LOC103022948 (hnrnpd,LOC108440733,LOC108276832,LOC107702593)



Basic Information


Item Value
gene id LOC103022948
gene name hnrnpd,LOC108440733,LOC108276832,LOC107702593
gene type misc
species mexican tetra (Astyanax mexicanus)
category of species ornamental fish

Chromosome Information


Item Value
chromosome id NC_035916.1
NCBI id CM008319.1
chromosome length 36262418
location 22493440 ~ 22502159 (+)
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GGTAACACAATTCGTCAGGACACCGGTGTGTGGCAACGAGGAGTTGACAGCTGGCAAAACCGATCAACTATAGGTTAGCTAGGCTACATTCCTGCCGggatttaaatcagtttttattattttctaagaGAATAGATGCAAATCTGTGTTAGCTGAGTTTGCTGGTGATTAGTATAGAAGCAGGTTAGCAGAAACATTAGTAGTTAGTTGCCAGATTCCCGTAGAAAACGACCAAACATGTCGGAGGAGCTGTTTGGCCTGGAAGACCCGAGTATGAAGATGGAGGAGGACGGGGAGGGGGGTGGAGAAGAACAGATACATGCCGGTGGATCAGGAGACGCTGAAGGATCGAAGATTGATGCCAGTAAAAATGAGGAGGATGAAGGGAAGATGTTTGTTGGAGGGTTGAGCTGGGACACAACAAAGAAGGACCTTAAAGATTACTTCTCCAAGTTTGGGGAGGTTGTAGACTGCACTTTAAAACTAGATCCTATGACTGGACGATCCAGAGGCTTTGGCTTTGTGCTGTTTAAAGAGGCTGAAAGCGTGGAAAAGGTAATTCAGCAGAAAGAACACAAGCTTAATGGTAAAGTCATTGACCCGAAAAAAGCTAAAGCCATGAAGTCCAAAGAGCCTGTGAAGAAGATATTTGTTGGTGGCCTTTCGCCAGATACTCCTGAGGAGAAGATCAGAGAGTATTTTAATGCGTATGGAgagGTAGAGTCAATTGAGTTGCCAATGGAAAACAAGACAAACAAAAGGCGTGGTTTCTGCTTCATCACCTTCAAGGAAGAGGAGCCAGTAAAGAAAATCATGGAAAAGAAGTACCATAACATTGGCCTTAGCAAGTGTGAAATCAAGGTAGCCATGTCAAAGGAGcagtaccagcagcagcagtggggTGGAAGAGGTGGATACCCATCCAGAGGTCGGGGGAGAGGGGGACCTAATCAGAATTGGAACCAGGGTTACGGCAATTACTGGAATCAAGGTTATGGAAATTACGGAAACTACGGCTACAACAATCAAGGCTATGGTGGATACGGGGGCTATGATTACTCGGGTTACAACAACTACTACGGATATGACCAGCAGAGTGGCTACGGCAAATCTCCAAGGCGAGGTGGCCACCAAAACAGTTACAAGCCGTACTAATACATAAACTCCAAAAAGTAGATacagCGGGGACTTCCTTGCAGGCCATGAGCTGACCTCCCGATTCTCTCAGGCCCGCTCAATGCGGACAGGGTACGAGAGGCGTACGCTCTCGAATGCTCCCATTTGGTGGGGCAGTGTGGTTCGAGGAGAACGTTGAAGGAGTATATCGTAGTCAAGTCAAGGCTAATATTTATAATGGAGTGTTAATGAAAGGACAAAAACAAAGGTCTTCATTTTAACCGCAGCTACTGGCCACGCCCAGTAGAGCTTGTCTTTGCCAGATGTTTGATAAAGGTGGATATTATTGATGAACAAAACAGTAACACACCCTAAGACAGTGTAACACGCTTTGCTGTAGTCAAAAACCTATTCTTGTTTTGTGTTAAGTTTATATGCTAAGCTCTGTTTATGTTTGTGGATCTAAACTTGTGTAAGTGTTGTGCTACTGCTTCATGAACAGCAAATCATTTGTAATTTTCTAAAGTGagtatttattagaaaaaaatgagtaCAGATGTcgtatagtaataataatattattattattaatttcaaaTAGGCTTACAGAATAGCATAAACTATTGAGAGATGCAATGGacgaaataataaaatgtgtatgtgAAATAAGTTTCTTCCTTGTGAGCATTCCACACTCTCTTTATTGCCAGTGTTATCATCTGTTGTCTTACATGATGAACAGTATTTACAAGCCAGTCAGTATTTCCTGGGGTAAACATCAGTTTAGTTAAAGTCTTGTCCAAATTCAAAGAAAGACAGGAATGCAAgctttaatttcatttcatttggaGTGAGACATTGGAATATACAAGCTaactattacaatatatttacttcataaaataaatggtataAAATGCAAAGtccaaaatgaaataataaaaaaaatacaatcaaaaacttccttctttcattttttttcttaggaAGTGACTTGGAATGAATCACCTACAATAACAAGTTACAGCTATACAGGTTTCAAAGGTCTGGAGGAAGCTATCTATAGGTAACAATTAACTTCAGCAGTGTAATCTCCAATTTTGTAGTGTCTGATGGAACTCAAGAACAGAAAAATTGATTTGTGATTTACTTTATCTGCAAATAAAGGTGATATAAACTCACAGTGCTTAGTCTCAAAGTAAATAAGTCTATAAAAGGGAGTGgaattttgtatatatacaatTGTTTTTACAGAAAGTACGTTTTTATATCAGTTATATTTACATCACGCATTACGTTTCATTTCATGTGAAATTGAAAATGTGGAAACAAAACAATTGAAAAAATTAAGAcctattaacaaaaaaaacaa

