XLOC_008533


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_008533
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007126.7
NCBI id CM002899.2
chromosome length 48040578
location 25395901 ~ 25399574 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00018971
tgtgttaaCATGTTTTATTCCACAATTAACAATATAAAGTTCATATACAAATattacttacaaaacaataattaatcaaaataaaaacacaattatatacattttagacACAATTGTTTAAAACTCAGCTGATTGGATTCAACATTTGTTCTGCTTTCGATATGGGCatgaatatcttttttttttaattatggctTTGGAAAATACTGCAgctcaataagttaaggcaactcaaaccgtttgaggaaaccgattgctccAAACCACGAGtgtaaaaactaatctatatgagtactgtgaacttgctctattttagttgaagtaatgaagtatttaattaacttgtTACTTTCAACacggagttcaaaactcttttgagatgagaattaactttcagtcaattgagttaactacactcatttcatttgataaaattgaccgttgggttttacagtgtagatttctAAAAATCAGATCAACAAAACATCAGCAGTTTATGTTTCACCATTCACCAAACACAGCACATAACTGCACTCTCAAGTAAAGGGCAACCATACTGCTGtgaataccccccccccccccccttaaaaGTCATAAGTCACATTGGCTTTTTGTCAGGAACCAAACATTACACATTTACCTTCTTCAATACATTGAGAACTCGTTACAGGAGCACATACACAAGCACAAGTCTCAATATGAAGCTGCCAATAGTAAAAAACTAAACTACACATTTTTTCTGTTACTACTTCAGTGCAGTTTTACTTTTCAATGTTTTCCCACTTGATTTCAAGTTCCTGCAATAGCTTGGACATGAACAGCACATTTACTTCCTTAattgtgaatcttttcttcaatCAGCAATAAGGCAGAAGTGTAGCAGATTAAAACATTAGGAATAAACTTTGgtgctttaaaacaaaaagtttggTGGCACAAGTCGGTGATGCTACTTGTAGTTACAGTGTTAACATTCTCACCGGACAGACGGCTCATTTTTTTGCCAATAATAATCACACTTCTCTGGACAATCATATTTGCACTGAGTACATGAAATAAGGCCAAACCGATAAATGCCTTTAGTAAATCTGACCATTCGTTGTTTATCATCAACAAAATCACAACATTTTGCACAAGACATCATTCAATGTTGTTTTGCATTTGACTATAACAAGAATATTAAGtccaaataaattacaaatatacaaaaacacatcaaCAATAAGTAAACAATTACaagctttatttatatatatttaaaaaaaaaaaagatcagcaCATTTTAAGCAATGTAAGTACTGCTTTAACCATCACCTGTTCATAGACTAGGTGTTAGCATGAACTAACATGAGgtctctgttgtgtgtgtgtttagtgccACCTACAGGCATGATTTGTGCAATGACAGTCCTGTCAGATCTCAGACCTCACGTTGCAGTTTTAAAGAGCAGGAGTGCTTTAAATGCTGATAAAGGTTTGTGGATCCACCAGGTAAAGAGTGAACAGTAGTGTTTATCCAACAAGGTAAAACTAGTCATTTTTCTATGTGAAATCATATCTCAGCCTTGTGGAGAATACAGTACTGAGCATTGATCAATTTGGGGTTTTGTGgtattgacaaaaataaataaatgatatataaataattgttcttttttttttttttttggcaatcaGTTTGCTGCATTCTCTTTCATGCTCGCGCATTGGTTGGTTTATATCAATGAtcacaaactcaattcctgaagagTTGGAGCTCTGTATAGCTTAGCtttaaccacctccaactcacattTGCCTAACAGTCTAGTAtgggggtgcccaaactcagtgctggagggctggtgtcttgcatattttagtttcgaccccaattaaacacacctgaaccagctaatcaagctctttctaggtataatAAGAATTCCAAGCAAGTTTGTTGaaggaagttagagctaaactatgcaggacaccggctcttgaggacagagtttggacactcctgctctAGCATTTTGAACACCTTGAGGAGttggatcagttgtgtttgattagggttagagcaaaactgcagagctgtggtGCACCAGGAATGCAGTTTGAGATCTATGGTTTGTATGAAAGTCCTTACATGCcacgaaataaaaaaaaagtagatttttattGCAATGTTAAGTTTACAGACTCATATTTGGTAGTTAAGACAGAATTCTGTGAGGAATACTAAGGGGAGGGGGAGGGGGcgttaatattaaacaaaactaTATATCTGCAATTCCAACTTTTCTACAAATTATAAAGAGAGGGGGGAGAGGAATAAATTCGTACAATTGAAagttaaaaactgaaagaaagaaaaaacattctCAGTTGCATGTTATAAAGGcagaattatttgtttttattacagaTTTCTgattaaaagtaaaacattttaatttgcaattagctttatttttttttattcagtggcaCAAATAAGGCTTCCATTAGTTTGGGCCTGTCATGGATACATGTATTAATGACATTAAAACCACCAGCAGATGGCAGCAAGCGGCTGTCTCAATGAGGGATTCACTGAATCAGTCATTCAAATGATTTGCTACAAATGgctgattcatttaaaaatgattcgTTTAAAGTGACTGCCTTTAAGAACAGATCACCAAATCCTTAGACTTAAATGATTTGCTTTAAAAAGCAAGTGatttagaaacaaacaaaaactgcttaACAGATGCACAAATGTTCTGTTCATACTttgttttagaaacatttttcaTTGGGAGAACAGAAACACACATAATATCATGTGTAAAATGTTGCTCgatattaattttcttgtttgtTGCATTTGTGTACTTGAGTACAGGGAAAATGATTCTCTCAGTTTCAGTTGTGTGACATAactataaccaaatcataaatagaAACCAAAAAACCCACACAGGGATATTTTGGCTAACATAGCTAGAACAATCTAATAGGCTTCGTCACATTTGGAGTCTTAAGACGTGGAAATGAGTGACATGACATTATGACAGATGATAAATATTGCATGTCACTTCACGGCGCTTGATGTCCCTTTCCACTTAATTTACTACAACTAATTAGTGAATTTGTGCTCAATACAGCCCTACagaatttcaaaacatttaaagggacagttcacccaaaaacaaatcATCTGCCACCAAACATATCACATATCTTCAGAATACTTTGATGGTCTTCTGTTACAGTTCTTTAGGGATCACACACAGCAATCATTAACAGAATAAAGCAGCCTGGACATTCAAATAAACGTCTTTAAGAAATGCCTTTGAGATTTTGAGCAAACTGTCACTTTAAAACTGAATGATAATGATTCTGCTACAAGCTCATGAGGTAGCAGCAGAAGGTGTTAATGAAAACATTCACAAGTGAACATTTTGCTCATATATGTTATATTTTGTGTATGGGTGTATAAATAtctatatttacatattaattcAGGT

