LOC103025565 (scd5)


Basic Information

Item Value
gene id LOC103025565
gene name scd5
gene type misc
species mexican tetra (Astyanax mexicanus)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035916.1
NCBI id CM008319.1
chromosome length 36262418
location 22456319 ~ 22465729 (+)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome

Sequence

>TU241591
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>TU241592
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>TU241593
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>XM_022680720.1
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Function

symbol description
scd5 Enables stearoyl-CoA 9-desaturase activity. Involved in unsaturated fatty acid biosynthetic process. Located in endoplasmic reticulum membrane. Implicated in autosomal dominant nonsyndromic deafness 79.

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU241591 False 2977 TUCP 0.38 3 22460392 22465702
TU241592 False 2716 TUCP 0.38 2 22461991 22465702
TU241593 False 2977 TUCP 0.38 3 22460392 22465702
XM_022680720.1 True 3338 mRNA 0.42 4 22456319 22465729

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
sec31a sec31a coding upstream 2708 22421362 ~ 22453611 (+)
LOC103047607 LOC103047607 coding upstream 121776 22322720 ~ 22334543 (+)
grin3a grin3a,LOC107750958,LOC107710005,LOC107702562,LOC107554227,LOC104941214 coding upstream 491611 21932331 ~ 21964708 (+)
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cst8 NA coding upstream 1160470 21285246 ~ 21295849 (+)
tmem150c tmem150c,LOC107558260 coding downstream 2708 22468437 ~ 22476305 (+)
LOC103022635 mat2al,LOC108440739,LOC108276530,LOC107732036,LOC107653488,LOC107573852,LOC102202437 coding downstream 44159 22509888 ~ 22515585 (+)
LOC111195066 NA coding downstream 53690 22519419 ~ 22528083 (+)
ankrd55 ankrd55,LOC107670032,LOC107737049,LOC107702571 coding downstream 373779 22839508 ~ 22863383 (+)
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G178320 NA non-coding upstream 60122 22391198 ~ 22396197 (+)
G178310 NA non-coding upstream 69658 22339979 ~ 22386661 (+)
LOC111195069 NA non-coding upstream 74741 22380610 ~ 22381578 (+)
G178289 NA non-coding upstream 142025 22313170 ~ 22314294 (+)
G178282 NA non-coding upstream 353273 22102749 ~ 22103046 (+)
G178344 NA non-coding downstream 50802 22516531 ~ 22524073 (+)
G178368 tln1 non-coding downstream 139266 22604995 ~ 22605572 (+)
G178381 tln1 non-coding downstream 164182 22629911 ~ 22671830 (+)
G178392 map3k1,LOC107670047 non-coding downstream 242019 22707748 ~ 22708401 (+)
G178394 map3k1 non-coding downstream 248008 22713737 ~ 22720806 (+)
LOC103046694 LOC108440723,LOC108277161 other upstream 141012 22127121 ~ 22315307 (+)
ier3ip1 ier3ip1,LOC106633120 other upstream 2057154 20396377 ~ 20399165 (+)
G177950 NA other upstream 2316755 20138822 ~ 20139564 (+)
LOC103043854 NA other upstream 2359608 20089238 ~ 20096711 (+)
LOC103042206 LOC108428882 other upstream 2680528 19750942 ~ 19775791 (+)
hnrnpdl hnrnpdl,LOC107715891,LOC107702595,LOC107653490 other downstream 21094 22486823 ~ 22491503 (+)
LOC103022948 hnrnpd,LOC108440733,LOC108276832,LOC107702593 other downstream 27711 22493440 ~ 22502159 (+)
G178352 NA other downstream 78911 22544640 ~ 22546130 (+)
G178388 hmgcs1,LOC108427280,LOC108277226,LOC107737058 other downstream 223272 22689001 ~ 22709557 (+)
G178485 NA other downstream 497718 22963447 ~ 22964989 (+)

Expression


Co-expression Network