G187545


Basic Information

Item Value
gene id G187545
gene name NA
gene type non-coding
species mexican tetra (Astyanax mexicanus)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035918.1
NCBI id CM008321.1
chromosome length 32506130
location 5491381 ~ 5492666 (-)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome

Sequence

>TU254309
gtggcccgccacgtattggcttggaaaatatctgacccgcagccaaacttaattgccgacccctttTCTAAGTTAACAAtaagaacacaaaacaaaatgtagttttgtcactttttaaagtttaatttactATTCAAATCTACAACATAACTTTGTACATAAACATTTACAGTCAAGATACAGTATCTATTACAGACAGGAATGTTAACAGGAAAGAGAAAAGTTTAATATggaggtatttaaaaaaaaacaagcatgttAAATTTCACCTTAGACGTGAACATGACCTACACAGACCCTGGATGGTGGACGAATGGATGCATGCAGGGTAAATCGAGTGTGCCAAAGGATTTATTACTTTGCTCTTCAGTATCACACTGACTTTAggtcattattttttcttttacatctATATAGTTTGGTTGTTCTGCTGTGGTTTAACTcatttagtttggtttgttttcacacaggggaaaaataaataaatcatgtgCAACAAAATGTGTAACAACATGGGACATGGGAGCGTTCTCACTGGTTATTGGTCAGCGATATCTGGGGTGTAgcaataaagtaaatacaggaagaagatcCTTTATGGCCTTTCCtgtatttaatttcttaatGTCCGCCCAGGACAGCTCTGAACAATTAGCAGAAACGATGCATTTTGGTGCACTAGCGATTTTccttgtgtgaaaccaaaccaaaccaaagcaaACCAAAGAAAAATGCACCAAGTAAAGTAATTTGTTAACTGATTTACACcacagaaacaaactacaggtgtaaaaaaacaaccggtaacactttctatgaatgtcatctttattagacgctataaccacattcataacatattataatgcattcataaggcattataaacatggctataattgtttataaaaatgcataacccattatagccatgtttgttaagcattatgacctgtgatcataatacattataagctgtgcttataatatacatgttaaaatagtatatatctatcattaatcatctagtcctacaattaaagtctggcactttacttagagcgcacaaagacctgttataacacattataattgactataattaatattatattcaagacaagaataatttatgagtggttaaaaatatatttataggattattgagggtgtgtttataagttggaagcttttttagtcatgataaagtctgcaagctgggactgagtttcttgttattgatgtataacatgttataaacgcagctattaatgcaatataattac
>TU254310
gtggcccgccacgtattggcttggaaaatatctgacccgcagccaaacttaattgccgacccctttTCTAAGTTAACAAtaagaacacaaaacaaaatgtagttttgtcactttttaaagtttaatttactATTCAAATCTACAACATAACTTTGTACATAAACATTTACAGTCAAGATACAGTATCTATTACAGACAGGAATGTTAACAGGAAAGAGAAAAGTTTAATATggaggtatttaaaaaaaaacaagcatgttAAATTTCACCTTAGACGTGAACATGACCTACACAGACCCTGGATGGTGGACGAATGGATGCATGCAGGGTAAATCGAGTGTGCCAAAGGATTTATTACTTTGCTCTTCAGTATCACACTGACTTTAggtcattattttttcttttacatctATATAGTTTGGTTGTTCTGCTGTGGTTTAACTcatttagtttggtttgttttcacacaggggaaaaataaataaatcatgtgCAACAAAATGTGTAACAACATGGGACATGGGAGCGTTCTCACTGGTTATTGGTCAGCGATATCTGGGGTGTAgcaataaagtaaatacaggaagaagatcCTTTATGGCCTTTCCtgtatttaatttcttaatGTCCGCCCAGGACAGCTCTGAACAATTAGCAGAAACGATGCATTTTGGTGCACTAGCGATTTTccttgtgtgaaaccaaaccaaaccaaagcaaACCAAAGAAAAATGCACCAAGTAAAGTAATTTGTTAACTGATTTACACcacagaaacaaactacaggtgtaaaaaaacaaccggtaacactttctatgaatgtcatctttat
>TU254311
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>TU254312
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Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU254309 True 1286 lncRNA 0.33 1 5491381 5492666
TU254310 False 832 lncRNA 0.36 1 5491835 5492666
TU254311 False 1114 lncRNA 0.33 1 5491381 5492494
TU254312 False 660 lncRNA 0.36 1 5491835 5492494