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00018971 True 3497 lncRNA 0.34 2 25395901 25399574

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_008532 NA coding upstream 18407 25370567 ~ 25377494 (+)
XLOC_008531 NA coding upstream 186059 25208392 ~ 25209842 (+)
XLOC_008530 slc35f2l coding upstream 226288 25156121 ~ 25169613 (+)
XLOC_008529 NA coding upstream 300603 25094836 ~ 25095298 (+)
XLOC_008528 BX908796.5 coding upstream 326546 25063306 ~ 25069355 (+)
XLOC_008534 aifm4 coding downstream 39140 25438714 ~ 25448626 (+)
XLOC_008535 pak4 coding downstream 52518 25452092 ~ 25486010 (+)
XLOC_008536 CU856359.1 coding downstream 70155 25469729 ~ 25469845 (+)
XLOC_008537 zgc:152863 coding downstream 89832 25489406 ~ 25499518 (+)
XLOC_008538 npat coding downstream 128716 25528290 ~ 25542592 (+)
XLOC_008463 BX663520.1 misc upstream 4143619 21252191 ~ 21252282 (+)
XLOC_008526 BX908796.1 non-coding upstream 333828 25055961 ~ 25062073 (+)
XLOC_008539 NA non-coding downstream 169363 25568937 ~ 25570599 (+)
XLOC_008541 CT027805.2 non-coding downstream 268013 25667587 ~ 25667701 (+)
XLOC_008543 NA non-coding downstream 496891 25896465 ~ 25902650 (+)
XLOC_008544 CR848822.1 non-coding downstream 706741 26106315 ~ 26106433 (+)

Expression


Co-expression Network