XLOC_008543


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_008543
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007126.7
NCBI id CM002899.2
chromosome length 48040578
location 25896465 ~ 25902650 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00018973
cacacacacacacacttttgtttaATACCAACATATATTATAGaattattacataatttatataatttattgtaattaaatatgtattatatttattaaacatattaaataagttattgtgtgtgtgtgtgagagtatgtttgtgtgtgtgtgtgtgtataaacattcaattaaatattttagtaaaataaatttcaaaatataggaaataaatgcaTCTAAAATTAGTGGATATAAATGCaacttaaattaaaacatttactttAGTATTGATTTTAATATCATAAAACTTTGTAATAGAGTTTCAAAAGTCAGATAATACATGGAAAAAGTATATTCAAAAGACACGAATGCAGAGTCAGTGCTCAAAGCACCTTCAATTGTACAtctattttattataaacaaagctataaagtattatatttttgcatatacattagtcagtactaaagccaaatctggagcttatttaacaaaataacttacgataacggcccaaaaactagtacacctaatTGTATATGttgcagaaaaatattaaatacagatttaaaaaaaagaggaaaaatcagaAGCAAAAAATTGGGGAAATTTAGTTGGAATATTTTAGGttgtattatattgtttatatataatattattattttttttttacaatattttgattgaatttaattgtattatctttaaatttctaaatatgtttgatgactaaaacattattttaataaatatatctgtttaatatatctgtattgtttaaatgcaccaaaatacattgcctatattcactgagaaataaataaaaatattcattttcaaaatggggtgtactcaattatgctgagcactgtatatatacatataacctAAATTTTACAATagtctttttctctctctttaatGTTGCagagttttaaaaataattttcaaggCTCAGACAAACCATTTACAcggaaaaaaaactgaatgcttgAAAAGTCAGTGCATCAATACCTTGGCTCTAGACTGCTTACTGCTAAATGTGTCTGAAAGTACAGTAACAGTCTACAGTCATGGCTACTGACGTCTGGCAACCTTCCACAGAGGATTCAAGTGTTCAGAGAACATGAAGAATCTGTGAAGTCCAGGTCAGTTCAGCTTTAAGAGCAGAAATGTGTGTCATCCACTCTGAACATGTGGGTTGCGGTGCAGCCGGTCAGCCAATCAGATACGCCCGTCTACTGTTTCCACTGCCAACCCTCCTGCTGTCTCCATGGCGACCGTGGCATTAGATTGTTACTGTAGGAACAGAATTTTTGGTAACAGTCTACAGCCATGGTCGCTAGTGGGCAGAAACACCAGCATCTACCCTATATTAGGATTCAGTCATCATACAGgggtcatttttattgttatatctaGTGCTAATTTTTCATTGTGTGGATagttgatgtttttgtttaagGAAATTTTAAGCAATGCAAATGATTTGTTTGATGAATTTATTTAATGTGTCCCAATTTGCAAACACTACAAATCTTATATTAATTTCCTTGCATGCAAGTGAACAGgtaaaataaaggagtgcaaaatccCACCTTCAGATTTAAAGCCAATAATAAAAGGCTATATTCTTAACAAATGGCATGCAGAATGTGGATCATTGCTgagaaaataaacttaaaaaaaaaaaaaatccagcctgaaataggaaaaaaaaaaaaaaaaaaaactttcttttttaactcaAGACATGATAAGATACAGTACATGCCGTATCGGACACACAAGActcacacatgaacatttactcaaagtAGAACTCCCAAAATGTCAATATTCCAACAGAAACCAAACTATTAACCCTTTAAATGCCTGCTCTATCAAATATTTGACCATATTTtgtctgttttaaataatgacagttagtcatttgtttatttatgttctaATGCAATaccagcagcattggctatattcatgacAAAACATGtactaaatatacaatatataacatgCAATCTTATCATTTTCTTAACAAACATAccttgtacaaaaaaaaaaaaaaaaaacatacaaatagtAACAACACTGAAACGAGTCATGTACAATCTTTTAGattgattaaatataaataatgtaatattgcTCTGAAGGcaccttttcaaacatttccccTAAAAAATCTCCTGAATAAAAACCTTCTCTaacatcattttaaaatacacattccGTTAAAATGTTTTATCGTCAAAATAATGACACAGGTCACAAATAGGTTTTTCTTCCACTTTCAATAAATATGCTATGCGTGTGAAAGTCTTGAGTGTCTGATTCGACAAATATGTAAAGTAATGGTTTTAAAGCATGAgataacttttaatattttttatacattttaacatacactactggtcaaaagttagggatttgtattttctttattaattaatttattttttatgaaaattattctgttcatcaaggtggcatttattacaTGTAACAAAAAGttgaattgttaaatatttattttaaacagcttttcatattgtatgtagtttcaaatgtaaatattgcttttattactattaccattaataataatgataataataataaatattattattagagggatttctgaaggatcatgtgactctgaagactggagtaatgaagctgaaaattcacctttaaaatcactggaataatgattaaatgaaatgataaactacttttgacatttatagtgcaataacattttacaattcgtactgtatttttgaagaagtaaatgcagccttgatgagcaggagaagcttattttaaaacatttaaaaattgtactGACTCCAAACCAGTTGACTAATAGTGTACATTAGGATTTgctctatttaattttatttacaaaacaaaatctaGGATTTCCATACCTTGTTATTCAATGTATAGTAACAGTGGTTTTTGTATCACACTACAATTTAATATACATTTGCTTTGTTTGCCCTAAGTATTGTAAAACAATCAAATTGTAATAAATCTTTTATACAAACATTGTAAttagtttgtcatttttatttctgaGCAAACAATAATCACTATTATATATTTGATGAAGTTTACAGAAGACAGctatatgtatatgtttttataccacactaattttaaataatgttgctTTATGCTGTCTGCATtcattaataaattcattatttacTTTACCTTTAAGTTTGGTATCAAAGTTCAAAAGgaaatttaaagaaacaaaactaCTTAgagttacattttgttttttaaaataatgcattgCATGTTTACCACAATGTACTGAAgacaaacatataaatatttcaacAGAACATTATTTTATATGCCACATGAACTTTGCAAGGATTATTTAGAGCAAGAAACATTGTAttacatattaaattattttatataaatgcatctTATGTTGTTGAAAtatcttaattaaaaataatcttaaagcagactgtaaaatatattctaatcatgttttaatattgtaaagttttaaaatgatttactgTATATCTGACTGTTTATGAAGTATATGCAAAATACATCACTGATTATTTATGTCAcactttgacattttatttttcaaaaattattaAAGCATTTGACAATTGAAATGCATTTACCAATTACTTGCAGCAATATAATTTCTATAATATTTCTTTGTAAacttaatttgacatttttaatttttctgtCTAATATATTTCCCAGAGTTTTGGAGTTTGTTATTTACATAATGTATATTTACTAAATTTAACACCGCACTTTTAATTTCCCTGACAGTGTGTGAATCATTGCTTAAACCAATTACCTAAAAAAACTGTGCAATTCCACAAATAAGTACTAAGTAATATTAACTATTAACAACATGTTGTTACAATAGTTTAATTGttattacattaaatacaggTGATTTAGCATGTTAAAATAACTTGTAAAAAGCCAAATATGATACAATGTTTTAatttatcaaatataaaaatcattttaaaacctcATTCAATTTAAAAATCGAAATCATTTATATTCagtgttttaaaacactgtaaatgtaCCACGTTATagtatagaataaaataatgttattaaatgatattgtttatttatacgCTATAAACATTTGGTGCAGTTTAACAGAGATTATTGCAATTGTCTCAAATCAGAAAAGATACTAAAACTAAAAAGACATTTATATCGAATATTGTCACACTAACATTGCCCATGCCcacatttctgtaagaatattacCAACTGCTCTTCTTATATAAACAATGTCCATCATGTTTATAATGCAATGCAATTTAATTGGTGATATCGTTCTGTAGACTGTAAATAAAGCATCTTTATTTCAATTCATTGACAATCTTTTCTGTTAATGGGAAAAGTAATTCATTTGTGCAGGTAAGTAAGTGATTTGTAATTAATAATGACTCACTTTGGAGACAAGTCAAAATCATGTTGCGcacaaactaacacacacacacacacacacacggtttacagggacatattagcGTAATGATATCCATTATCTGAATCCCAAAGCATAAACAAAAACATGAGGAAGCATGCACACATTTACAAAGCCATTTGTGATTTGtttgtgaatttatttgtattttcattaTGTGCGTATAACTAAATGTGAATCAGCATTGAGCAAATTTTGTCATGggatatattaaatgtaatatgtaTGTCTGTTAATGtatgtacaaaataataataaaaaaagcaaatgttaTCGTTTCAGTGTTTTACCTTACTCAGTAATGCTACAGCAATTGGTATATTCTCAGTGTTTCTGTGAAAACGTGATTCATTAAATCAGAGAGAGTGTTTTCTGTGTCTGAATCTTGAAAGAGTCATGTTTTTTTCAGCcaattttatagttttatatatcCGGAAAATGCATTTCAGTacattcaaataataaatagaaGGTTTTTATTGTACCTGAGAGGAACATTTC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>TCONS_00017074
GTCAGTGCATCAATACCTTGGCTCTAGACTGCTTACTGCTAAATGTGTCTGAAAGTACAGTAACAGTCTACAGTCATGGCTACTGACGTCTGGC
>TCONS_00017075
GTCTCCATGGCGACCGTGGCATTAGATTGTTACTGTAGGAACAGAATTTTTGGTAACAGTCTACAGCCATGGTCGCTAGTGGGCA

