LOC103036492 (card19,LOC108443695)


Basic Information

Item Value
gene id LOC103036492
gene name card19,LOC108443695
gene type misc
species mexican tetra (Astyanax mexicanus)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035918.1
NCBI id CM008321.1
chromosome length 32506130
location 19511321 ~ 19528580 (-)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome

Sequence

>TU259575
GTTATACTGTTAGCATACTAACATACTAACACTAAGCTAGCTAGGAAGTTTCTGTAGTGCCACTGTAGTTTTGTACAAGTACAAgtggacagaaataaaattaaaaatatatatattttaaatataagttTGGAAATAACAGGAAATCAGAAACAGTAAAGAGGAAAACCAAGTTTTGAATAGCTTTCTAGCTTATTAATCATCTTGCAGTACTCTACttcttttcctccaccagtGTTTGGAgaggtttttttatataacagtaGATTTGCATACAAGACGGCAATCACTAGAAACTGTAATttgtttaaacatatttaattctGGGGTTTTGTGACACTTTATTGTGGCAGCTGATGAGTCTGTGGTTCACCATGGATGACCTTAATGtctctttttaatatatatatatatattgtcccagaaataattgtaattaacaATATTGTTGGCTTTTTAAGAActatttttaaacactattttattctattgatATAATGCTGAtacaataacataataatactttattttaaaatatataattaaacatattattaaGGATATTCAGACATTggacattttaatataaagcatgttaaaaaatacaatttaaatagtttaatcatttaaaacaaagtaaacataCCGGCCCATTAAGTAAACTAATGCACTTTCCTCCAATATTAAGGCctgcaaaaatatattaagcaaaataatTATGTTGACAGGCCTAGCTGTGGCTCTGCTGGACTCCAAAACGTATAaggaaattttatattttatatatataacaacaaGCACATGAAGCAGCATTTGtataagtatatttaattatgGGATTTTGGAAGAGTTTATTGTTTTGGCTTATGATTAATATATCCATATAGTACACTataagtcaaataaataaagtaatcatTGTGACAAACCTTAGATATAAATGCTTAGAGACGTTCCTCCTATCTATGCATCTCAGTTTATGACGCTACATTAGCATAGCAAACCCAGGCTGCCTTAAATCTGTGCCTATATCTCAGATTTTCaccgtttttttatttaataataatgttaccATTTCAAACATCTACACCTTAAGAAACAGTCCAAAGAATCAAGGTTATACTGTTTATAATGGAACAACTTGGGCGCTACATGCTAGCATATTGAggccttatatatttttgttctgtTCATTTATAGGGACGTTTATTAAGATTTGCACACAGTCTTTGCTAAAATTAAGGTACATAGATAGGTGTAAGTTGAAAAGCATTTAAATTTGTGGGAATCTATCAGTAGAAGGTTCTTTGTTTAAACCTAGCTCTACtgaatgctaaatgctaaaagctaaaaaataaatgctaaatctgtAAACATGCTCTAAAACCTGTGGTAATAATTGGTCTTAAACATGGAAGAGTTAATTTTTCACCTtaagcactaaggctaggtgcagcagcattagcattagccgctaaccgcagtgctagtgAGTTGTAAGCGCTGGCTaatagcgctagactgaggaaccctgagtgttccggtaacccagggtgctatcagctagcggttcatcccacatagcttgttttaccacagtaaacacgcaggctacagtctgatatactcgcctcgagctgtgaaagagctagcgctgcggttagcagctaatgctaatgctgctccagactccagtggctttactgctccttaatacctgactggtagaattcatacataaggagcaccggattataaactgcactgacaatttttgggaaaattaaaggattttaagtgcaagttttatagtgcaaaaaaatatggtcAACTTTAaattgaagtcaatgtaaaaagtgtttatttcaggtaCTTTTATAGATTttgtattggtccattcatcaagtaattttgacacagtataaggaacagtttatttatttaaattatgaagtgaactaaaaatcatcaaaaagtgaaaagtgacGATATGTAGTGTGCAGCGTGCTAATCTCTCAGTTAgcttattttgcattattagcCGCATCTTTTGCATGTAGGACTTTAAACCAAGTCATTTTTTATTGAGGTCTGGGTGTAAACACTAATTCTGTGTATTGGTGTTGTATTTATTGGTTTCAGAGTTTCAGCAATATgttgattacatttttcttgGTTAAACTTTGCTTTTGGATTATTGACTAAATATGGCTAAATTGCTTATAAATGTGCCTTAGTGCCTGAGATGAGTTTgttgaaaaattaaataactcTAATCTCAATCTGGAACTTATATATTGAACTTGCTATGTGCGGAATCGCAGCTTTTAGGTGCAGTTTTTACAACAATAAACACTAAATTTGTTGCT
