G96276


Basic Information

Item Value
gene id G96276
gene name NA
gene type non-coding
species grasscarp (Ctenopharyngodon idella)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CI01000016
NCBI id null
chromosome length 12175457
location 7235167 ~ 7242286 (+)
genome version v1_2015/06_NatureGenetics_grasscarp_Genome

Sequence

>TU109489
TATTACCTAATGCACTCTGTTTTACATTTGCAAATGATGTAGAAAAAAATTAGTTTTAGTAATTTTAAGCACTTCACATACTATTCATGTTAACACATTATTCATTAAATCATAACCAGTCTGTAAAGGTCACACATTTAATCTTTGTCGTGGTGTGTATGCAGACTTCTATTTATACATCTTTATAAATCATTTATTAATTATTTGTTCATGTTTTTTCCAGTATTCCAGTAAACTATTCAATTGTTTATAAATGTTTTAGGGCTGCCCCCAACTAAAGATTTTTCTAGTCAAATAGTAGTCGGTCATTTAAGCAATTAATCGCATGTTTATATTAATTTAATTACTTAAAGGCTCCCCCCGCCCCCAGTATATATTTAATATATAGGTGTTATATATTCCGCATTCAAGCGCATGCATAAAGCTTCATACGGATTACATAATCAGAGCGTATTTGTTTTCAAATTGGTTTGTTTAAAAGTAAACATTTCAAGCTTTCTATAGATATATTTCTCATCTGTGAGGCATCATTTTTTTATGCGCTCCAGTTCACGGAGACCAAGACTGCAGAAGGTGCATCCTCATTGTTTTTTTTATTTTACAAAAGCACAATGTTTTGTTGTTACTGTGTGAGCGTTCACAAATAAAAGTAATAAAACATAAAAATAAAAGACCGTTTCGAATGATGTATTACTTTTATCTGTATGACCAAAAATGAAAACAAAAATGTATTTTAAGTTATAAATAGACTAAATACTTTAGTTTTCACACTTTCACACGCACAATATGCCCCTAATATTAGCACACATTTATCTAGGTTAACGTTAGAGCGGCCATGTAAAGTTGCTACTGCTTACATGTATCAAATGATAAGCCATATTTGAGGTCGATGGATAATAGGTGAACATTTGGATTTCCTGCCCGACATACTGTAATTACCACAAGGACCCCTCAATCTGTCCATCACGGACTGCGTGACTTCGCCACTTCTTGTGGAGTTTTTTTTTTTTTTTTTCGACTAAAGACAAAACGACAACACATAATTGTAATTTGTTTGCAAAACATGTTTTCATTACCTCAATACTTAGTATGTTATATCCTGAAACAGAGAAAATTCCTTGAATCATATATGAACAGGAGAAAACAAATACATTTATCAAGAAAATACTTAATTGTTCACTTCACTCTTCATTCATCAAAACAATGTAATACAAACAGTTTAAACAGTGTTCCCTTACAGTAATCAAATTGACCGTTGACCCCTTAACACACCCTTAAACCTATGGGTATACCACCAAACCTTACCTTACCCTTATCCATACCACATCTCAATAGCAGCAAAAGTGTTTTGCAATAGAACATGAACACAATAAGTACATTGTATCTAACAATTACTATTATTGTTTTTTTTTTAACCTTAGTATATAGTAGTTAAAGATACCTAATATAAAGTGGGACCAGTCATTCTTATATTGTTCAATTTTCTGCTGAACATCCAGATCACTCATAGCTACCAAACACATTTTTTTTTTACATGTACATTTGTAAATGTAAAAAAGTGCACTAGGTAATATATGAACTGAAGTTTAATGACATTTGTTAGCATTCAAAGTACATAAATAAGCTTTTAATCATTGTATAACATCTGTTAAAATCGTTTGTAGATTTTTAATCTACAGTGCATGATCATATAATTTTAAATTTTAATGACATTTGTAAACATATCAATTTACATTACATGATTAACAGATCATTATTTAATGTTTAATAAGTTCATTAGTAAACATTAACAAGCACATCATCTCGTTTTTCTAGCTATATGTATGCAGTCAAACCAAAAATTATACAGACATTTTTTTTATTTTTGATATATTTTTACTAGTGGGTGCAGGACACTATAGTTAATTTATGTAAGTGAGGATAGCAAAATAAAGTAAACTGTGACATATTATACCCAAAAATTCTTCATACAGTGGACTACCAGTAAAACTGATAAAAATTTGGAGCCAAAAATTATTCACTTTGACCTGACCATGTTTTAAGTGTTTTCTGACATAATTAAGATTATTTTTTTCTGACACAGTTTAACTCTGAAATCTTGTCATATTTTATTACCATTTTTTTTTTTCAACTATACTGAATAAACTATTAATGAATGAAATGTTCAAGGTGTCTGAATAAATTTTGGTTTGACTGTATATATATATTAACTAATGACCTGTTAAGCATTATATAATGTCTGTTAATGATTTATTATTAAAAGTTGTTATAAAATGTTACCAACTGCAAAAAGGTAAAAGTACAGCTATCTTCAGCTTTATAGAGATACTAAATCTGAGCAATATGAAAGTTCATTGGTGTGGACTTGCTGTTTGTATTTGGAAAACCTTCCAACTTGAAATTTCTACAATTAATTTCTTCTAGTACTGTGCAGACCCTATTGTTCAGGGACATTGTGTAGCTATTGTGTAGACATAGACAGGCTAGGAATCAATATATATTCTCTTGCTTTTATCACTTTCTTTAGTTTGTAGTTGGCATACAACTTGCAGAAAAGACATAGTTTGCACTGGATTTTACCATGAATCCTAGAATTTGGATTTTGTCTTTTATTTCCTTTCTGTGATCTGAGCTGAGCTGATTTGCTTTTTGTTTCCTTTTGACCTACCGTTGAGATTTTTGTTTTCTTTCTTTTTTGCTTTTCCATGGCATCTTTCTGTCCTTGCTGACAAAGTTATGGGGACAAATGCAAACTCACTTTTGCCATAGATATATCTAACAAACAAACAAACACACAAGGTTGTTTTTGTATGGTCTTGTACAACCAACATCTTTACTGCATTAGGCATGTTACATGTCTGCTGTTGCACTAAAATTGTCATACAATTATGATTGTAATGAGATTCCATCAGTTTCGATGTTGTCACAGCTCGTTTTAGAGGAGCCCCGTGACACTGCAAAAGAACCATCTGCTGTACATGACCCTAAATAAAGGTGGTGATATGTCTAACAACTCTGTTTTTGGAGAGTTTGTGTGACTGAATGAGTGAAATGTATGGAAACCCGTACAATTAATTGTGACCTTAGGTAATTGTGACTTATCTCTCACAAAAGCAAACTTAATACTTAATTGCGACATTCTCAACTGTTTCTCGCAATGTGACTTTTCATCTCCCAACTGTGCCTTTATATCTCACAATGTGACTAACTTTCAATTGCGAATGCGCGGTATACCGGTACGAAATCATGATTTTGCTCATTTTGGCGTATGCTGCTGTTCCAAAGTTCACCGCTAGGTGGCAGTGTGCTACACAAACTGACGCGAAACCGGCAAACGTGACAACATTGGGGAACAAAATGGATAAAGCAAGTGGATCTTCTCGCGCAACACGCCCAAAACTAATTAATAATGAGAGCAGTAGAGGTGAAATTTGGAATTACTTTGCTTATAAAACTGATGAAGAACCATCAAACCTTGCCAAACATCTGTCACTTGCCCATCCTGACTTGTACAAGACTTAAGAGATCGACAGGTCAGTGTAGCATTAAAACGAACTAACATAATTTTGACATTTTCTTTAAACACTGATCAACACACGTACATTGATCATATCGTTTAGATAACACAAAACCTCGAGCGTGCCTTTGAACCAATGATGTTTAGATCTCATAATATATTTGCACTTAAGTTTAGGTAGGTCTAAGTAGTATTCAGGCATTTTGACATAATTTTGTGTGTATTTGACCGTTTAGGGAAAAACAACTTAATTTGAAATGCGCAAGCTCTATACAGGCAGCTTGAGTGTGCGTTGTTGGTATGAGCGCAGAGAAAACCGTCTCTCAAAGAGCTCCCAAGTACTACTGGATGATATAAAATTGCTTGTATTTTCAAATTGGCAAGGTTTAAAAAGACGTGCATGGGCAAGTGATTTCCATCAGCTGTCCTAAAACGCGCGCGAGAATCACAGCGCGCAGCTTGCTTTTATAGAGCAGATGCGATGTCTTTTGAGTCCAGAAGCTATTTGCTTATTTTGAGATAGAGAGGGGAGAAACTTCTCACAAGAAATTTTTCAAATGACTGATTTGAGGTGATATGTTGATTAATTTAATAATAAACATTAGCAGTAATTTCCCGCTTTATACATGCGAAACATGCGAGAATGAGTAAAATTGCGCAATACCCGCACCAAAATTCAGACCCCGTATGGTATCGATTTAATATCGGTATTAGATTGTGATACCATACCAAAGCCAAAATTGTGGTATCGAGCCATCCCTAGTGCACGTTTTTGAAAACGATACCGCTATCGTCTTCATGTAAACTACAAAAACGCAAATTTGTGAAAATGATGTTATGCGTATGTGCATTACGCATTCAGTATATAGGCCGTAGTGTTTCTTTACAATGTGACATCGCCAACTACTGGCCTGGCAGCATAATACAGCGTTTTAAGTCGTTTTTGCTGATCTAAGTGAACGGGGATCCTTTTGACAACGTTGTCTTCTGTACACAAAACTTTTCAAAAATGCAAAGGAAAAACGTTTCCGTTTTTAGTACATCGTTGCAACATTACATCTGACATGACTTTATCTGATAATGTGACTAGACCTTGCAAATGTGATTTTGTTTCTGGTAATTGCTACTTTACATCTTTTAATTGCGACTTCACATATTGCAATGCGACTTTCATCTCGAAGTACTGTATAGCCAGTAATTTTTCACACAATTTCGTTCAACAGAATCGTTTGGAATCTTTCTCTCTGAATTTGTTCCTGATGGGCTACCGTGACTTTAGAAACACTACGCTCAAACAATTACACTTGTTACCAAGAAAGAAATAGTCCAACTCTGTGTTCTGGGTGTTGCTGTAAAAGCTTTTTATTGCAAAGTACAGTAAATGCTTTTTCCTTTAGGAATTTAGAAGTCAAATTTTCACATTCTCGATCTTTTATTCAAAACCAACTTTTTATGGCACTTGTAGCAGTGGGTGAAACTCTGT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>TU109495
