G297405


Basic Information

Item Value
gene id G297405
gene name NA
gene type non-coding
species mexican tetra (Astyanax mexicanus)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NW_019172828.1
NCBI id APWO02000046.1
chromosome length 5964967
location 4127521 ~ 4166562 (+)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome

Sequence

>TU409006
tgtgtgtgtgtgtgaatatgaatttgaataaaaaaaggcaAGGAAGAGAAGGACCCTGGGTGAGTAGCCTATaggcatagagagagagaaagagagagagagagacgggtgAAGTGAGAGAGTCAGTAGGCATGAAATATGCAGCACCTGGTGCCAGCTCTCGCTCTGCCAGGGCATTCACAGCGCGAGAGTCAAACTCAGTCACTCAAACCAGGACCTGAAGAAAAGCTCAGCAAGACTTTAAACCTGAGAAACTCCTGCTTCTGTCCTGAAAACAGAAGATTCCAGCAtgttacattactttttatCTGTGAGACTCTACCATAAAAACACCTCCTTCTTTCGTTATTTGCTAAAAATATGTggatagttttatgtttttggccaaaaagctgctttaaacagtgttatattacaatatacagcaaaaaatcaagttaaagttaaattaaactcTTTCTCAAGgttcatacagctctgaaaaaataagaggtcacttaaaaatgatgagtttctttgattttaccaaattggaaacctctggaatataatcaagaggaagatggatgatcacaagccatcaaaccaaactgaactgcctgaatttttgaaccaggagtaaagcagcataaagttatccaaaagcagtgtgtaagactggtggaggagaacatgccaagatgcatgaaatctgtgattaaaaaacaggattattccaccaaatattgatttctgaactcttaaaactcatatttttgcaaataaatgctctatgacattattttgaatttgggagaaatgttgtctgtagtttatataataaaacaataatgttcattttactcaaacataaacctataaatagcaaaatcagagaaactgatggtCTCTCAacttttttctagagctgtatattatatacagtggtgtgaaaaagtttttgcccctttattttgttttttttttgtcatacttacaatTTTCAGATTagcaaacaaactttaatatcagacaaatgtaataaaataaattattaatgaaaaaaaagtaaaaaaaaaaaaaaagtgtttgcccctccATAAATTGTTTTTGattgattaatcacacttcttaaaaaaaagctaagttCAATTTGACTACCAACCACAACTAggcctgattactaccagaaaaagatcatcatactgaatgtaaaacatggtgctGATAGTGTTTGCCAGGAACCCAAACAATGTGAGCTGTAGTTAATGTCATTTATGACACAGCGGGTAGTGGAGAGCCAGACTGGAAACAtaaggaacagggcatctcaaTACATGTAAAAAAGATAGAGAAACCAGAAAGGCAGAGTAAAagttatgtaaaacagagagtaTATAACATTTTCAAAGCGTGGCTAATGACTGAGTAAAACAGCCtaagccagaaggtaacatgaatggcttaaaaaaacaaaattaaggttttggagtggcctagtcaaaggcatcacaccagcagttggggcaATTTGTTGCTTCATAGCAAAGGCATTATTGAAGCCGTCTCAAAAAATATCTCCATACTCCATACTCCATACTAAAGGCCAATTTATGCTTCTGCGACAAACCTACGataatctctcaccaagaggtacactacccagacGCAGCCACTGAGTTCCTTTTTTATGGGTCGGTGagaaaagtatttaattttttggtgCCCTCTTGTGGTAAGACCCAGTATACAATCAGAACACtcctgtaattattattatataatttttatttttttgtcaattatATATAACAAATGCTGGGAACACTGGGAACACTTTTATtctacatttacttttttattattcacataATCCACTGGTGACAAAACTGGAACTCCAAAATAAACTAAGCTTATGATGGGGGACGTTTTACTCTGAtgatctgttaaaaaaaaaaaagatatgaatTTCTTGGTCTGtgtgtaataatattaattgataatattaatattatttaatacctGTTCTCTGAACAACAGCACTAGTCTTCACCTAGTGTGACAGTTTTGCTGCTTTTGATTTGCACAATGCTTCATCCACACCTGTGTTATCTTTCCAACCTTTCCTTTCTCCCCTTTTCCCCCCAGcaacaacatttattttgtgctcCTCTGTGATGTGGAAAATTGGAAAGTTACCCCCTCTCTGCTGGATCGACAGTATTGCCATACTGCATATACATACAGGTGCAATCTTAAAAAATTGGAATATCATTGGAAATTTGCTTTAGTTTTTAGTAATTGAGGTCAAAAAGTGaatttcatatattatatagatgtattaaacacacagagtgatctattttaagcgtttaattctttataattgttgatgattatggcttacagccaatgaaaaaccgaaaatcagtttctcagaaaatttgaatattataacaAAACcaagactaattggtacttttggcagtgtgccaaatcctgctggaaaatgaaatccgcatctccagaaaaaaaatttcagcagagggaagcatgaagtactTCCGattccaaaagtaccaatttgtcttatataatattcttattcatattttctgagaaaatgattttttgggtttataattggctgtaagccataatcataaactataaaagaaataaactattaaaatagatcactctgtgtttaattcttctatataatatatgagattcacattttttcgctgaattactcaaataaagataacatttttttaatgaaataatgatctaattttttttaaattccacctgtacagtatatacattcatacacacacacaaacacacacagatattacAGTATACACACCACTGACGCTCCTCGACCCTTTATTCTGTGATACTTTAACCCCTTTCTCCTCTTTCTTACATGAACCATGTTTGTACAGTTTTGTAAATATAaatctttttgtaaaaaaaaaaaagaaaaaaaagctgaagaagatgaagaaatggaaaagaaaaaaaaaagaaaaaatgtgtttttcactgGCACCCATGTGCACCCACTGTTGTTACCATAGTGACCCACTACTCTTACGGTATTCTTCTTACACTGGATCTGATAAGTAAATTTGGATGAGGACCAGTTACTGGTTTAGAGTTTTGGACTTTGGATTTTGAAGCCATATCCATCTGACACACATTGGACTCACAGTACTGTTCTCAAGTACTCATACTCTATATGTTACATTAAGTTACCTTAATGCCTTTACCTGACATATAGAGATCACCTGATATTTGATTTATCTATGAAAGTTTTcagtcaatcaattaatcagtcagtcaggatataaactctttattaaaTCTTCACAACGGAGAACGTCAAGGCTGCTGAACTGtttaacctcttgagacccGGATTTTTGATTGGGGTGAATTTTAGGATTAATTGgacccatagactgtgtatagctggacagagcatcgtctctcaaaagtgaagccaccacaggtcgggcgccccctgctgttcggtttcagaaagctgtttagtaaccccacccatccccataggtttcaacggcaaaacagacaattttcacgtttttttcccaatatactgtaattctacctcctttatttaaatgcagcagctagcgTAACCTCTGCTTACATTGTtaaattttatatccccacagaattcattttttaaaacgttattcagctctattcaaaaaggtgtggttattgtaaaagggctgcttatgggcgggactaataacagaccgtcagctcagctccgctctgcagcctgtgacctcgaggcagccctgaggggcggggttatttaaatgagtaggctgtctctccacagtctttctagctcctctggtctctactgcgctctacagactcgggcaTCAGGATCgacaacatggtggaagattttggcttctttttcattgaatgaatgggaacggagacacgacatccatctttttttacagtctctgtttgGACCTGACAAGAATTAATACAAAACTTTGTCTATGTCCAGGAAGTCCCCATTCAAAAGTTTTAATTCtttatacagtaataaataaagtagtttcaaacataaaactcTATTAGAATTcttacctggcccatgtttctgtctgaactggctgtagaaactcttgactgggattcccgccatcttgtttttttaattaattgaatgTAATGTTGTAATGTGAGCTATAGATGGTACAGACAGTGTCTTCATAtgaggccaaaaagtctaaattttaaaaatgatgatgcattgtagtgcagagaagcagaaatgtaatgttccCACATAAAAACACAGGGTATCAAGAGGTTAAGCCTTCAAAGACTTAGATGAGACACTCTTCAAGAATGTTTAACtttcttttttgtaaaactAAGGTAATGAACTATGAGGTTTTCGTTTATTGTGTAACTTAAAGACGAAACTCAGAGGTGTGCGTCCGGAACGTAGTGAAATTACCgtagcaaaaaacagtagataattcagcctgtaattttctcagaggacgtctgagaaaaaaaacgtacatggttgttccggacgggaataaaatcacagaggataaaatcccccataaaagagaaaattaccccaggtccccctgagaaactaatcctgtccgaaTAGGGCTTAAGCCACAtttaagtacactcaccctatTAAATAAAGTCAAAATTGACTTTGACACACATGcaaattacataacctgtacaactgtaataaatctgtaacacATGGATTGTTTATGTGTAACAACATGGTTACTTAAGGCACTTATTATAATGTGGGACcatagtttatttattgtatattatattatattatattatattatatatatttattcattattaattccCCTTCAGCCCATGTGAGCATGAGGATGGGTTGCATACTATTTACAAATATACCTGTAAacaatacaattacaattacaatatacaattacaat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Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko04514 Cell adhesion molecules

