LOC103042367 (LOC108435537,LOC105906449,LOC101169526)


Basic Information

Item Value
gene id LOC103042367
gene name LOC108435537,LOC105906449,LOC101169526
gene type coding
species mexican tetra (Astyanax mexicanus)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035914.1
NCBI id CM008317.1
chromosome length 41377133
location 6731170 ~ 6759468 (+)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome

Sequence

>XM_007244032.3
TCTAACTTCACCTGGTAAAAGATCTAGTGTAGGCTGTACTGTACTCCTCTATGCTGGGTGTTGTTGAGCAGCAGATTTTATCCTTCTATTCCTGCAGACTAACAAACAGGCCACCAGAACTGAGAGACTTTTATAAGGAGAGAATCTGGCATGTGGAggctgaaaaaaggaaaagaagaaaaacattagCCTACGGGTTATAAAAATGTAGCTACTCCCCACAAGGCGCTAGTCTCTGTTTGATGGCTCGGTATAGTGGGCCAGATTCTCCTCACTGCTCCACATTTTCTGGACTTTCAGCGCTTTTCCTGCGAGTTTCAGCAGATTTACAGAGCTCTGGAAGACGGTGTGATTCAGCAGAGAGCGAGTTTGGAGGAAAACTGTGGGGAAAATGAGTGGAACTTACCCAGGTCaggtcctgctgctgctgctgctggtgtttatCTGTCAGATGGTGGCTGTATGGGGGCAGGAATGTCCTGGAACACCAGAGCTGCAGAACTCCCTCCGCCAagctcacaaactgctctcagcTCATGAAGCCTCATACATGCAGAGTCTCCGCACGCTGAGGAAGAAGCTCAGTCTGCTGCAGAACAGCGCTGCTCGCCTGCCCACCAAAGCTAACAATGTGACCTGTCCAAAACTGGATGCCCCCCTCAATGGCAGGAAGTTAGGAAAGGTTCTGCTGCCGGGACACGAGGTGCACTTCCTGTGTGACCTGGGTTATGAGCTGGTGGGATCTGAAACTCGCCAGTGTAAGGAGTCACTCAGCTGGAGCGGTCAGCAGCCGGTCTGCAGGGAAGTAAACGAGTGCGCCTCCTCACCGTGTGCCAATGGGGGCACATGCACAGATGAGGTGAATGGATTCAcgtgtgaatgtgccaaaggATGGGCTGGGTCTACCTGCCAGGCTCCTACACCCACATtttttgttaCCGTCACCAACACATCTGCTGCCACCACTGGAGCCGCAGCTGCCACCTCCTTTCCTTTAGAGACCCCATCTCTGTTTGTGCGACCATCAAAGTGCAGCCAAGTACAGGGCACCACGCACTGCACCTGTGAGGCAGGATACACCATTTCAGGCCGGGACACCAGTATCTGCATGGacaTTGATGAATGTGAACTGTTCCACAACGGTCAGGCAGGTCGTCTGTGTTTACATGCTTGTGTTAACACCCCTGGCGGGTACCGCTGTACGTGCCCTGAGGGCTACAACGTGACCCGCGATGGCCGGAGCTGTAAAGATATAGACGAGTGTTCCACCAGGCAGAACAACTGCAGCCGTGACCAGCTGTGTGTTAACACCTATGGAGGTTTTCAGTGTGTTAAGATGGAGTGCCCTCGCATCCGAAACGCCACCTACGTCAAAACCTCCCCCACGCGCTGTGAGAGGAACCCCTGTGCCGTAGACAATAAGGCCTGCTCACAGGCTCCTAACTCCGTGTCTCATCACTACATGTCGGTGGTGTCTAACCTGTCCGCCCCGCGGGTGATGTTCCGCGTGTCGGCGGTGAGGGTGCTGGGAGACACGCTCAGATTCGCTCTGCTGGGAAGCCGCGGCCGCCGGCACTTCACCGTGCAGCGCTCGGACCGGCAGACGGGTCAGCTGCTCCTCGTCAGTCCCATACAGGGCCCGGCTACGCTGGATGTGGAGGTGGAGATGAGCGAGCTGGAGCGCAGGGTGGTGATTGGTCGCTACATCACTAAAATCACACTCTTCGTCTCTCAGTACGACTTCTAGATCCACAAGCTGCTGGAGTTTAAAGCTAAAGGTTTAAAGGGAACTCTGACTGTTAAGAATCTGGTATCGAGCATATGGTACACAGTCATGGCCAGAAATACTGGAACACTGCACTTCTTTCAGAAAACTAAacagtgctttttaaatgaattaatagcAGGTTTacactacacaattttagcccAGTTTTCCAGTCGCCAAAAGTTTTTCATTGATTGCTAACAAAAACTCTGCTCGAACTTCTCACTGACTGAGTGTTGACGAGTTGCAGATGTCTGGCAAATAGTTGGCATGCTAAACATCTGACCCAGTTAGCGAATGGGATTGAGGAATAGTGGCTACCCACAGTCAATAGAATCACAAAGAAAGAGAATCACAGGTCCAAAACACATCCTCTGCATTAGCGGAACTGTTTATTGAGAGTCTGACCACCTTCTGACACCCTATGTTAGATCATGAAATGACTCTAGAAGGAGCATGTGAGTGGGTCCTCTATGaatggggtgaatggagctaaaactttaaatttaaaataataatcaactacttgttctgaatatttgaataatgtttaaAAGTTCAAACCAATAACAAAATTATGTCTGTCGTGCTGAAATTGTTTTGTgttaagtacatatttcagtttaaatctgatcagacatttataaactctgattttgctcagttgcttcatataaACGTATTCATTTTGGACTTTAAAGTGCATATTTTCCTCTATAGAGATTTTGTGGCATGTCATCACTTGTTCTTagtgtgtttagttctggtgtgCTTTCGTGATGAAGAGCCGCCGGGTGAAAAATTTTGTAATTTGCAACCCTGTGTCGCTaatcagtcatgtagtgtgaaagttTCAATAACTGAAAGACTCatgattacagcacaaccagtcgtgtagtgtaaACAGCACAATGACTGATGATATAAAAGGTTGTGTaatgtgaacctggcattagtTACCAAAACTTAAATACTACAGAAATTTGGGATGACTTAAGCTGACTCAAAAGCCAAACTAACTAAAAGAAATAATTGTTGAGATGAGCACTCAATTCATTTATGCATGATCAACTTTGTAGCATATTTTAGTTAACCTGAACTGATTCAGTTGAGTATTAGTGACTCTGCACTGGTCTATGACTGCAGTCAACgatttaaatgaaatatgatGAACTTTAGAGTGTGGCTTATATCTAAGTAGTGCAACTTTTATGTGTCAAACTACATCCCTACTGGCTCCTaggatcatttatttgcatactgggtgtgtcttctccccacttattcactcactcactcacttactccacatcagtgtgtagtcatttcccACAGGCCACTTTCCCATGTGTGCTCACATGTATTTAACATTGTGGTTCAGCTGCCAGGCTTCAGTGTTAAAggttgtaagagcaagttaaccctttctcttctgctgagagTGACTTTAAGTTGACTGAATACTACAGTGATCACTCATGGACTCAATGCCcggttttaaattttaattcgTTTTTCATTTGTGTTAGGAATTAGCTGCTAGCAACATTTAAGTTGCATGTTTACCCAGtttaaataaggtaaaaaagtGAAGACAGCACAGGTCTagcacctctgctggctggttgctgtataatttgtagctctgcccatACCTATATGTAAAAATGATTGAATAAATCTAAACTGTCAGTGTAAACTCCTTTCAGACAGTCTGCTTGTTCTGGAATAGgggataaaacaaataaatagtttgCAGGCTACAGCAGGCTAGGTTATAGAACTAGAGGGAatggaattacagttttatgtcACATGTTTTCTAAAGGAGTTGgttttaactgtttaactgttttctgAAAGAAGTGGAAGAGTGCTAGTACTGCTGGCCACAGCacacattatattaataataaatacaataactaACATTAGTTTTATGTATCATATACAGTTTTTATCATATATTACTATTACAGGACATGTACAATATTTAAGACCCACaggtctgaccaatcagagttCCCAAGGTTCTTCAGAAAACAGATTTTGAGATTAACCCCTAAATGAGGTGCTAAATGAGGTGAGTTAATTCTGGGTTGGAGGTGGATCCTGCAGGAGGAGGGTGAGGGGTTGCTGCGTTTGTGATTAGATGGCAGGATGGTGATCTGACAGTGATTTTTGCATGTCATATTGGAACCAGATCTATTGCGTGTCAGATTTATCCAGCATTTGAATGTACAAACAGGTTATACAACAAATTCAAAacatgtgttatttatttaactctatttatatcatttttctATCTATTTAGCAATAGCTCTGTTTCTTTCTATAATGTCCACTGTATGTTACAGGCCATACATTTGGAAGCAACAGTTATTTAGGATTTTAATAGAAAGTTTattgtggtaacactttacaacaaGGTTacattaacagtacttacagcAGAATATCTCAGCTGATTATTAActtacactaattaagacattattaatcatcaaatgtttttaactaatgtttaaaaattgttttttacagtattcCTAGTTATCGAATTTAGTGATGTTTAATACTGTCTTAATTAGTGTCAATTAATCATTATTTGAAACATTgcttaacaatgtttattaatgcCACAGTACTGTTATTTGGGACTCATGTTCTTAATATCATCCCTATTTTCCGGACATAATCCTgtgtaaaagtgctgtattaatcacatttaaatatctgataTGACTAATTAAGTAACTAAAAtttaatatgat