ACACTTGTTACCAAGAAAGAAATAGTCCAACTCTGTGTTCTGGGTGTTGCTGTAAAAGCTTTTTATTGCAAAGTACAGTAAATGCTTTTTCCTTTAGGAATTTAGAAGTCAAATTTTCACATTCTCGATCTTTTATTCAAAACCAACTTTTTATGGCACTTGTAGCAGTGGGTGAAACTCTGTATGCGAGTGCAATAATATCAAAGGCCATTTGAGCAGGGCTGATGGGTGCATGACAATGTTTCAAGTCTGTGCTGCATAAACACATAAAAGCTACGTTCACAGGGTATCGAGACGTCTCAGGCTCCATCCACTTAACCCCGATATAATGACATTGCCTGCGACAATTGTTATTGTTTGAACCATGCATGGCTTATTTTCTCTTAAATTAGAATTTTCACAGAATAACACTGCTTTTGACCTATAATACACTATTCTATACAAAATACAAACAAAACATGAACACAACAAATAATAAAAACGTTGAAGTGACATTTACACAATTTTACAGCATCTGTCTCACGTTTAGCCTCTACATCACGGTTCTACTTTACATGTATCTAATCTCTTATCCACATAATACTCAGAATAAAAATCTGAGGGAAAGGTGAAAAAATCGTCTCTATAGTACTCAATTTTCCAATTCCTTTCGAAATTGCATGCTACACATGATAAGGTGCTAAATGGTACTACTATCATAGACAGTGGATGTGTGTCTGTGGTAAATCTGTGAATTTACCAAAAAATTTAAAGGTTGTGTTGATTTTAATCTTGCTAACGTTCTGTAATTTACGCTCTCCAAACCCATGTCTTTTGTTGTTCTGTAAAAATCTATATTTTGAAGAATCGTCATGCAAGTCTTTTTCATACATCCATTCATACTGACCTAGAGCTGTCAACAAAAAGCACCAAAAAGTAATCTATATGACTTATGGGGTATATTTAAAGTCATATAAAAACAATGTAAGGGTGAGGAAACAATGGCAGAATGGTACATTATAGGGTGAACTATTCCTTTAAAATGCCTGAAAATCTCAATGTTTCCTCTTTCTTCCTGAAATGCCAATAATCAGATTCTCATAGAAACACCTTTCTTCAAGGCACTCATTTGATAAAAATGCCATTGCTTTTTTTAAACAAATATGGCTATTCTTTTCATTTAAATTAGACGATTGTCTGCTTTTGCATCTTGCAAGTTATGAATGTATCACTATGGAGATAATGTATGAGGAAGGGAAAATGAGAACGACAGCTTTCTAGTTTCTTCTCATTTGTGTGCAAAGTAATTTGATAGTCTTTATCCAAGTAAAACAGGTTTTATCCACATAAGGGGACTTCAGGGTTCAGCAGAAATTGAAGAAAATGTTTTAAGTTTTTTTTTTCTTCCTAATTCTTGCTCAACTTCAAGCTAACTGAAAGTAACTGGACATGTAACATAAAAAGCTCTGCTATTTTAAAACAGGTAAAACACACAAACAAACAGAAGAGAATTGCCGCTGATTTACATTAATTCAATGCCATCTGAGTTCAACCAAACAGCCAGTACCAACAAAAAAGGTAGGAGAGCATCCAGTCATCTTCAAACAGTTTTTTGGTTCATTCTGAAGGCCACAGCGGTAAGAGACGGACATTTGTCTCTGTACTGGAGAACTGGACTATCAGCATTCTACAGGCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGAGCGTCTACAAACATTGTGCAGAAACTGTGCTTGTTCTCTTTCAAAAATGCATTAAAATGGATGTTTGCAATATCATGTTAAGAGTCCACAGGTACAGAGCAGGAACGGTGGACATGCACCTGAGTGGTGGAAATATGCAAACGTAGGTGAAGCTAGTAAATGAAGTAAGGTCTGATTACACGTCCAAGGTTAAGTATAGTATGAGGGGTTAGTGATTATAATCCCTTTCACCTGTGAGAATATGAACTGTCCACAGCAATAACCATCGTAAAACACAAACCCAGAAACATGCACCTGCTCCAGATCCAGAACGATACAAACTGGAGCTAAAGTGACCTGTTCCAGCTTGTGTTTGTTTGTTTGTGTGTGTTTGTGTGTGTGTGTGTGCACGGAGACCCTGAGCAGCTGCTGTCTCACACTTGCATCTCAGAGCTGCTGGCCAACCCCAGCGCCTGTGCCTCTTCTGGCGTAAGACCGTTC