>TU259577
GTTATACTGTTAGCATACTAACATACTAACACTAAGCTAGCTAGGAAGTTTCTGTAGTGCCACTGTAGTTTTGTACAAGTACAAgtggacagaaataaaattaaaaatatatatattttaaatataagttTGGAAATAACAAGTTTTGAATAGCTTTCTAGCTTATTAATCATCTTGCAGTACTCTACttcttttcctccaccagtGTTTGGAgaggtttttttatataacagtaGATTTGCATACAAGACGGCAATCACTAGAAACTGTAATttgtttaaacatatttaattctGGGGTTTTGTGACACTTTATTGTGGCAGCTGATGAGTCTGTGGTTCACCATGGATGACCTTAATGtctctttttaatatatatatatatattgtcccagaaataattgtaattaacaATATTGTTGGCTTTTTAAGAActatttttaaacactattttattctattgatATAATGCTGAtacaataacataataatactttattttaaaatatataattaaacatattattaaGGATATTCAGACATTggacattttaatataaagcatgttaaaaaatacaatttaaatagtttaatcatttaaaacaaagtaaacataCCGGCCCATTAAGTAAACTAATGCACTTTCCTCCAATATTAAGGCctgcaaaaatatattaagcaaaataatTATGTTGACAGGCCTAGCTGTGGCTCTGCTGGACTCCAAAACGTATAaggaaattttatattttatatatataacaacaaGCACATGAAGCAGCATTTGtataagtatatttaattatgGGATTTTGGAAGAGTTTATTGTTTTGGCTTATGATTAATATATCCATATAGTACACTataagtcaaataaataaagtaatcatTGTGACAAACCTTAGATATAAATGCTTAGAGACGTTCCTCCTATCTATGCATCTCAGTTTATGACGCTACATTAGCATAGCAAACCCAGGCTGCCTTAAATCTGTGCCTATATCTCAGATTTTCaccgtttttttatttaataataatgttaccATTTCAAACATCTACACCTTAAGAAACAGTCCAAAGAATCAAGGTTATACTGTTTATAATGGAACAACTTGGGCGCTACATGCTAGCATATTGAggccttatatatttttgttctgtTCATTTATAGGGACGTTTATTAAGATTTGCACACAGTCTTTGCTAAAATTAAGGTACATAGATAGGTGTAAGTTGAAAAGCATTTAAATTTGTGGGAATCTATCAGTAGAAGGTTCTTTGTTTAAACCTAGCTCTACtgaatgctaaatgctaaaagctaaaaaataaatgctaaatctgtAAACATGCTCTAAAACCTGTGGTAATAATTGGTCTTAAACATGGAAGAGTTAATTTTTCACCTtaagcactaaggctaggtgcagcagcattagcattagccgctaaccgcagtgctagtgAGTTGTAAGCGCTGGCTaatagcgctagactgaggaaccctgagtgttccggtaacccagggtgctatcagctagcggttcatcccacatagcttgttttaccacagtaaacacgcaggctacagtctgatatactcgcctcgagctgtgaaagagctagcgctgcggttagcagctaatgctaatgctgctccagactccagtggctttactgctccttaatacctgactggtagaattcatacataaggagcaccggattataaactgcactgacaatttttgggaaaattaaaggattttaagtgcaagttttatagtgcaaaaaaatatggtcAACTTTAaattgaagtcaatgtaaaaagtgtttatttcaggtaCTTTTATAGATTttgtattggtccattcatcaagtaattttgacacagtataaggaacagtttatttatttaaattatgaagtgaactaaaaatcatcaaaaagtgaaaagtgacGATATGTAGTGTGCAGCGTGCTAATCTCTCAGTTAgcttattttgcattattagcCGCATCTTTTGCATGTAGGACTTTAAACCAAGTCATTTTTTATTGAGGTCTGGGTGTAAACACTAATTCTGTGTATTGGTGTTGTATTTATTGGTTTCAGAGTTTCAGCAATATgttgattacatttttcttgGTTAAACTTTGCTTTTGGATTATTGACTAAATATGGCTAAATTGCTTATAAATGTGCCTTAGTGCCTGAGATGAGTTTgttgaaaaattaaataactcTAATCTCAATCTGGAACTTATATATTGAACTTGCTATGTGCGGAATCGCAGCTTTTAGGTGCAGTTTTTACAACAATAAACACTAAATTTGTTGCT
>TU259580
