XLOC_008338


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_008338
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007126.7
NCBI id CM002899.2
chromosome length 48040578
location 10752071 ~ 10754765 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00016724
gtatgttgaattaacgtcatggcttcacccaatattcaacatgtttggttaccatggtatcggaggactcggcgcacgcgcagcgcttcacttcacttaattacgaacacctgacctgcagtgcagcagaattcagagAGACGCActaacttgcacagcattgaatggaaaaggctttttccatgtccagttgagggCATCAAGAACACGCAGATGGCCTAAACCTGTGTCAGACTGGACAGACTGCTGATCTGCTACTCAACGccaaggcttttgtatggatgtctgactactactgttgttctctaaaggttttctggaagctccatttgagggcatcaaggacatactgatggcctaaaccagtgtcagcctagacagacagacatctattgtagttctgctacacaagaccaaactctctgcttttgtatggatgtctgactagtacagtgttctctaaaggtataactggagcaaaacaacagcatccgttacagtgaaatttgtgttcataaaagatagtgatatgtgtaacaggtccagtacatttgtcataaaggttaaatcacagtaagtactgtaaaaataacttgtttgcctttgccacaacaggtcatggtgtgtgcatactgctcgtagtaaacacacacgctgatctgatgcgggagagatatacgcaaacacatttatatttactgttttgttttgcctcactaaagtgttgttggagcttggtatgttcacagttgaaatcactgaagtcacatggaacgttttgacaatgtgttttgtgccttatcttgacaatgaccatcttgggaccattgctgtctgtagaggatgaggagcatttaatctaaaatattttagtttgtgttctgaagattaacaggtctctgggatgacacaagtaattaataacagaacctatatgaacacttaatgtgacatgtaatagtgaaatagtggtcctacattcacaaatgtgagctattattataagacccatgtgaacatgcaatttttatgatacaaataataatggaataacaaattgctattactgttgtg
>TCONS_00016725
ggttaccatggtatcggaggactcggcgcacgcgcagcgcttcacttcacttaattacgaacacctgacctgcagtgcagcagaattcagagaGATGTAACTTAACGTACTCCAGAGACGCActaacttgcacagcattgaatggaaaaggctttttccatgtccagttgagggCATCAAGAACACGCAGATGGCCTAAACCTGTGTCAGACTGGACAGACTGCTGATCTGCTACTCAACGccaaggcttttgtatggatgtctgactactactgttgttctctaaaggttttctggaagctccatttgagggcatcaaggacatactgatggcctaaaccagtgtcagcctagacagacagacatctattgtagttctgctacacaagaccaaactctctgcttttgtatggatgtctgactagtacagtgttctctaaaggtataactggagcaaaacaacagcatccgttacagtgaaatttgtgttcataaaagatagtgatatgtgtaacaggtccagtacatttgtcataaaggttaaatcacagtaagtactgtaaaaataacttgtttgcctttgccacaacaggtcatggtgtgtgcatactgctcgtagtaaacacacacgctgatctgatgcgggagagatatacgcaaacacatttatatttactgttttgttttgcctcactaaagtgttgttggagcttggtatgttcacagttgaaatcactgaagtcacatggaacgttttgacaatgtgttttgtgccttatcttgacaatgaccatcttgggaccattgctgtctgtagaggatgaggagcatttaatctaaaatattttagtttgtgttctgaagattaacaggtctctgggatgacacaagtaattaataacagaacctatatgaacacttaatgtgacatgtaatagtgaaatagtggtcctacattcacaaatgtgagctattattataagacccatgtgaacatgcaatttttatgatacaaataataatggaataacaaattgctattactgttgtg
>TCONS_00016726
ggaggactcggcgcacgcgcagcgcttcacttcacttaattacgaacacctgacctgcagtgcagcagaattcagaggtccagttgagggCATCAAGAACACGCAGATGGCCTAAACCTGTGTCAGACTGGACAGACTGCTGATCTGCTACTCAACGccaaggcttttgtatggatgtctgactactactgttgttctctaaaggttttctggaagctccatttgagggcatcaaggacatactgatggcctaaaccagtgtcagcctagacagacagacatctattgtagttctgctacacaagaccaaactctctgcttttgtatggatgtctgactagtacagtgttctctaaaggtataactggagcaaaacaacagcatccgttacagtgaaatttgtgttcataaaagatagtgatatgtgtaacaggtccagtacatttgtcataaaggttaaatcacagtaagtactgtaaaaataacttgtttgcctttgccacaacaggtcatggtgtgtgcatactgctcgtagtaaacacacacgctgatctgatgcgggagagatatacgcaaacacatttatatttactgttttgttttgcctcactaaagtgttgttggagcttggtatgttcacagttgaaatcactgaagtcacatggaacgttttgacaatgtgttttgtgccttatcttgacaatgaccatcttgggaccattgctgtctgtagaggatgaggagcatttaatctaaaatattttagtttgtgttctgaagattaacaggtctctgggatgacacaagtaattaataacagaacctatatgaacacttaatgtgacatgtaatagtgaaatagtggtcctacattcacaaatgtgagctattattataagacccatgtgaacatgcaatttttatgatacaaataataatggaataacaaattgctattactgttgtg
>TCONS_00018891
ttacgaacacctgacctgcagtgcagcagaattcagaggtaagcgtgtttttagatgctttaatgttttatttaccccccgattttgttttacacacagtgtatcttaaatgtgacttagtgtagtgtttcgaattttgaagcatttaaaactttccagtttggtttagtttgcgctccggtgacgcagctaacctcgaggtaatgtcacatgtctaacgttagtctaaatgagtgtttttatggcaaattcaaagcgttaaactccaaacgcagtttaaagttactgagcaacgttataaaacaatatcatttttatacgctgtatcattagtgttattattacaaagtgaactgctttcgtttcactgttgttgttttttttgcttttagaGATGTAACTTAACGTACTCCAGAGACGCActaacttgcacagcattgaatggaaaaggctttttccatgtaagtttactttacctttaactaagttatctgttaaatcttcttggtgctttggttggtgatattctctttctaatctgtttgtttattgattgttaggctatgttgtgatattatattgttatattgatataattattgtgaaatcatgttgtgatgttatactatgtgacagtattagggaacaaatatgtatttagtgagaaattaatgtttaaattacactttgtatagtagcagataagaggtgtaatgggttttaactttcttggttttctggaaggtccagttgagggCATCAAGAACACGCAGATGGCCTAAACCTGTGTCAGACTGGACA