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC103022065 NA coding downstream 24506 4994997 ~ 5466875 (-)
per3 per3,LOC108441424,LOC107654358,LOC107592896 coding downstream 518535 4946572 ~ 4972846 (-)
LOC103024768 LOC108441423 coding downstream 556777 4900015 ~ 4934604 (-)
LOC103024243 NA coding downstream 634072 4843232 ~ 4857309 (-)
LOC103025299 NA coding downstream 667306 4810683 ~ 4824075 (-)
LOC103046070 cdc42,LOC107083933,LOC100697482,LOC107395067,LOC103386293,LOC108435227,LOC103465423,LOC100691174,LOC101164400,LOC108248645 coding upstream 254224 5746890 ~ 5763512 (-)
c22h1orf50 cunh1orf50,zgc:112255,LOC107654415,LOC107654365,LOC107565729,LOC107582467,LOC107756638,LOC107751182 coding upstream 279144 5771810 ~ 5776145 (-)
LOC103023821 epha8,LOC107565732,LOC107756634,LOC107654383,LOC107582396 coding upstream 424840 5917506 ~ 6076714 (-)
LOC103042703 LOC103042703,LOC108437606 coding upstream 846962 6339628 ~ 6378764 (-)
cdk18 cdk18,si:dkey-166c18.1,LOC108254840,LOC107654374,LOC107756627,LOC107698687 coding upstream 902724 6395390 ~ 6502396 (-)
G187432 NA non-coding downstream 620561 4869891 ~ 4870820 (-)
G187431 NA non-coding downstream 621593 4868925 ~ 4869788 (-)
G187375 NA non-coding downstream 689480 4801108 ~ 4801901 (-)
G187365 NA non-coding downstream 772713 4715615 ~ 4718668 (-)
G187353 NA non-coding downstream 858916 4627926 ~ 4632465 (-)
LOC111195361 NA non-coding upstream 8329 5500995 ~ 5501769 (-)
G187548 NA non-coding upstream 15619 5508285 ~ 5509731 (-)
G187555 NA non-coding upstream 208206 5700872 ~ 5706342 (-)
G187569 p3h1,LOC107756620 non-coding upstream 289492 5782158 ~ 5783592 (-)
G187572 NA non-coding upstream 304482 5797148 ~ 5798963 (-)
vamp3 vamp3,LOC107582408,LOC107751179 other downstream 502123 4974228 ~ 4989258 (-)
LOC103030666 kcnab2a,LOC108431628,LOC107712982,LOC107657983,LOC107582417,LOC107592856,LOC108255041,LOC103385628,LOC101463812,LOC108231619,LOC107385277,LOC106513833,LOC100709904 other downstream 1330427 3970934 ~ 4160954 (-)
LOC107197677 NA other downstream 1711661 3778014 ~ 3779720 (-)
G187154 NA other downstream 1716538 3765863 ~ 3774843 (-)
G187156 NA other downstream 1735704 3749815 ~ 3755677 (-)
phf13 phf13 other upstream 746 5493412 ~ 5505747 (-)
svbp svbp other upstream 26127 5518793 ~ 5522921 (-)
LOC111195363 snrpe other upstream 1484985 6977651 ~ 6982840 (-)
pdrg1 pdrg1 other upstream 1695950 7188616 ~ 7193252 (-)
G187946 mybl2,mybl2b other upstream 1895731 7388397 ~ 7391026 (-)

Expression


Co-expression Network