G183468


Basic Information

Item Value
gene id G183468
gene name NA
gene type non-coding
species mexican tetra (Astyanax mexicanus)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035917.1
NCBI id CM008320.1
chromosome length 21661149
location 9907117 ~ 9916732 (+)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome

Sequence

>TU248563
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>TU248565
CTATAAATGGAAGCGAGATCCTAGCTGAAGCAAGACCCAACCATGAAGTAAAATGAgtttagtaaaaatgtaaaaaatcattcaTGTAAATTATCACATTTATAGTAAAAACAATCAATTTTATAATAGtatataacaaaaacaatgagAAGGACAGTTGTTGGAGTGTTGGAAAAGTAATGTTGTCccatacatttttgttttatgatgCGACAAATGCTTTTTATTGGTGAAAAGTCTACAGTGCAGTCTCCTCTTGTGCAAAGCCATGCTTTTGTGATGGATTCAGTATGTGGttgagcattgtcttgttgtaaTATGAGATGTTATCTGGAGCTGTGTACCTGAACCTTATGCCTTGTGCTCCAGATTCACTTCAGAATCTTTGACGATATCTCTGAATTCTCTGAACGATATTATGGCCTGTAGAGGGTGGGATTTTTGCAAATTTCTATGTCCATCTTTGCTTTTAAGAAGCTCCGTCTGACTAAAATGCTCATTTAACACCCAGTCATGTGAGTTAgaatgttttcacacctgcagttgGTTTGTCTGGTGTTAATCCGTTAACAGGTTCGTCTTTTGCCCCTTCCCAATTTTTTGGAGACTTGTTGAAATGTGAATTTAGCTGAATTCATATTCAGGATGTCAGTGTCCAAATGTGAAATCATGTCTCATCCAACCTTTAATAATAGACCGCTTTGTGTACCTGTGAAGCCTGGGCCAGCCGTTCCATCTTCTCCTGTATGGTACGAGAGGACAGCCTCTGTCTGGAACTGAGGAATACAGTCATTTTATCATTATTGAAATCTTCCTTGAAAAATCCTCCAAACTAATGATAACTTAAACACATAAGCAGTGGTGTTTAGGGTTTCATACTTTCTGGAAAGTGCAGGGTGCTGCTCCTCCTCATCGTTAGATCTCTGAGTGAATACaaaattagacattttaaaaatgtttttgtgtggCTGCATTCAATTGTAAAAGTTCTGTTTTTTATGCTTACCTGGTTGGTTTCAAATTTCTTTGCTGTGATCCGCaaacttgcactgtcaataaaaTCAACAATTTTAAAAGCCTAATTTACTAATTTAAGCTATTTTGAAAAGTTCAAACATCAGTTCAAAGAACCCTTCTCATTATAAACGAGAAACCATCATTGCCTCCTATAAAggctttttcatgtttttcatttgaTAATTATACCATGTAAAACTGAACTAAAGCCATTACTATTACTGGAGGAATCCTTTATCCTGTGTCTATAAGTAAACTAGTAATTTAATACTTTGACTAAAATGGAACAcaaacaaaattacatttttccaaaaaaaaaaaaaaaatctatcactACATTTAATTGTTAGTTTTGCAAATCTGACAACAAAGGCAGATTTAGATTTGAGATAGAGACCCTCTATGTGTGACAGTGATGAAGGGGCTGGGGCAGGCTGCATCTAGTGTTTATATGAATGGTCCAAAAATGTTATCCTCTTATACAATAAGGAATTTGTGGTGGATCTATGATGGAGAGCTGAACAGTGCCTCCTGTAGCAAAGCAGCCACAAAGCATTTCGATTTTCATGCCTTACAGCAGGTATGGGCTCTCATTCTTCAGAGTTGGGTTTACAAACATGCCTTCTATTACTGTGTCCTGCTCTTTGTCTGGGTGTTCTCTTGTGAAGATGGTTCCTCTACTGTCTCTTTCATCAACAGCTGGAGTAAtggcagtatagtatagtttgaGACCTTTTTGTGCATCTTTTAGCTCTGCAAGTCTAGTCTCAGTCTAGGTTACTTACaggaaaagtgtttttcttgTGATGATgttttacagaacattttataagacattttttaataaaatatctcaatcacaaaacattatttaaataaagatcaACTGTGCAtatgattaaatatgttaattttttttaagttaaaatgaCTGCTGATTTTATGACTGCTTACTTCTTTAAACTGTGTctataagtacagatttattattacaaatatgtaTGTAATACGTACCTTCTTTGAaatggcatgttttcctcctctttcttcttTAGTATCTGCCAGTGAAGCACAGTTTTAGGTTACGgtttatgttttaagtaaaatattaacAGTTCTTTAGCAAAGAACTGTCCAAAATAGCTGGGACATGGTATGTGTATCATACTACACTTCTGACAGATAATGGCTAATGCATACTATATGGCATAACACTGATATTTGGACACACACTGTACAGTGCAGAAAGTTGAGAAGCACATAAAGTTACAGAGTGGGGCTTACCAtcacgtaaagttacagagcggggcgTACCAtcacgtaaagttacagagcgagGCGTCCCAacacgtaaagttacagagcggggcgTACCAtcacgtaaagttacagagcgagGCGTCCCAacacgtaaagttacagagcggggcgTACCAtcacgtaaagttacagagcggggcgTACCAtcacgtaaagttacagagcggggcgTACCAtcacgtaaagttacagagcggggcgTCCCACCACGttaagttacagagcggggcgTCCCACcgcgtaaagttacagagcggggcgtCCCAccacgtaaagttacagagcggggtgtCCCACcaccaagggcgtaggagcgggcttgatattggggggggggggacacatttgccaatatgaacccaagcccacccaatagtttcctagaacaacatttgtggaaattacttttaattaaaagtaaattattattataaggtgattttacaacctaaacatgttactccacgttacagttactgttgttagaaacaaatatgcatgcaatgtctgaattatatacatataacaaaaattatcagttatcacctaatatttaaaataatataacagatttggttattattattattattattattattattattattatgtattggcatgtcaattctgtcatatatttacattttctcctgcgctttttttttttctactgagagctcttcttcagatggtgtccttttatgtaaaagaatgtaactttacgtttcatagagacttttataaacgtcaggatatgtggtcttactgtgaaatacaaatgaacagaagtcacgttacagcagtgtttctcaacccagttcttatatattctactgcatattaacactgttctgcatgttcttgagcttcctctgctttaaaggcatttaataaagtGGTGGTATTATGtttctaatacactgctggatttacatgattaatttaggctccatagggggctaaaggattttaacaggtaaactcagtaaatgactgtttattagctgatcaggtggaccaggtggaaaacacagatttagggcagtgatcagggttaagaaactgctttaaactacaaacataaagtactgtactaaatcctggctatccactacatgcagcttctagttaactagttagttaaattcattttcgttcattatagctcacactaagtcctgcaatcctaaattaataaacagtttgaaaatgaaatagtaattagctgatcaggtacaggtcaagttgaacattacatatatatatttttttctttaaccctgactccctatctaattaatttaagttaaactaactcactaacacagctgcagtttattaatcacagtgggtttaaactgtgtgttttgattcagagacgtgtatttttaaccagttatcagaaacatatcatcacagtttacgtggttagtacggtggccgagaaagcccagcgcagtgcaaattgaaaagcgctgcaaaagtacaaaacacatccatcaaaattacaacacaggcgcagcaaatagaaaaacgcgctgcaaatagaaaaacgcgctgcaaatagaaccacaacacaacggaagtgagtcacaacacaacagaattttcccaggggaccttaaaagatgctgtaccagctgtatacaaaggacagtaacttaagtggcaaacaagcttctgaaaagtaagttatgtttattacctgtgattaccacggttgtgtgcatattattaaaagttctgcttcacaaaacgccttgtttgccacttattgtcctttgtacacatagtgaagtccgagacgttactgaagacgcagcttagctggtacagcatcttttaaggtcccccgggaaaattccg