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU409006 True 6129 lncRNA 0.36 4 4127521 4166562

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC103046751 LOC108432062 coding upstream 301881 3776523 ~ 3825640 (+)
LOC103025262 LOC108432064,LOC108256459 coding upstream 361034 3704804 ~ 3766487 (+)
LOC111191046 NA coding upstream 476186 3645713 ~ 3651335 (+)
farsa farsa coding upstream 506694 3596527 ~ 3620827 (+)
ilf3 ilf3,LOC107659573 coding upstream 532150 3574633 ~ 3595371 (+)
cnn1 cnn1,cnn1b,LOC107715638,LOC107718633 coding downstream 156549 4323111 ~ 4346597 (+)
tmem205 tmem205 coding downstream 190425 4356987 ~ 4363604 (+)
LOC103038197 rab3d,LOC108440987 coding downstream 201156 4367718 ~ 4392866 (+)
epor NA coding downstream 235078 4401640 ~ 4414691 (+)
LOC103021497 NA coding downstream 320342 4486904 ~ 4508485 (+)
G297407 NA non-coding upstream 36221 4090911 ~ 4091300 (+)
G297398 NA non-coding upstream 102161 4025049 ~ 4025360 (+)
G297392 NA non-coding upstream 103890 4021560 ~ 4023631 (+)
G297377 NA non-coding upstream 139406 3886699 ~ 3988115 (+)
G297387 NA non-coding upstream 172613 3940556 ~ 3954908 (+)
G297497 NA non-coding downstream 48733 4215295 ~ 4275823 (+)
G297516 NA non-coding downstream 186091 4352653 ~ 4355964 (+)
G297529 NA non-coding downstream 251414 4417976 ~ 4418769 (+)
G297530 NA non-coding downstream 264771 4431333 ~ 4435857 (+)
G297531 NA non-coding downstream 269504 4436066 ~ 4436423 (+)
LOC103030733 NA other upstream 486907 3550327 ~ 3640614 (+)
LOC111191028 grb2b,grb2,LOC108432081,LOC107719324,LOC108256494,LOC107672691,LOC107672145,LOC107723603 other upstream 978918 3042432 ~ 3148603 (+)
G296790 tcap,LOC108413611 other upstream 2765586 1359112 ~ 1361935 (+)
LOC103044283 LOC103044283,LOC108412482 other upstream 2837101 1287516 ~ 1290420 (+)
G296679 tlk2,LOC108413572,LOC107660745 other upstream 2926733 1191763 ~ 1200788 (+)
LOC103041102 LOC108440983,LOC108258030,LOC107718582,LOC107661664,LOC107715658,LOC107695723,LOC107550253 other downstream 86454 4253016 ~ 4299447 (+)
znf653 znf653,LOC106601361,LOC107553636,LOC104961106,LOC103393609 other downstream 253435 4419997 ~ 4434071 (+)
LOC111191039 NA other downstream 484081 4650643 ~ 4675621 (+)
LOC103033323 NA other downstream 1535950 5702512 ~ 5711874 (+)

Expression


Co-expression Network