Function


symbol description
hnrnpd Enables mRNA 3'-UTR binding activity. Predicted to be involved in regulation of gene expression. Predicted to be located in cytoplasm and nucleus. Predicted to be active in nucleoplasm. Orthologous to human HNRNPD (heterogeneous nuclear ribonucleoprotein D).

NR:

description
PREDICTED: heterogeneous nuclear ribonucleoprotein D0-like isoform X2

GO:

id name namespace
GO:0003676 nucleic acid binding molecular_function
GO:0000166 nucleotide binding molecular_function

KEGG:

id description
K13044 HNRNPABD; heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A/B/D

RNA


RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
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XM_015603623.2 False 3638 mRNA 0.36 7 22493440 22502159
XM_022681263.1 True 3650 mRNA 0.36 7 22493440 22502159
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XR_002651460.1 False 2488 misc_RNA 0.39 9 22493440 22502159

Neighbor


gene id symbol gene type direction distance location
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LOC103047607 LOC103047607 coding upstream 158897 22322720 ~ 22334543 (+)
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LOC103022635 mat2al,LOC108440739,LOC108276530,LOC107732036,LOC107653488,LOC107573852,LOC102202437 coding downstream 7729 22509888 ~ 22515585 (+)
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ankrd55 ankrd55,LOC107670032,LOC107737049,LOC107702571 coding downstream 337349 22839508 ~ 22863383 (+)
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G178289 NA non-coding upstream 179146 22313170 ~ 22314294 (+)
G178282 NA non-coding upstream 390394 22102749 ~ 22103046 (+)
G178344 NA non-coding downstream 14372 22516531 ~ 22524073 (+)
G178368 tln1 non-coding downstream 102836 22604995 ~ 22605572 (+)
G178381 tln1 non-coding downstream 127752 22629911 ~ 22671830 (+)
G178392 map3k1,LOC107670047 non-coding downstream 205589 22707748 ~ 22708401 (+)
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hnrnpdl hnrnpdl,LOC107715891,LOC107702595,LOC107653490 other upstream 1937 22486823 ~ 22491503 (+)
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LOC103046694 LOC108440723,LOC108277161 other upstream 178133 22127121 ~ 22315307 (+)
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G178352 NA other downstream 42481 22544640 ~ 22546130 (+)
G178388 hmgcs1,LOC108427280,LOC108277226,LOC107737058 other downstream 186842 22689001 ~ 22709557 (+)
G178485 NA other downstream 461288 22963447 ~ 22964989 (+)
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Expression



Co-expression Network