107694920,LOC107672281,LOC106573751
gene type misc
species mexican tetra (Astyanax mexicanus)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035914.1
NCBI id CM008317.1
chromosome length 41377133
location 18525528 ~ 18576437 (+)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome

Sequence

>TU215929
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>TU215930
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>TU215931
CATGCCCTGTATCAACAAGTGCATTATCACATTATCACATATTCACAGTGTTATCCTGAAGCACAGTGAAGGTCAGTGTCAGCACTAGCCCAAAACatgtttacattaaaaaatctaaatccaTAACCTCCATGCCCTTTTAATATGCATGTACTGTACATTACTGTCATGTGATGTTCTCATATTTCAGAAGCCCCGTCTCTTGATAACTTAATTGTGCAATCCTAGAAATGTCATCATATCACTATGCATGCTAGACTTTAATATGCAATATCAGATGACCTTTTACAGTCTGATCTTTGACTTAATCTAGTAGGTAATTACAGTGCTGGAGATGTCAGCTGAATTAGCTGTTTCttcttgtttctttctttacacATTCCTGGTATTACCATACTCACGTGACTGTCATAATCTGCCCTGTGTTCTTCAGGACGAGCGCACTTATCAAACCATATGCTACAATCTACATTTTCAGAGTGTGGATGTTGGTTCAATGGCACTGGGTTAAAACCCGGACACTGGAGTCCATCTCACTGTAAAGCTTAGACAAGGTCTCATTAGATAAGCACATATtaattctgtttctgtttgccccctctctctctttctctcttttaacaGGTATATGAAAGAGGAACTAATATTGAGCAGTTTGTGACTCGCTTCCTGTTGAAggaatcagccaatcaaattcAGTCTttgctcagctctgtggagagTGCAGTGGATGCTATTGATGAACAGCATTGCCCTGTAGGATCATACCCCAGTAAAACCAGTCCACGTGTTCCAGAAAAGCACTATGAAGTCCCTGTGCCAGATTACCCTCCCAATAACAGAGTCAGTGCCAAGGAGACCGTGAGGAACCTTAATGTGGCCCAGGGGCCTCCAGAGGTGAGGAAAGAAGGCTTGGAGACTCAGATCAACCGCCTAGCTGAGCTCATCGGACGCCTGGAGAACAAGTCCCTCTACCTGATCCGCCAAGAGATGACTGTATGCCAGAAGCAGCTGGGAGAGTTCTGTGAGGCCCTGAAGCAGTACCTGAAGAACGTCTCAGCCCAGAGAGACTGTTTCCAtgTGACTGCAGTGCGGCTGCCCGATGGCCTCTCTTTTGTCCTGTATGAATTCTGGGATGGGGAGGAGGAGTGGAAAAGACACCTCCAGACTGCAGCCTTCAAGGCCTTCCAGCATGTGAAAGTGGACACGCTGTCTCAGCCCGAGGCCGTGGCCAGTGTGGCTGTGCCAGcgGCCTGGTGCAGCCTTAGCAGAGAATGATTGGAAGAGAGCCAGTCTGCGGGTAGAAGACCCACCTTAGCCTGAATCCCTCCCACCCCCACCACTTCCACactccttctcttcctcttcttcagcCATAAACCCTTTTCCTACGGCTCGGTTTCCCCCCTAATCTCTCCCTGctccccctctctctccacatctgCTGTCCCTCTCTTTTGTACCTACTTGTTTACATGGTGTTGGTTTCATACTGAGACAAAAGCAGAAGCGCTGACTGCAGAGAATGTGGAACATAGTGCTGATTCCTTCTTTAACTGCGTTAAGCTCACTCACTCCTAACAGGAACTGCACTGGGACAGATTTCCATCGGGAATCCCTCACGGCTGCTAAGCGGCTCAAAACACAGCGAAAATATCCTATTAGCCGTCTCCAGTTACATAAACAGTTTCTCACCACCCACGAGAGGCACGATTAATTTTTCATGGCTGTTTGGTAATCTACAATAACACAAACACGCATTCATGTTTAGTAAACAGTTTCTCAGCAGAGATGGACATGGCCACAGTCGAGGGTTTATCCAGCCTGCAGACGACCTGAGTATCTGTTAGGAAGTGACAGGTACGTTTATCAGCCTCTCTCTGAAATGTTCTGATGTGCTGTTTCCATCAAATGCTCAAGAACCCACAGTCACGCACCAACCCAGTTTAAAGTGCAAGTGAAGTTAATGTTTACTTAAATGAGGTTCATAGAGAACGTATATCAGAGTAAGCTaccgtaaaaaaaaataaaaaatatcttagAAATATATGAATTGTTTATTGAGAAGAATTTTATggaacatttaaatacattcacAGGAAATCAAAACATAGAAACCTTCTTTGTTAAGCATTCCACAATCCAGACGTTACCAAatagtgtatttattaaatagcATTCATAATTTCACCACCCACAAAAGACCAAACTGCCTCATAACTAATTATGGAATGtggatttgtgtttgtgtaagtaGAATTGTATGGAATTCCCTGTGGGCTCTTGGATGAACaggttaaaaaatatttataaaaaacccAGGTGAAACAAACGTCCCCCAGACTTTCTGTAACATTCTTAGCTGTTTGCTTCCCCAGACAACCCAGCTTCCTGCAACCCCACCCCATTCTACCCCATTAATCCCATCCCACCCCATCCCTCACGTGAGTGCATGGTCCAATGAATGTCCAGTAACTTATTTGCTGTAGTATTTAGATATGCTACTTTCAATGGATTTTGtgcatttcttaatttcttttataatactccagtttaaaagaaaaagagtgaaacTGAGAATTACACAAGTGGAATAAGAACTCCAGTATGAAGTCACTTTTATGGCATTGTTTAATGAAATACAACTTCTTATACCTATGTATGTTTCCGTAAAACTGGCTTTCTCTATTAAAAGTGAGTGTAGAGACTTATTGCAGGGATGCAAATATATTCGTCTGAACTTTGTTTAAAATCTAGATTATGTAGAGTGATGCaactcaataaaaataaaggtctAAAGTGAATcggtcatgtttttttt
>XM_022679978.1
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Function

