G77541


Basic Information

Item Value
gene id G77541
gene name NA
gene type non-coding
species grasscarp (Ctenopharyngodon idella)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CI01000013
NCBI id null
chromosome length 12551977
location 89806 ~ 114437 (+)
genome version v1_2015/06_NatureGenetics_grasscarp_Genome

Sequence

>TU88419
ACAAAAACGGCGTGTTTTTGCTCACACCCAAATAGGGGCAAATTTGACAAGCTATAATAAATGATCTGTGGGGTATTTTGAGCTGAAACTTCACAGACACATTCTGGGGACACCAGAGACTTATATTACATCTTGTAAAAAGGGCATTATAGGTCCCCTTTAAATTCCAAGCCTAAATGCATGTATTTATTTTACGTGCTTGATATTATTTGCATTATATATTGTTATTATATATTGCAATTAATATACATTATATATTAATTGCGCTGTATTGCATTAATAGTCACTTTGTAATAATGTCGCTGCATGTTTCAGATAATAAAAAATATTTCTGGGAAATGCGGTACATTGTTGAGTGTTGTCAGCTCGATAAAAATTTGTCATTCCAGTCAGCAGTGCGTTTTTATTTAATCTTCTGGCAAATGATAACATTTATGATATTTACAGATCATTATTTACGATTAATGAATCTGCTAAATACAGTATAAAATGTCGTGGGACATTGAAAGTGAATCTAGAATTACCGGAGGTTAAAAAAGTTGTAGCCTAGTCTTTTTTTTTTTTTTCTTTGAGGTTGGTCTCTATCTCCTGTTTTTCCCTCTTGTCTTCCTGCTTTCATTATTAACCCTGTGGAAGACAGAAGTGGGAAAGGTCAACATGATGTGTTGACCTCTCCTCTCTTTCCCTTTTTCTCCAACAGTTTACTGTGAGCTTTCATTTATAATAGACTCAGACCGTGGGGAAGGGGGGCTCAGGGCGGTTGAGGGTCATCTTGTTTAGTTCTCGCCTGCCTGTTTTTTGGGACCCCAGGAGAAGGGGGAGCTAAGTTCACAGGGCACTAACACTGAGACCAGGGTCATAAACTAATGAAGGATTCTAATTTAGAGAATGTGGTCAAATAGAGGGGCTAATCAGTGTTTCCGTTGTCTTATTAAAGCCAGGAATCAGAGGGGGGTTTCAGCCCATGGGAGGGCGGCCCTAGCTGAGAAGGGCCCTCAGGGATGTGGACCCCAGCTATCACAGGGATTAGACCCTCTGATGGGAACCACCGTTACCCCTCCACCCGCTTTAAAACATGCTGCTTTCAATTACGGTGTGTCTCAGTCTTTCCTGAAGGCAAAAGTTGTGCATACATGCTTTTAGACTGTAGCGATTATTGCAAATGTCTTTCTTGTTTAGATATGTAGCGAAATATGCCTGATAAGATGAATTTTGAAAAGATTTGCCATTTGTGTTAGGAGGACGTGACCTGTCATTAGAGTGTGAGGGGACCTGGTGGTGATAGTAAATGTGTGGTGTTAAGTGATTTAATGAGCGCTGTTTGGTTTTTGCAACTTACTCTACCACAGTGTGGCCTCAAGGTCCGTAAACTAAAAATGGCCCCCCTTCCTTCCTGCTGTCTGCTCCCACCATGTGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGATTTGGGAAGGAGATGAGCATGATTGGACACATGATGGCAGGGCTTCCTTTGAATGTATATCATTAGGACTCTTTTATTACTCATGGTTGGTGGCTGTAATGTGCAAAATCGCATGTATACACAGTTGGAGATCCACAATATATCATTATCATTTTGGTTACTGGATGATATTAGAGATTGTAGTTATTGAATATTTCATTGTGTATGCTCAGTACCTTTATTTTTACATTTAGATTACCTTCGCTGTCATTGAACACTCAATTTTTTAAAACCACTTATAATTAAAAAAAAAAAAAAAAAACTGGTAAATTTAGTCTTTAGCAAATCTCTCAATTATTATCCATTGTCATACTGTACATTTATAGTTTTGTGATGCCTAAATTCACTTGATTGATTTAAGTTTTAAGTTTAATGTTAATATTGGCCATTTATTTGTTATTGGCCATAACACGAAAATCGACTTATTGGTATTTAACAATATTAATTATTATAATATTAATATAATATTGTCTGCACTGACACAATGGCATCACTGTTTTCTGCAGAACTGCCACTAAATAAAAAAATTAAAAAAAGTAATTGTGACTTTTTATCTCGCAATTCTGACCTTTTTTTTCCTGCAATTGCGAGATTTAAACTTGCAATTGGGAGTTATAAAGTCAGAATTGCGAGAATATTGTGCAATATTGACTTTTTATCACGCAATCCTGACTTTATAACTCACAATTATTACTTTTTTCTCAGAATTGAGATATAAACTCACAATTGTGTTATAAAGTCAGAATTGCATGATATAATCTTGCAAACTCGCAATCTTATAAAGTCAGAATTGTGAGATATAAACTCTCGTAATTCTGACTTTATAACTTGAAATTGTGAGTTTATTTCTCGTAATTCTCTTAAAGTTTTTTTTTTTGTTTTTTTTTAAAGAAAGCATGTGTATTATGAGCAGGCAATATGCACACAGGCTTTTGTCCTAGCTTTAGCAGTACCGTAGTAAAATGTGTGCCCCTGGAAGCGTTACATGTCCAGACACACACTGCTAGCTTAGACAGTCTTTGTTATTGAGTGCTGCAGTCTTCTGGGGTGGCCTGTTTTCTTTTGGATTTTCCTCAGACACTCAAACACCATTTTCTCTGGCCAGTTGGGAAAATATTTGCTTTTCTGCCTGTTCCCCCCTTCTCTGAAAGGAGGTATAGGCTAAATTCACATCCGTCTCAATTTCGAAACGGTTCATTGGGGTGTTACGGGCAAAATATAGATGTGACAGGATTGTGAGGAGTTTTGTGTTCATGTGATTTTTAACTTTATCTTCCGCCACTCCTGTCTGTTTAAAGACGCTCATCGGGAGGCTCAGTGTGAATCACGCTGTGTTGAATTGTATGTGTGAGTTTGTAGCAGGCATGTTGTGTACTGCTTTTGGCCGTCTCTTTGATGGCTAACGGTTTAGCCATCTGGGACAGGCCTCTCTTCCTAGCTCCATTTGTAGCACATTTGTGTGGAGGACGGGTGAAGGGAGTGAAAGTTTGCTATTGCAAATGTGATCAACATCACAGGGAGAGGCTGTCCTTCCCACAAACCCAGACCACAATCATACTTTTGTTTCATGCATGATCAAGGCCTTTTTATAGGCCTATCTCCTAGAGTTGGCTGATATAAATATTGTGTGGTGGTAGAAATGCGTGAGATTTTGTTACACTGTTTATACGTAGTACTGCAGTAGATATCAGTGGACAAGACTGCTTAATGTTGTTTTGATGTGAGAGCAACAAAGAAATACAATGATGTGTCTCGATACAAAACAAGTCACAATGAGGATGAATTTGTGAGGTGGTTGTCAGGCACAACGTGACACCTGAAGTTTGGTTGTTGATGGTTTATAAACAGTGTTGCAACTTGTGTATTAATATAGAACTTAAATGATTCGATTCAATGTGTTTTTATCAACTATTTTAAATGACTCAGAATTCAGAGTCCGAACAATCCATTTTAAAATGACAGTTTTGCTATTTTAAGCCTTTTTGCTTAATTCAGCTGTTACATTTAGTAATAATCGAATAATTTTGGTTCATAAATAAATGAGATGAAGTATGCCCCCTAATTTTAGATATTAAAATCACAATATTACACATAATTAATTAGATTCTCCAGAAATAGACATGCGTAAACATTTTTATTAACACGTTACAATATGGTTAACACATTTTACGTTTATTAAAATATCTACACTACCATTCAAAGGGTTGAGGTCCGTAAGATTTGTTTGAAAAAAATGAATACTTTTATTCAGCAAGGATTCATTAAATTGATCAAAAGTGACGTTAAAAACATTTATAATGTTACTAAAAATTTCTATTTCAATTAAATGCTGATTTTTGAACTTTTTATTCATCAAAGAATCATGAAAAAAGCATCACGGTTTCCACAAAAATATCAAGCAGCACAACTGTTTTCAACATTGATAATAATAATAATGATAAGAAATGTTTTTTGATCAGCAAATTAGAATGATTTTTGAAGGTCATGTGACACTGAAGACTGGAGTAATGATGCTGAAAATTCAGCTTTGATCACAGGAATAAATTACATTTTAAAATGTTAGTTATTTTACATTACATTGTAATATTACAGCAAAAGGTTATTTTAAATTATAATAATATTTCACAATATTACCGTTTGATCAAATAAGAGACTTACTATTAAAAAACTAATGGTAATGCATACTGTTATATTTATTTTTATTGTGATTACTCTTACATAACATAATCTTATACATAATATACAGTATTTTGGTCATGCATCCCTTATTTTTGTTTTAAACTCTCAGGTTTGAGCCTAAATTGACTTCTGAACTCCTTGTACTCCAAGTCATGTGAACAGCAGACTCATTTAGATACTGCTTTAAGTCATTTGATAGATTACAGTTTCCTCGTTTTTATAATGTTTAGTTTCCCAGGTCAGAGTGGACTCATTTCTCAGCTCATCTAGTGTGAAGCATTTACTCTGAGCAAATGTGTGTTTGTCAAGCTTGGGCTTTATTGACCACACACAAACAAGCCCCTTTCCTGTTGAAGTGTCATCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGNNNNNNTGTGTGTGTGTGTGTACATATAGAAGGCAGAGTTAGCCAGACCAGTGTTTACCCAGTCCTGATGTAACACCTTTGCCCCAGACATCAATGCTCCTACTGTCACTGTGGAACAAACTGCCTCAAGAAGAACCCCTGCCTATGTATTCAGACCAGCGACTCGGTCAAAACACTCTTTACATTTACCAAACAGTGCAGCAATTCAGTTTCACACTGTTTTGGTTCTTGGTTTCTCATTAGCAGTTAATGGTATATCATTTCTGTAATCCACACAAAGGACAGAGAATATTCAGTTCTTTAGATGTTAAAAGTATAGCTTGCCTACAATTGTTTGAGAACTTCCTAACCTTTACCCAAGTTTCTCTCTAGCATCTCTCTCTCTGTTAACTCGCTGCTTTGTCCGCTGGCCCCTGTGATATGAGCCCTCCTTCAAAGAGGAACTTAAATCCGGCCCG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Function

GO:

id name namespace
GO:0016071 mRNA metabolic process biological_process
GO:0000375 RNA splicing, via transesterification reactions biological_process
GO:0000377 RNA splicing, via transesterification reactions with bulged adenosine as nucleophile biological_process
GO:0006397 mRNA processing biological_process
GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome biological_process
GO:0016607 nuclear speck cellular_component
GO:0005681 spliceosomal complex cellular_component
GO:0005685 U1 snRNP cellular_component

KEGG:

id description
ko03040 Spliceosome

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU88419 True 8452 lncRNA 0.37 3 89806 114437

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
CI01000013_00055395_00073103 NA coding upstream 16374 54114 ~ 73432 (+)
CI01000013_00142867_00148461 SIX5 coding downstream 28430 142867 ~ 149008 (+)
CI01000013_00151644_00152374 SIX9 coding downstream 36698 151135 ~ 153096 (+)
CI01000013_00259782_00293697 MAP3K10 coding downstream 145345 259782 ~ 293697 (+)
CI01000013_00432775_00439564 RCN2 coding downstream 318338 432775 ~ 439579 (+)
CI01000013_00441663_00456168 PSTPIP1A coding downstream 327226 441663 ~ 456456 (+)
G77555 NA non-coding upstream 31388 58062 ~ 58418 (+)
G77505 NA non-coding downstream 20265 134702 ~ 135653 (+)
G77562 NA non-coding downstream 47146 161583 ~ 161803 (+)
G77507 NA non-coding downstream 47858 162295 ~ 165109 (+)
G77534 NA non-coding downstream 178721 293158 ~ 300396 (+)
G77538 NA non-coding downstream 244064 358501 ~ 359239 (+)
G77533 NA other downstream 594396 708833 ~ 709549 (+)
G77695 NA other downstream 832084 946521 ~ 952969 (+)
G79309 NA other downstream 2352328 2466765 ~ 2467171 (+)
G80062 NA other downstream 3469571 3584008 ~ 3584784 (+)
CI01000013_04051081_04064651 NA other downstream 3950496 4050837 ~ 4065829 (+)

Expression


Co-expression Network