taccagattgATTTCAGAGTTTTGAATTTGGCCATTGATGACTTTACAATATttctacaatatttttttttatgtttaaatagtcAAAATACATCAGTagtgccagattcacattataaattaaatggAATTTAGTTAATCAGGGATTTTATCTACTGTCAATAATCCACAATACATAATAGCACTAACATACAACAACATAATCTACTAGTAtcgtgtcccatgatttttgccattaCCCATGCCTTCCCTGTCCCATCAGTCTGGTActttgccttgccatgagcacattggccaTTGTTCAGcttcacttacaagataacacctcacaacaaaCACGATTTACCTACTGTTGATTTAAtcataatgcttttttttttttaccagatatATGAGATGGATATATTTCTGAGTTCTGAACTTGGCCATTGATGACTTTAGAATAtttctacaatttttttttatgtttaaatagtcAAAATACACCAGTAGTGCCAGATTcactttataaattaaatataatttagttaATCAGGGATTTTATCTACTGTCAATAAGCTACAATATGCTCATAAATGTATATTGTAGTGTAATTTAAGCATAATATCGCTAACACACAACAACATACTCCACTAGTAtcgtgtcccatgatttttgccttAACCCGTGCCTTCTCTGTCCCATCCGTCTGgtacattgccttgccatgagcacattggccagtgttcagcttcacttacaagataacacctcacaacctcacAACAGACACGATTTACCTACTGTTGTCCTGTGCTTTTTGACATATTAATGTGTATTGTGCTACAGCCCACTCTGAATACTGACatagaatatacagctctggaaaaaaataagagaccacttaaaaatgatgagtttctttgaatttaccaaattgaaaacctctggaatataatcaagaggaagatggatgatcacaagccatcaaaccaccaaactgaactgcttgaatttttgcaccagg
>XM_007254559.3
TCTTTCCTGTCTGTCAATCTCCGGCCCCGCCCTCTTTGGATGGGCGTGGCCGACGTGTCTAAACAAAGGCAGGACGAGGATCCAACATGGGAGAGAGCTTCCATGAGCAGTTACGGGTGGACAGCTGGTTCCTGAAGTCTGACCGTCGTCTGGACACGGAGCTAGTGGATAAACTCATCCTGCAGCTGAACCGGATCTACCCGCAGATCCTCACCGATAAGGAGGCCACCAGGTTCCGGGATCTGGACGTGCCCACCTGTGTGCGTCTGGCGGAGCTGCTGGCGTTCCTGCAGGAGAAAGGTGAGGAGGCGTGCAGGGAGTTTTACCGCGCTCTGCACCTGCACGCCGAGGAGCTGTACTTCAGCCTGCCCACTCGCCTCCGCCGCCGCAGAGACTCTTTTGGTCCATTGCCGGGTCCAGTTGTCGTCCCAACAGATAGATTTGTGCTGAATGATCAGGGCCCGTTATTCTTTCTGAGCTGCTTCACTGCTGTTGTAGGAGGAGCTTTATTATATTACCACAGGGacttTAAGGGAGCGTCCGGATCCTGCAGTGCTCTGGGTCTGGCTGCTCTCGGGATCGGGAGGCGGGTTAAAGAAGTTCTCATCTGGTACACATAGGATGGACGCGGCGCTGAGACGGTGTTGCCATGGGTTACCGTGCAGCATCCTCTATGGGAAAGCTGCAGATCCCAAGCCCGGGTTTAAGTGCCTCAGAACATCAGCATCTGTACATACTGAAACTATAACTGTAAATAATGCAGCCGCTGCCATTTTTAAAGCTTCTATATCCTATATGATGGCCTGCAGAGGGTCCAGCTGCTTTACTGTccagatgatctgagatgagttttaaaaagacaaaactgATCCTAGATCAGGAATCTGAATCTCAGAAGAAGAAATGTTTTAAGTGTCCTTAACAGTAGAGGCATGTGTGTTACTTATAACTGTTATTATGAGTAGTATAGCTTATATTAATATATGGTCTATATGAGGAATATAAGGATGGGCTACCTTGTAATAGTcctgtaataataatgatattatatatacattatatataatatttaggtTGATCAAACtaatcatattgtttttttttaccagatttaTGAGATTTCAGAGTTTTGAATTTGGCCATTGATGACTTTACAATATttctacaatatttttttttatgtttaaatagtcAAAATACATCAGTagtgccagattcacattataaattaaatggAATTTAGTTAATCAGGGATTTTATCTACTGTCAATAATCCACAATACATAATAGCACTAACATACAACAACATAATCTACTAGTAtcgtgtcccatgatttttgccattaCCCATGCCTTCCCTGTCCCATCAGTCTGGTActttgccttgccatgagcacattggccaTTGTTCAGcttcacttacaagataacacctcacaacaaaCACGATTTACCTACTGTTGATTTAAtcataatgcttttttttttttaccagatatATGAGATGGATATATTTCTGAGTTCTGAACTTGGCCATTGATGACTTTAGAATAtttctacaatttttttttatgtttaaatagtcAAAATACACCAGTAGTGCCAGATTcactttataaattaaatataatttagttaATCAGGGATTTTATCTACTGTCAATAAGCTACAATATGCTCATAAATGTATATTGTAGTGTAA

