G178202


Basic Information

Item Value
gene id G178202
gene name NA
gene type non-coding
species mexican tetra (Astyanax mexicanus)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035916.1
NCBI id CM008319.1
chromosome length 36262418
location 21540577 ~ 21546968 (+)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome

Sequence

>TU241422
TTGattttacttcaatttattagaaaaaaatagaaaatttaatatattacaCTACAAAAGACATTTACACAAACGAAACACACTTACAGTAAAAGGGCGTAGACAATCATCACAACACCtatttttctgtgcttttaccttcttttatactgtttttactgGAACAATTATGATCCTACTTGCAACAGATTGTGGCTTATGAGATTCAAAAACATAATGCtgagaaaatgtatatttatatttatatatatatatatattattttaccaaactaCACCTCAACACCATGCACACGGCTGCTTTAACAGGGTTTATGGATTCTGTTACAAATTATCTGTTTATCTTCTACTATTTTTGAACTTGGTTCTTGGTTTTGTGTtgatatttatcatatttattgtattcatCATATATGTGCATCAGTTGCACATGTATGCCATGGTGACTTATCATTAAATCAtcataaatattatgtaattgcGTGTGGAGTTGTATTAATTGCTTAATAGAAGAATGTTTAGCAAATAAAAGCtgcacataataaaaaaaataaaaaaataaatagaaaacccttaaaaaatgtattgtaggTGTATTCTGAgtgaatgttgtttttttaacactgtaccATATATTTCGCACTGTAAGGTcgtatgaatttaccagtcagtaaagccactccaggagtttcagtttagttctccagcagtagtAGCATTATGCGCTAACTGCGCTACGTGCTAGTTAGCTCCACATTTGaggggtgagtattatcagcctgtagcctgctgcttaccctggCTATCattgttggagcagcattagcattagtgctagtgattagccgctaatgctaatgctccagctttagtgaaaatctgtaaatctaaacttactggaaagacctgctgaattagaaggaaaacattgcaacactcCTGTGCCTTACTAGTGTAGCTTAATGCGGTGCAccctatagtgcgaaaaatatagtACTTTTCTACTGGACAGGGAAATATGGTATAATCTACAGTATGTAACCAATTAAAGCAGTAATTATGTTGCAAAAAATGCTCATTGATgtgttaaaaaacattaaaatatttgaaaaatctgttttattgtaGAATTTGAGACAATTGTGAGCTTGtatggtgtcccatgacttttcaGTCAAATCCTGCAGGGGgggctaaagaacactgcactgacatgcaGGATATGCATGTGGAGTATACTAGATTAAACATGGACAATTATAGCCAGACACCggcggtcacaatcattaccacccactgcgctcgctgtccactgtgagtggtaatgccttctatgatgtattcccaaTACACTAGGACACATGACACTGTAGCCTTGCCATGAGCggcaacctcactcacaagataacaccgcATAACATACACAGAGTATTCCAAACGTTCCCATTCTGAAGCATTTCACAAATTGGCTCGGTtgtaaacattatttaacactgaaaaacccccaaaacatattttttcctaagagagtgaagagagtgtgtgtgtgtgtgtgtgaatatatttatagaGGTAACAGAAccaataaatactgtattactgctcaattagatttttttattgtgctaTAACTTTTAATAAGAACTATGCTTTCTCATTTTAGAGAACACTGCACCAAATATACTGAAATCAAcatggaaaatataaatatgcactTTTTTTCCAGCGCTTGCCCCCTTAACTACAAAACTAATTGGTCATAACTGGTGGAGATGAAAAGAAAGCATCAAAAATATCATTTACATCTGGAAACACATTCAGCAGAAAACATCAGGACGCTCAGCAGGAGCGAGGCGTCCTCACAAAACCCGACTAAGGTGCTGATCGCAGGAAAACAATAAAGTTAGGACtgaaatttactgtaaaatagttTTACAATATCAGTGTttgctatttttattgtgttcttcaTTTCCATATAAGGTGTGAAGAACTGTGTTATGAACAATATATCTTCACCATCAGACAAGAGAAGGAAAAACATTGTATCTTAATTTTGCTCATTTTTGACTTTCTGACATGATGTGAATCTGGCtgctgttctttatattgtaaCAGAATTAACTCTcatatttcttttatatattatattaaaatgtggcgataaactaaattaaactaatggaaatgctccaaattgaccttttacattgacttctgttaaaaaaaatacatttcttccTTCTCCCACAAAGTTGATATTTTAGAGATAAAATTTTTtgtctgcaaaaaaatacatgaataaaaagtaaactaTTTGCAGTTGTCAATGCGCATATCGTCACGGATATCATGCACATATTTGTGTCTCTAAAATGGCACATTtacaacagaagaaaaaaaaactttcaatggaagttaatattttattccagggtattttggagcatttctattggtccattcattataaTCAATTTTATTTGGCCACAATGTAAACTCCCTGACCAATATTACATCAAAGAGGAAAAATTATCAGTGGAAGcaaatgcaaaaatatttaataataattttctgaagtaattttggagcatttctattggtccgttcttCGTGAAATTTTAGGTTTTTGCATGATGACCACAATGTAATGCagtaaaacaatgtaaattacCTTGTTGAATCTGATATGATGGTGGTACTGGCTTAGACATTTAGTAGCCATattattaattattaagataatttattttagtaagatggtttattttaatacatcaACCATAAAGTATTTTCAGTGTTGAGAATTAGGCCTGAGACATCATGGAAGAACTTTTGGTCCTactttataataactgtgtacttacacattaacaatccatgtaattaTAGTTCAACTACTGGTGTTCCAGCACGTATATCTGTACAGTGTGAAGCtgttttaacacagaacacaaaaCATTTGCCGCTGTGCTtataaatacagtgcttttaataGGACGTGCAGCTCAGAGTCACGTGGATGctagcagtgaacgctgcacatactgcgctcactgtgtaaacagcatggagcggCAAAGACAGCGTTTGTTTAAAGACAGCgtttggctaatatatcagattaaactgcaccttatcagcagatTAGCTTCATTAAAAAgtagtatatttgatatttgggATGTCTCCTCTGCCGTTGTGTTGTCCGTGTTGGAGCTTTTcattgaaacaaaaaataacccGTTACTGATTAAGAATTTATCGCATGCGTTATCGCTTTAACGTTAACAGCCCTAGAAATTACATAATCTGCACAcctgtaataaatctgtaaaaacaTGTACTTCGCCAGTAGTAACACCTTTGTTACATGGATCATTTATGTGTAACTatacagttattagagacacttattataaagtgggaccggacttttttgagtttttgtacttgtgttaagtacaaaaaaagttgtgtttctgacctttttattttatatttagtaaaaatatgGTTCAAAATGAGCCATATTTTCACTAAACCACCTAATGTTAAGACTCAGCATTAGATAAGATCCTAAATCAAATCCAAAAGGGTCACCCCAAGCTGATCTTCAGTCTGAGATTTAACATTCTTGGAAAGCACAGATTCAAACAAGCTACAAGctcttcattatttaaaaatactgtatgtctgAGAGCAAATATTATCAGTAATAACTGCACAAAAATGCATCCTTTTGagatttaaatgtataatatatatgctAGATAATCCTTCCGGGCAgagttaaataaatagaaatgaaTACGCATCAACGTCACCCAAGATCACCTCCAGAATTCACATATCAAGTGCTGTAGAAAGGACCAGCCGTAACCGATGAGCTACATAAAAGCACTATAAGCGTTTCTTCACCATGATGAAAGTTCTGTACACTGTATAGACCTACTAACGTTTCCCGGCGGCTAAAAGTGGATGAACCCCACATGAACATGGATGGATCTTTCTCTTTATCGGGCGTTTTATCTAACTATACACTATTTACAcgtacacttaaaaaaaaacacagatcaagCCTAATATTATGATCATGTCCTTGtttgctctgtttctctttagactgtatttttcacactataaggtgcacttaaaatccttaaattttcacaaaaatcgtcagtgcaccttatgtgtgAATTTATATGTAGTTCATATGTAGTTTTTACGtagttgtaaggagcagtaagtTTGTaagccacttcactgaagtacagcgttaaacaggagtttcagtttagttctccagcaccggggctggagcagtattagcattagctgccaaccgctatttccccgttcagaggtgagtattatcggccagtagcctgctgctaaccccgactagcactgctggagcagcacaagctttagccgctaactgcgctagctatttagctgctcagaggcgagtatatcggactgtagtctgtaacCGTATTTACCGTTACACacagtggttagccgctaatgctctagccttagtgctggagaaattagtgaatctaagcttactgtaaataaacaaaagtgctttaatcacccaggagagaaatctgtgtagattacgtGCACGGTGCATCTTGATTTAGGGCCtatcggtgtgtctttgctatcataatgacaggaaaagtatgccttgtgcgtactaattctcttaattaattatgacgtgttttgggcgtagcgtgaaataaaccaatcggcGTGTCACTTGCCTCACATTGCCTTTAAGAGGGAGGTGTGCTCTGCCTTTGGcaaattggtattttaatgacGCAGCACTTCTGCACTTCTGTGAAGTTGTGCAAGCAGGGCATTTACAagaacagcaatgatatttaattttgaattctgtttattgttggtgtaaAAATCGGTCAGGTGGTGCaaatgtgttttccattgccaagatagcaatatgccagaaattgacct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Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU241422 True 6307 lncRNA 0.37 3 21540577 21546968

