G174874 (LOC108437803)


Basic Information

Item Value
gene id G174874
gene name LOC108437803
gene type misc
species mexican tetra (Astyanax mexicanus)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035916.1
NCBI id CM008319.1
chromosome length 36262418
location 10832168 ~ 11019418 (+)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome

Sequence

>TU236775
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>TU236795
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>TU236802
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Function

NR:

description
PREDICTED: protocadherin beta-16-like isoform X2

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU236775 False 2574 TUCP 0.41 4 10832168 11019418
TU236795 True 2628 lncRNA 0.41 5 10832168 11019418
TU236802 False 2574 TUCP 0.41 5 10832168 11019418

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC111195105 NA coding upstream 2119 10826422 ~ 10830049 (+)
LOC103021388 LOC105909655,LOC105909654,LOC105905981,LOC105894871,LOC108276796,LOC105909651,LOC108276799,LOC108276792 coding upstream 5916 10821523 ~ 10826252 (+)
LOC103026865 LOC108437806,LOC108277182,LOC107687386,LOC107678002,LOC107552069,LOC107586137,LOC107742371,LOC105905983 coding upstream 14775 10780796 ~ 10817393 (+)
LOC103029876 NA coding upstream 73766 10756715 ~ 10758402 (+)
LOC111195027 LOC108437794 coding upstream 84016 10745542 ~ 10748152 (+)
LOC103022370 LOC103022370 coding downstream 62474 11081892 ~ 11084647 (+)
LOC103029829 NA coding downstream 94397 11113815 ~ 11125744 (+)
LOC103030157 NA coding downstream 135532 11154950 ~ 11158188 (+)
LOC103024145 kcnip1b,LOC103024145,LOC108444575,LOC107720696,LOC107552061,LOC102788752,LOC103363037,LOC107742366,LOC107676032,LOC107586147 coding downstream 230957 11250375 ~ 11322335 (+)
LOC103023833 LOC107678029 coding downstream 305470 11324888 ~ 11334033 (+)
G174813 NA non-coding upstream 156167 10675716 ~ 10676001 (+)
G174812 NA non-coding upstream 160997 10670898 ~ 10671171 (+)
G174811 NA non-coding upstream 164988 10666950 ~ 10667180 (+)
G174810 NA non-coding upstream 166740 10665077 ~ 10665428 (+)
G174809 LOC103034963,LOC108437818,LOC108276546 non-coding upstream 168674 10661290 ~ 10663494 (+)
G174930 NA non-coding downstream 68301 11087719 ~ 11088839 (+)
LOC103022678 NA non-coding downstream 74299 11093717 ~ 11095900 (+)
G174944 NA non-coding downstream 118131 11137549 ~ 11137957 (+)
G174964 NA non-coding downstream 171063 11190481 ~ 11265122 (+)
G174983 NA non-coding downstream 381975 11401393 ~ 11401613 (+)
LOC103028819 etf1,etf1b,LOC108437808,LOC107552075 other upstream 200403 10621028 ~ 10631765 (+)
rexo2 NA other upstream 1679035 9126708 ~ 9153133 (+)
LOC103038455 NA other upstream 2279558 8548884 ~ 8552610 (+)
acer3 acer3,LOC107653723,LOC107758701,LOC107680329,LOC107743427 other upstream 2665506 8149119 ~ 8166662 (+)
G174259 usp25 other upstream 2906728 7904595 ~ 7925440 (+)
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G175108 NA other downstream 889454 11908872 ~ 11913456 (+)
LOC103027177 tmem261,LOC103027177 other downstream 1171938 12191356 ~ 12209449 (+)
rnft1 rnft1 other downstream 1504723 12524141 ~ 12540201 (+)
G175379 cltc,LOC108250671,LOC106581108,LOC107693955,LOC106612978 other downstream 1720085 12739503 ~ 12745053 (+)

Expression


Co-expression Network