prtg (prtg)



Basic Information


Item Value
gene id prtg
gene name prtg
gene type coding
species mexican tetra (Astyanax mexicanus)
category of species ornamental fish

Chromosome Information


Item Value
chromosome id NC_035914.1
NCBI id CM008317.1
chromosome length 41377133
location 36073806 ~ 36110407 (+)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome

Sequence


>XM_007251884.3
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>XM_022679902.1
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Function


symbol description
prtg Predicted to enable identical protein binding activity and signaling receptor activity. Predicted to be involved in axon guidance and cell adhesion. Predicted to act upstream of or within negative regulation of neurogenesis. Located in extracellular space.

NR:

description
PREDICTED: protogenin

GO:

id name namespace
GO:0007275 multicellular organism development biological_process
GO:0016021 integral component of membrane cellular_component

KEGG: NA

RNA


RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
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XM_022679902.1 True 8293 mRNA 0.43 19 36073806 36110407

Neighbor


gene id symbol gene type direction distance location
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G162635 NA non-coding upstream 627465 35441683 ~ 35446341 (+)
G162620 NA non-coding upstream 732871 35340227 ~ 35340935 (+)
G162617 NA non-coding upstream 754159 35317946 ~ 35319647 (+)
G162829 NA non-coding downstream 11315 36121722 ~ 36123863 (+)
G162848 pigb non-coding downstream 69433 36179840 ~ 36181301 (+)
G162850 NA non-coding downstream 72353 36182760 ~ 36183548 (+)
LOC103046468 NA non-coding downstream 73312 36183719 ~ 36185659 (+)
G162870 NA non-coding downstream 118318 36228725 ~ 36229855 (+)
ss18l2 ss18l2,kiaa0355 other upstream 259013 35807865 ~ 35814793 (+)
G162096 LOC103040777,LOC108439298,LOC108256343,LOC101172525 other upstream 3354531 32714183 ~ 32719275 (+)
G162032 NA other upstream 3778777 32236316 ~ 32295029 (+)
G162017 NA other upstream 3925616 32068862 ~ 32148190 (+)
efhb NA other upstream 4468316 31584746 ~ 31605490 (+)
pygo1 pygo1 other downstream 1635 36112042 ~ 36120402 (+)
ccpg1 ccpg1 other downstream 22008 36132415 ~ 36169745 (+)
G162964 LOC108431875,LOC108413582 other downstream 643778 36754185 ~ 36754687 (+)
LOC103046025 hcn4,LOC108263998 other downstream 1176760 37287167 ~ 37352779 (+)
G163105 kpyk,LOC103044212,LOC108432067,LOC108264538,LOC106587214 other downstream 1299585 37409992 ~ 37411969 (+)

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