symbol description
necab2 Predicted to enable calcium ion binding activity. Predicted to be involved in regulation of amyloid precursor protein biosynthetic process. Predicted to be active in cytoplasm. Is expressed in brain; central nervous system; cranial ganglion; and neurons. Orthologous to human NECAB2 (N-terminal EF-hand calcium binding protein 2).

NR:

description
PREDICTED: N-terminal EF-hand calcium-binding protein 2-like isoform X2

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU215929 True 2900 TUCP 0.43 8 18526386 18576437
TU215930 False 2878 TUCP 0.43 9 18526386 18576437
TU215931 False 2821 TUCP 0.43 8 18526386 18576437
XM_022679978.1 False 2265 mRNA 0.44 9 18525528 18576420

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
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chka chka,LOC108424340,LOC107738676,LOC107726368,LOC107694945,LOC107583738 coding upstream 34002 18472936 ~ 18491526 (+)
kmt5b kmt5b,LOC107738677,LOC107694947,LOC107596936,LOC107583742,LOC108264420,LOC107726382,LOC107672243 coding upstream 57249 18462098 ~ 18468279 (+)
arpin arpin coding upstream 90413 18415527 ~ 18435115 (+)
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ctcf ctcf,LOC107726208,LOC107583725,LOC107596920 coding downstream 407165 18983602 ~ 18991711 (+)
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LOC111194744 NA non-coding upstream 111578 18413361 ~ 18413950 (+)
G159272 NA non-coding upstream 113592 18411312 ~ 18411936 (+)
G159184 asz1 non-coding upstream 397099 18114005 ~ 18128429 (+)
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G159350 LOC108438999,LOC107726468,LOC107694939,LOC107733575,LOC107596927 non-coding downstream 76320 18652757 ~ 18657402 (+)
G159363 NA non-coding downstream 150578 18727015 ~ 18728037 (+)
rapsn rapsn other upstream 539624 17971096 ~ 17985904 (+)
smad6 smad6,smad6b,LOC107583766,LOC107672304,LOC107596967,LOC107738716,LOC107686299 other upstream 1153322 17327100 ~ 17372206 (+)
zwilch zwilch other upstream 1336277 17177675 ~ 17189251 (+)
map2k1 map2k1,LOC107596971,LOC107583767,LOC107686295 other upstream 1353300 17101612 ~ 17172228 (+)
LOC103031606 arih1,LOC108423892,LOC107742882,LOC107672283,LOC107549652,LOC105892496 other upstream 1727128 16779506 ~ 16798400 (+)
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G159728 NA other downstream 2160161 20736598 ~ 20737049 (+)
G159748 chd2,LOC107715217,LOC107601632,LOC107549011,LOC107715589,LOC107690375 other downstream 2432865 21009302 ~ 21011794 (+)
fam174b NA other downstream 2484219 21060656 ~ 21074573 (+)
G159926 LOC108434146,LOC108434147,LOC108434134 other downstream 3571407 22147844 ~ 22152785 (+)

Expression


Co-expression Network