G179034


Basic Information

Item Value
gene id G179034
gene name NA
gene type non-coding
species mexican tetra (Astyanax mexicanus)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035916.1
NCBI id CM008319.1
chromosome length 36262418
location 25459607 ~ 25481191 (+)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome

Sequence

>TU242595
agcAGCAAGTTAAACAGGAGAAAGACAACATTCTAAAACTACAGCGCAACAAATACGGCTCTCAACCATTCCAGGGtttaacactaaatatacaaaTCACAGTAGAAATGGTCCAACTAATAGGACAAACAACATAGCGAGATACTGTAAACAGCATTTCtttatattacaatacattacattactaatGCTGACAGACATGTACATTCTGAGGGGATGGGGGGCGGGGGTATGGATGGGGTGCTCTGCTCTCTGATTGAAGAACACTTAAAgcttaaagcaaaaaaatatatatatatgttaaaatgtttttgataCTTCACTGACtcaaattaagttaaattagtGTAAAATCCTCTATATACTCTACCATGTTTGTCcacatgcatttatttaatatcttgGTTCTATATATCTCAAATGTCCAGAAATGTATGccttttatttgaattttaaaGCGCAAATTTCAGTTTCTGACTGTAGGGGAAGCCCAAGAACACATAATACAAATTCTAATATGTAATGTTGTTTAACTCTTTTCCTACActagtaaaatgtgtttcaagTCTGCAAAtagcagagagaaaaaacatagatatttaaacatgtttcaaTATTTTTCAGGATTAAAATAACAAGACGAAATGACAAGCTTTTACCAAAACAACATTTCTGCATATGTCTCTGATATGGTTTTAACATCATAAAAAGCATACTTTGCAATTTACAAATATTACACTACCACAACTGCgagcaaaaaaaattaagagattatttttattatttttaagttttagccCAAGTAAAGCTGCTTAATTAAAATGTGACGCAGTTGTTTGTAAACTAGTGTGTGGCTAAATAAATCCGTGTTTACTGCATTGATTCACATTAGCTTCTCTTGTTCTGTAGAAGAAGTCTAGACTGTGTGGATAGTAGAGCTAGTATTTACCTCCagggtaaaaataaatgtacactgaatgccacaatatattttttagtgtCTACAACAACATGCACACAATTCTTGATTACtttaaattagcattttaagCCTAAATACTCTCaattaaaactactgttttaatgagctaGCCTTATAAAGCAATCAAGAAGCAATTCCCAGCACTTTGTTGTCCTACGACTCTTGTTGTATAAAGAAATTaatgtaccgtattttactgactataaggtgcaccgtattattaggcgcactatcaattaTCGTTtattttatggtctattttcatacataaggcacattgaATTATAAGGTTCATTTTAaacgacaatagtaaggaacaggggttacgccttgtttcccttctaatagggaaactgggggaagcgcctaagtaaacaaaactgtaactcgtaaagaaaaaacattttcttttaaagtcaaacgagcgctggatgttaatcaacacaggtttctctcctaaaaaactgtttatttggttgagtaaagctcttccgtttatttacaataagcttggATTTCTAATGGACTTTCaacagcgcagttagcagcagtgctattcgtggttagcagcgcttagcgctaaTAAATGCGACCCAACagctctacactgaggaaccctgtgtGTTCCAGTAAgacagggcgctatcagctagcggttaaTCCCacgcagcttgttttaatagggTAAACACGCAGtgtacagtctgatatactcacctctgtacgttgaaagagctaacgctgtggttagtggctaatgctaatactgttccagtcTCAGCGAGTGGCTTTACAGCTCCTTACAAACTGACTGCAAGAATTCATACATTaggtgcactgtcaatttttgggaaaattaaaggattttaagtgctccttatagtgcgaaaaatacggtaaatgttCTTTATCCATTTCTAAAGGATTTCACACAAACATCTCTATTAcagaacagtttttttatggAACCAACAATAATTATTCTATGGCATTGCTCAAAGAATTATCTGTACACCTAATTTGgtagaaaagcaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaacattcagtttGTTGTTTCTGTATTGATCCTCCAGATGGGAGTATTGGACAAATGCATTCTGAGCACGATAGCTGTGTTTCAAAGCCTAGACTGCTGTTAAAGTAGGACAGACCCTCTCAATAAGACTGTTGTATGAAGAATCCTTTTTAGTGGCCTATTGGTTTCACAAACGGAACAGTCTAACGAGGTTAATTTGTGATGTCACCATAAAGGACCCACCTGTGCTGTAATTTGTAGAACAAAAGTCGAGCCTTTTGCATTGTGCCACAGAAATGAAATCAAtctaaacatttaataacatgTAGTGCCTGCCCAGAGAACTATGGATAACCCAAGCGCCTGGAAGGATACAAAGTTAGGTCCTGCATTTCTTGGCTGTATATGAGGATCCTTCACTTTAGACCAGTTTTCTATGACAGCATCTGAGAATCGCAGCCCACACAGGCTACATCCTAGGCTTTAAAATGCAGCTATTGTGTAAAAAACTGGatcatatactttttttaacagtgaGTCAGCCATGGTGTGAATTTTTAAACACAATGATCTGTTAAACAGACGGCTTTAAAAAAGGTTGAACATCCATGGTTGTGGTACAGTTATGCTGACTGTAATATCTTCAGTCCTGATGACGAAAGCAGCAATCAAGCAACACAAATGATCTCTGTCTAAAACCAGACTTGCACGCAAAAATAAACAGCAGTTGATCATCAAAATATGCCCAAGACTTCCTCAGACTGGACACTCTTTGTCTACTTTGGTTTCTTGGAGTTTAAACTGGGAAGGAGTTCCTGAGCAGTCAGAATGTCAAGGGCAAAACCGCATAGCCATAATCAATATTGGGCGATTTACCTCATCTGATGCTTTAGAAAATCTAAATCTGGAATATCACAGAATTGCTCAGTTTTGAAAATATAGGATCACATGATAGTAGTAATGCCATATGGCCCAATGTCAACATATAAACAAGTTGCTGTAAAGTTGGTTCTAAGGACATACTTAATTCACACTGTGTGGAAACACTGTACACTTTAAGATAGTGATTTTAGGCTAAAGGCATACTTGCTGATGATCCGGCTGCCTTGTGAATGCATGTTACTGGAGatttccactagagggcaggTGAGGCGTCTGATGACTGCTGGACAAAACTCCAATCAGCTCCACCCTTACTCTGTTTCTCGGGCATTTCCTACTGCGTGCAGATGTAGCAGCCACAGGtctatttcattttaatgtacaCATTGCCACAGCAACAAGGACACATCATACAGCTGCTCCTCAAAACTTTTCATCAGTTTAATGCTGCTGAGTGCTGCACTGCccctagtgttttttttgtgcactgCACCTTAATAATTTCTAAAGGACATGCACAACCAAACGTAGGACATCAAGGCAAACATCATGAAAACGCAGCCGCGTAgttaacagcaagtatatcCCTTCCCTTAGGTGAAGTGCTTTGACTAGGGCTATGTTCAGGCTGACAGCCTAAGTCCTATATTGATCCAGTTTGATTTTTGATAATCTGAATAATCAGAAATCAAATGTAATCCAATATTTCTGCacatctagattgtatccagattgatttttgatagtcTGGACAGTCAGAAACCTCATGGAATCCAATATTttgcatatctagattgtatccagactGATTTTTAACCATATGACATGCTTTTTTCGGCGAATCAGATCCAAACTACATTTGGAAGTGGTTTGTAATGCTATTACaatcagatttgtacagatgCACCTggctgctcaaatcagattttaatgTGTCACTTTTTGCTTCACTTTTGTGTCACAGAGTGATTGAAGTCCAATCATGCCTGGACATGCAAACCTGATCTGACCATCTGTAAAATCACAGTGTGGACAGTcatctcaacagatctgattGCTGGGAAGCAAATTGGATTTACTTTCAgtcttaaaaaaatctaatagtctataattttaagaaaaacaaatatcgGAGCAATGTTGGCTTCAGACGATACTCAAGGTTTCCTTGTATCGATATTGGAAAAGAGATAGTGGCCTCGTGCCAGCTCTAATTTAGAGCCACAAACACGACTTCCTTATAGGAAAGTGACATGCTAATGAACTGTAGCACTGTATCCTCCCCACACTCAGCCTGTCGATAGTCTGTGCTTTTCGGTGCCCTCCAGCGCCAGGCTTTAGCCAGAAGGTGGGGCAGACAGCACAGAGGTTCGTCTGGTGCCCTCAGTCCCTCAGAGCTCTCCGTCCTCATCAACTGCATTGTCTAGTCCATTGCAGAGGAAAGCCTCCTTTTCATGTGACATGGCGTCCCCGTTGTGGGCGCAGGTGGGTTTGCATGAATCTAGTTCTTCATCAGGACTAGAGCGAACCAGAGCACCTTCCGAGCTGTGCCATATACCgtagcaaaaatatataaccaAGCCTGCAGAGGAGAAATCGATAAAGGATTAAAGGcactaaatatataatacaatcacaatatatttagtGACAAATACTAGCAAGAGAATTGGGATGAGCTCCGTGGTTTTTAGCATGGCACGCTCTTCACATGCcattatttcaataaataagttaattaaataatgcttGTAC
>TU242596
aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaacagtttGTTGTTTCTGTATTGATCCTCCAGATGGGAGTATTGGACAAATGCATTCTGAGCACGATAGCTGTGTTTCAAAGCCTAGACTGCTGTTAAAGTAGGACAGACCCTCTCAATAAGACTGTTGTATGAAGAATCCTTTTTAGTGGCCTATTGGTTTCACAAACGGAACAGTCTAACGAGGTTAATTTGTGATGTCACCATAAAGGACCCACCTGTGCTGTAATTTGTAGAACAAAAGTCGAGCCTTTTGCATTGTGCCACAGAAATGaaat

