LOC111195415 (tfeb)


Basic Information

Item Value
gene id LOC111195415
gene name tfeb
gene type misc
species mexican tetra (Astyanax mexicanus)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035918.1
NCBI id CM008321.1
chromosome length 32506130
location 25874910 ~ 25878653 (-)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome

Sequence

>TU261847
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>TU261852
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>TU261855
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>XR_002651635.1
GCTACAGTATAGCTGTTGTATAAGATTTTGCAAGGTGGCTagatgttgcaaggtggttgttaaggtgttgcctCACTACTATAGCTGTTGGTTACTAagatgttgcaaggtggttgtaAGGTGTTGCCTCACTACTATAGCTTTTGGTTACTAagatgttgcaaggtggttgttaaggtgttgcctCACTACTATAGCTGTTGGTTACTAAGATATTGcaaggtggttgttaaggtgttgcctCACTACTATAGCTTTTGGTTACTAAGCTATTGcaaggtggttgttaaggtgttgctcaCTACTATAGCTTTTGGTAACTACgatgttgcaaggtggttgttaaggtgttgcctCACTACTATAGCTTTTGGTTACTAagatgttgcaaggtggttgttaaggtgttgcctCACTACTATAGCTTTTG

Function

symbol description
tfeb Predicted to enable DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific and RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding activity. Acts upstream of or within central nervous system myelination. Predicted to be active in nucleus. Is expressed in several structures, including head; immature eye; mesoderm; pancreatic system; and pronephros. Orthologous to human TFEB (transcription factor EB).

NR:

description
PREDICTED: transcription factor EB isoform X1

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU261847 False 2293 lncRNA 0.40 2 25875907 25878653
TU261852 False 3290 TUCP 0.45 3 25874910 25878653
TU261855 True 3575 TUCP 0.45 3 25874910 25878653
XR_002651635.1 False 430 lncRNA 0.41 2 25877039 25877582

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
ppfia4 ppfia4 coding downstream 104191 25587726 ~ 25770719 (-)
LOC103039085 NA coding downstream 320223 25508488 ~ 25554687 (-)
LOC103038137 NA coding downstream 337907 25527642 ~ 25537003 (-)
lrrn2 lrrn2,LOC108425772,LOC107603068,LOC107739267,LOC107727852,LOC107675837,LOC107656005 coding downstream 520433 25235114 ~ 25354477 (-)
LOC103045744 NA coding downstream 1074009 24774039 ~ 24800901 (-)
LOC103036054 mdfi,LOC103036054,LOC107548515,LOC107675846,LOC107728619 coding upstream 130143 26008796 ~ 26085478 (-)
LOC103035733 foxp4,LOC107739274,LOC107728618 coding upstream 235784 26114437 ~ 26349705 (-)
il10 NA coding upstream 1250499 27129152 ~ 27133856 (-)
LOC103047370 NA coding upstream 1269061 27147714 ~ 27153326 (-)
prelp prelp coding upstream 1284094 27162747 ~ 27170995 (-)
G192955 tfeb non-coding downstream 16494 25854665 ~ 25858416 (-)
G192956 NA non-coding downstream 17755 25856383 ~ 25857155 (-)
G192952 NA non-coding downstream 48954 25819208 ~ 25825956 (-)
G192951 NA non-coding downstream 55959 25809068 ~ 25818951 (-)
G192947 NA non-coding downstream 89455 25782382 ~ 25785455 (-)
G193005 NA non-coding upstream 348955 26227608 ~ 26297229 (-)
G193014 NA non-coding upstream 555855 26434508 ~ 26434782 (-)
G193017 NA non-coding upstream 614550 26493203 ~ 26493562 (-)
G193018 NA non-coding upstream 699079 26577732 ~ 26577984 (-)
G193020 NA non-coding upstream 740093 26618746 ~ 26618978 (-)
G192815 mdm4 other downstream 657360 25211675 ~ 25217550 (-)
cntn2 cntn2,LOC107727196,LOC107558367,LOC107727774,LOC107602860,LOC106565094 other downstream 1769012 24039246 ~ 24105898 (-)
G192251 adipor1,LOC107749488,LOC107385668 other downstream 2816105 23054633 ~ 23058805 (-)
LOC103041653 phf20,LOC107655063,LOC107727854,LOC107561906 other downstream 3071268 22786163 ~ 22803642 (-)
amhr2 NA other downstream 3152005 22709549 ~ 22722905 (-)
fam72a fam72a,zgc:101564,LOC108425783,LOC107590148,LOC107656018,LOC107548849,LOC107675824 other upstream 832600 26711253 ~ 26724106 (-)
G193097 NA other upstream 1153010 27031663 ~ 27033089 (-)
LOC111195340 NA other upstream 1512141 27390794 ~ 27391571 (-)
LOC103046149 LOC102777140,LOC108436414,LOC102208887,LOC105027122,LOC108280970,LOC103144351,LOC107751002 other upstream 1546389 27425042 ~ 27701331 (-)
tmem167b tmem167b other upstream 2132338 28010991 ~ 28015612 (-)

Expression


Co-expression Network