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Basic Information

Item Value
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gene type misc
species mexican tetra (Astyanax mexicanus)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NW_019172836.1
NCBI id APWO02000054.1
chromosome length 895725
location 365993 ~ 383873 (+)
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Sequence

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>TU417693
tttctCCACTCAGTTCATAGGCAGTTCCTGTAGTAAGGCACCCATAGACCACTAATCTTAATTTAAGAACTGTTAATCAGAAGGTATGGATGAGGCATTGTCAGTCAGGCCCGCCGACTAATTTAATCGTTAACCTGtgaacaagaaaaaagaaaagaaaaacaaaaaaaaaattgttttgatagtgtgtgtatgtatgtgtgtgtgtgtgtgcgtgtgtgtgtgcgtgtgtgtgtgcgtgtgtgtgtgcgtgtgtgtgtgcgtgtgtgtgtgcgtgtgtgtgtgcgtgtgtgtgtgcgtgtgtgtgtgcgtgtgggcACATTTGTGCAGAAGTATGTTTGAGTGTATGTGAATGTATGTGTATGTCAGATGTCAGGAGGATACGTTTGATAAACGTGAGGGTTGAGGTCATTCAGGATTAGCAATAAATGACTTTTGGCTTAATAATTGCTACTACTGTATGTGCGTGTACGCCTGTGCTATAAGGTGTTATATACCTTTGTGTGGAAAAGCCTCTTTTGCAGAAACGTAAGTATGTATGTAAGCTCTGCACTGGATCGCACTGTTAGTACATCTggatatgtatatttattgtttttgtattttatttgattttgtttaTATCATTCATTTTGTCCTGGTTAGTTCACTGTGTTGTTCTCCGTTCTCCTCTAATGTTATGTTAGCGTATTCGCAACTATAGCATCTTCTCAAATGTGTCATCAGGTGAGCTCACCTTCACCTTCGCTCCTGCTTTtgcctccgtctggcaggaatCTTCATGTAAAACTCTGACTTGTTACACAATCTGTGGGTTATTTAAGACAGCGCTGTGAGAGGCTTTGAGCTGGAGAGGCTTATCTTCAGAGAACCTGAGCTAAGATTAGAGCCTCATATACACACTGTTAATCCTCCCTTTCCATTTTttcaccccccacacacaccccgTGCCCCCATACACCGCAGGACGCCGCTCGGATTACTCTagtcctgtttttttcttttccagatTGAGTAATCCTTCCTGTTGGGAATCGCTTTCATGATAACGTGAAGGATCTACATGGGTATACAGCGCTGATATGATGCTGGTCCATGTTTACACACATCATTATATCAGATATGAATATGATCctgctttctttattttgttgttggtgTTTATTTCTCATCTTGGTGCACAGTATTGCTACTGAAACAAACCAAAGGATAAACTTACTTTGGGTGTCCTGGGGAAAACTTGATTGCTAatgtgattttcttttcttttttttttcttttttgtggaaCACCTGACAATCATATCCAGATTTTCTACCCAATAAGCCAAACAGCTGGAAACGTCAGCTGGTTCACATCGCTCATATTCTGCTGCCGGCCAgCAACTGCCCCAGTTCCTCAAGCGGTATGTATTTAAGGGAGGTGTGCAAGACAGGTGACACAGAAGATTCACAGCACTTCTAGAGATCCGTTCTCCTCCTGCAGCAGGATGAAGATCTGGGTTCTCCTTCTGCTGGTGGCGGCAGTCAGCACCAAGCGGTTCACCAAATGTGAACTGGTGAGGACCCTAAAAGCAGCTGGAATGGACGACTTTTTTAGCGTCAGCCTGGCTCACTGGGTCTGCATGGCCTTTGCGGAGTCCAATTACGACACTCTGGCCATACACTTCATCGCAGAGGATATCTTTGTTGTAATATTCCAGCAACTGCCCCAGTTCCTCAAGCGGTATGTATACGGAACACTACGGCATCTTCCAGATCAACAACCGCCGGTGGTGTAGCGATGGCAAATTCCCCGGCAAAAAAGACTGTCCATTCACCTGCAACCAGCTGTTCTCCCTCCAGAATAGCATCGATTGTGCCAAGATCATAGTGCAGAAGCTGGGCATGACACCCTGGAAAGGCTGGCGGTACGAATGTTGGGGCCAAGATGTGAGCAAGTACGTCGCAGGCTGTGGCGTGTAAATGAAGACCCCGGAGTGATGCACCCAAACGAGATGCCTCTTCAATTCCACACTGTTTCAATTCTTTAGCCAGTCTTTTAACAGAGTATTTACCCAGAAACTAGGATAAGGATAAACTAGGATCGTTCCATTGTTTTCATAAAGAATGAACCATTTAAACCTAACAAACATGTACTCCAACattttgatttctgattttgctaaacATACTTGTTTCCCAAAACTGCCATTGCCAAactgtattataaaaaataaattgtataata
