LOC103023397


Basic Information

Item Value
gene id LOC103023397
gene name NA
gene type misc
species mexican tetra (Astyanax mexicanus)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035902.1
NCBI id CM008305.1
chromosome length 52532229
location 5777052 ~ 5789265 (+)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome

Sequence

>TU67445
GCACAacatgcttttagactcttagaaaatgcattttaaaagaaataaacatttaataaacaaaatagattAATTCATTAACCTTTGGGGTTATTTACAAGCACAAAACATCGTGAAAAACACCATACCTCGTAACACCAAGCACCATCCTACTTGGAGGTAGGCTCCGCCTGTTTGGAGGTATGTTCCTCCCCTTTGGAGGTGCTCCAGGCTGCAGCTATACCCTTCTCCTcaaggcagccctcaggggcggggttatttaaatgagtaggctgtctctccacagtcgttctccctcctctggtctctactatgcagactcgggtatcaggatcgccaacatggcggaagattttggcttaatttttattgaatgaatgggaacaacgacatggcgtccatctttttttacagtctctgctaTAGCCTAACAGACTCTTTGTGTACAGTAAACATAGAACTGGATGTGCCAGAATGTTcttcaattaaatatattaaatattgccAGAGATGGTTTATAATGGGTCTCCAAAGTTATATCGAAAAGTGGGTGCATGAAGGATGAATTAAAATCCAGGTTTATACAGTTTTGAACTACTTACCCAGGATATTCACTTGCTAAAACAAGTATTTCAGTTATGCTTAGCAGAAAAACATGTTTTGGAACAGAGCTGATAAGAAGAAACCGGGTAAATGTTCTGTGCATGTTATGTGGATCTGCTGTCTTTACATAAAGTGATTCAGATCGGTATGCATGTTCATCACGTGCTGTTTAAACTGAAACATATCTCTAGAAGAGAACCTGTTTGGGCGGTTTGGCCGCTTGCTGTGTCTGTTAATTATTCCGAGGGAAGTAACAGCATACTGTAATTTGATTGGACGTCAGTAGACAGGTCTTACCTATGAGCATGCTGTTTGTGTAAAAAGGCTGCACACCTGCACTGAAACACAACAGCGCTGATTGTGTTTGTGAGGAGATGAAGCTCACTATTGAGTACAATGCCATTAATGAGAGGAACACGTTCAGCAGTGGAGATACTCTGACAGGTCAGGTTATTGTTGAAGTGTCGAAGAAAACCACCGTTAAATCTCTCACCATCAAAGCGAAAGGAAAAGCTAACGTGCTGTGGTCGGAATCTTACGGGAAACACAGTGTGGCGTACTGGGATTCGGACAAATACTTCTCCCAGACTGAGGCCATCGTACCCACAGATCACGACGATGGTAacatttaatctattttatgtttctttAGAGTCAGACTCACTAAGATaagtagcattaaaaaaatgtatatgtacacttgctgtatagatgtattacaatgTATTGTTGAATATTGTCCCTTCGTATTGGTTATTCTTTTATTTGACCTTTAATGTTAATTTTCCAATCTGTTTTGGTATCAGCTGATCCCAATCCTATCCAATCTGATCGTTGTTTGTAAAACATagagatatacagtaaataaactaaGATAAGTAAAATTACTTCATTTTTGGTAACAGTTATATATTGcgacatacatacagtatatctatatgtatacacaaatatttactgtatatgtgagtgtactatattttttgcactaataggcacatcagattataaggtgcattatgcaacactagtaaggaacaggggtgtcaccatgttttcgtccaactaattcagcaggtcttgtaGCTTGGTGATGGTGGTAGGgtaactaagtaaagtaaagataagctaaaacaaaaaactaaactgtaattaaaaaaaaaaaacttttcttttaaagtcaaacgagcactggatgtttatctacacagattctctcctgaaaactgtttatttgggttaataaagtgtttccgttcatttacagtaagcttggatTTCTAGATTTTACACTAAGGGCATTAGCATTAAACGCTAGTACTAGCCACATTTAGCGCTAGTATATGCTGCCTGACAGCATTGCACtggggaaccctgagtgttccggttagccagggcgatattaatcagcagttcatcccacgtagcttgttttaacatggtaaacatgcagactatagTCCGATATACTTGCCTGTGACCAGTGAAAGAGATAGCActgctgttagcagctaatgcttatgattttccagcagtgctagccagggttatcagcagtttataggctgataattctcacctctgaatggcaaaagaacAAGTGCCTAGCTCGGTTAGAGGCTAgtgctaatgcttctccagcagtactagccggggttagcagcaggttacacgccgataatactcacctctgaactggaaaagagctagcgcttagcgtggttagtgcctaatgctaatactgcttcagtctcGGTACTGGAGAACtacactaaaactcctgtataactctgtacttcagcagagtggctttactgctccttaatacctggtAAGGTAAAGTTACATACATAAggcaaattattatattaaaggattttaagttcactttatagtgcaaaaaatacggtacatacTCTGGACATCTGAATATCGGTTGTTGTTTATCGAGTACTGGGTGTGTAATAGTAGTTAAATGTGCTGTAGTTTGAGTGTATatattagcgttagcattagcctccaCTCAACTAAACACTGTATAAATACAACAACTCAGAACTAGACTGGTGTTAAAATAACTAATAcctgattaattaaaaatatgtttggacttatttatttctttctttagctTATGCTTCATTTCACTGTGTTTTAAGGCTCTTTCACTCTCAGTCCTGGGATAAATACATTCCATTTTGTGATTCAGCTTCCCCCAAAgtgagttatgttttttttcttattcctgCTCGACATCACAGTAGACCTAATTAAATGCGTTCGTCTTTCACTTTATAAATCGGTATATGTGTCTTGCATAACAGGAGCATGTTTAAACCCATTTATATGCATCATATGCATCATTATACCTACAATTATACCTACATTATACCTACAATGTTCACCTCACAGAAAGTGTACTATATATATGATGTGTCCGTGTACTTTGGAACAcagaaaaatcacaatattcagatcagacaatcaataataccgcacCATTAACTCACTCAgaaacacactgctgctgcagctcagccagatcagctctcccttctgccccgcccctaaacccatacatcaaccAGGGCCCCTTcacccaaactacccctcctgCTCATTAGACTGCACTTCACTTTAGACATTGTTCCCTAAATAGCAGCAGAATCTCTGACCTTCACTGTGTAAATACATTATTACTGGCCACTTTTTACACTCTCCCAGTAATGACTCtgtgcttccctctgctgtaAATGAACTGCAGTGTGCTAATGATGATCTTTGTGTTCCAGTGACTTGCCGTCATCTTTTAAAGGTAAAAGTGGTAAAGTTAAATACCATCTGTTGGCCCAGTTAAGGAGGACGCTGAGAGCGCAGAGTAAAGCCGAGACCGAGTTCACCTTCATTTCACGACGTCCGGATTCCCTTCTTCCTCTAGCCAGGACTCCACAGCATGGTGCTAAAGATAAGGATGTTGGATTTTTCTCTTCTGGTAACATCTCAATGAACATTTATTTGGAGAAGACTGGTTACCAGCAagGTGAAAACTTAGTCATCAGAGGTGAAATCGTCAACAGCTCCACCAAAAATATCGTTCCCACATACATCATCTATCAGAAGCAGAGCTTCTTCGCTTCAGGAAAAAGAAGTCTACATATTTCACACATCGTGCAGGAGAAAGAAGCTGCTTTACCCTCCTCCAGCAGGCTAACCGTGTCGAAAATATTGACTATTCCCTCAGGAGTCACCCCCAGCATCCTCAACTGCCGCATCCTCAAAGTGGAATACCGGCTGAAGgtGATCCTGGATGTGTCCTTCACTAAAAACCCAGAGCTAAAACTCCCGCTGGTCATCCTGCCTGCCTGTGATGGAGCCATGGCAAAGGTTCTGGAGACGGACGAGCATCTCTAGCAGCTCTACTGTTTTCACTAGAGTCCACTAAAATACTGACAATATATTTCTCACTATAGCCTAACACTATAGTCTCTGCATCCATTAAACAGAGAACTGGATGTGCCAGAATATTCTTCAATTAGACAAGGACAAAGCAAAGACCATTTGTAAATGTCAGAAATCTGGATGATCTTCTCGACTGTGATATTGCCAGAGATGGTACATAATGAGTCTCCAAAGTTATATCAAAAAGTGGGTGCAAAATGCCAGAGGAAACAAGGATGAATGAAAATTCAAGGTTTATATAGTTTTGAACTAATTACCCAGGACATTCACTTGATTTTAAAAGGcagaataaagtattttatcaAAAGAAGCTAGAAACCCCACTACTATTTTCCTACCAgcagcattactgctactgtgagctcaCTGACTGGTTCATAGTTGGTTCAAGTTAGCCAGAGCaatgattttaaaacatgtttaactggagtttaaattctttaaaattaattatgtgATCCTAAATTTTTTGATATCGCTATGTGTTgaaattaattttcatttatgATTCGCCTTTTGACAAACTGTGATTTTGCTtcatataaacacattatttttcacCTTCCAAAAACACGTTATCAAATAGGTATTCTCCTCTCTAGAAGTTGTTTTTG