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
musk musk coding upstream 171303 21326212 ~ 21369274 (+)
cst8 NA coding upstream 244728 21285246 ~ 21295849 (+)
LOC103023250 NA coding upstream 281990 21203262 ~ 21258587 (+)
LOC103022731 cntfr,LOC107554853,LOC107756542,LOC107738850,LOC107554231 coding upstream 363119 20842037 ~ 21177458 (+)
galt galt,LOC107653127,LOC107667272 coding upstream 961792 20428762 ~ 20578785 (+)
grin3a grin3a,LOC107750958,LOC107710005,LOC107702562,LOC107554227,LOC104941214 coding downstream 385363 21932331 ~ 21964708 (+)
LOC103047607 LOC103047607 coding downstream 775752 22322720 ~ 22334543 (+)
sec31a sec31a coding downstream 874394 22421362 ~ 22453611 (+)
tmem150c tmem150c,LOC107558260 coding downstream 921469 22468437 ~ 22476305 (+)
LOC103022635 mat2al,LOC108440739,LOC108276530,LOC107732036,LOC107653488,LOC107573852,LOC102202437 coding downstream 962920 22509888 ~ 22515585 (+)
G178105 NA non-coding upstream 275593 21237139 ~ 21264984 (+)
G178108 NA non-coding upstream 582094 20931781 ~ 20958483 (+)
G178097 NA non-coding upstream 819186 20721073 ~ 20721391 (+)
G178091 NA non-coding upstream 915549 20624779 ~ 20625028 (+)
G178088 NA non-coding upstream 937788 20602451 ~ 20602789 (+)
G178233 NA non-coding downstream 152465 21699433 ~ 21699633 (+)
G178254 NA non-coding downstream 425746 21972714 ~ 21973034 (+)
G178278 NA non-coding downstream 552351 22099319 ~ 22099558 (+)
G178280 NA non-coding downstream 553072 22100040 ~ 22101283 (+)
G178282 NA non-coding downstream 555781 22102749 ~ 22103046 (+)
ier3ip1 ier3ip1,LOC106633120 other upstream 1141412 20396377 ~ 20399165 (+)
G177950 NA other upstream 1401013 20138822 ~ 20139564 (+)
LOC103043854 NA other upstream 1443866 20089238 ~ 20096711 (+)
LOC103042206 LOC108428882 other upstream 1764786 19750942 ~ 19775791 (+)
LOC111194983 NA other upstream 1818017 19720301 ~ 19722560 (+)
LOC103046694 LOC108440723,LOC108277161 other downstream 580153 22127121 ~ 22315307 (+)
LOC103025565 scd5 other downstream 909351 22456319 ~ 22465729 (+)
hnrnpdl hnrnpdl,LOC107715891,LOC107702595,LOC107653490 other downstream 939855 22486823 ~ 22491503 (+)
LOC103022948 hnrnpd,LOC108440733,LOC108276832,LOC107702593 other downstream 946472 22493440 ~ 22502159 (+)
G178352 NA other downstream 997672 22544640 ~ 22546130 (+)

Expression


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