G163028


Basic Information

Item Value
gene id G163028
gene name NA
gene type non-coding
species mexican tetra (Astyanax mexicanus)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035914.1
NCBI id CM008317.1
chromosome length 41377133
location 36944437 ~ 36952651 (+)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome

Sequence

>TU220799
agtggttgctaggtggttgctagggtgttgctaggcggttgctaaggtgttgctatggtatccggggtggttgctaaggtgttgctaggtggttgctaggtggttgctagggtgttgctaggtggttgctaaggtgttgctaggtggttgctaggtggttgctagggtgttgctaggcggttgctaaggtgttgctatggtatccggggtggttgctaaggtgttgctaggtg
>TU220808
ttgctatggtatctggggtggttgctaaggtgttgctaagtggttgctaggtggttgctagggtgttgctaggcggttgctaaggtgttgctatggtatccggggtggttgctaaggtgttgctaggtggttgctaggtggttgctagggtgttgctaggcggttgctaaggtgttgctatggtatccggggtggttgctaaggtggttgctaggtggttgctaagg
>TU220817
ggttgctaaggtgttgctaggtggttgctaaggtgttgctatggtatccggggtggttgctaggtggttgctagggtgttgctaggtggttgctaaggtgttgctaggcggttgctaaggtgttgctaggcggttgctaaggtgttgctatggtatccggggtggttgctaaggtgttgctaggtggttgctaaggtgttgctaggcggttgctaaggtgttgctatggtatccggggtggttgct
>TU220818
ggtgttgctaaggtgttgctatggtatccggggtggttgctaaggtgttgctaggtggttgctaggtggttgctaggtggttgctaaggtgttgctaggcggttgctaaggtgttgctatggtatccggggtggttgctaaggtgttgctaggtggttgctagggtgttgctaggcggttgctaaggtgttgctatggtatccggggtggttgctaaggtgttgctaagtggttgctaggtggttgctagggtgttgctaggcggttgctaaggtgttgctatggtatccggggtggttgctaaggtgttgctaggtggttgctaggtggttgctagggtgttgctaggtggttgctagggtgttgctaggcggttgctaaggtgttgctatggtatccggggtggttgctaaggtgttgctaggtggttgctaggtggttgctaaggtgttgctaggcggttgctaaggtgttgctatggtatccggggtggttgctaggcggttgctaaggtgttgctaaggtgttgctatggtatccggggtggttgctaaggtgttgctaggcggttgctaaggtgttgctatggtatccggggtggttgctaaggtggttgctaggtggttgctaagg

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU220799 False 233 lncRNA 0.54 2 36951065 36952651
TU220808 False 227 lncRNA 0.53 3 36950422 36951955
TU220817 False 246 lncRNA 0.53 4 36944437 36948087
TU220818 True 633 lncRNA 0.53 5 36947851 36951955

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC111194719 NA coding upstream 504629 36391175 ~ 36439808 (+)
rab27a rab27a,LOC107735066,LOC107600376,LOC107659079 coding upstream 721402 36188768 ~ 36223035 (+)
LOC103046170 NA coding upstream 796335 36142088 ~ 36148102 (+)
dnaaf4 NA coding upstream 807697 36127139 ~ 36136740 (+)
prtg prtg coding upstream 834030 36073806 ~ 36110407 (+)
LOC103026877 unc13c,LOC108411445 coding downstream 18059 36970710 ~ 37261985 (+)
LOC103045417 NA coding downstream 434843 37387494 ~ 37399839 (+)
LOC103045107 dhdh,LOC108431994,LOC107665090,LOC106587215 coding downstream 448877 37401528 ~ 37407914 (+)
parp6 parp6 coding downstream 503084 37455735 ~ 37507197 (+)
LOC111194820 celf6 coding downstream 637334 37589985 ~ 37835900 (+)
G163022 NA non-coding upstream 17623 36926525 ~ 36926814 (+)
G163020 NA non-coding upstream 27935 36916290 ~ 36916502 (+)
G163012 NA non-coding upstream 39589 36904649 ~ 36904848 (+)
G163009 NA non-coding upstream 44495 36899692 ~ 36899942 (+)
G163004 NA non-coding upstream 70061 36873673 ~ 36874376 (+)
G163030 NA non-coding downstream 1035 36953686 ~ 36954992 (+)
G163035 NA non-coding downstream 3753 36956404 ~ 36956671 (+)
G163039 NA non-coding downstream 7178 36959829 ~ 36960553 (+)
G163045 NA non-coding downstream 137457 37090108 ~ 37091582 (+)
G163049 NA non-coding downstream 298092 37250743 ~ 37251338 (+)
G162964 LOC108431875,LOC108413582 other upstream 189750 36754185 ~ 36754687 (+)
ccpg1 ccpg1 other upstream 774692 36132415 ~ 36169745 (+)
pygo1 pygo1 other upstream 824035 36112042 ~ 36120402 (+)
ss18l2 ss18l2,kiaa0355 other upstream 1129644 35807865 ~ 35814793 (+)
G162096 LOC103040777,LOC108439298,LOC108256343,LOC101172525 other upstream 4225162 32714183 ~ 32719275 (+)
LOC103046025 hcn4,LOC108263998 other downstream 334516 37287167 ~ 37352779 (+)
G163105 kpyk,LOC103044212,LOC108432067,LOC108264538,LOC106587214 other downstream 457341 37409992 ~ 37411969 (+)
reln reln other downstream 2622438 39575089 ~ 39788454 (+)

Expression


Co-expression Network