LOC103042817 (hmgcs1,LOC108427280,LOC108277226,LOC107737058)


Basic Information

Item Value
gene id LOC103042817
gene name hmgcs1,LOC108427280,LOC108277226,LOC107737058
gene type coding
species mexican tetra (Astyanax mexicanus)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035916.1
NCBI id CM008319.1
chromosome length 36262418
location 22679197 ~ 22693932 (-)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome

Sequence

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Function

symbol description
hmgcs1 Predicted to enable hydroxymethylglutaryl-CoA synthase activity. Acts upstream of or within animal organ development and oligodendrocyte development. Is expressed in several structures, including digestive system; immature eye; nervous system; pectoral fin musculature; and yolk syncytial layer. Orthologous to several human genes including HMGCS1 (3-hydroxy-3-methylglutaryl-CoA synthase 1).

NR:

description
PREDICTED: hydroxymethylglutaryl-CoA synthase, cytoplasmic-like isoform X2

GO:

id name namespace
GO:0008299 isoprenoid biosynthetic process biological_process
GO:0004421 hydroxymethylglutaryl-CoA synthase activity molecular_function

KEGG:

id description
K01641 E2.3.3.10; hydroxymethylglutaryl-CoA synthase

RNA

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Neighbor

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ddx4 ddx4,LOC107740783,LOC107670045,LOC107715859,LOC107665473 coding upstream 205544 22899476 ~ 22907374 (-)
nrg1 nrg1 coding upstream 562593 23256525 ~ 23403475 (-)
wrn NA coding upstream 717251 23411183 ~ 23453696 (-)
G178436 NA non-coding downstream 131217 22511049 ~ 22547980 (-)
G178441 NA non-coding downstream 152286 22519464 ~ 22526911 (-)
G178440 NA non-coding downstream 155588 22515661 ~ 22523609 (-)
G178417 hnrnpd,LOC108440733,LOC108276832,LOC107702593 non-coding downstream 179950 22493456 ~ 22499247 (-)
G178416 hnrnpdl,LOC107715891,LOC107702595,LOC107653490 non-coding downstream 187692 22486845 ~ 22491505 (-)
G178452 NA non-coding upstream 55581 22749513 ~ 22750079 (-)
G178505 NA non-coding upstream 176226 22870158 ~ 22880309 (-)
G178521 NA non-coding upstream 214860 22908792 ~ 22913269 (-)
G178528 NA non-coding upstream 236177 22930109 ~ 22930968 (-)
G178550 NA non-coding upstream 424776 23118708 ~ 23188801 (-)
G178450 NA other downstream 6514 22672132 ~ 22672683 (-)
LOC103023660 LOC103023660,LOC108440734,LOC108276836,LOC106926931 other downstream 169414 22501318 ~ 22509783 (-)
G178426 NA other downstream 222418 22455497 ~ 22456779 (-)
G178267 grin3a,LOC107710005,LOC107750958 other downstream 745366 21933519 ~ 21933831 (-)
G178173 NA other downstream 1383364 21291522 ~ 21295833 (-)
LOC111195067 NA other upstream 241558 22935490 ~ 22941664 (-)
sh2d4a sh2d4a other upstream 251229 22945161 ~ 22957226 (-)
G178982 hint1,LOC107665476 other upstream 2437050 25130982 ~ 25134156 (-)
LOC103025094 zgc:171929,LOC107690845,LOC107575147,LOC107671611,LOC105905449 other upstream 2509393 25203325 ~ 25207386 (-)
thsd1 thsd1 other upstream 2599743 25293675 ~ 25303083 (-)

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