XLOC_008429 (jam3a)


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_008429
gene name jam3a
gene type coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007126.7
NCBI id CM002899.2
chromosome length 48040578
location 19293744 ~ 19320615 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00016865
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>TCONS_00016866
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>TCONS_00016867
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>TCONS_00016868
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Function

symbol description
jam3a Predicted to enable protein heterodimerization activity and protein homodimerization activity. Predicted to act upstream of or within cell adhesion. Predicted to be located in membrane. Predicted to be integral component of membrane. Is expressed in brain; lateral line primordium; and neural tube. Orthologous to human JAM3 (junctional adhesion molecule 3).

GO:

id name namespace
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GO:0016020 membrane cellular_component
GO:0016021 integral component of membrane cellular_component
GO:0042803 protein homodimerization activity molecular_function
GO:0046982 protein heterodimerization activity molecular_function

KEGG: NA

ZFIN:

id description
ZDB-GENE-070424-177 Predicted to enable protein heterodimerization activity and protein homodimerization activity. Predicted to act upstream of or within cell adhesion. Predicted to be located in membrane. Predicted to be integral component of membrane. Is expressed in brain; lateral line primordium; and neural tube. Orthologous to human JAM3 (junctional adhesion molecule 3).

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000114589

RNA

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TCONS_00016868 True 819 mRNA 0.44 7 19300443 19313440

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
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XLOC_008427 BX324206.2 coding upstream 7601 19284842 ~ 19286143 (+)
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XLOC_008425 NA coding upstream 135836 19155890 ~ 19157908 (+)
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XLOC_008434 si:dkey-4p15.5 coding downstream 361103 19681718 ~ 19688389 (+)
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XLOC_008454 CR848784.1 non-coding downstream 1576488 20897103 ~ 20901355 (+)
XLOC_008455 NA non-coding downstream 1684118 21004733 ~ 21093616 (+)

Expression


Co-expression Network

Homologous

species gene id symbol gene type chromosome NCBI id location
grasscarp (Ctenopharyngodon idella) CI01000053_00974193_00978185 JAM3A coding CI01000053 null 973261 ~ 978185 (-)