G180173 (kcnj6,LOC107744206)


Basic Information

Item Value
gene id G180173
gene name kcnj6,LOC107744206
gene type non-coding
species mexican tetra (Astyanax mexicanus)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035916.1
NCBI id CM008319.1
chromosome length 36262418
location 30964001 ~ 30973699 (+)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome

Sequence

>TU244086
GAGCATTTAtaaatcaacaacaacaaaatcagGATGACATATCTCTAGAAACACTAAATATGAATATCGTACCATATTATGGCTTCTTagttaaagagtttaaaaatcagtatctAAAGGAAAAACAGAATGAAGGAACTAAAGGTAAAAGTATGCTCGGTGTTCCTGACGTAGCACTTCTCCCTAACAGAGAAACGGAGGAGccagagtatgtgtgtgtgtgaggatgagAGGAGGACCTGATGGAGAAGAACCTCAGTGTCTGGGCTGAGTGAATTGGGgggctgttgtgtgtgtgtgtggtgtgtggggcTGCTCTCCTCCTCTGGATGGGTTGCTGGGTGTGTGGAGGAGCAGGTTTAAAGGGCACTTCAGCATTTATAAAGTACGCTGCTGGAGCTACAGCGCACAACACCTCTCCACTCGCTCCCAGAGGAAGGACAGAGAGAAGCTTAACTTCCTCACAGCCTCACAAACTGTCTTCTCCTAAAAGTGCTCAAATCGATGCCctcattcattctctctttatctctttctctctctgtgggtGTTGAACCATACTGCTGTTAAACATTTGGGGACAACTATCTTTCTGTTTGATGTATTGGTTTATAAAGGTGCCATTAAATGCAATagcctttttttgtattttaattgtaGATAGATCATCgttttacacacatacattatttataatCATATTAAAGACAAGTTCTGCAATATCTGACACAGAAGCCACATAACATAGCTTAGTTTAGCATAGCTTTGTTTTTTAGCACAGTaactaaaaattgtaattgtatatGTTTAGTAACTATCCAGACTTTAATTGAATAATCCTGTTagtacagtgtgtgattagCTAGTTGAAGAAATATATGGCTTTTGAGTAGTGGAACCTTAGAAATACCATTTGTATCACTTGATAAATTGCATTTGAACAgacttttatctattttttcctACTCAACAGGACTAACACTAGGAGAAGTGcaggctagcacatgcctcctccaatgcATGTGGTCAGCTACAGCTTCTTtaccaactgctgctgatgcagcatcacccGGTAGCCATTTAGttcactcagaggaaagtgcagcactccagctctgatacatcagctaacagacacctgtgctgacctgccatctacccacccagagaaagctctcagactctggctgctgatgcctaTTTACGTAGCAAGGCTAGTTCATGTCTCAGAAGACAACAACAATAACTGGAGCACCGTAATCTCAATGAATCAATTGGCTGTTGCCTGTTATAGTGCTAACATAGTGAACTAGGGCAAATATAGTGTATGTTAAtgtgaataaatctacactctttaaaaacactttaaggTTTTTGCAACTAGTCCAGCTTAAAATGCTGGTTAATGGATTGGTTATGtcaaatttgaatttgaaagaTGACACACTGCTATATATCAAGCTTACATAATTTTTATCTATGCCTGTATAACTAAGTTTTGAGAGGAGGAACATGCCGCCTGAAGCTCCTCCCCTTTCTTTACTAACATCCTACAACTCCTCTTGACTTCTCTTATTTATCATGACAAGTTTCCCTCCACCACCCCATTTAGTCCCTGTAACTCTGTTATATCTCCTCCCTGACTCTGATTATGGGACAGGGGGGCTTACTTTCTATGACAAGTTGAAGCTGTTCGAACACCAGCCCAAATTTCTCAGAGTCTTCCTCTTCTCATCTTTCTCAAGCTGATGGCATGTTTTGAActagcaaaaatattttttttacattttagggcaCCTTTAACATGAAATAACTGCTTTTGTTGCAAACAATatgaaaagtatattttaaaaacacacattgaaGTTTTTGTGGCCCAAATGTGATTGCAAATCTCCAAAAGGTTTATGAGTTGATTAGTGCAAAAATCACAGCAAGGCTATTAAAATGTGTACAACCTTAAATTAttacaaaacagcaaaacaaaactaaaagctAGATGTCCCAAAACGATAGCAGATAGTCATTGATAAATGTACTTGCAGGATAATTATTGTGAACATATTTTAAAGCTTAATTCCACAGATTTTTTAGATCAGTGTTTCAGCATAATGAACTGGTTTGGATGTGATCAAAGTCATTGAGTAGAATGGTTTGTTGTTAAATTCTATATTCTAGATAAACATACTCTAGTCAGTCATGTGATACAAATGTTGTTCAAGTGTTACCTAAGGGAAGAGCTTGGGAATACCtgcacctgtataagttgtgaggttggGTTATCTAGttagtgaggttgaacactggccagcatacTCAGTGTTTGGCAAGGCGACTTGAATTTTTGGTGTTTTATCGAGGCTTGACAGTCTGGCATTTGATTTTTTCGATgttgtgcaggcatttaacattccttggaTGTTCTACGTTGTCTCATGTGTACCGGCAATAtgccatagaaggcattaccacccacagtggacagtcaCAACaacacagtgggtggtaatgatcatgaccggcggtgtctggctagaactgtctgtGCAAAAAGACATTCACATTCAATGCATTAAACCCACAGGCAGTGGCACATTcacatggcaaaaatcatgggacacttGTTGGGATAatagttcctgtcccattacttttggcatgtcagcgtATACGCATACTGTAGCCTATTAAACCACTCAGAATGACCTTGTTTCCATCAGAAATACTTAATTTTACTGAAATTTGAAAAATCAGTGGAATTGAAGCTTTCTTTAAAACGTGAATgtttttgaatgcattttttgtgatattgccCAACTTTCCTAATAGGTCAAAGATGCATATAAAGAGTATTGAACTGCTAAAGATACAAGACTTCTTCTGTATGTTACAGATTTCAAACTACCTCCTAATACTTCATTGTATCTCTCAGTGGCCTTCCTAATGTTCTGTGGCCTGCTAAGTTGATCTATTTTCTTTGAggttaatagcaaaatcagccACTATCAGTGGCGGCTGTTGTAACATGATTCTGAAGAAGACGGTGTAACACTAGTTTCATCCATTACAGATTTATTCATTGTTCTGTTAAAAAAGCGGAAAATAAGGGTTTAAATCTGCAGACTGTTGCAGATGAAGTTTAAATGACTCGGTAAACGAAACACTGCTTCCACTCGATCCTACTCCTACTGATTGCTTTAGAGATCAGGGGTCGGTCTCTTTGGTTTCTTGCGTCCAGTGTGGGTTCAAGAGGGAAGTGAACGTTTGAGAAGACCTAAAGGTGTCTGTAAGAGAGTGAGGTATGATTCCCAAAATGTAGAGAAAAGTGTAGCATTGGCTTAGGCATATACTGCAAATATGTTTGGCaatgtgttctgttttttttttttttcattgtgtaGAGCGTCTATTGAGGAGTAAAAGAGCCTAGAAGAGGGCCGACTCAAGCTCAGCCCCGCTGTTAGTGAAGGGGAAAACGTTTTCCTCGTATGGCTGCGTCTGCCAGATGACAAAAATgacaattaaaatagaaaatattccTCAGTCTTCAGGGAGAACATGTGCAAACAGCACACCATGAGTCATCTGGGAGATCCACACTCGCACAGCACCTGAGGCCGAGGGCACATACACTCGCAtgcatgcagacacacacacacacacacacacacacacacacacacagcaaactcTCTCCAGCCTTCTGTTCGAAAGTTAAAGGTGCGAAGTATCAAGAGTCTGCCAAGACAGAAGGAAGAGTTTGGTGACAGAATTAAACATCCTTGACTTTCTACTTTGTCTTTTACTCCAAATGTAGTCAATCAACCaagacatatattttatttgtgactggagtttgcttctttagtttgCATTGAACCTGCAAAGCTAATATAGACAAGAAGTAATGGAAGCACCCATTTGAGCTTGGATGTCAGAATTGCCTCATTTCAAACAGGACATTTTACCTTGTGCGCTCCTCCAGGTCAGAGTTCCTACTAGTTGGAAAATTGGGAGAGTCTCACCAACATTAGGACCCCAGGGGCATCTGCCCCAGCTAATCGGGatccagtaaataaaaaataaagtttagaaTTTAAgatcccagctaacagagaacattaaaGGAACGTtgatcaatattttaaaaaaggttccTGAAAGGTTAGcttgtaacattacagaaataatgttccaagAATGAACAACAGAATGTTAATAGAACATTTTTCACATAACATTCACAACTAGACgaatagttaaacattttggaaatgtaaaagtaacattcccaaaacaagcaaacaaaaaaaataattaagtgcCATTGCAGTGAggttaccagaatgtttaaaaaaacattgttctaCAGCGATCCTGAAAACTGGACAAATTGAACGTTAtaagaatgttaactgtaacattcacaaaatgttctactaaacaaaaattgttagctgggatGGCTGCGCTGCACATTACCAGTAATAACAGCAGTAGTGTTAAAAACTACACAGTACTGTGCAGCTTCTGTGGATAGTTTTCTATAGTGTTTGGATGTGCAAAATCCTGCATAATACACTGTTATCAACTAGGGGTGGCCTaacacaatgctaacaatgataGCTGATATCTGAATGTTTAACTGAAATGCAGACAACTTGGTTGTGAGGTAAACAGAATGCAGCATTAGCCTCTATCAAGTCTAACTGTCTGTCTAAGCATTATGCAAACTatatatctacctacctatctaacTGCATTTCCACTGGTAACATAATCTTAAGTTGACCTGCTTATGTGGTTTCTAACACTGTATCCCTGCTAAAAAACATGCtgctattaaaattaaaaacaaaagaataggCAAAATCCAGACTAAAGATAGCTGCTACGACTGTTATGCTatggaaggtttttttttttttttttaaagacagtaGTGAAAAAACAGTCATACAGTGTCAAAAACCACATCAGCAGGTCTATTTCAGATGACG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Function

