XLOC_008356


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_008356
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007126.7
NCBI id CM002899.2
chromosome length 48040578
location 12507799 ~ 12525596 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00018903
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>TCONS_00018904
CATTTGCAGATGAATAGCGCCGTCACATGATGCAGATGTGACACTGAAAGCTGTCTCGCAGACATCTGACCCAAACAGAGACATTTCCACACTGATGTCTGAGTGACAGAATATCGTCCTGTGTGGGCCGTTGTGATTTATAGGATGGCATTCGATATCAACCCCCTGTGGTCACAcacttctgcacacacacacatgctctcagAACAATGTGACCTTGGGAGTCCATATCacagcatatgtgtgtgtgcttgtgcgagGGTGgagtgtcagagagagagagagagggagggagagaaagagagagcaattCCCCTAATGCAAGCTACAGTAAGAACAAGAGAGATTGAACAAGAGAGACCCCCTCAGTTGAACAATGGAGGAGTTTGGTGACACCAGAGCAAAACAATCATGGACTTAGGATTGAACAACCGCTTGatagttaatgaaaatatttcTTTAGCACAGCCATGATATGGACAGATTTCACGTACGGTATGCAAAACTGTCCCGTCAAAGTAATGATGTGCCTGTATGTTGGAGGTGAAAAGATtgtcaaagaagaaaaaaaacgatGATAGCGAAGACTCTTATGGACTGCGCCAGAGAGGAGAGCATGATGTTGCAAAACTTCGGCAGAAGGGAAAAAAGCAGAGAGGAATGGAGGGAGGGGTGGAAAAGGAGGAAGGTGTGGAGGACGGCAGGAGAAGAGGGAAAGCAAGTCTCTGCATCTCAAGTGCTTAACAGTGACCTTAGAATTTGtgtttctccctctctctctctctctctctctctctctcgttctctctgcATTAAAGTACAATGCTGCATTTCTTTAGAGCGTCCCAGGAAGAACTACTAGAGTGCCTGCAGCCCTGCCTACTTCTTGTTCTTTCCTTCTCCCTCCTTTTTTTTCCAACTTTATGATACATTGATGGAGAAGTATGACTAAGGCCTGAGAGCAGAGGAGAAGTTGCTGGACTTGTATGGGATTCATGTAcaaattatttgctaatttaggaGAGAAGGATTGTGGTTTGAGGGTTCATAAGTTGaacaaagaaactcctGTATTTCATTTCATTAGGGTGAGTAAACATTTCCACTTTTTGTCTACTATCTTAATATTGCTTAATTGCGCAGTGAGTAAAAGGTATACAAAGTAACCAGAACACGatgctttatttctttatttttattaaaaaaaaaacaaaacaatcagatGCAGCTTTTATAGTCATGGTGCAGTGCAAgcatacagtatgtgtttaaagtAGGCCAGGAAAAGTCAGACCTTCAGAGAGCGAGAGAGCAAAAGAGAAAAACACTAAAACAGAGCAATGCATGATGGAAGAAAACTGGTCCCCGAACATTCTGTTCACACTGCTGTTATTATGTCCATAGAAATACTATATGATCTTGATAAGAATCATTAAATGCATTGAGGAACACTTAAAATACAATCAACAATATATGATATCATGGTTACATCATGGTTGTGCTTTTATTCACCTTCAGTATAATATCAGGCATCCGAGAGtgcaactttttatttatttatttatttttttaatgacccaGCATCATGCTTATAACATCTGTACACACTTCTTACATGTAACCAAGTGATCAGGAAATACTTCAATAATTCGAACAGAAGGTAATCAGGGATTTAAGGTTGCTTTAAATGCAATTGATGAATACAATTTAACCTATGAATCATAAAATTGTTGTCATCTGATTTACACCAACTggcttaataattttaataattgctGTGCTGCAAATCAGATTATAGTGTTAAATCACCATAAATTTATAGTAGATTTTGTGGATGCAGTTGGCAAAAAAGTAACAAACTCTACCTagcaagattttattttattttttacttttaaaagatgtctaatagacatctaaacatagttgtcttggctaaaacaaggctaaatttgggctgtcaataGACATCTAGGAATAGGCCAAAACTCGATTAGTcgccaaataaacagaaatgaatgattacacatataaagtctgtctaatatatttgacgactagtctagttttgggctatttttaAGATGTCTTTTAGATTAGACAAGTTTAGCTGGGAAATGCAAACAATAATACCTCAGTGAAAATTTATTTCATACCATAACAATAAATCAACTGATTAAATCATATAACTGAATAAATTcttgaaataatattaatgacaGTAGCATGAAGAAAAATAAGGAATGGATCTCCTTACAAAAAGTATACATATGcaatgtaataaataaacaaatacgttttttttgttttttttttacaaattttttgtAACAAGAAGTAATATAATATGATTGATAAAATACTAATTGTAATAGAACTTGGTTAAGGTAGCACTTTTCTATCTTTAACAGGAATTTAAATATAGCAGGGGAAATTTGTCAAATTGctggattttgttgttgttggttttgtttttgttttaccagttgaacaattgaaaaaataattgttaaactggcaaaaaaaagtctaataaaaTCTTAATAATCCAGCAATTTGACAAAAATCTACAGCAAACAAAAGCCATAATGCACAATATGGTTTATTAGAACTGTTATTCACTGGGCGCCATTGTAAATTCTTGATCAATGTATGTGTAATATTTCACTAGCTCATTTGATTTGGCGCCTACCCTGACTAAGTTCTATACAATATAATGTGGAAGTGTAACATAACGCTTTTGTCGATAAAGAAAAAAGAAGCATAAACCTCTTAGAAGGGCATTAAGTGAGTTAAAGTGTGCTTGAACAGCTCCAATGTCAGCTTTGTCCTGCTGTGGGTGAGCAATCCTGGGCTCAAAATCACTGTGGCTTCAGGCTTTAGGCCGGGGCTGAATAAATGTAGAATTACAGCATGCGAAACCAAGTAACCATGCATGATAAAGTAAAATACGAACTAGAATAGTTTAAACTGTTATGGTTTATAGACAAAATAGCACATGTcataaataagttaaattttaCAACAAAGAATCGCTGTTTGTTAATGAGTGAATGTAGTATTCTACTTCTGCATGATACTGTCTGTTTCAATTTAAATATATAGAATGTTTAAACAAGACATATACTGCTACTTTTCAACGTCATTCAAGATtacaatatacatacatataaatatattttgatataattacttttgatttaatagAACTATTTAATACATACATTtcattaaaacacaaaattatacTGTAATGATGTTGAGGCTGTTCTTTAAACTTAGCAGAAGCATATAGAGGACCTGCCCCCCTGCAAGATGTATTTTTAAGATTGTTTGGTCTTAAAAGCATCCGATGTGCTCAGAGGTCTGATAAATGTCCATAAAAGGTCTGCGGTGTGATAGTTCTGCGTTTTAAACATCTCAAAGACATAttcttaatatatatttgttgtctAGAAGTAGACGTAAAAGACATCTTTCAGGTGTAAACATCCAATAGAGGTCTCTGCGATGTAAGTGTGCTATCAAGGGTCTCATTTTGGCACAATTTACTTAATCCAGTATGCTTTATTTGCCCAACCTTAGTAGTCAATTTAAATCTGTGTAGCCTATTTTTCTAAACTGATGATAAGCTTAGATGGGAATTTTGATTATCAGGTTAATTTGTAAGTGTTTGGAAATTCATTATTGATTACAAAATAGTTGCACAACTTTTTTTGTTCATGAAGATATTAACgtaaaataaattcacacattCCAAAAAACACATCACAACATACATTGCAAACACAAtcaataatattaacaatcaagtttgttttttggtcTATATCTATAAATACACATATCTATCTCAATGTTTCACTTGCCACATAATCATTGCACATTAAGTGATGATGTTGATGTGTAAAAGCAATGTTTTGGAATTGGCATTATCCATAAATAGGGTACAAAAGTATTCCTGAAACtcccatttaaatattttttttttatacataacttttaaaaattgaGGAACCAAAGGAAAAAATAAGCCCAGCTGAGCCTGAGGGATGACACCAAAGGAGAGTGGACCCAAAGTGGGAGTCAATGGGTTGACTGGCCTTGGTGGAGTTTGAAGGCCCATTGTGAAGCAAAGAGACCCAAGCAACAAGGCTGTAAATAAAAACCTAGTGAAAGGAGGCTGGAAAGAATCACGAAGAATGTCTtggctacatatatatatatatataaccattgTTGCCTGAAGAAGGGAATGCGGACATTGTTGTACAGTATTAGTTTCCATAGTATAAAAACAGGCTAATTATATGCCTTATGGAATTGGTGAGCATAATCTGCATGTGCGTCATTACTGTAAATGCATGCAAACACAGCAGCTGAATCTATTATAGATTTGGGTAGTGTATGCCAATCAGAAAGCATGAGAGATGAAGCTCCACCAAAGGCATAAGCATTAAATGTTTGAAAGGCGGGCGAGAAGGTCATGCATGCTTCTTGAGCACCCTACCATCCACTGCATTATGATGAGCagagatggcagcaacgtaaaaTATATTCACCTCCGCTCGAACTTACTGACACGACAAGTTTTGGGGGTGTTCTTGGCAAGAAGCATCATGATGAGCAGAGACGGCAGCAACGTAGTTTATGCTCACCTCCACTTAAACTTACTAATCGTGCAAGTTTTGGAGGTGTTCTCAGCAAGGTGCACACAAAACAACAAATAGACTCACACAAAACAAcaaatagactccacttcaagGTGTAGGCACTCTCGTCTATGGACAACACATGGACGTTCCAAAGATCTGGATGCAGGTGCTAGATGGTTCCCCATCTCTAAAAGGAAGGACTCAGGGGAAAATGACAGGGAAGGTGCTGTAATGATGAGTGTGGTTTGTAGTCTATATCCAAGTGGTTCAGACCAACAAAACCTCGTCCTCATCCTCTCTGACCTTGCACAGGCTCTATGTGATAAGGCTCACTGAGAGAAACGC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>TCONS_00018905
CATTTGCAGATGAATAGCGCCGTCACATGATGCAGATGTGACACTGAAAGCTGTCTCGCAGACATCTGACCCAAACAGAGACATTTCCACACTGATGTCTGAGTGACAGAATATCGTCCTGTGTGGGCCGTTGTGATTTATAGGATGGCATTCGATATCAACCCCCTGTGGTCACAcacttctgcacacacacacatgctctcagAACAATGTGACCTTGGGAGTCCATATCacagcatatgtgtgtgtgcttgtgcgagGGTGgagtgtcagagagagagagagagggagggagagaaagagagagcaattCCCCTAATGCAAGCTACAGTAAGAACAAGAGAGATTGAACAAGAGAGACCCCCTCAGTTGAACAATGGAGGAGTTTGGTGACACCAGAGCAAAACAATCATGGACTTAGGATTGAACAACCGCTTGatagttaatgaaaatatttcTTTAGCACAGCCATGATATGGACAGATTTCACGTACGGTATGCAAAACTGTCCCGTCAAAGTAATGATGTGCCTGTATGTTGGAGGTGAAAAGATtgtcaaagaagaaaaaaaacgatGATAGCGAAGACTCTTATGGACTGCGCCAGAGAGGAGAGCATGATGTTGCAAAACTTCGGCAGAAGGGAAAAAAGCAGAGAGGAATGGAGGGAGGGGTGGAAAAGGAGGAAGGTGTGGAGGACGGCAGGAGAAGAGGGAAAGCAAGTCTCTGCATCTCAAGTGCTTAACAGTGACCTTAGAATTTGtgtttctccctctctctctctctctctctctctctctcgttctctctgcATTAAAGTACAATGCTGCATTTCTTTAGAGCGTCCCAGGAAGAACTACTAGAGTGCCTGCAGCCCTGCCTACTTCTTGTTCTTTCCTTCTCCCTCCTTTTTTTTCCAACTTTATGATACATTGATGGAGAAGTATGACTAAGGCCTGAGAGCAGAGGAGAAGTTGCTGGACTTGTATGGGATTCATGTAcaaattatttgctaatttaggaGAGAAGGATTGTGGTTTGAGGGTTCATAAGTTGaacaaagaaactcctGTATTTCATTTCATTAGGTGACTGGAC

