G59197


Basic Information

Item Value
gene id G59197
gene name NA
gene type non-coding
species mexican tetra (Astyanax mexicanus)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035902.1
NCBI id CM008305.1
chromosome length 52532229
location 46372638 ~ 46438034 (+)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome

Sequence

>TU79801
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>TU79802
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>TU79803
CTTGTTTccagGCAGACCCCTGCTTTTATAATCTTTGCCCTTAAGTCTGAATGAATGGCCTTATCAGAGAATATAAGTTCACATAACACTCAATGATAAAATACAAGAATATAGTGTAATACAAGAATACAGTAATCAACTCTGTTACAGGGAGTAATAATACTGATTGAATGAATAATCAGTGTAATTGATTATGAATACATGAAGTAAATGTTGATTTTCCCTCACATTTCCCCCCTTTTaatcaaattttcattttgattacacaataagaaaaaagaaaaaaaaaatttccaaGCATAAATGCTGATTACAAGGACATATGTCCGTGTGTCCTTCTGTGATGGTCAAATGCACAATGTCCTGCTGTTGTCCTGCTCCCAGAgcaacaaggaaaaaaaatacattaaaatcatCGTCTATAGTGGTTTGGCTTCCTTTTTCTCGTAGACTACCTCAGCCCCACATCAGTGAATGAAAAGTATGAGTTGGTGTGTGATAAgactatgtgtgtttttaatgagatGTGTTAAGAGTCTTTGTATGTAGTGTACTTTGACGCAAACGAAACGTTGCTGAATGAGTTACTTCCTCAATTCCTCTCCTCGTCACAGCCAGGCACTGACGCCCCTGCTGTGTGCTGTCTGCTGCTGTGGGCAATTTCAGCtgcccctccttcctgctgcggCCTTCGTCTGAGTCAGACGattcagctgctgctgtctcGTCTCCTCCCGCTTGCTCTGTGAGCGatctctgttgctgcacagctgTCGAACCCTCGCCTTTCAGTTGATCTGCGTGCGTTGGTgtctcagtcacctggaaaGGCTCAATCCAGCCATGCTCGTTCCCCTTTCGTGCGCAATGGCGGAGTAACCCTCACTCTGTGTCCGGACTGGTCCACCTTTGCACCACGTTCTCCTTCTCCCCCTGTGTAAACACATCTGAAACAAGACTTTTGTATtcgttataatcatgtttaaggtTCTCTATTCATTTTGGAAGTCTGTTAAGGGGTCCTCCGTGTCTCCttcctgcaagttaaaatacatggttaaaatacatttatcacacttaacttgagctctaatttccccttggaagttaattagttcatatttaaattttgtctgtgcacagatttcagcccaatttttgttttcttaccttcTTCAGTTGTCCTGATTTTCAGTTATACTCAATCATGATCTTTACTgtcaaaagtgctttaaatccctaacatttagtcattttcaattttaaattgcaacatttaattatcaacaccattaattactgttttttttttcccttacttTTGTTCACATTCCTTTCCCTTTTAGTGTAACTGCTTCCCCATGGCTATAACTAATCTCTTATAGCCAAATTAGCTTTTACAAACACCTAGTTTACCACTAGACACACTATgtctcatgcacacacaaatgcacacaacttcacccacacaagtacacataaacaaactcaaacacttctacttccactctcacaaacactaacCAAGCTAAAGATCACACACCTCAATTCTGCAGCATCATTGTacagaccatattttactgcttcacagcccaaagctgctgctttaaacGCACCTGCTGTTAAACCTACCACTGAATGCTTCCTGCATATCTTCTTATATTGTATTGATAGTACtacatagataataaataaggaaCAAACATATGGAAATACAtctaaatcatgtttattatcATTGCTCCATGCAAAGTTTTAATGATCAGCTGCTCTATTCTCCCATTCATCTCCACACTGATTGATATAACATCAGGGCCCAAAGTTTTAAACTCTGCACAAACTACACATAATGTGGCTTTTGTCTCAGGAATGGTTCCATGTTGATGTActgggctttcttgggttaCTTTTGCTTGGACTTTAGAATCACCGCTTGtggctatattattttacctgccaCTTTAATTTTCTGCGGTGTGCTATTTATTAAGAAATCATGATTCTGACTTTATTCAGTTCCCAAGATTTTTATAAAGCCTTGATTTCtagatttagttgattttatttagtgctttAAGAATTGGGATAAGTGGAACGTGATTATTTTCCTCTGTATCAATCGTTCCATTACAGAcaataatattatcaatattaataaacacagatgttATGCTTTGCTTTGTCCACGTTATTATAGCAAGTAAATCCGAGCAatgctttacatttacttttcaatattttcaatatgtatttatgcatatacaatgccaagcagattgcttttcacaattatcaacaatacatatatttccttaaacaatttataaaatcCCACTTACTGTTTCCCTTGCTCCAAAAGTGGCTCACAGGTTGAATAGTGAAAGTTCAATTTTGTGATTTCTAAGtttcttatttcttctttttaaattagGATTGGGTGTGTCTTAAAGTTAAGACTGTTACAATATTGCTGAGAGTAATTGCTCATCTGCATAGAggttgttttaaaaccaaactttaaaagataaaacaagctaaaagtttaaaaaaaaaaatgctctatatctataaaataattattgggcAAATAATGGTGGCAATAATGATCATCTATTTACctctccccctttttctgaaacagaatttctgtttcagaGAACTTAACACAAAATTGCTTCACCCTCTTTACTGTCCATTGGGCTGGTCTACCCTGCCCAGGCCTCCACTGAACACACAGCCCATCACGtcattcatccactcactcccccctgggctgcgcttcccttccacgatgttttctccgttttctgttgaaatgcatgtggtggtcagatcgagactgtgCCTGTCTTAGGTTGTCCCTGTGTAATATGTTGGGATCTTACCCGTCTTTGGCTA
>TU79805
GTCAGGAAAGTCGGAAAAAAGCCCCTTTCTGTGTCGACTGGGCATTTTTATACAGTCCCCCCTGCATACATGAGGCAATCCCCTCGTGATCTGTTTTGGAACAGGTCACTACCATATATGGAATAAAAGATTGGGACCTAACAAGAGAAAAGATGCTGAAAAAACACTGGACGTCTTGTTCTCTTAAAAAGAGGAACAGAAAACGCACGAATAAGCAAAAGTcaagaataattcataaatcagaaAACACCATTTGCTATGACCCGCTAGTCTCCAGGCAGACCCCTGCTTTTATAATCTTTGCCCTTAAGTCTGAATGAATGGCCTTATCAGAGAATATAAGTTCACATAACACTCAATGATAAAATACAAGAATATAGTGTAATACAAGAATACAGTAATCAACTCTGTTACAGGGAGTAATAATACTGATTGAATGAATAATCAGTGTAATTGATTATGAATACATGAAGTAAATGTTGATTTTCC