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU109489 False 7095 lncRNA 0.35 2 7235167 7242286
TU109495 True 2181 lncRNA 0.38 2 7239984 7242189

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
CI01000016_07214392_07233533 RXRBB, RXRBA, RXRB coding upstream 405 7214392 ~ 7234962 (+)
CI01000016_07178060_07180135 NA coding upstream 54357 7178060 ~ 7180810 (+)
CI01000016_06954301_06958598 NA coding upstream 276564 6954301 ~ 6958603 (+)
CI01000016_06890651_06904100 NA coding upstream 330533 6890146 ~ 6904634 (+)
CI01000016_06813604_06813789 NA coding upstream 421230 6809807 ~ 6814285 (+)
CI01000016_07445055_07456795 SLC6A19B coding downstream 202769 7445055 ~ 7457431 (+)
CI01000016_07463735_07471367 NA coding downstream 221449 7463735 ~ 7471828 (+)
CI01000016_07484583_07551063 NA coding downstream 242297 7484583 ~ 7551063 (+)
CI01000016_07711605_07715888 SP8, SP8B coding downstream 469319 7711605 ~ 7716261 (+)
CI01000016_07743396_07746536 MACC1 coding downstream 500802 7743088 ~ 7747383 (+)
G96406 NA non-coding upstream 23744 7205589 ~ 7211423 (+)
G96405 NA non-coding upstream 29666 7205151 ~ 7205501 (+)
G96397 NA non-coding upstream 52928 7182011 ~ 7182239 (+)
G96396 NA non-coding upstream 66167 7168683 ~ 7169000 (+)
G96414 NA non-coding downstream 21432 7263718 ~ 7264594 (+)
G96415 NA non-coding downstream 42785 7285071 ~ 7286600 (+)
G96283 NA non-coding downstream 67758 7310044 ~ 7311878 (+)
G96453 NA non-coding downstream 87480 7329766 ~ 7331011 (+)
G96518 NA non-coding downstream 311924 7554210 ~ 7554540 (+)
G96389 NA other upstream 73877 7160641 ~ 7161290 (+)
CI01000016_05405791_05407797 AICDA other upstream 1827304 5405791 ~ 5407963 (+)
G95792 NA other upstream 2009226 5219880 ~ 5225941 (+)
CI01000016_04829592_04837305 NA other upstream 2398512 4829592 ~ 4837457 (+)
G95648 NA other upstream 2961262 4272636 ~ 4273905 (+)
CI01000016_07784248_07784757 TWIST1, TWIST1.L, TWIST1A, TWIST1B, TWST2, TWIST1.S other downstream 541779 7783987 ~ 7784996 (+)
G97824 NA other downstream 772077 8014363 ~ 8015775 (+)
G98288 NA other downstream 1753812 8996098 ~ 9002717 (+)
CI01000016_09796196_09842235 NA other downstream 2553345 9795950 ~ 9842576 (+)
G99041 NA other downstream 2682132 9924418 ~ 9925654 (+)

Expression


Co-expression Network