Function

NR:

description
PREDICTED: fibulin-7-like

GO:

id name namespace
GO:0005509 calcium ion binding molecular_function

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_007244032.3 True 4545 mRNA 0.43 8 6731170 6759468

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
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dbndd1 dbndd1,dbnd1,LOC106562278 coding upstream 368021 6324821 ~ 6363149 (+)
foxf1 foxf1 coding upstream 425598 6301848 ~ 6305572 (+)
irf8 irf8 coding upstream 620164 6100753 ~ 6111006 (+)
LOC103030962 ds22a,LOC108434600,LOC105892932,LOC106562285 coding upstream 635502 6067215 ~ 6095668 (+)
zdhhc7 zdhhc7,LOC108435925,LOC107705792,LOC107573093,LOC107736389,LOC107686620,LOC107662857,LOC107601043 coding downstream 49467 6808935 ~ 6817496 (+)
cog8 cog8,LOC107686577,LOC107573089 coding downstream 64161 6823629 ~ 6828644 (+)
wdr59 wdr59,LOC107686576 coding downstream 79410 6838878 ~ 6858524 (+)
LOC103038759 glg1,LOC107686575,LOC107705797,LOC107573092 coding downstream 112393 6871861 ~ 6930402 (+)
LOC103044721 zfhx3 coding downstream 187985 6947453 ~ 6984137 (+)
G156499 NA non-coding upstream 59976 6670921 ~ 6671194 (+)
G156451 NA non-coding upstream 229996 6499851 ~ 6501174 (+)
G156438 NA non-coding upstream 289893 6441051 ~ 6441277 (+)
G156436 NA non-coding upstream 298308 6432397 ~ 6432862 (+)
G156435 NA non-coding upstream 300544 6430023 ~ 6430626 (+)
G156523 pdpr,LOC106595780 non-coding downstream 9474 6768942 ~ 6774732 (+)
G156562 NA non-coding downstream 108792 6868260 ~ 6869564 (+)
G156623 gcsh,LOC105912338,LOC107662900,LOC100702337,LOC107564915,LOC102203905,LOC102786853 non-coding downstream 267130 7026598 ~ 7030708 (+)
G156697 ddx11,LOC107686596 non-coding downstream 486296 7245764 ~ 7248460 (+)
G156731 LOC108437702,LOC108264175 non-coding downstream 592529 7351997 ~ 7412688 (+)
G156188 NA other upstream 1573770 5157154 ~ 5157400 (+)
LOC103030011 LOC108433937,LOC108264032,LOC106573278,LOC106561481 other upstream 2093880 4575668 ~ 4637290 (+)
LOC103025196 arl4c,LOC103025196,LOC108425959,LOC108267031,LOC107104020 other upstream 2799007 3929331 ~ 3932163 (+)
LOC111194753 NA other upstream 3116679 3611018 ~ 3614491 (+)
G155776 NA other upstream 3976058 2738361 ~ 2755112 (+)
ptprq ptprq,LOC108413201,LOC107705767,LOC107686600,LOC107564908 other downstream 334039 7093507 ~ 7171625 (+)
LOC111194759 NA other downstream 612908 7372376 ~ 7431568 (+)
G156840 cd9a,LOC108438826,LOC107686554,LOC107733276,LOC107559685 other downstream 841099 7600567 ~ 7606668 (+)
G157055 NA other downstream 1810462 8569930 ~ 8570877 (+)
G157383 NA other downstream 3181361 9940829 ~ 9941805 (+)

Expression


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