Function

GO:

id name namespace
GO:0003676 nucleic acid binding molecular_function
GO:0003723 RNA binding molecular_function

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000097335

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00016724 False 1074 lncRNA 0.40 4 10752071 10754765
TCONS_00016725 False 1051 lncRNA 0.40 4 10752117 10754765
TCONS_00016726 False 967 lncRNA 0.40 3 10752132 10754765
TCONS_00018891 True 801 lncRNA 0.34 1 10752171 10752971

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_008336 CU856523.1 coding upstream 264876 10485534 ~ 10487195 (+)
XLOC_008335 BX000985.2 coding upstream 856085 9895858 ~ 9895986 (+)
XLOC_008334 BX000985.1 coding upstream 868258 9878848 ~ 9883813 (+)
XLOC_008333 si:dkey-13m3.2 coding upstream 878927 9861973 ~ 9873144 (+)
XLOC_008332 NA coding upstream 1067156 9680021 ~ 9684915 (+)
XLOC_008339 BX323573.1 coding downstream 109085 10863850 ~ 10866560 (+)
XLOC_008340 CR538726.1 coding downstream 548560 11303325 ~ 11305074 (+)
XLOC_008341 si:ch73-321d9.2 coding downstream 626767 11381532 ~ 11394322 (+)
XLOC_008342 ndufc2 coding downstream 672855 11427620 ~ 11443214 (+)
XLOC_008343 BX324136.1 coding downstream 810626 11565391 ~ 11565509 (+)
XLOC_008463 BX663520.1 misc downstream 10497426 21252191 ~ 21252282 (+)
XLOC_008331 NA non-coding upstream 1102615 9640687 ~ 9649456 (+)
XLOC_008345 NA non-coding downstream 928324 11683089 ~ 11691460 (+)
XLOC_008350 CR848025.2 non-coding downstream 1227685 11982450 ~ 11986634 (+)

Expression


Co-expression Network