LOC111195079


Basic Information

Item Value
gene id LOC111195079
gene name NA
gene type non-coding
species mexican tetra (Astyanax mexicanus)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035916.1
NCBI id CM008319.1
chromosome length 36262418
location 25024143 ~ 25029674 (+)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome

Sequence

>TU242457
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>TU242458
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>TU242460
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>XR_002651476.1
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>XR_002651477.1
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>XR_002651478.1
TTTCTTCGGGATCTTCAGGGAGTTTGTAGGAGCTAGAACCCCCGGTGTAATTTATTGGGAACAATCATTAATGTTTGGTTAAATAATCCAGTATTTCTTCACTCTGGTGCTGAAGGTCCGCTGCGCTGCTCTTTACTGTGTTTCCGCTTTACTCTGTTTTCATTAAAAGCCTCTCAGTCTTAAAACAGCGGCACTAAAACAGGCGGAGCGGTGGGCCTCCAGCACCAGTAGTGATTACCCTGCAGGATTAGAGGAGAGTAGCGCTGAGGAGCTCTTTCAGTCCCGGTGAGTAATTTAGCTAGCTGACTGTTTCAGCTCTCTGTGAAGCGCGGTCTTCTTATAATACTAAGCTACAGCGTGGTAAGACTATTTAAACTGGACCGTGTTAATGGCGAATAACGCtgtaagatagctaacgctagcggGCTACCGTGGATGATGGTtggctaagctaattagctacagttagccCGATTACCTGCAGCAGCTGCTCGTTCAGAATCAAAACACCCAGCGCTGTTTAAGAGCTGTTTCACGAGCTTCTCTCCCAGCACAgggtgtgtttttctcaatcaGCAGCTGCTTTTAAACCACGCTGTAGTTTAGTAATAAGATCGCGCTTCACCGAGAGCTGAAACAGCCAGTTAAATTACCTAACAGGACTGAAAGAGCTCCTCTCGGTTCTCCGGTCTAATCCTGCGGGGATTTGGTAGATATTTAACTTCTGGCCTCATTATTAATACTGAACTAAAGTATGGTAATCTGGTTAATGTTAAAaagtctgcgcatgcgccaaatttATATAACtggattttaactttaaaaaaaggttgttGTGGATTTTACATGAAGAAAGAGGCCCAGTCCTAGAAGACCCAGCATCACTCCACCTTCTCCACCCCTACCCGAAAGAGGAAGATCAGCAGCAGTGGAGGTTTCCAGGATGTTAAGAGGAGAGCAGATATGGGAGAGCAGAGCGGTGAGTCCACAATGAATGTGTTTAAGGACAGAGACCCTGTGTGCCCGCTCTCTCTAGGGAAGCTGGAGCAGAAGACGAGGAGGGGTGTTCAGTGTTTGCAGATTACCGAAATGATGAAATGCTGCCtgAACACTTCTGGACCTTTCTCGTGAGTGGTTTACCCATGGGACCGATAAGGTCTGGTCCTTTACAGTGTGGCAGATTGGAATCATCCAATCCCTTCAACACCAGCTTGGAGATCACCTCAAAGAAGCTCCATATCCCTGTTCACCTGTTTTCTGACCATCTCTCTGCCATCTTCTCTGCGACCCCTGGCTAAGTATACAGtatgaaacaaacacacacacacaccagtttggGTGCACGTAGAAGCAatttaacttttatattttctaattGTATCTCAGAATTACATATTTCcattttgtctttatttacattgtttattaattataaataattatatagtatgtagtgttttgatgtctttgtgcttttatctgttttatgcttcttttattcttttagatATAAGCTACATTTTTGATGCTTTGTCTTCTTTtcgttttttggctttttaaattgttctctaaataaatgtttttcatta

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU242457 False 879 lncRNA 0.41 4 25024156 25029674
TU242458 False 1452 lncRNA 0.42 4 25024156 25029674
TU242460 False 1006 lncRNA 0.43 4 25024156 25029674
XR_002651476.1 False 1112 lncRNA 0.37 3 25026105 25029671
XR_002651477.1 False 862 lncRNA 0.37 3 25026105 25029548
XR_002651478.1 True 1589 lncRNA 0.43 4 25024143 25029671

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC103037195 slc27a6,LOC108277201 coding upstream 7445 24983783 ~ 25016698 (+)
slc12a2 slc12a2,LOC107680742 coding upstream 207655 24762407 ~ 24816488 (+)
ctxn3 ctxn3,LOC107711251 coding upstream 284668 24726077 ~ 24739475 (+)
prrc1 prrc1,LOC107572184,LOC107705848,LOC107673757 coding upstream 325018 24684077 ~ 24699125 (+)
megf10 megf10,LOC107705845 coding upstream 348097 24603656 ~ 24676046 (+)
isoc1 isoc1 coding downstream 1287 25030961 ~ 25042920 (+)
chsy3 chsy3 coding downstream 26173 25055847 ~ 25127123 (+)
hint1 hint1,LOC107665476 coding downstream 101551 25131225 ~ 25134155 (+)
dact3 NA coding downstream 108219 25137893 ~ 25158281 (+)
dmpk dmpk coding downstream 150050 25179724 ~ 25203682 (+)
G178938 NA non-coding upstream 881 25023040 ~ 25023262 (+)
G178928 NA non-coding upstream 61619 24961298 ~ 24962524 (+)
G178896 NA non-coding upstream 206830 24795483 ~ 24817313 (+)
G178873 NA non-coding upstream 345480 24658407 ~ 24678663 (+)
LOC111195077 NA non-coding upstream 424532 24598873 ~ 24599611 (+)
G178981 NA non-coding downstream 104566 25134240 ~ 25135395 (+)
G178985 NA non-coding downstream 105810 25135484 ~ 25135994 (+)
G178987 NA non-coding downstream 107076 25136750 ~ 25137219 (+)
G178998 NA non-coding downstream 137666 25167340 ~ 25168133 (+)
G179014 NA non-coding downstream 222850 25252524 ~ 25253549 (+)
LOC103032894 LOC108424565 other upstream 569521 24447792 ~ 24454622 (+)
G178485 NA other upstream 2059154 22963447 ~ 22964989 (+)
G178388 hmgcs1,LOC108427280,LOC108277226,LOC107737058 other upstream 2314586 22689001 ~ 22709557 (+)
G178352 NA other upstream 2478013 22544640 ~ 22546130 (+)
LOC103022948 hnrnpd,LOC108440733,LOC108276832,LOC107702593 other upstream 2521984 22493440 ~ 22502159 (+)
smpd1 smpd1,LOC107718723,LOC107720657,LOC107556869 other downstream 214487 25244161 ~ 25257469 (+)
LOC103024073 LOC108424537 other downstream 1800963 26830637 ~ 26879083 (+)
rnasek rnasek,LOC107554319 other downstream 1884076 26913750 ~ 26916344 (+)
LOC103038954 zgc:101846,LOC106525086,LOC108416226,LOC101161532 other downstream 2494628 27524302 ~ 27525441 (+)
G180235 erg other downstream 6109670 31139344 ~ 31151095 (+)

Expression


Co-expression Network