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko05410 Hypertrophic cardiomyopathy
ko05414 Dilated cardiomyopathy

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU242595 True 4652 lncRNA 0.38 3 25474053 25481191
TU242596 False 297 lncRNA 0.38 2 25459607 25476370

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC103043838 stoml3b,LOC103043838,LOC108444492,LOC107556874,LOC108277281,LOC102781741,LOC107685018,LOC107720596,LOC101474847 coding upstream 100997 25339588 ~ 25358610 (+)
proser1 proser1,LOC107556855 coding upstream 123011 25323348 ~ 25336596 (+)
LOC103040246 LOC108444483 coding upstream 166714 25288607 ~ 25292893 (+)
vasp LOC108423768,LOC107575450 coding upstream 223785 25216130 ~ 25235822 (+)
dmpk dmpk coding upstream 255925 25179724 ~ 25203682 (+)
LOC103025709 NA coding downstream 45352 25526543 ~ 25550096 (+)
LOC103044955 slc43a2b,LOC103044955,LOC108410672,LOC108277386,LOC107701113,LOC107720664,LOC107684998 coding downstream 75873 25557064 ~ 25586563 (+)
LOC103045464 pitpnab,pitpna,LOC103045464,LOC108276543,LOC105890453,LOC108237022,LOC108410689,LOC107386993 coding downstream 108632 25589823 ~ 25617224 (+)
LOC103045760 LOC108410697 coding downstream 144165 25625356 ~ 25643316 (+)
LOC103021428 LOC108410728,LOC108277327 coding downstream 600604 26081795 ~ 26691002 (+)
G179028 NA non-coding upstream 92271 25364307 ~ 25367336 (+)
G179007 NA non-coding upstream 142304 25260514 ~ 25317303 (+)
LOC111195080 tpte2,LOC108410538,LOC108276937,LOC107718790,LOC107701101,LOC107685006 non-coding upstream 199966 25257793 ~ 25259641 (+)
G179014 NA non-coding upstream 206058 25252524 ~ 25253549 (+)
G178998 NA non-coding upstream 291474 25167340 ~ 25168133 (+)
G179173 NA non-coding downstream 290472 25771663 ~ 25771948 (+)
G179177 NA non-coding downstream 397452 25878643 ~ 25878855 (+)
G179183 NA non-coding downstream 483452 25964643 ~ 25968792 (+)
G179239 NA non-coding downstream 919817 26401008 ~ 26401267 (+)
G179320 slc25a1a,LOC108424536,LOC107586170,LOC107708615,LOC107720673,LOC107554324,LOC108276564,LOC105890537 non-coding downstream 1313212 26794403 ~ 26799202 (+)
smpd1 smpd1,LOC107718723,LOC107720657,LOC107556869 other upstream 202138 25244161 ~ 25257469 (+)
LOC103032894 LOC108424565 other upstream 1004985 24447792 ~ 24454622 (+)
G178485 NA other upstream 2494618 22963447 ~ 22964989 (+)
G178388 hmgcs1,LOC108427280,LOC108277226,LOC107737058 other upstream 2750050 22689001 ~ 22709557 (+)
G178352 NA other upstream 2913477 22544640 ~ 22546130 (+)
LOC103024073 LOC108424537 other downstream 1349446 26830637 ~ 26879083 (+)
rnasek rnasek,LOC107554319 other downstream 1432559 26913750 ~ 26916344 (+)
LOC103038954 zgc:101846,LOC106525086,LOC108416226,LOC101161532 other downstream 2043111 27524302 ~ 27525441 (+)
G180235 erg other downstream 5658153 31139344 ~ 31151095 (+)
G180266 NA other downstream 5952007 31433198 ~ 31433909 (+)

Expression


Co-expression Network