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00018903 False 3081 lncRNA 0.39 3 12507799 12525596
TCONS_00018904 False 6509 lncRNA 0.37 2 12507846 12521524
TCONS_00018905 True 1097 lncRNA 0.45 3 12507846 12522794

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_008355 tmprss4a coding upstream 48464 12429206 ~ 12459335 (+)
XLOC_008354 il10ra coding upstream 119365 12377887 ~ 12388434 (+)
XLOC_008353 NA coding upstream 145291 12059240 ~ 12362508 (+)
XLOC_008352 FO904901.1 coding upstream 453053 12030367 ~ 12054746 (+)
XLOC_008351 NA coding upstream 498400 12004803 ~ 12009399 (+)
XLOC_008357 NA coding downstream 94511 12620107 ~ 12621628 (+)
XLOC_008358 NA coding downstream 475597 13001193 ~ 13136464 (+)
XLOC_008359 CABZ01009248.1 coding downstream 895918 13421514 ~ 13509368 (+)
XLOC_008360 CABZ01009247.1 coding downstream 999278 13524874 ~ 13524988 (+)
XLOC_008361 CABZ01056919.1 coding downstream 1432126 13957722 ~ 13957850 (+)
XLOC_008463 BX663520.1 misc downstream 8726595 21252191 ~ 21252282 (+)
XLOC_008350 CR848025.2 non-coding upstream 521165 11982450 ~ 11986634 (+)
XLOC_008345 NA non-coding upstream 816339 11683089 ~ 11691460 (+)
XLOC_008343 BX324136.1 non-coding upstream 942290 11565391 ~ 11565509 (+)

Expression


Co-expression Network