XLOC_008165


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_008165
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007125.7
NCBI id CM002898.2
chromosome length 52660232
location 49488881 ~ 49490719 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00016494
ATTAAAGACCGCTTAGCCACATGTTCAGGTGTTCAGATTAGAAACTAAATGAGGATATGCATGAGACATAGGTAAAGCTGAATGCTCTGCTGTTCATCCTCTAACAGAATACAGTATCAGCATGTGTTTCACCACGGACGACATCGTCTCACTTATAGTGCTACACAAGTGCGAGTGACTTGCTTGTTTTACAGCACATACAAAATCTTAAATTGCCACAGTAACTACATGAAGAATCAAACTAAGTGTGTGTATTAAGACTGAGCACAACTGCagtcagtgagatattcaacagTAGATGTCACTGTAGTCACATGCGTGTAAATACATCAatagggaAATAAAAGTGCTGCTCAAAGCATCTGCCACAAATGTAGGCGTAGTGTGTGCTGTGTTAAACAACTGTTCCTGTAAgtgacacgtgtgtgtgtgtgtttgtgtgtttacactCATTTAACCATGATGATGACCGTCTTTATGAGTAGGAATGAGACTGAGTTTACCAGTGAGTttagtgtaagagtgtgtttctgatattgtgtgcatgtgtgtgtgagagtttatCTTATTGTGTGCAAGTCTCTGTGTGTGAGAGACAAACTGTGTTCTGTCCTTAAGTTGCCAGAAGGCTTAAGGTGAgaactgtctgtctgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtcaggttaGCAGTAGGCCCAGGCTGAGCTCcacatgctgtgtgtgtttgttattgtGTGAgagtttatgttgttgttgttgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgcgtttatgttgttgttgttgtgtgtgtgtgtgtttatgttattgtgtgtgagagtttatgttgttgtttgtttgtgtgtgtgtgtgtgtgtttatgttattgtgtgtgagagtttatgttgttgtgcgtgtgtgttcacGTTGGCAGCAAGCCCGTGCTGAGCTCCAcatatgtgtgcgtgcgtgtttgagagtttatgttgttgtgtgtgtgtgatcaggttGGCAGCAGACCCATGCTGAGCTCcacgagagtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgttcaggttagCAGTAGGCCTACCCCGAGCTCCACatgagtgtgtttatgtgtgtgtgttcaggttgcCAGTGAGCTCAGGCTAATCtccatgtgtgtctgtgtctgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtatttatgtgtgtttagGTTGCTAGCAGGCCCAGGCTGATCTctgcatggtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtttgttattgtGTGTGAAAGTTCATGTTGTTTAATGTGTGAGAGTTAATGTtgttgtgtgtatttgtttttgtgtatgagtgtgtgtgtgtgtgtgtgttcaggttggCAGCAGGCCCAGGCTGAGCTCCacgtggtgtttgtgtgtgtgtttatgttattGTGTGTAAGAGTTTACTttgattagtgtgtgtgtgtgttcaggttgcCAGTGGGCCCAGGCTGAGCTccacatggtgtgtgtgtgtgtgtttatgttattTTGTGTAAGAGTttacgttgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgttcagtgcggGCCCAGGCTGAGCTccatgtggtgtgtgtgtgtttatgttattgtgtgtgagagtttatgttgttttgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgatcaggttGCCAGCGGGCCCAGACTGAGTTCCACGTGGTGTGTGAGCCAGATGGCCTCAGCGGTGGTCTCTCCCTC

Function

GO:

id name namespace
GO:0034975 protein folding in endoplasmic reticulum biological_process
GO:0005783 endoplasmic reticulum cellular_component

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00016494 True 1783 lncRNA 0.45 2 49488881 49490719

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_008164 gpx3 coding downstream 28472 49439887 ~ 49460409 (-)
XLOC_008163 NA coding downstream 115545 49371516 ~ 49373336 (-)
XLOC_008162 NA coding downstream 152765 49335643 ~ 49336116 (-)
XLOC_008161 n4bp3 coding downstream 202108 49264184 ~ 49286773 (-)
XLOC_008160 NA coding downstream 274277 49209770 ~ 49214604 (-)
XLOC_008166 CABZ01072361.1 coding upstream 264115 49754834 ~ 49754950 (-)
XLOC_008167 nfkb1 coding upstream 321207 49811926 ~ 49859823 (-)
XLOC_008168 ube2d2l coding upstream 374363 49865082 ~ 49896795 (-)
XLOC_008169 NA coding upstream 422792 49913511 ~ 49918825 (-)
XLOC_008170 CABZ01074913.1 coding upstream 440504 49931223 ~ 49943799 (-)
XLOC_007641 CU855896.1 misc downstream 47081041 2407736 ~ 2407840 (-)
XLOC_007640 CU855896.2 misc downstream 47081450 2407328 ~ 2407431 (-)
XLOC_007639 CU855896.3 misc downstream 47081809 2406945 ~ 2407072 (-)
XLOC_008157 NA non-coding downstream 415227 49068860 ~ 49073654 (-)
XLOC_008155 NA non-coding downstream 453728 49033557 ~ 49035153 (-)
XLOC_008173 NA non-coding upstream 832417 50323136 ~ 50323774 (-)
XLOC_008174 NA non-coding upstream 1203273 50693992 ~ 50696782 (-)

Expression


Co-expression Network