G160355


Basic Information

Item Value
gene id G160355
gene name NA
gene type non-coding
species mexican tetra (Astyanax mexicanus)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035914.1
NCBI id CM008317.1
chromosome length 41377133
location 24615706 ~ 24619513 (+)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome

Sequence

>TU217298
GTGAAagtacattatatttttatccatcacctttttatttttcaatcaaAAAATATGGCATGGACCATCGTAAAAATAGCTACACTGTTTAACTTTAAGATATGGTCATAATGACATGGCATCGCCCatttttcttcaaaaaaaaatacagacaattttataacacagagatacacagtaTAGCGCTacattcaaaataaaatgaatgtttattttagattaGAAATAAAAGGGCTCTATTTTACACCTGCTCACAAGATACCATCTGATTATTTTATAGGTGAAAAAATGACACTTTTGGTAACTTAACACCACCATGTTGTTTAGatcagtttatatttataatttaagcCCATTTACTCATTGAACATCAGACGGATAGGGCCGATCCACTTACTGATCCAGATTCCAGTTTTCAACTGCGTTGGATCATAAACGTGCTATAATGGAGCGTAACGTAAAGGAATGAATCAACCAACATCTGTCTGTAATTGAGTTCCGTAATTATAGAGTATTAGCTATTGACCAATACTGACTACAGTGTagtttgtttggagatattttagccTGTACTTCCAACGTATATAAAACGTATATAATAGTATCGCAATGTGGAATAAATGTATCattatctgcaaaaaaaaaaaagtggatcgGCCCGTCGCTACAAACAACATCTACCATATTGTTTGGTGAAGGTCCTTAATTTTCTCAACACatgatttattcattaaataattcagcTGTGAATGCTGTAttataatgggaaaaaaatacaattccttaagctgctgctgctgcattagTTTACCATGACAATGACAATCAATTGTGTAGGTTGCCCTCTGAAAAAGCAAATGCTTCAATATGATGAACTTTTTCTACTTTCATGTAACTGAAATAATAGTCAAACCAACtggaatagaaaagaaaaattcGACAGattgataaaaacagtatttcttaaagtataaaagtattttacagGAAATGGAAtcaacagtttaaaataaaattgaacagTTTGCGAGAAACAATAttttcaaaattatttaaaataaaataaaattggaataaaaaagtagtatatttatagaaaactaattttttccagtgcaACCCACACATTTcttttagaagtattttttgtagtttcaaatttatattgatgttatataaaatgtttcaaaCCTTACAATCAAATGAAGCCTGATTTCCTAAAATTCTAAAGCagactttattttataataaaatgaatcttTAGTTAACTCTTTATAGAGCCTATATGGAAGCCCATATTTGTTACCCAAAATAAGTAATCTGAATTTGTAGTTTGGGAACTGCCTAGAGGACTGTGTAAGATTAGAGCCAGTAAGACAGTAGTGATGTGAAGATGATTTTTACTATCAGTCTTATCTTTTAACGATGTTTACACTGCTTATTTCATTTAGGGAAATCAGGCCCATCTCTGAAAAAAGGAATGCAAATTATGCACACCATTTCTGCATTGATATAAACATACACTATAATGCCAACACATCCTTTgccaaataaaagtaaaataaaaaagtgaacaaTTGTGCTGATTGATGTGGAAATGATGTAAATACAGGAAATGCAACACACATTTCTATTTTCAGTGCAGTATAGAAGTGCATATGTTGGCTGTGTCTGAAACGGAAGGCAGCTGCCTTGATGCCTTGTTGCTTATATGCTGTCTTATTAGTCAGTAACTCAGAAGGCAGCACTACAATGATGACGTAATGAAGATAACTACATCAAAattgtgttcctttatagttcttaaattaactttaatattaatctagaatttagtaaataataaaaactactgtGTAAAGTTAAGCAAGTTGAAGATTAAATGATacaagtgctgtttttttttgggacaaGGTAAGATGGGTTtgtgtatttatagtatttatgaAGTTTTATAAAGTAATCAATGTTGGTTGTGATCTCTGAATCTCTGAAACCAtacccccagtcccatttccacacccggGTTGCCAGcaatagaacacaacagcacgCAAACAGTGTGCCACAGCCATGGAAACAGTCGAGTTgactatttttctgctgaacaggtaatcactgagcttcagtaaggtttgctaACCATCGCTTGGTAATTTATCAGCAACAGAGTAAGACTTCACTTGCCACTGTCGGTCAATATGGCAACCTGCATGAGGTTTGCGTCTGGGGAGGAGCAGGTTTCAACTTTCATCTTTCAATTTTCATCATTTCTTTACTTCAACTTGCTTAACTGTTCACAGCAACAGTAATCTAACAGTAATTTTGATCAGGGATGCCCAATCTTTTCATTACACTGTATCTATGCAACCTTTACACATCGAATCACAAAATCGAAGTACCTTAGCAGACagaattttatacatatttatgctGTGTTGGATACAGATTTGAGTCAGACTTGCTGCCTTCAGATACTGCCTAAATAGGCAGCATATATAACGCATTTTACGTTTCAGACACAgccgttttatttttttacagaaggATCTTTTATCACGCTTCAAACCTTCCTCTAAAAAACACGTAGCTACTACTGTATttcaaaactgtatttttcgtaaatatatataaaatacacactgataaaaaatatacactgaTTACATAAGAATCAGTATTTAACTTTAACCAGCAAACCACCAAAACACAAACTTAACCTAAAAGTTGGTCTCTAATCTCCTTTTAACAACAATGAGACCGTCTCAAACAAACCGCAAATATAATCCTCAGACACAACAAAGAAATATCTTGTGAACGCCATGTTAAGCCATGTCGGATGTAAATTCTGATAAAATAAGGATTAATCTTGTGTTTGTGCTCAGtgtggaagaagaaaaaagactaAAAGTTTAACTATAGAAGATGTCATTTAATGAAAGAAGGtggttaaatgaaaaaaaagagaaaataatattaataatgtaatttttgcAGTGGTTTTGGGCTAGAATTAAAGTTTGTGAGGCTATCTGCTGTTCACACACTGTCGTCTTGCATTGCGTTGGTTTCTGTACGTGTGTTAGAATTGTGTAGAATTAGACTCACCTGTGGTTTCCAGGTCGCTTTGCTGGAGAGAAAAGTCCACCCATCTCTTTACCTGCCATATGGAATACACTGTAAACACCTGTCCCCATGTCCAGCATATGTATGATTATTGCTGCCTCCTGCtgaactgattattattattattattattattattattattattattttatttgagatCATTTCTGGAGATCACACATCATTTGTCACAGgtgtattactattattactgtgtttACTTTGTCCTTATTTGGCTTCATTTaagtcaaa
>TU217299
tcaaaCCTTACAATCAAATGAAGCCTGATTTCCTAAAATTCTAAAGCagactttattttataataaaatgaatcttTAGTTAACTCTTTATAGAGCCTATATGGAAGCCCATATTTGTTACCCAAAATAAGTAATCTGAATTTGTAGTTTGGGAACTGCCTAGAGGACTGTGTAAGATTAGAGCCAGTAAGACAGTAGTGATGTGAAGATGATTTTTACTATCAGTCTTATCTTTTAACGATGTTTACACTGCTTATTTCATTTAGGGAAATCAGGCCCATCTCTGAAAAAAGGAATGCAAATTATGCACACCATTTCTGCATTGATATAAACATACACTATAATGCCAACACATCCTTTgccaaataaaagtaaaataaaaaagtgaacaaTTGTGCTGATTGATGTGGAAATGATGTAAATACAGGAAATGCAACACACATTTCTATTTTCAGTGCAGTATAGAAGTGCATATGTTGGCTGTGTCTGAAACGGAAGGCAGCTGCCTTGATGCCTTGTTGCTTATATGCTGTCTTATTAGTCAGTAACTCAGAAGGCAGCACTACAATGATGACGTAATGAAGATAACTACATCAAAattgtgttcctttatagttcttaaattaactttaatattaatctagaatttagtaaataataaaaactactgtGTAAAGTTAAGCAAGTTGAAGATTAAATGATacaagtgctgtttttttttgggacaaGGTAAGATGGGTTtgtgtatttatagtatttatgaAGTTTTATAAAGTAATCAATGTTGGTTGTGATCTCTGAATCTCTGAAACCAtacccccagtcccatttccacacccggGTTGCCAGcaatagaacacaacagcacgCAAACAGTGTGCCACAGCCATGGAAACAGTCGAGTTgactatttttctgctgaacaggtaatcactgagcttcagtaaggtttgctaACCATCGCTTGGTAATTTATCAGCAACAGAGTAAGACTTCACTTGCCACTGTCGGTCAATATGGCAACCTGCATGAGGTTTGCGTCTGGGGAGGAGCAGGTTTCAACTTTCATCTTTCAATTTTCATCATTTCTTTACTTCAACTTGCTTAACTGTTCACAGCAACAGTAATCTAACAGTAATTTTGATCAGGGATGCCCAATCTTTTCATTACACTGTATCTATGCAACCTTTACACATCGAATCACAAAATCGAAGTACCTTAGCAGACagaattttatacatatttatgctGTGTTGGATACAGATTTGAGTCAGACTTGCTGCCTTCAGATACTGCCTAAATAGGCAGCATATATAACGCATTTTACGTTTCAGACACAgccgttttatttttttacagaaggATCTTTTATCACGCTTCAAACCTTCCTCTAAAAAACACGTAGCTACTACTGTATttcaaaactgtatttttcgtaaatatatataaaatacacactgataaaaaatatacactgaTTACATAAGAATCAGTATTTAACTTTAACCAGCAAACCACCAAAACACAAACTTAACCTAAAAGTTGGTCTCTAATCTCCTTTTAACAACAATGAGACCGTCTCAAACAAACCGCAAATATAATCCTCAGACACAACAAAGAAATATCTTGTGAACGCCATGTTAAGCCATGTCGGATGTAAATTCTGATAAAATAAGGATTAATCTTGTGTTTGTGCTCAGtgtggaagaagaaaaaagactaAAAGTTTAACTATAGAAGATGTCATTTAATGAAAGAAGGtggttaaatgaaaaaaaagagaaaataatattaataatgtaatttttgcAGTGGTTTTGGGCTAGAATTAAAGTTTGTGAGGCTATCTGCTGTTCACACACTGTCGTCTTGCATTGCGTTGGTTTCTGTACGTGTGTTAGAATTGTGTAGAATTAGACTCACCTGTGGTTTCCAGGTCGCTTTGCTGGAGAGAAAAGTCCACCCATCTCTTTACCTGCCATATGGAATACACTGTAAACACCTGTCCCCATGTCCAGCATATGTATGATTATTGCTGCCTCCTGCtgaactgattattattattattattattattattattattattattttatttgagatCATTTCTGGAGATCACACATCATTTGTCACAGgtgtattactattattactgtgtttACTTTGTCCTTATTTGGCTTCATTTaagtcaaaataataaaaaaaacacaatattttagatgacatatatttttttctaatgcattaaattattttgacTGTTGTACTTATTATTGCTTATTGTTACTtatgattactattattaatgtCGTctacatgtttaccatgtttccctttttattttgtacatgtaAATTGTAgcttttttgttacattttctaACACATATgaagtacatatatatataaatatatctttgATTATGTCTGTAAGAGGAGACTATCGTTTGAACTGTGTAAACATGAGCTCTTAGttatcgtgtgtgtgtgtgtgtgtcactgctAGATTAATTAATCTTCCATATGCAAGATCATTTTGACTTTgacattttgtcttttttacatggGGATTATGTTTGGtgtaaatattaacattatgtACCGGATGTGTGAAAGAAACTCAT

