pqlc2 (pqlc2)


Basic Information

Item Value
gene id pqlc2
gene name pqlc2
gene type coding
species mexican tetra (Astyanax mexicanus)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035902.1
NCBI id CM008305.1
chromosome length 52532229
location 37240674 ~ 37250970 (+)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome

Sequence

>XM_022670607.1
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>XM_022670608.1
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>XM_022670609.1
atttttttcttagttttgctGAGGTATCCGCGTTGTTCTGTTTCCGTATTGATGACTCGTGCCTGACGTCACCGCCAGTCATCCAATCAGCGGGCGCGGAGAGCGGTGTTGTTACAGGCTGGTTGTTTGTGCGGGGTTGTGTTTGTGCTGTTGGGACTGTTGGAAACTGCTGATCTCCGCGTTATGTCTGATGGAGGGTCTTCTCGTGATGGATCTCTGTTTGGTGGGAATGGAAACTTCAGCTCTCTCTGCCCAAACGGATCAGAGTGGGTTTGGAACGGGCTTGGAGAATGTGCACAAGACGCTCGGGACATGTCCAGCGTTATCCTGGGCCTCCTGTCCATAGTGTGTTTTATGGTGTCCAGTTTCCCGCAGTACTATAAATCCTGTAAGACTGGGAACATGGACAGCGCTTTGTCCATCTGGTTTCTGTTGCTGTGGCTGGCGGGAGACTCCTGTAATCTCATCGGCTCTTTCCTGGCTGACCAGCTTCCGCTTCAGACGTACACGGCGGTGTATTACGTCTGTGCTGATCTTATGATGCTCAGTATGTATGGCTATTACTCGCTACGGCATAAAGTGGGAACCGGGGGGGACAGAGGGGTGCTGAATGTAGCCGGGGTGCTGTGTGTGTTCGGAGTGTCCGCCTCTCTGCTGCGTCTTCCAGTGCTAAACACACAGTCAGGAACCGTCTCGAGCTTCAGGGGCCGATCTCTGCTCGCTGTGGATGAACAGATCAGTTCAGTGCAGgctTTCAGTGCTGTCCAGCCTTTCACTACTAAAGAGATCATCGGCTTCACGATCGGCTCGGCCTCTTCGCTGCTCTACCTGTGCTCCAGGTTACCTCAGATGTACACGAATTTTCGCAGGAAATCTACAGAAGGCGTGTCGTACTTCCTGTTTGCGCTGGTGATTCTGGGAAACATCACGTACGGCCTGAGCGTGCTGCTGAAGAACCCGGAGCACGGGCAGGGCGAGGGCAGCTACATCATCCACCACCTGCCCTGGCTCATAGGCAGCCTGGGGACGCTCTCCCTCGACCTCCTGatATCAGTGCAGTTCATGATTTACCGCGGAGCTCCAGTGAATCTCTACGGCACGGCGGAGGAGACCACCGCTCTCCTGTACAACTGAACCAGCATCCTCCACGAGCCGTGCTCTGCACTTACAttccccctcacacacacacacacacacacacacacaccggagcATACAGGACTGTACAGAGCGCATCGGTTTATTCCTCACTTTTATTTGATctgatctcatttttttttgtttgtttttacatttttttatttatagtagtTTTTTTATCGGTGGGTTTTGTGGGTTGGTTCTAATGTAGCGTTCTTAAGtagtttttacaattttaaacaaAAGGGACTCGTTTTGAACCTCATTCTTTTATAGTACTTGTATTtggtgttttgctgttttcacaAATCCAATTGTGAACACTGTTaatagcagtgttttttttttttttttcttttcattttatctGTGGAAAATCGGTGCCTTTACATTGATGTTAATGGTTGTATACTGTAATACATCTAGTTGTGTACATTTAGTTATAAAATTTGATGCCTGTACTGTGCTGCATGTTAAATGCATGATTTTAAATTACATTGAAATtttgaaatttgaaaaaaaaaaattaaaatttagatactcttaattttttaaaaaagtttatttttataattcagtcctgttgtttcattttaattgattttgctGCTCAAGTTTTGCCTTGATATCAGTGAAGGATGCTCTGACTGAATTTTTGctccaagagtggcataaagttatccaaaagcagtgtgtaagactggtggaggagaacatgatgccaagatgcatgaaaaaaaatgtgattaaaaaaggcttttttgtttgtttgttttagcccaaaaaagtttatttttataatgcaGTCCTTTTGTTTTATCCTAATTGATTTTGCTGCTCATTTTTTTGCCTTGATCTCAGTGAAGGATTCTCTGTTTCAGTCACAAAATGTTTTACAGCAAAGCATTTTTGAAGGTTTTTTtggtcattattttattattttctttttattctaaCCCTAGTCCAATTCCCTCTAACTACTATTACACAAAACCACACGCTCCGGGAGGAAGAGAGCATCTTATTAAACTTCCACTGGATGCAGcgctgctctacagctcaacaCGCTCGGAGGAGAAcaacactaataaaacactgcCGGTTCTGTTACATGAAGAGTGATGGAGGGAAAGAGAAGACCATTCTACCCAGTTATGCCCTTCAGGATTGCTAATGGATCACATGCTGGACTTAACTGGTGGCCTCTTGATAATTGAGCCATAATTACGTAGACTTCTGTGCTACTCTTCTGAAGCTCTCTCAGTCAGATATCAGAAATCAGAGCTTACACATCTGCCGTTTAACATTGTTTATTGATGTTGCACGTTCAGAAAAACTCAATACTATCAGTAAATGTTGATTAATGTTATAACCGCAATGTGTTTATCCATAATTAACATACACAGACCAAGAAGTTCATGGTTCTGCCCTGAGAAATCtccaacattaaaacattattcatcATATTTGAGGCTTTATTTGCTTTCCACTTGTTTTTGCTTGAGAAAATTGTATGTATGTTgtataaaaactgtataataacagGCTATCAATGATTGAATGTTTCATGCTTCACCAATGGAAGTGTTGTACAATCTGTTGCTTATGTCGTCGCTGTCAAATGAAAAAAGTATCTCCAAAGTGGCAACTTTACAGAATAAAGATAAAACCTA

