XLOC_000761


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_000761
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007112.7
NCBI id CM002885.2
chromosome length 59578282
location 55717578 ~ 55721415 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00003236
GAAGACCACTGCATGTAAACAGATCAGGTAAGATCATCTTTATATTCTTTAATCAGAAACTGATTAGTTATTGTCACTTCATCCATATTTACAGTGGTATCAGTAGCTGTTTGTAATAGGACTGGTTTTCGAGGAGACGCTTATAGACAGCGttgacatttaataaaacagacattagccatcatttaaaacaaaatctacACTTTTCACTCTTTATCTTAccttcagatttttatttatctaattacaGGAAGTTACTATAGCTttttaaaatgctgggttgtcatataagccaatgttgggtcaaatatgaacatatCGGTTCCTAAAAAGTACTGACGTGTGTTTTAGTAAAGGTATCGTCCCGCTGACAGCTTTGACACAAATACTATAGTGTCTTTTTGAACACTGCAGTGTTACTTTCTGTCATTAGTAAAGTACCTGAAATAAGCTGTTGTGGTAAATCTATAGTTGCTCATTTATGCTGTGATATTTAAATGAGTCAAGCCCAAACACTGGATCAGTTGCTCAGTGATTAAAGACTTTTTGTTTGATGTGAAACAGACTTTACGAATAAAACAAGTCTTGACAAATTCTGTCACCTCAGGCTAAAGCCGGTGataaaaagtatttatatattaaatttgtgtattttattgttgtgatttttTGCTTACATATTAAAGTTGTAAAAAAGGCGGCagggtggctaagtggttagcactgttgaagaaggtcgctggtttgagtctcggctgggacatttggcatttctgtgtggagtttgcatgttctttctgtgttggtgttggtttccCTTCGAGAGtttcgttttcccccacagtccaaacacaggtGTATAtgtgaattagattaactaaattggctgaagtgtatgagtgtgtgtgaatatgagagtgtatgggtgtttcccagcactgggttgcagctggaaggttatccgctgtgtaaaacatatgctggaatagttagtggttcattccactgtcccctgataaataaaggactaaaccaaaggaaaataattgaagttgtggaatatttattttttcatttttaattttaattttaattcatcaAAATGGTTTTATCGTGTGTCTGTGTTCAAGCAGTCTCTCCTGGAATTTGCATGCAAAAATTCTGATATTTCCAGACTATAATAATGATTGTTCAGCATTTGTGTGGTTCTGCAGTGGAAATATACACAAATCTAAGTGCTGCGTTACTTTTCTGACCTCAAGAGCTGTTGGTCTGTGTAATTTACAGGGAAAGTGTTTACATCTTAACCATAAAGCCTACCATCATATCTGACACATGACccaaaattatgtaaataaataaaactttagatCTCTTCTGCAATGGTTTTAGAAAAATCATGTTAGAATTTGAAACTTGagcaattaatataaaaatacaccaGGCTCAAACAGGTTTTGGCTGAATGAGTGTCTGAAATGACTCACAGAATCAATGAGCTGTGTTTATGACAACTCCAGGTATCACACATCAGATGAGCATTTTCTATAGgtgaatataatattaattaccaTCAATGTTGTGtcatttgcttgattttgcatGTTTGTAAAATCATTATATCTGGAGGGACTGCTAAACACAACAGCTTCCTGTTTTCAATTCATAGTTGGTCAAGGAAATTCATCTATGTAAATGGCACGGAAAAGCCAGAGAAtttgatatctatctatctgtctatctatatatactcaccagccactttattaggtacaccttactagtactgggttggaccccttttgccttcagaactgccttaatcctttgtggcatagatttaacaagatactggaaatattcctcagagattttcctccatattgacataatagcatcacacagttgcagatttgtcagctgcacatctatgatgtgaatctctcattccaccacatcacaagtgaggggtctggatgcagacctggtgtagtgcaatctgagctgcatccttTACTTTTTAAtgagctcacctaaccccactcctaaccctactcctcacagtgacgtcactttCTCTATTGataaacatggtcagcaacaatgctgaggtaggctgtggtgttgacacaatgttcACTTGGACCATTGTGTGTAAAccgtagagatggttgtgcatgaaaatcccaatagatcagcagtttctgaaatactcagaccagcccatccgGCTCCAACAACCATGCCTTGTTCAAATTCACTTAAAACACCTTTCTTTCTCATTTCCCATCatcttggccatgtctacatgcctaaatgcattggatTGCTGCaatttaggatcatataaactagaaattccaagagttcagttaaAGCAGTTAGGCAtattcacatcaagactgaaatttagctgtgcctttattaAATGagtactgtgctacgtccgacagattgcactgtTATGTCTTTCTACcacttttcattcttttataacctgttttaacacattttaatttttaataaaatgtttttataataattctgtttttataCTATTTGtgtgtattcatatttttttcttgaatacgtgtctcttttatttctgtttatgtaaagcactttgaattgccactgttcgtgaaatgtgctatataaataaacttgccttgctttgccttGCCATGTGAAtggcttattagaaatttgtgttaacaagcagttggacaggtgtacctaataaagtggctggtgatatttatatatatgtgatatataaatagtacatatgtatgtttttttaaatgtttttaaatattcttagCGTTATTTAGCAGCTTTTAGCAACAAATTTGCCTTTGCAacttataaagaaaaatattttccgaTTTTTGGTGTGTTTGTAATTTTAAATTCTaagttatttagaaaataatGGCTAGAGGACTTAAAATTAATAGTTTGTCAAGTTCCTCCtactaatttgtttaatttgcaGTCAGTGCTTTGGTTGGTTGATGAAAAAACTACACACTGCTGGACATCGGATCCCATAATGGAGCTCGTTGCTTTCAAAAGTAAGTTTCGATTTTTCTATttagattaagaaaaaaaatagtacatttaataatttattgatttgTAAACCAAACAACACATATAATTCATAACAATATGCAGGAACAGTGTTGCATAACATTACCTTTCCTTCATCTGTAAGCCAAAATCTATCTAAATGTATTAAACTCTATCAGAAAAATGGCATTTATTGAAATGgttaaattaaaagcaaaacgGGTTTTGTgtcacaaaaattaaaattagtCAAATGGCGCCACCTTGTGTCTCTGAATGGCCGCAGTTCTCTTTTGTGAGCAGTGAGTAGCCTACAGTTCAATTTATAAAGCCAGCATGATGATAttggttattttttgttttcatctcAGGTGTTGTACGGTTGCTGTTGACTgtcgtcactttaagctgttgtAAGTGTAAGCCAGCAGTGTTGCAATACGTTTTTTAATGCAATTGtttacattaattacattaatctTACAATAATTACTGTTAAAACGTGACAAATTTAgtaatttagcagatgctttagcAGTTGTCTATGACAGGATGCTAATAAACATCAGTTAATCTCACTTACAAAACAGATCTAATATGCtggaataaaatatttacaaataaacacagtttaaaGCTGTTTTACTACCTGAAAGAAGAGAGTCAGTACTGAGAAACTCTCTATCAGAAGAAAGAAGTTAATCTGGTTTGTCATTTGCTCTTTCTGATCACATCTTCCTCTTCCTCAGGTTTAATATCCccc