Function

GO:

id name namespace
GO:0015250 water channel activity molecular_function
GO:0005198 structural molecule activity molecular_function
GO:0005212 structural constituent of eye lens molecular_function
GO:0005372 water transmembrane transporter activity molecular_function

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU217298 True 3378 lncRNA 0.33 1 24615706 24619083
TU217299 False 2623 lncRNA 0.33 1 24616891 24619513

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
nectin1 nectin1,LOC107758086,LOC107670612,LOC107563312,LOC102782356,LOC107691861 coding upstream 777 24219859 ~ 24614929 (+)
LOC103024981 NA coding upstream 665818 23943693 ~ 23949888 (+)
LOC103025495 LOC108429891 coding upstream 702443 23747742 ~ 23913263 (+)
LOC103026225 cntn5,LOC107691883 coding upstream 942570 23377869 ~ 23673136 (+)
LOC103030816 NA coding upstream 1520830 23060575 ~ 23094876 (+)
cxcr5 NA coding downstream 449398 25068911 ~ 25080426 (+)
LOC103023437 NA coding downstream 864431 25483944 ~ 25500609 (+)
LOC103024914 NA coding downstream 884564 25504077 ~ 25510167 (+)
dhx34 dhx34,LOC102778731 coding downstream 890810 25510323 ~ 25521145 (+)
bicra gltscr1,LOC108413251 coding downstream 929915 25549428 ~ 25564612 (+)
G160349 NA non-coding upstream 28521 24584197 ~ 24587185 (+)
G160328 NA non-coding upstream 360372 24252523 ~ 24255334 (+)
G160325 NA non-coding upstream 392125 24221801 ~ 24223581 (+)
G160321 NA non-coding upstream 435750 24179663 ~ 24179956 (+)
G160314 NA non-coding upstream 472595 24142398 ~ 24143111 (+)
G160356 NA non-coding downstream 7929 24627442 ~ 24627919 (+)
G160368 NA non-coding downstream 243732 24863245 ~ 24863993 (+)
G160369 NA non-coding downstream 287716 24907229 ~ 24907555 (+)
G160383 NA non-coding downstream 427201 25046714 ~ 25046914 (+)
G160384 NA non-coding downstream 427424 25046937 ~ 25048578 (+)
G160306 NA other upstream 495881 24119129 ~ 24119825 (+)
G160134 NA other upstream 1761625 22853412 ~ 22854081 (+)
G159926 LOC108434146,LOC108434147,LOC108434134 other upstream 2462921 22147844 ~ 22152785 (+)
fam174b NA other upstream 3541133 21060656 ~ 21074573 (+)
G159748 chd2,LOC107715217,LOC107601632,LOC107549011,LOC107715589,LOC107690375 other upstream 3603912 21009302 ~ 21011794 (+)
LOC103037315 LOC108435313,LOC107551446,LOC107714780 other downstream 1704307 26323820 ~ 26345682 (+)
LOC103021732 gramd1b,gramd1bb,LOC108264679 other downstream 1997749 26617262 ~ 26755313 (+)
G160919 ptx3 other downstream 2285731 26905244 ~ 26907627 (+)
ccnl1 ccnl1,LOC107684610,LOC107557837,LOC107710830 other downstream 2490158 27109671 ~ 27119264 (+)
c18h3orf33 NA other downstream 3165383 27784896 ~ 27796504 (+)

Expression


Co-expression Network