G48608



Basic Information


Item Value
gene id G48608
gene name NA
gene type non-coding
species mexican tetra (Astyanax mexicanus)
category of species ornamental fish

Chromosome Information


Item Value
chromosome id NC_035902.1
NCBI id CM008305.1
chromosome length 52532229
location 437598 ~ 584273 (+)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome

Sequence


>TU65713
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>TU65714
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>TU65715
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Function


GO: NA

KEGG:

id description
ko04514 Cell adhesion molecules
ko05032 Morphine addiction

RNA


RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU65713 True 6665 lncRNA 0.35 3 481584 488309
TU65714 False 3598 lncRNA 0.32 2 437598 488309
TU65715 False 2986 lncRNA 0.38 5 481584 584273

Neighbor


gene id symbol gene type direction distance location
LOC111192744 NA coding upstream 168076 263730 ~ 269522 (+)
LOC111192720 LOC108425021 coding upstream 305960 122069 ~ 131638 (+)
LOC103041629 sema3b,LOC107717529,LOC107556489,LOC107669651 coding downstream 831001 1415274 ~ 1461698 (+)
pym1 pym1,LOC102777374 coding downstream 1176539 1760812 ~ 1764075 (+)
LOC103027674 LOC108425035 coding downstream 1188646 1772919 ~ 1786362 (+)
LOC103045867 mc3r,LOC103045867,LOC108425022,LOC107751459,LOC107711834,LOC107680356,LOC107669608 coding downstream 1415301 1999574 ~ 2001170 (+)
LOC103028158 cebpb,LOC103028158,LOC107556312,LOC107669676,LOC107751442,LOC108265421 coding downstream 1775649 2359922 ~ 2362224 (+)
G48596 NA non-coding upstream 79823 357333 ~ 357775 (+)
G48589 NA non-coding upstream 166256 271035 ~ 271342 (+)
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G48681 NA non-coding downstream 79052 663325 ~ 663663 (+)
G48683 NA non-coding downstream 123485 707758 ~ 707984 (+)
G48714 NA other downstream 223882 808155 ~ 811265 (+)
faf1 faf1,LOC107743872 other downstream 2398573 2982846 ~ 3152050 (+)
spata6 dnttip2,LOC107700367,LOC107603264,LOC107757995,LOC102796155 other downstream 3615666 4199939 ~ 4239873 (+)
G49475 NA other downstream 3660255 4244528 ~ 4246227 (+)
prok1 prok1,LOC107680267,LOC107711938,LOC107731240 other downstream 5034886 5619159 ~ 5627452 (+)

Expression



Co-expression Network