Function

symbol description
pqlc2 solute carrier family 66 (lysosomal lysine-arginine transporter), member 1

NR:

description
PREDICTED: lysosomal amino acid transporter 1 homolog

GO: NA

KEGG:

id description
K23678 PQLC2, SLC66A1, LAAT1; solute carrier family 66 (lysosomal lysine-arginine transporter), member 1

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_022670607.1 False 2825 mRNA 0.42 8 37242191 37250970
XM_022670608.1 True 2890 mRNA 0.43 9 37240674 37250970
XM_022670609.1 False 2813 mRNA 0.42 8 37242191 37250970

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
trim33 trim33,LOC107734526,LOC107725313 coding upstream 3015 37191998 ~ 37237659 (+)
bcas2 bcas2,LOC107674303,LOC107734517,LOC107664982,LOC107725297 coding upstream 51958 37184419 ~ 37188716 (+)
LOC103044036 dennd2c,LOC108438557,LOC107566809,LOC107725285 coding upstream 58151 37151249 ~ 37182523 (+)
ampd1 ampd1,LOC107664993 coding upstream 90635 37126935 ~ 37150039 (+)
nras nras,LOC107598969,LOC107725308 coding upstream 114654 37117419 ~ 37126020 (+)
LOC103043413 LOC108438559 coding downstream 3868 37254838 ~ 37278390 (+)
LOC103038870 LOC108438573,LOC107653415 coding downstream 542353 37793323 ~ 37800678 (+)
LOC103037590 NA coding downstream 846584 38097554 ~ 38137323 (+)
LOC111192680 plxna3,LOC108410726,LOC106572068 coding downstream 924001 38174971 ~ 38205601 (+)
hnrnpk hnrnpk,LOC105890375,LOC107730329,LOC101472815 coding downstream 2006555 39257525 ~ 39267633 (+)
G57088 NA non-coding upstream 7638 37230990 ~ 37233036 (+)
G56859 NA non-coding upstream 365327 36807703 ~ 36875347 (+)
G56863 NA non-coding upstream 407628 36825767 ~ 36833046 (+)
G56862 NA non-coding upstream 411184 36827530 ~ 36829490 (+)
G56853 NA non-coding upstream 467803 36770816 ~ 36772871 (+)
G57209 NA non-coding downstream 137119 37388089 ~ 37391366 (+)
G57212 NA non-coding downstream 223026 37473996 ~ 37474778 (+)
G57227 NA non-coding downstream 226262 37477232 ~ 37548787 (+)
G57229 NA non-coding downstream 235401 37486371 ~ 37546259 (+)
G57239 NA non-coding downstream 357546 37608516 ~ 37608801 (+)
G57066 NA other upstream 234876 37005273 ~ 37005798 (+)
G56701 pola2,LOC107710902,LOC107657899 other upstream 1276164 35956104 ~ 35964510 (+)
G56504 NA other upstream 1781797 35420718 ~ 35458877 (+)
LOC103032256 dynll1,LOC103397138,LOC107554284,LOC107559583,LOC100698873 other upstream 1956403 35276079 ~ 35284271 (+)
ikbkb ikbkb,vdac3,LOC107560056,LOC107671013,LOC107754399 other upstream 1968146 35226485 ~ 35272528 (+)
agtpbp1 agtpbp1 other downstream 1858274 39109244 ~ 39153476 (+)
frmd3 frmd3,LOC107678471 other downstream 2041101 39292071 ~ 39370585 (+)
LOC103039219 iqsec2,LOC107747221,LOC107683900,LOC107702804,LOC108265842 other downstream 2716120 39967090 ~ 40090271 (+)
G57664 NA other downstream 2793683 40044653 ~ 40046467 (+)
G57856 tp73 other downstream 3424070 40675040 ~ 40680555 (+)

Expression


Co-expression Network