>XM_022671055.1
ATATAGTTTTGAACTACTTACCCAGGATATTCACTTGCTGAAACAAGTATTTCAGTTATGCTTAGCAGAAAAACACGTTTTGGAACAGAGCTGATAAGAAGAGACCGGGTAAATGTTCTGTGAATGGACAACTGTTGTCATTACATAAAGTGATTCAGATCTTAATCATGTGCTGTTTAAACTGAAACATATCTCTAGAAGAGAACCTGTTTGGGCGGTTTGGCCGCTTGCTGTGTCTGTTAATTATTCCGAGGGAAGTAACAGCATACTGTAATTTGATTGGACGTCAGTAGACAGGTCTTACCTATGAGCATGCTGTTTGTGTAAAAAGGCTGCACACCTGCACTGAAACACAACAGCGCTGATTGTGTTTGTGAGGAGATGAAGCTCACTATTGAGTACAATGCCATTAATGAGAGGAACACGTTCAGCAGTGGAGATACTCTGACAGGTCAGGTTATTGTTGAAGTGTCGAAGAAAACCACCGTTAAATCTCTCACCATCAAAGCGAAAGGAAAAGCTAACGTGCTGTGGTCGGAATCTTACGGGAAACACAGTGTGGCGTACTGGGATTCGGACAAATACTTCTCCCAGACTGAGGCCATCGTACCCACAGATCACGACGATGGCTCTTTCACTCTCAGTCCTGGGATAAATACATTCCATTTTGTGATTCAGCTTCCCCCAAATGACTTGCCGTCATCTTTTAAAGGTAAAAGTGGTAAAGTTAAATACCATCTGTTGGCCCAGTTAAGGAGGACGCTGAGAGCGCAGAGTAAAGCCGAGACCGAGTTCACCTTCATTTCACGACGTCCGGATTCCCTTCTTCCTCTAGCCAGGACTCCACAGCATGGTGCTAAAGATAAGGATGTTGGATTTTTCTCTTCTGGTAACATCTCAATGAACATTTATTTGGAGAAGACTGGTTACCAGCAagGTGAAAACTTAGTCATCAGAGGTGAAATCGTCAACAGCTCCACCAAAAATATCGTTCCCACATACATCATCTATCAGAAGCAGAGCTTCTTCGCTTCAGGAAAAAGAAGTCTACATATTTCACACATCGTGCAGGAGAAAGAAGCTGCTTTACCCTCCTCCAGCAGGCTAACCGTGTCGAAAATATTGACTATTCCCTCAGGAGTCACCCCCAGCATCCTCAACTGCCGCATCCTCAAAGTGGAATACCGGCTGAAGgtGATCCTGGATGTGTCCTTCACTAAAAACCCAGAGCTAAAACTCCCGCTGGTCATCCTGCCTGCCTGTGATGGAGCCATGGCAAAGGTTCTGGAGACGGACGAGCATCTCTAGCAGCTCTACTGTTTTCACTAGAGTCCACTAAAATACTGACAATATATTTCTCACTATAGCCTAACACTATAGTCTCTGCATCCATTAAACAGAGAACTGGATGTGCCAGAATATTCTTCAATTAGACAAGGACAAAGCAAAGACCATTTGTAAATGTCAGAAATCTGGATGATCTTCTCGACTGTGATATTGCCAGAGATGGTACATAATGAGTCTCCAAAGTTATATCAAAAAGTGGGTGCAAAATGCCAGAGGAAACAAGGATGAATGAAAATTCAAGGTTTATATAGTTTTGAACTAATTACCCAGGACATTCACTTGATTTTAAAAGGcagaataaagtattttatcaAAAGAAGCTAGAAACCCCACTACTATTTTCCTACCAgcagcattactgctactgtgagctcaCTGACTGGTTCATAGTTGGTTCAAGTTAGCCAGAGCaatgattttaaaacatgtttaactggagtttaaattctttaaaattaattatgtgATCCTAAATTTTTTGATATCGCTATGTGTTgaaattaattttcatttatgATTCGCCTTTTGACAAACTGTGATTTTGCTtcatataaacacattatttttcacCTTCCAAAAACACGTTATCAAATAGGTATTCTCCTCTCTAGAAGTTGTTTTTGTGATATTACCTTATTTAGTTTGttaagaaacagtaaatattaatattaaaggtatttttcagctgatcagacaaaatgacatttaatcCAAAAACCTGATTATGATTAAGAGAATGAAGTGTCATGTGAGTGATCTTGTTTGGGCTGACTCAAGTGTCTGAAAGTAGTGAGTTGTTTTAGATATTTGACCTgaactgtgtatgtgggtgagtGTGCAAAGGACAGTTAGGCTGACACCTCAAAACTGAATGTCCAGTATGTAGTATGTAATGCAGAAGTCAGCGCCTAAGCAGCAGAGATGAGGCCGGAGGACACATAGAAAACAGTAGTaatcaataaatgatttaacttAATCAGTTAGAAACAGTTGCTGAGGAACCGCTTAACTGACCTTTGCACAGTATGTATGGGTGGGGTTTTGGGGATATAAGGTCTTGCAAATGTAAGGATCATTGGACTTCTTCTACTGAAACTCTGTCTGAGTGGAAGGGGTTCCCAGAGCTCTGTTGTAATAAATTGCTAATTTGCTGAA