>TU417694
tttctCCACTCAGTTCATAGGCAGTTCCTGTAGTAAGGCACCCATAGACCACTAATCTTAATTTAAGAACTGTTAATCAGAAGGTATGGATGAGGCATTGTCAGTCAGGCCCGCCGACTAATTTAATCGTTAACCTGtgaacaagaaaaaagaaaagaaaaacaaaaaaaaaattgttttgatagtgtgtgtatgtatgtgtgtgtgtgtgcgtgtgtgtgtgcgtgtgggcACATTTGTGCAGAAGTATGTTTGAGTGTATGTGAATGTATGTGTATGTCAGATGTCAGGAGGATACGTTTGATAAACGTGAGGGTTGAGGTCATTCAGGATTAGCAATAAATGACTTTTGGCTTAATAATTGCTACTACTGTATGTGCGTGTACGCCTGTGCTATAAGGTGTTATATACCTTTGTGTGGAAAAGCCTCTTTTGCAGAAACGTAAGTATGTATGTAAGCTCTGCACTGGATCGCACTGTTAGTACATCTggatatgtatatttattgtttttgtattttatttgattttgtttaTATCATTCATTTTGTCCTGGTTAGTTCACTGTGTTGTTCTCCGTTCTCCTCTAATGTTATGTTAGCGTATTCGCAACTATAGCATCTTCTCAAATGTGTCATCAGGTGAGCTCACCTTCACCTTCGCTCCTGCTTTtgcctccgtctggcaggaatCTTCATGTAAAACTCTGACTTGTTACACAATCTGTGGGTTATTTAAGACAGCGCTGTGAGAGGCTTTGAGCTGGAGAGGCTTATCTTCAGAGAACCTGAGCTAAGATTAGAGCCTCATATACACACTGTTAATCCTCCCTTTCCATTTTttcaccccccacacacaccccgTGCCCCCATACACCGCAGGACGCCGCTCGGATTACTCTagtcctgtttttttcttttccagatTGAGTAATCCTTCCTGTTGGGAATCGCTTTCATGATAACGTGAAGGATCTACATGGGTATACAGCGCTGATATGATGCTGGTCCATGTTTACACACATCATTATATCAGATATGAATATGATCctgctttctttattttgttgttggtgTTTATTTCTCATCTTGGTGCACAGTATTGCTACTGAAACAAACCAAAGGATAAACTTACTTTGGGTGTCCTGGGGAAAACTTGATTGCTAatgtgattttcttttcttttttttttcttttttgtggaaCACCTGACAATCATATCCAGATTTTCTACCCAATAAGCCAAACAGCTGGAAACGTCAGCTGGTTCACATCGCTCATATTCTGCTGCCGGCCAgCAACTGCCCCAGTTCCTCAAGCGGTATGTATTTAAGGGAGGTGTGCAAGACAGGTGACACAGAAGATTCACAGCACTTCTAGAGATCCGTTCTCCTCCTGCAGCAGGATGAAGATCTGGGTTCTCCTTCTGCTGGTGGCGGCAGTCAGCACCAAGCGGTTCACCAAATGTGAACTGGTGAGGACCCTAAAAGCAGCTGGAATGGACGACTTTTTTAGCGTCAGCCTGGCTCACTGGGTCTGCATGGCCTTTGCGGAGTCCAATTACGACACTCTGGCCATACACTTCATCGCAGAGGATATCTTTGTTGTAATATTCCAGCAACTGCCCCAGTTCCTCAAGCGGTATGTATACGGAACACTACGGCATCTTCCAGATCAACAACCGCCGGTGGTGTAGCGATGGCAAATTCCCCGGCAAAAAAGACTGTCCATTCACCTGCAACCAGCTGTTCTCCCTCCAGAATAGCATCGATTGTGCCAAGATCATAGTGCAGAAGCTGGGCATGACACCCTGGAAAGGCTGGCGGTACGAATGTTGGGGCCAAGATGTGAGCAAGTACGTCGCAGGCTGTGGCGTGTAAATGAAGACCCCGGAGTGATGCACCCAAACGAGATGCCTCTTCAATTCCACACTGTTTCAATTCTTTAGCCAGTCTTTTAACAGAGTATTTACCCAGAAACTAGGATAAGGATAAACTAGGATCGTTCCATTGTTTTCATAAAGAATGAACCATTTAAACCTAACAAACATGTACTCCAACattttgatttctgattttgctaaacATACTTGTTTCCCAAAACTGCCATTGCCAAactgtattataaaaaataaattgtataata