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00003236 True 3838 lncRNA 0.35 1 55717578 55721415

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_000759 adgre6 coding upstream 10242 55703120 ~ 55707336 (+)
XLOC_000758 NA coding upstream 38131 55678912 ~ 55679447 (+)
XLOC_000757 adgre8 coding upstream 49188 55662491 ~ 55668390 (+)
XLOC_000756 adgre7 coding upstream 71165 55643198 ~ 55646413 (+)
XLOC_000755 adgre18 coding upstream 100423 55608520 ~ 55617155 (+)
XLOC_000762 adgre17 coding downstream 2455 55723870 ~ 55728458 (+)
XLOC_000763 adgre10 coding downstream 8790 55730205 ~ 55747003 (+)
XLOC_000764 tecrb coding downstream 31178 55752593 ~ 55777154 (+)
XLOC_000765 crb3b coding downstream 459001 56180416 ~ 56184928 (+)
XLOC_000766 c3a.2 coding downstream 508259 56229674 ~ 56266731 (+)
XLOC_000745 NA non-coding upstream 240443 55370138 ~ 55477135 (+)
XLOC_000768 NA non-coding downstream 695223 56416638 ~ 56556305 (+)
XLOC_000772 NA non-coding downstream 839811 56561226 ~ 56604352 (+)
XLOC_000773 NA non-coding downstream 841412 56562827 ~ 56564352 (+)
XLOC_000774 NA non-coding downstream 848099 56569514 ~ 56603810 (+)
XLOC_000775 NA non-coding downstream 938782 56660197 ~ 56662651 (+)

Expression


Co-expression Network