G176838


Basic Information

Item Value
gene id G176838
gene name NA
gene type non-coding
species mexican tetra (Astyanax mexicanus)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035916.1
NCBI id CM008319.1
chromosome length 36262418
location 16808321 ~ 16815584 (+)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome

Sequence

>TU239473
ACGATACTGCAAAATTGGTGGTTCTACGTCAAAAGCCCTAGGAGGAGTAGTCGATTAAATTTTGAGCgcggaataataataataactagaaaaggcaaagttcgtgaacgaactttaagttggcttggaaaagaacgctaataacgttaaaaagttaaaatggttgctaagcttTTTCCgtctgaagagtgtgaagagtcATTGATATGCTGTTAACTTTTGGCTAAACGCTAAATGCtaaaaacgctgaaatctaaaaacgtttggttaaacgctgaaatctaaaaacgtttgattaaacgctgaaatctaaaaacgtttgattaaacgctgaaatctaaaaacgtttgattaaacgctgaaatctaaaaacgtttgattaaacactgaaatctaaaaacgtttggttaaacgctgaaatctaaaaacgtttgattaaacgctgaaatctaaaaacgtttggttaaatgctgaaatctaaaaacgtttgattaaacgctgaaatctaaaaacgtttggttaaacgctgaaatctaaaaacgtttgattaaacgctgaaatctaaaaacgtttgattaaacgctgaaatctaaaaacgtttgattaaacgctgaaatctaaaaacgtttggttaaacgctgaaatctaaaaacgtttgattaaacactgaaatctaaaaacgcttgtttaaatgctgaaatcgtaaaacttttggttaaacttttgattgctaatgtgttgctaggcagttgctatcatttctgaaaaggttgctaagctgttgctaggcagttgctaatgttttccaggtggttgctaagctgttgctaactggttgctaggcagttgctaacgtattccaggtggttgctaaggtgttgctaggtggttgctagggtgttgctaggttgttgctaaggtgttgctatggtatctggggtggttgctaagatgttgctacgtggttgctagggtgttgctatggtatccggggtggttgctaaggtgtcgctaggtggttgctagggtgttgctaggtggttgctaaggtgttgctatggtatctggggtggttgctaaggtgttgctaggtggttgctaagtggttgctaggtggttgctaaggtattgctaggtggttgctaaggtgttgctatggtaaccggggtggttgctaaggtgttgctaggtggttgctaggtggttgctaaggtgttgctatggtatctggggtggttgctaaggtgttgctaggtggttgctaggcagttgctatcatttctaaagtggttgctaagtggttgctaggcagttgctaacgttttcctaatggttgctaaggtgttggtaagtggttgctaggctgttgctatcatttctaaagtggttgctaggcagttgctatcgtttctaaggtggttgctaagtggttgctaacgttttcctagtggttgttaaggtgttgctaagtggttgctaggcagttgctaacgttttccaggtggttgctaagtggttgctaggcagttgctataatttctaaagtggttgctaagtggttgctaggcagttgctaacgttttccatgtggttgctaagtggttgctaagtggttgctaggcagttgctatcatttctaaagtggttgctaagtggttgct
>TU239475
taggtgttgctaggtggttgctaggtggttgctaaggtgttgctaggtggttgctaaggtgttgctatggtatctggggtggttgctaaggtgttgctaggtggttgctaggtggttgctaaggtattgctaggtggttgctaaggtgttgctatggtaaccggggtggttgctaaggtgttgctaggtggttgctaggtggttgctaaggtgttgctatggtatctggggtggttgctaaggtgttgctaggtggttgctaggcagttgctatcatttctaaagtggttgctaagtggttgctaggcagttgctaacgttttcctaatggttgctaaggtgttggtaagtggttgctaggctgttgctatcatttctaaagtggttgctaggcagttgctatcgtttctaaggtggttgctaagtggttgctaacgttttcctagtggttgttaaggtgttgctaagtggttgctaggcagttgctaacgttttccaggtggttgctaagtggttgctaggcagttgctataatttctaaagtggttgctaagtggttgctaggcagttgctaacgttttccatgtggttgctaagtggttgctaagtggttgctaggcagttgctatcatttctaaagtggttgctaagtggttgct