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko02010 ABC transporters
ko04976 Bile secretion
ko04974 Protein digestion and absorption

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU248563 True 7070 lncRNA 0.38 2 9907117 9916732
TU248565 False 4206 lncRNA 0.37 2 9907117 9911682

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
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LOC103047154 ndst3,LOC108439183,LOC108260488,LOC107591550,LOC107551574,LOC107702380,LOC107750457 coding upstream 256142 9468574 ~ 9650975 (+)
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LOC111195205 NA coding downstream 78877 9995609 ~ 9996842 (+)
LOC111195208 LOC107690133,LOC107745493,LOC107715185,LOC107581013,LOC107738483,LOC107756941,LOC107569589,LOC107740227,LOC108419634,LOC108417841 coding downstream 187122 10103854 ~ 10104501 (+)
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G183461 NA non-coding upstream 7389 9890780 ~ 9899728 (+)
G183448 NA non-coding upstream 54765 9845003 ~ 9852352 (+)
G183437 NA non-coding upstream 137766 9758818 ~ 9769351 (+)
G183426 NA non-coding upstream 230114 9676091 ~ 9677003 (+)
G183395 NA non-coding upstream 249515 9654267 ~ 9657602 (+)
LOC111195206 NA non-coding downstream 1322 9918054 ~ 9993585 (+)
G183499 NA non-coding downstream 89951 10006683 ~ 10033240 (+)
G183514 NA non-coding downstream 128497 10045229 ~ 10045463 (+)
G183641 NA non-coding downstream 133843 10050575 ~ 10050828 (+)
G183643 NA non-coding downstream 135059 10051791 ~ 10052330 (+)
LOC111195202 NA other upstream 62458 9838936 ~ 9844659 (+)
G183387 NA other upstream 613414 9211334 ~ 9293703 (+)
tll1 tll1,LOC107548346,LOC107745060,LOC107591552 other upstream 923148 8870837 ~ 8983969 (+)
G183215 NA other upstream 2689978 7214471 ~ 7217139 (+)
LOC103028013 LOC108410819,LOC107548356,LOC107655813,LOC107702399,LOC107709454,LOC107562618,LOC108260988 other upstream 2897194 6897480 ~ 7009923 (+)
LOC111195140 NA other downstream 148120 10064852 ~ 10072047 (+)
LOC111195207 LOC107375340,LOC106958509,LOC105896809,LOC107671222,LOC107690788 other downstream 181814 10098546 ~ 10101547 (+)
G183671 NA other downstream 193134 10109866 ~ 10110741 (+)
LOC111195212 LOC108414267,LOC106946373,LOC103130468,LOC102227983,LOC108269716,LOC108261415,LOC105936005,LOC107386469,LOC107577828,LOC107569598,LOC107677420 other downstream 228721 10145453 ~ 10171103 (+)
G183680 NA other downstream 235235 10151967 ~ 10158707 (+)

Expression


Co-expression Network