Function

symbol description
card19 Predicted to be active in mitochondrion. Is expressed in musculature system; myotome; and somite. Orthologous to human CARD19 (caspase recruitment domain family member 19).

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU259575 True 2369 lncRNA 0.32 2 19519445 19521833
TU259577 False 2339 lncRNA 0.32 3 19519445 19521833
TU259580 False 1006 lncRNA 0.34 3 19511321 19525514
XM_007254559.3 False 1701 mRNA 0.42 6 19522704 19528580

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC103044255 wnk2,LOC108443687,LOC107743253,LOC107694869 coding downstream 25244 19424040 ~ 19486077 (-)
LOC103044542 NA coding downstream 93813 19391793 ~ 19417508 (-)
LOC103044861 NA coding downstream 120421 19358413 ~ 19390900 (-)
LOC103037635 NA coding downstream 165014 19315818 ~ 19346307 (-)
LOC111195448 NA coding downstream 198562 19282103 ~ 19312759 (-)
LOC103037097 LOC108443694,LOC107743251,LOC107694868,LOC107578651,LOC107696460 coding upstream 6087 19534667 ~ 19564176 (-)
LOC103035977 tkta,LOC108443693,LOC107578334,LOC107582382,LOC107743250,LOC107694867 coding upstream 47118 19575698 ~ 19604021 (-)
LOC103043652 LOC108440521 coding upstream 256994 19785574 ~ 19792464 (-)
LOC111195449 NA coding upstream 358499 19887079 ~ 19891108 (-)
LOC103042725 LOC103042725 coding upstream 384295 19912875 ~ 19917461 (-)
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G191338 NA non-coding upstream 4366 19532946 ~ 19562551 (-)
LOC111195401 NA non-coding upstream 81804 19610384 ~ 19618060 (-)
G191357 NA non-coding upstream 91596 19620176 ~ 19620410 (-)
LOC103035771 NA non-coding upstream 92720 19621300 ~ 19623690 (-)
G191402 NA non-coding upstream 219120 19747700 ~ 19757762 (-)
LOC103032794 tusc2,tusc2b,LOC107593101,LOC107587002,LOC107695626 other downstream 609036 18897509 ~ 18902285 (-)
LOC111195399 wu:fd14a01,myhz1.2,LOC108444093,LOC108443910,LOC108444092,LOC108416711,LOC108416675,LOC108416954,LOC108443907,LOC108254798,LOC108261508,LOC107737926,LOC107575389,LOC108416101,LOC107681327,LOC108261437,LOC108254800,LOC106570860,LOC102780693,LOC101068441,LOC108417180,LOC101164155,LOC105899468,LOC107378336,LOC107378334,LOC101071797,LOC105890352,LOC107372732,LOC107093413,LOC108254796 other downstream 712406 18708319 ~ 18798915 (-)
LOC103041510 LOC108414096 other downstream 1195984 18311452 ~ 18315337 (-)
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LOC111195395 NA other downstream 1335157 18167240 ~ 18176164 (-)
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elmo2 elmo2,LOC106583331 other upstream 1982344 21510924 ~ 21544831 (-)
G191862 dusp7,LOC107561798,LOC107697567,LOC107677944 other upstream 2318389 21846969 ~ 21851642 (-)
alas1 alas1,LOC106583798 other upstream 2820767 22349347 ~ 22362458 (-)

Expression


Co-expression Network