>TU239477
gtggttgctagggtgttgctaggtggttgctaggtggttgctaaggtgttgctatgatatctggggtggttgctaggtggttgctaagctgttgctaacttgttgctaggcagttgctaacctaaaccaggtggttgctaaagtgttgctagggtgttgctaggttgttgctaaggtgttgctaggtggttgctagggtgttgctaggttgttgctaaggtgttgctatggtatctggggtggttgctaagatgttgctacgtggttgctagggtgttgctatggtatccggggtggttgctaaggtgtcgctaggtggttgctagggtgttgctaggtggttgctaaggtgttgctatggtatctggggtggttgctaaggtgtttctaagtggttgctaggtggttgctaaggtgttgctatggtatctggggtggttgctaaggtgttgctaggtggttgctagg
>TU239478
gtggttgctagggtgttgctaggtggttgctaggtggttgctagggtgttgctaggttgttgctaaggtgttgctatggtatctggggtggttgctaagatgttgctacgtggttgctagggtgttgctatggtatccggggtggttgctaaggtgtcgctaggtggttgctagggtgttgctaggtggttgctaaggtgttgctatggtatctggggtggttgctaagatgttgctacgtggttgctaggtggttgctaagtgttgctaggtgttgctaggtgttgctaggtggtgctaaggtgttgctaggttgttgctaaggtgttgctatggtatccggggtggttgctaaggtgttgctaggtggttgctaaggtgttgttatggtatcctgggtggttgctaagatgttgctaggtggttgctaaggtgttgctatgcggttgctaaggtgttgctatggtatctggggtggttgctacggtgttgctaggtggttgctacagtgttgctatggtatccggggtggttgctaaggtgttgctaggtggttgctaagtggttgctaggtggttgctaaggtgttgctatggtatccggggtggttgctaggtggttgctaggcagttgctatcacttctaaagtggttgctaagtggttgctaagatgttgctaggtggtt
>TU239482
aaaacgtttgtttaaatgctgaaatcgtaaaacttttggttaaacttttgattgctaatgtgttgctaggcggttgctatcatttctgaagtggttgctaagctgttgctaacttgttgctaggcagttgctaacctaaaccaggtggttgctaaagtgttgctagggtgttgctaggtggttgctaaggtgttgctatggtatctggggtggttgctaaggtgttgctaggtggttgctagggtgttgctaggtggttgctaaggtgttgctatggtatctggggtggttgctaagatgttgctacgtggttgctagggtgttgctatggtatccggggtggttgctaaggtgtcgctaggtggttgctagggtgttgctaggtggttgctaaggtgttgctatggtatctggggtggttgctaaggtgtttctaagtggttgctaggtgttgctaaggtgttgctaggtgttgctaggtggttgctaaggtgttgctaggtggttgctaaggtgttgctatggtatctggggtggttgctaaggtgttgctaggtggttgctaaggtgttgttatggtatcctgggtggttgctaagatgttgctaggtggttgctaaggtgttgctatgcggttgctaaggtgttgctatggtatctggggtggttgctacggtgttgctaggtggttgctacagtgttgctatggtatccggggtggttgctaaggtgttgctaggtggttgctaagtggttgctaggtggttgctaaggtgttgctatggtatccggggtggttgctaggtggttgctaggcagttgctatcacttctaaagtggttgctaagtggttgctaagatgttgctaggtggtt
>TU239483
taggtgttgctaggtggttgctaggtggttgctaaggtgttgctaggtggttgctaaggtgttgctatggtatctggggtggttgctaaggtgttgctaggtggttgctaggcagttgctatcatttctaaagtggttgctaagtggttgctaggcagttgctaacgttttcctaatggttgctaaggtgttggtaagtggttgctaggctgttgctatcatttctaaagtggttgctaggcagttgctatcgtttctaaggtggttgctaagtggttgctaacgttttcctagtggttgttaaggtgttgctaagtggttgctaggcagttgctatcacttctaaagtggttgctaagtggttgctaagatgttgctaggtggtt