symbol description
kcnj6 Human ortholog(s) of this gene implicated in alcohol use disorder and heroin dependence. Orthologous to human KCNJ6 (potassium inwardly rectifying channel subfamily J member 6).

NR:

description
G protein-activated inward rectifier potassium channel 2 isoform X2

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU244086 True 9628 lncRNA 0.40 3 30964001 30973699

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
dyrk1a dyrk1a,dyrk1aa,LOC108411986,LOC107676490 coding upstream 13071 30935257 ~ 30950930 (+)
ttc3 NA coding upstream 39052 30876529 ~ 30924949 (+)
ripply3 NA coding upstream 109846 30850265 ~ 30854155 (+)
sim2 sim2,LOC106603444,LOC107572951,LOC107676491 coding upstream 173264 30761463 ~ 30790737 (+)
riox2 mina coding upstream 289223 30657193 ~ 30674778 (+)
kcnj15 kcnj15 coding downstream 138316 31112015 ~ 31116695 (+)
ets2 ets2 coding downstream 264089 31237788 ~ 31244884 (+)
mpzl1 LOC108423808 coding downstream 321366 31295065 ~ 31314439 (+)
LOC103032011 NA coding downstream 375542 31349241 ~ 31360268 (+)
LOC103030242 chordc1 coding downstream 1099928 32073627 ~ 32086443 (+)
G180167 NA non-coding upstream 36667 30926205 ~ 30927334 (+)
G180166 NA non-coding upstream 48851 30914616 ~ 30915150 (+)
G180151 NA non-coding upstream 105529 30763569 ~ 30858472 (+)
G180152 NA non-coding upstream 161127 30798994 ~ 30802874 (+)
G180102 crybg3 non-coding upstream 282604 30677868 ~ 30681397 (+)
G180174 NA non-coding downstream 11313 30985012 ~ 30985241 (+)
G180228 NA non-coding downstream 122674 31096373 ~ 31097005 (+)
G180233 NA non-coding downstream 145414 31119113 ~ 31120310 (+)
G180237 NA non-coding downstream 236513 31210212 ~ 31230637 (+)
G180260 NA non-coding downstream 421287 31394986 ~ 31395348 (+)
LOC103038954 zgc:101846,LOC106525086,LOC108416226,LOC101161532 other upstream 3438560 27524302 ~ 27525441 (+)
rnasek rnasek,LOC107554319 other upstream 4047657 26913750 ~ 26916344 (+)
LOC103024073 LOC108424537 other upstream 4084918 26830637 ~ 26879083 (+)
smpd1 smpd1,LOC107718723,LOC107720657,LOC107556869 other upstream 5706532 25244161 ~ 25257469 (+)
LOC103032894 LOC108424565 other upstream 6509379 24447792 ~ 24454622 (+)
G180235 erg other downstream 165645 31139344 ~ 31151095 (+)
G180266 NA other downstream 459499 31433198 ~ 31433909 (+)
G180460 cct8,LOC100304907,LOC107693911,LOC107701129 other downstream 1291299 32264998 ~ 32273798 (+)
ufm1 ufm1,LOC107701138 other downstream 2076543 33050242 ~ 33067932 (+)
LOC103026201 LOC108277347,LOC108423746,LOC106604019 other downstream 3199225 34172924 ~ 34328970 (+)

Expression


Co-expression Network