Function

NR:

description
PREDICTED: UNC119-binding protein C5orf30 homolog

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU417689 False 1299 TUCP 0.43 4 378749 383873
TU417690 True 6615 TUCP 0.39 2 365993 372699
TU417691 False 4569 lncRNA 0.37 4 365993 372699
TU417692 False 5060 lncRNA 0.37 3 365993 372699
TU417693 False 2229 lncRNA 0.43 6 365993 383873
TU417694 False 2143 lncRNA 0.43 7 365993 383873

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
ppip5k2 ppip5k2 coding upstream 6209 315982 ~ 359784 (+)
pam pam,LOC107577007,LOC107737006 coding upstream 56485 187642 ~ 309508 (+)
reep5 reep5,LOC107740782,LOC107715872,LOC108246451 coding upstream 284802 71276 ~ 81191 (+)
LOC103030803 aph1a,LOC108427283,LOC100304952,LOC105021718,LOC107670051 coding upstream 341345 7635 ~ 24648 (+)
LOC103024567 LOC108427294,LOC108413448 coding downstream 1630 385503 ~ 389270 (+)
LOC103025635 LOC103025635 coding downstream 12086 395959 ~ 398846 (+)
LOC103031748 NA coding downstream 18594 402467 ~ 404751 (+)
syk syk coding downstream 48714 432587 ~ 548171 (+)
trnar-ccu_63 NA coding downstream 509592 893465 ~ 893537 (+)
G303305 NA non-coding upstream 2568 361945 ~ 363425 (+)
G303228 chd1 non-coding upstream 273373 90240 ~ 92620 (+)
G303226 chd1 non-coding upstream 278115 85897 ~ 87878 (+)
G303221 NA non-coding upstream 304680 59902 ~ 61313 (+)
G303218 NA non-coding upstream 314953 30569 ~ 51040 (+)
G303340 NA non-coding downstream 56549 440422 ~ 446559 (+)
G303341 NA non-coding downstream 59986 443859 ~ 445869 (+)
LOC111191252 NA non-coding downstream 167497 551370 ~ 567446 (+)
G303418 NA non-coding downstream 408479 792352 ~ 795312 (+)
G303413 NA non-coding downstream 421840 805713 ~ 809762 (+)
LOC111191247 NA other downstream 422217 806090 ~ 806546 (+)

Expression


Co-expression Network

Homologous

species gene id symbol gene type chromosome NCBI id location
zebrafish (Danio rerio) XLOC_002567 MACIR coding NC_007121.7 CM002894.2 6765109 ~ 6775271 (-)
grasscarp (Ctenopharyngodon idella) G419246 NA non-coding CI01000304 null 1323971 ~ 1328397 (-)
striped catfish (Pangasianodon hypophthalmus) G405917 NA non-coding NC_047623.1 CM018569.1 14700268 ~ 14704312 (-)