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU239473 True 1661 lncRNA 0.40 4 16810336 16815584
TU239475 False 659 lncRNA 0.46 3 16812120 16815584
TU239477 False 468 lncRNA 0.50 4 16808519 16815232
TU239478 False 686 lncRNA 0.50 5 16808519 16814735
TU239482 False 875 lncRNA 0.48 7 16808321 16814735
TU239483 False 386 lncRNA 0.45 4 16812120 16814735

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
slc20a1 slc20a1,slc20a1b,LOC107555522,LOC107687859,LOC107713386 coding upstream 40017 16736912 ~ 16768304 (+)
drg1 drg1,LOC107744129,LOC107567440,LOC107713382,LOC107555524 coding upstream 122839 16677496 ~ 16685482 (+)
LOC103042004 kcnn2,LOC108435393,LOC108276576,LOC106564970,LOC100135971,LOC106563202 coding upstream 153475 16565749 ~ 16654846 (+)
sppl3 sppl3 coding upstream 403519 16357183 ~ 16404802 (+)
LOC103044056 NA coding upstream 772757 16022161 ~ 16035564 (+)
ggcx ggcx,LOC107744113,LOC107569403,LOC107686456,LOC107688460 coding downstream 30362 16845946 ~ 16862878 (+)
LOC103040133 LOC103040133 coding downstream 171626 16987210 ~ 17002229 (+)
tctn1 NA coding downstream 501534 17317118 ~ 17330838 (+)
dhx29 dhx29,LOC107562543,LOC107571104 coding downstream 648417 17464001 ~ 17490044 (+)
LOC103023379 NA coding downstream 676629 17492213 ~ 17499861 (+)
G176816 NA non-coding upstream 97784 16702846 ~ 16710537 (+)
G176811 NA non-coding upstream 135857 16671981 ~ 16672464 (+)
G176700 NA non-coding upstream 382440 16425670 ~ 16425881 (+)
G176692 NA non-coding upstream 398913 16335011 ~ 16409408 (+)
G176688 NA non-coding upstream 479489 16328540 ~ 16328832 (+)
G176832 NA non-coding downstream 9392 16824976 ~ 16828069 (+)
G176846 NA non-coding downstream 15066 16830650 ~ 16832355 (+)
G176847 NA non-coding downstream 41375 16856959 ~ 16868115 (+)
G176852 NA non-coding downstream 57273 16872857 ~ 16948550 (+)
G176874 NA non-coding downstream 206067 17021651 ~ 17024488 (+)
LOC103047397 unc13b,LOC107686461,LOC107688005 other upstream 834664 15794264 ~ 15973657 (+)
LOC103039555 LOC108415819 other upstream 2738959 13951405 ~ 14069362 (+)
LOC103038733 bcl7b other upstream 2919277 13798639 ~ 13889044 (+)
prdm15 LOC108413920,LOC106511912 other upstream 2939466 13847262 ~ 13868855 (+)
G175900 NA other upstream 3122758 13679359 ~ 13685563 (+)
fam136a fam136a,LOC102792467 other downstream 5351 16820935 ~ 16824328 (+)
G176882 inpp5j other downstream 227251 17042835 ~ 17046989 (+)
xpo7 xpo7,LOC107678024,LOC107586117 other downstream 1323128 18138712 ~ 18174518 (+)
G177219 NA other downstream 1408689 18224273 ~ 18226133 (+)
LOC103047412 golga7,LOC108276767,LOC107553707,LOC107687624,LOC107678053,LOC107586122 other downstream 1509289 18324873 ~ 18330489 (+)

Expression


Co-expression Network