G48771


Basic Information

Item Value
gene id G48771
gene name NA
gene type non-coding
species mexican tetra (Astyanax mexicanus)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035902.1
NCBI id CM008305.1
chromosome length 52532229
location 1046814 ~ 1471342 (+)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome

Sequence

>TU65890
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>TU65894
ttaaaatctttcaataaacagcaacaatttaACTGTGTTATTAAGAAATAATACACTCGAgatttgtgctataatgtgtaataatggtAGTGCATTGGCAAATATACCATGTTATAGCATGGATCTCATGTATTATTACTtaattatggcaagaactactcaactaagtaaaaaaaaaatactttaaaggataactttggtgtaaaatggacttttggtgcagtaaaacatgataaaaagtatccaggattaaagtagctccacacctcctggctagaatccggagagccatcacatttaaaacaacgcattaataacttaaaaagtgcacaagaagcttcttaaaaaacactgtttacatcataTAATGCTTCTTTGTAGCTCTGtgtgccgccatcactgtactgataatgaagACATAtggacatatatacatagatgcTGGCTGCTACGCCAGGAGAcaggctatgtggagtctatgtatatatatgtctatgtaaTTATCAGCACAGTGATGTCGGCGCTTGGAGCTGAAgttagcattatgggatgtaaacagtgttttttttaataagcttcttgtgcactttttattaatgttattaatgcttcaatttaaatgtcagggctctccggattctagtatggaggtgtggagctactttgagctggataacggtgtaaaaagtgatttatcggggcaaaatatatagagtgctgggcaaaaagcactaAATTcctgtatctcagaaagctgcaggtgAGCGGAGGGGGGCTATTAaacaaagataagaactttatatcatgttttactacaacaaaagtcaatttaacACCAGAGTTCAGACCTTTAAGAAACAATGAgggtcagtcaatctaaaaaaagaagaatttcaagaacttcaaaagaccatcaaaaacgtatGTAAAAATACTGATgattaaactggcactcatcagaactgcaagttaacagctccccagataagagctagTTAAtccttcttcacagagtattttggtttgtttaacactgtttttaagttactgcatgattccttatgtgttccttcataatctgatagatcacttcactattcatttactatgtagggaaataaagataaatattaaaacattgaataagtaggtgtgtccaaaccgcAACACTATAAACACTCTTCCCTttaagctacacacacacacacacacacaccaataaaccaatgCAATAACCGTCCCTGTGGGCGTCCGTATGAAGACAAAAGCTCGGCTGAGAAACTACAGAAGAGGATGATGTCATAAACAAAACTCACTGTAATTGTGATCCCAAATCAGATGACTACTCCAAACCATGCACAATGAACTGTtacaagtgcacacacacacttacacacacaaacacgcgcTTGGTACGCCATACGAAcggtacacagacacatcccCACTctgttatatatacacacacacacattcacacacacatttcacactCATTTACAGCAGAATCCATGTAAATTTCTCTCATGTGTTTTATATGAGTGTTAGTGCTTCGTGCTGTTAGTAGATTAGACTTTGCTATCCTCAATATTCTCTCAATGTGACCCAGAACCACTATAAAAGGCCGCCGCACACCGGAAACGCAACACTGTGAAGAGGCTGGCAGCcctcaaaacattaaaataaaaagaaataaaaaaagattcaatTCCTGAGCACCAAGCAATATTTTCCATTGTAACATTAAAGgaataatcagtaataaatgtgagcaaatgtgtgaaatggctacaggaaTCCATTGATTTCTAAACACTGAGTTCTCTGCACAAGTCTCATTAGTGAATATATATTAGTGCATCTGAaagaattagaatatcattgaaaagttgctttatttcagtgattgagctgaaaatgtaaaattcatattatataatatagatgtattacagacAGAGTGATCTTTTATTGTTgaggatttaaaaaaagatcagtatctcagaaaatttgaatattatgtaagaccaattggtactttcggcagtgtgtgggcagtgtgccaagtcctgctggaaaatgaaatccgcaaaTCAAGTCAAAATTTagggcagttttgttttcccacaaaatcttacagcacttcatgcttttctctgctgatgacaacttttatagagatgcagatttcattttccagcaggacttggcacactgcccacactgctaaaaaagtaccaatcggtcttaatattataatattctaatttcctgagacttttttattgactgtaagcTGTAATTGAACAATtacaatgaacaataaaaaagtaaatgcttaaaatagtacattttgaactgaattactgaaataaagtaactttacaataatatactatatatatttttttcaggtgCACTAGTATGTTCTATTGTACAAAATCTTTTCGCTAGTGGTGGTGCTAAATTActcagctatggttagcaaaccttactgaagctcagtgattacctgttcagcagaaacgTTCTATACCTGCCAACCCAGGGTGTGGAAATTGTAAGACTGTAGGAAATGAAAGGTGGTGGGCAGGTTTAAAAGCTAAAACCTACATAGATTACCGTGACATGTCGCACAGTTGACAGTTcaagtaagaaaatactggctgaagctctgctgacacaCTTCCTTAAATGGTCCTTTAAATTAAAGAGAAAGCCATACCACAAAAAAGACCCATGATAATTTATGCTTTTGACTTCCAAAGAGTCtagatttgcattttttttccaaacgcTGTATCCGATTGCCTTACCTGAACATCTTCAACATAAAGAGGTCCTCGTTTTAAAGCTTGCCGCCCTCATTTTAGTTGTTTTCGTTGCTCGGTGTGCGACGGCCTTAAGAGAAACCACTCCATCTCTTCCACCCACTGCTGCTCTCCACCACGATCTGATCAGACGTTCATAACTGCCCACAGGAGTGTCCAATCTGCAGGAAATATAaggaataaacaaaacagtgaagGACTGTTGTCAAAAATCATCAGCAGAAACTGAAAATATCCAGCTTGCCTGTGACATACTGCACAGttctaataagaaaatactggctgaagctctgctgacaatgGAATGGAATAAGGCTGGTTGGATTTCCACAGATTTCCACAGAATATAAtgaatattatgaccacttcCTTCTTAGTTTTTACACTTACTGTTCATTTTTCAGCTCTATTGATCCTATAGTTTAATCTGTAGTtctattataattacagactgtagtcacaatgctagtgatagagGAATAGAGTTACCTATACAAAAAATGACTATTTTACATTAGTAACTCAAAAATatctccacacttcattggtagaattctgagggtcctgacatttaaaacgaggcacttgtaaggaaaacaagttcatattcataaagttttaagagttcagaaataatcaatatttggtggaataaccctggtttttaatcacagtttgtttcatgcattcttggcatcatgttctcctccaccagtcttacacactgcttttggataactttatgctgctttacttctggtgcaaaaattcaagcagttcagtttggtggtt
>TU65900
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Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU65890 True 4804 lncRNA 0.35 2 1463023 1471342
TU65894 False 3623 lncRNA 0.36 2 1463023 1470165
TU65900 False 2772 lncRNA 0.36 3 1046814 1470024

