XLOC_000789


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_000789
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007112.7
NCBI id CM002885.2
chromosome length 59578282
location 56879466 ~ 57016780 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00003251
CAACACACCAGTTCAGCAGCCTGATCAAGACCACAGgCAAGAGAATGTGGAAACTGTGGAGGAGTCTGTGATTTACAGTACGCTCAAATGAGTAAAAGACTGTCCATGGGAGATTATTGAATAATAGTTGTGTTTCAGCCACACATTCAGGCTTTTGATAGATTTCACTGTGTTCCAGATCAGTTTAATGGTGCTTTTTGAATTTGTGGTATTGTTATGCTTGTTTGAGTGTAATATGTTAAATGTCGTCTGTCGTTTGTTTGCTTTTCAGTGCTTTTGAGATGTAGCTTAAAAATCAAAGCAAATTTAAGtatgagagagaaataaaatcaCATTGATTAACCTATGCTTTAATTAGCTTACGCTAATTAATCTTTATGCAGCTAAAAAGTCGTTTATTATTTATGATGTAAAACTAGGggctttttttgtatttgtgagTCTTCATAAATTCCTCTTTATATTTTAACTACTTAAGGGTTCAAATATTTACCACCATGCAGATTTAAAGGctttatttgct
>TCONS_00003254
AAGGAGTGTGAAATCTGAAGGTCTCACAGTGACGCAGGTAAATCAAACAACCTTAAAATCAGTCAAACTTGTTTTTCTTTGCATGATTAAAATCTctgatatatttaatatttcataactCAACTTTATAAATCATTAGTATTATACATCCCATCATTCTGCTTATAATTCAGtgtgaataataaaatatttctgaAATGTTGATCAGACTGTTTCAGATGCTAATGAATGCTTTATTGTCTTGTGTTTCAGAATGATCTGTATTCTGATGTGCCACAGAAAGATCAAGCTCACGACAATCCagtttgtgaccctggaccagtCGATGAAGCTCCGTATGAAACTGTGAATCCCAGAATAAGTGCTGAATGCAGAGATGCTGAGGAGATCCAGTACGCCACTGTCCAATATCACAAAAACACACCGAAGAagaaagaggaagaggaggagcagcGTCAGTGTGACAACACACCAGTTCAGCAGCCTGATCAAGACCACAGGTGAGGAGAAACTGCTGGACCACCAACAACTGCACTAAACACACACTGCACATAACCACTGCACTAAACACACACTGCACATAACCACTGCACTAAACACACACTGCACATAACCACTGCACTGAACACACACTGCACATAACCACTGCActgaacacacactgaacataaccactgcactgaacacacactgaacataaCCACTGCACTAAACACATGCTGTTATACTTGCGACATAATTCTGCAtgcaaaatatcttgttttgagcatgcaaaatgaCTTGTTGCTCACACATTAACTATTCTGCATGCAAAATGTCGTGTTTTGAACAGAGAAAATGACTTTGACAAAATGACTAACTCAGTTTTGAGGTTTTTGTAGGGCCGTTTGTGCAATATCTGTAATGCAAGAAATGTTGGTTGTCAAGCTTGCTTGCTCAACATAAAACCAGTGTTACAATATAGCAGGAAACCTTAGCCAAAACCGAAAACCGAAAAAGAGGTAAACATGCAAGgctgaaaaccaaaataaactatGTAAATTATTAGTACAATGACATTTATGGctatgattcaattcaattcagctttatttgtatagcgcttttacaatgtggattgtgtcaaagcagcttcacataaatggtcatagtaactttATCTAACTATGACTGTGTACTAACcttactaaaataaaatcataGCAATTTCATACAttaatattaaagttttaaagaataaatcaattacaattaatgaaattatttatttagcacattgcaACAATGGGTTATCACTTCTGGGAATGTGGACTTACTACAGTAAAAAGTAGAAATTTCATTTTATCCAATAAATGCATCAATGATGTCCACTGATTTTATACAGTCACTATAAACTATTAGatataaatgattaaacaaaTCGACAAAATCACAAAACCAGATTTAAAACAATTTACTATCAGTTTTTTAAGATGCACACGAGTTTGATCATGAATAAATATCATTAAAACTGTATtgtatgaatattattataactataaaggcgatcaaaaacaaaatgacgtCACAGGCGATTGTCTCCTCGTAGAGCATCAGAAGCAAACAGTTCATCATTCatataattagcaaaaataatgAGTTGTAGGTTAGGGAAACAGCAGTGAGGAAGTTGCCGCGGggcttggtgcagatgaaaagtcaaaataaaaagtgcatttaCAGTCATCTCTTGCTATAGCACGGTTCACTTCTCGCAGCCTCGATGTTTCCTGGATTTTTCACTGTGTAATTTGCCAGGCTTTTTTTCTAGTCTTTGTGTTCTGGAGCCTAAttagtgcattgtgttctgcgtgcTAATTGGTTTTAGAAcactgtcaatcaatctcctctgtcTCTCCTGTACAGAACAGAATGCGTTCAGCAAATTGataaatctttgatcgctagcagtgtgactctgaagtgctggacTGTATGTTTACAAGTGTTCTCCACCATCGAAGGCACCTGCGGTAGAACTCAAAAAGGCAGATGCTAACTATCTCACAAAAAGTtaaacttctggacatgctaaaggaacgTGGTTGCAGGGTGccattatgaaataaataaggaTCAAATGGTTTTGTACTttggttttattctataaaactggacttatttttctatgaagggttgaattttgagtgtttaaacaagagagaaaggtgtaaaaatgttaatgtctgtctgagaaaagtgtataaagtgtgtagcgAGGGGGTTTACAGCTtcaaaacatctataataactgTAAACAATTAAGTGGACTAGTTCTGGGATTTCTGTTTTTAGAACGTAACCCCCACGgataaatggacagacagacagacatacagacagacagacagacagacatacagacagacagacagacagacagacagacagacagacagacagacagacatacagacagacagacagacagacagacagacagacagacagacagacagacagacagacagacagacagacagacagacagacagacagacagacagacagacagacagacagacagacagacagacagacagacagacagacagacagacagacagacagacagacagacagacagacagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatctgtgGATTGATCTGTGCAACAGCAGTCAGTGAGGTACGTGCTGCATCAGAATAGATGGAATAGACATTTTCAGCCAAAACATTTTGGTGTCCGAATATGCGGTGCATCCTTACAACTGACTGTATTTAAACTTTAATAATTGAGTACTTTGCATACTTTGCAACTGTTATTGCCTTATAAACACCCCCTAACATCACCACTATCAGCTAATCCAGCACTGATTATATAATCTCTAACACTGTTGtgttgtttctgtttattttaggCAAGAGAATGTGGAAACTGTGGAGGAGTCTGTGATTTACAGTACGCTCAAATGAGTAAAAGACTGTCCATGGGAGATTATTGAATAATAGTTGTGTTTCAGCCACACATTCAGGCTTTTGATAGATTTCACTGTGTTCCAGATCAGTTTAATGGTGCTTTTTGAATTTGTGGTATTGTTATGCTTGTTTGAGTGTAATATGTTAAATGTCGTCTGTCGTTTGTTTGCTTTTCAGTGCTTTTGAGATGTAGCTTAAAAATCAAAGCAAATTTAAGtatgagagagaaataaaatcaCATTGATTAACCTATGCTTTAATTAGCTTACGCTAATTAATCTTTATGCAGCTAAAAAGTCGTTTATTATTTATGATGTAAAACTAGGggctttttttgtatttgtgagTCTTCATAAATTCCTCTTTATATTTTAACTACTTAAGGGTTCAAATATTTACCACCATGCAGATTTAAAGGctttatttgct
>TCONS_00001283
GCTCACGACAATCCagtttgtgaccctggaccagtCGATGAAGCTCCGTATGAAACTGTGAATCCCAGAATAAGTGCTGAATGCAGAGATGCTGAGGAGATCCAGTACGCCACTGTCCAATATCACAAAAACACACCGAAGAagaaagaggaagaggaggagcagcGTCAGTGTGACAACACACCAGTTCAGCAGCCTGATCAAGACCACAGgCAAGAGAATGTGGAAACTGTGGAGGAGTCTGTGATTTACAGTACGCTCAAATGAGTAAAAGACTGTCCATGGGAGATTATTGAATAATAGTTGTGTTTCAGCCACACATTCAGGCTTTTGATAGATTTCACTGTGTTCCAGATCAGTTTAATGGTGCTTTTTGAATTTGTGGTATTGTTATGCTTGTTTGAGTGTAATATGTTAAATGTCGTCTGTCGTTTGTTTGCTTTTCAGTGCTTTTGAGATGTAGCTTAAAAATCAAAGCAAATTTAAGtatgagagagaaataaaatcaCATTGATTAACCTATGCTTTAATTAGCTTACGCTAATTAATCTTTATGCAGCTAAAAAGTCGTTTATTATTTATGATGTAAAACTAGGggctttttttgtatttgtgagTCTTCATAAATTCCTCTTTATATTTTAACTACTTAAGGGTTCAAATATTTACCACCATGCAGATTTAAAGGctttatttgct

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000096607

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00003251 False 523 lncRNA 0.34 2 56879466 57016780
TCONS_00003254 False 3429 lncRNA 0.37 1 57013352 57016780
TCONS_00001283 True 699 lncRNA 0.37 2 57013640 57016780

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_000788 NA coding upstream 832 56873097 ~ 56878634 (+)
XLOC_000787 NA coding upstream 22001 56851035 ~ 56857465 (+)
XLOC_000786 si:ch211-152f2.1 coding upstream 33990 56843411 ~ 56845476 (+)
XLOC_000785 BX927068.1 coding upstream 45464 56830798 ~ 56834002 (+)
XLOC_000784 si:ch211-1f22.5 coding upstream 51584 56823437 ~ 56827882 (+)
XLOC_000799 si:ch211-1f22.16 coding downstream 23692 57040472 ~ 57045514 (+)
XLOC_000800 si:ch211-1f22.14 coding downstream 34119 57050899 ~ 57059786 (+)
XLOC_000801 NA coding downstream 99485 57116265 ~ 57120505 (+)
XLOC_000802 si:dkey-27j5.10 coding downstream 115360 57132140 ~ 57240244 (+)
XLOC_000803 si:ch73-94k4.4 coding downstream 128292 57145072 ~ 57145503 (+)
XLOC_000781 NA non-coding upstream 71864 56806134 ~ 56807602 (+)
XLOC_000776 NA non-coding upstream 195832 56669158 ~ 56683634 (+)
XLOC_000809 NA non-coding downstream 197513 57214293 ~ 57214954 (+)
XLOC_000815 NA non-coding downstream 391887 57408667 ~ 57436117 (+)
XLOC_000816 NA non-coding downstream 402568 57419348 ~ 57433416 (+)
XLOC_000818 NA non-coding downstream 524336 57541116 ~ 57565236 (+)

Expression


Co-expression Network