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko04060 Cytokine-cytokine receptor interaction

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU67445 True 4676 TUCP 0.39 5 5777052 5788733
XM_022671055.1 False 2502 mRNA 0.40 6 5781777 5789265

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC103025805 pepa,LOC108442134,LOC108414658,LOC108265567 coding upstream 121366 5633087 ~ 5655686 (+)
rbm15 rbm15,LOC107731203,LOC107680058 coding upstream 247988 5523809 ~ 5529064 (+)
alx3 alx3 coding upstream 263381 5496669 ~ 5513671 (+)
kcnc4 kcnc4 coding upstream 458604 5274656 ~ 5318448 (+)
LOC103043955 si:ch211-199o1.2,LOC108442126,LOC107668030 coding upstream 506047 5266678 ~ 5271005 (+)
LOC103022582 adora1b,LOC103022582,LOC108414989,LOC107711940,LOC107680252,LOC107591868,LOC107550463,LOC105912002 coding downstream 102386 5891651 ~ 5912340 (+)
dclre1b NA coding downstream 129909 5919174 ~ 5927170 (+)
lhfpl5 lhfpl5,lhfpl5b,LOC107591869,LOC107745833 coding downstream 456964 6246229 ~ 6250603 (+)
LOC103046376 LOC103046376 coding downstream 560877 6350142 ~ 6354308 (+)
LOC103046076 LOC103046076,LOC108442386 coding downstream 569230 6358495 ~ 6371015 (+)
G49915 NA non-coding upstream 58792 5705699 ~ 5718260 (+)
G49901 NA non-coding upstream 110394 5665939 ~ 5666658 (+)
G49868 NA non-coding upstream 170452 5606003 ~ 5606600 (+)
LOC111192752 NA non-coding upstream 238139 5529806 ~ 5538913 (+)
G49855 NA non-coding upstream 261193 5515561 ~ 5515859 (+)
G49941 NA non-coding downstream 29698 5818963 ~ 5819283 (+)
G49942 NA non-coding downstream 35350 5824615 ~ 5825171 (+)
G49980 NA non-coding downstream 138140 5927405 ~ 5930023 (+)
G49982 NA non-coding downstream 139211 5928476 ~ 5929255 (+)
G50009 NA non-coding downstream 358185 6147450 ~ 6148423 (+)
prok1 prok1,LOC107680267,LOC107711938,LOC107731240 other upstream 149600 5619159 ~ 5627452 (+)
G49475 NA other upstream 1530825 4244528 ~ 4246227 (+)
spata6 dnttip2,LOC107700367,LOC107603264,LOC107757995,LOC102796155 other upstream 1537179 4199939 ~ 4239873 (+)
faf1 faf1,LOC107743872 other upstream 2625002 2982846 ~ 3152050 (+)
G48714 NA other upstream 4965787 808155 ~ 811265 (+)
G50063 NA other downstream 582255 6371520 ~ 6376705 (+)
LOC103039117 nol4la,LOC103039117,LOC108412512,LOC108265968,LOC107680239,LOC107550513,LOC107731219,LOC107745834,LOC107549982 other downstream 1074091 6863356 ~ 6941978 (+)
trnae-cuc NA other downstream 1194925 6984190 ~ 6984261 (+)
c6h9orf3 NA other downstream 1941419 7730684 ~ 7884058 (+)
G50568 NA other downstream 2418077 8207342 ~ 8221162 (+)

Expression


Co-expression Network