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
ajap1 ajap1 coding upstream 569518 354036 ~ 477296 (+)
LOC111192744 NA coding upstream 777292 263730 ~ 269522 (+)
LOC111192720 LOC108425021 coding upstream 915176 122069 ~ 131638 (+)
pym1 pym1,LOC102777374 coding downstream 289470 1760812 ~ 1764075 (+)
LOC103027674 LOC108425035 coding downstream 301577 1772919 ~ 1786362 (+)
LOC103045867 mc3r,LOC103045867,LOC108425022,LOC107751459,LOC107711834,LOC107680356,LOC107669608 coding downstream 528232 1999574 ~ 2001170 (+)
LOC103028158 cebpb,LOC103028158,LOC107556312,LOC107669676,LOC107751442,LOC108265421 coding downstream 888580 2359922 ~ 2362224 (+)
adipor1 adipor1,adipor1b,LOC108425077,LOC107751445,LOC107679819 coding downstream 994251 2465593 ~ 2474573 (+)
G48754 NA non-coding upstream 121616 924742 ~ 925198 (+)
G48730 NA non-coding upstream 222137 824447 ~ 824677 (+)
G48692 NA non-coding upstream 299636 746976 ~ 747178 (+)
G48689 NA non-coding upstream 303723 737031 ~ 743091 (+)
G48684 NA non-coding upstream 333283 711853 ~ 713531 (+)
G48772 NA non-coding downstream 19979 1491321 ~ 1506286 (+)
G48815 NA non-coding downstream 135133 1606475 ~ 1611232 (+)
G48822 NA non-coding downstream 168637 1639979 ~ 1727282 (+)
G48857 NA non-coding downstream 332415 1803757 ~ 1904244 (+)
G48868 NA non-coding downstream 363976 1835318 ~ 1851766 (+)
G48714 NA other upstream 235549 808155 ~ 811265 (+)
faf1 faf1,LOC107743872 other downstream 1511504 2982846 ~ 3152050 (+)
spata6 dnttip2,LOC107700367,LOC107603264,LOC107757995,LOC102796155 other downstream 2728597 4199939 ~ 4239873 (+)
G49475 NA other downstream 2773186 4244528 ~ 4246227 (+)
prok1 prok1,LOC107680267,LOC107711938,LOC107731240 other downstream 4147817 5619159 ~ 5627452 (+)
LOC103023397 NA other downstream 4305710 5777052 ~ 5789265 (+)

Expression


Co-expression Network