Function

NR:

description
transposase, partial

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU79801 False 628 lncRNA 0.36 2 46431252 46438034
TU79802 True 3308 lncRNA 0.38 2 46431252 46434592
TU79803 False 2898 lncRNA 0.38 3 46372638 46434592
TU79805 False 489 lncRNA 0.37 2 46437464 46438034

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC111192690 LOC108432118 coding upstream 185738 46122861 ~ 46186900 (+)
LOC103044102 LOC108432094 coding upstream 302356 46057474 ~ 46070282 (+)
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trh NA coding upstream 429180 45940868 ~ 45943458 (+)
rho rho,exorh,LOC107698434,LOC107747750,LOC107758318 coding upstream 759065 45607741 ~ 45613573 (+)
LOC111192740 NA coding downstream 258445 46696479 ~ 46697515 (+)
mmp23b mmp23b,LOC106572002 coding downstream 389934 46827968 ~ 46851232 (+)
LOC103022408 LOC103022408,LOC108442345 coding downstream 470248 46908282 ~ 46923292 (+)
LOC103046622 LOC103046622 coding downstream 519072 46957106 ~ 46967434 (+)
LOC103046011 LOC108412059 coding downstream 550942 46988976 ~ 47024024 (+)
LOC111192692 NA non-coding upstream 42132 46325449 ~ 46330506 (+)
G59185 LOC108265865 non-coding upstream 42958 46318123 ~ 46329680 (+)
G59173 LOC108432102 non-coding upstream 75215 46285076 ~ 46297423 (+)
G59163 NA non-coding upstream 115827 46251699 ~ 46256811 (+)
LOC111192691 NA non-coding upstream 156281 46209741 ~ 46216357 (+)
G59215 NA non-coding downstream 33741 46471775 ~ 46475979 (+)
G59220 fgd3,LOC106529940 non-coding downstream 45403 46483437 ~ 46485586 (+)
G59232 LOC103023429,LOC108442352,LOC108265644,LOC107549568,LOC107594970,LOC107739657,LOC107669024 non-coding downstream 162414 46600448 ~ 46607372 (+)
G59241 NA non-coding downstream 246615 46684649 ~ 46685038 (+)
G59243 NA non-coding downstream 249227 46687261 ~ 46688027 (+)
G58971 NA other upstream 582484 45789711 ~ 45790154 (+)
LOC103029434 dgcr6,LOC103029434,LOC108430318,LOC107572069,LOC107721026,LOC108265986,LOC105899531 other upstream 1505800 44852780 ~ 44866838 (+)
G58696 snrnp200,LOC106579886,LOC106585548 other upstream 1771678 44595233 ~ 44600960 (+)
LOC103028384 ptges2,LOC107083974,LOC107081068 other upstream 1788720 44579080 ~ 44583918 (+)
LOC111192736 NA other upstream 1926135 44435858 ~ 44446503 (+)
G59257 cdk11a,LOC108265382 other downstream 414330 46852364 ~ 46881891 (+)
gnb1 gnb1,gnb1a,LOC103044197,LOC104956353,LOC107666091,LOC107595416,LOC107385217 other downstream 1185520 47623554 ~ 47661357 (+)
G59782 NA other downstream 2432133 48870167 ~ 48879623 (+)
G59806 NA other downstream 2560126 48998160 ~ 48998471 (+)
lhx4 lhx4,LOC108412864,LOC107665078,LOC107755297,LOC107599001,LOC107699337,LOC107550233,LOC107758007 other downstream 2884244 49322278 ~ 49370251 (+)

Expression


Co-expression Network