Function

GO:

id name namespace
GO:0042737 drug catabolic process biological_process
GO:0019265 glycine biosynthetic process, by transamination of glyoxylate biological_process
GO:0006082 organic acid metabolic process biological_process
GO:0009074 aromatic amino acid family catabolic process biological_process
GO:0017144 drug metabolic process biological_process
GO:0046395 carboxylic acid catabolic process biological_process
GO:0043436 oxoacid metabolic process biological_process
GO:0044281 small molecule metabolic process biological_process
GO:0044282 small molecule catabolic process biological_process
GO:0006570 tyrosine metabolic process biological_process
GO:0006572 tyrosine catabolic process biological_process
GO:0019752 carboxylic acid metabolic process biological_process
GO:0016054 organic acid catabolic process biological_process
GO:0004760 serine-pyruvate transaminase activity molecular_function
GO:0016705 oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen molecular_function
GO:0004180 carboxypeptidase activity molecular_function
GO:0004497 monooxygenase activity molecular_function
GO:0008453 alanine-glyoxylate transaminase activity molecular_function
GO:0008238 exopeptidase activity molecular_function

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000080565 ENSDARG00000081190

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00018973 False 6186 lncRNA 0.28 1 25896465 25902650
TCONS_00017074 False 94 miRNA 0.46 1 25897446 25897539
TCONS_00017075 True 85 miRNA 0.48 1 25897715 25897799

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_008542 hic1 coding upstream 206198 25681044 ~ 25690267 (+)
XLOC_008541 CT027805.2 coding upstream 228764 25667587 ~ 25667701 (+)
XLOC_008540 tsr1 coding upstream 240134 25635326 ~ 25656331 (+)
XLOC_008539 NA coding upstream 325866 25568937 ~ 25570599 (+)
XLOC_008538 npat coding upstream 353873 25528290 ~ 25542592 (+)
XLOC_008544 CR848822.1 coding downstream 203665 26106315 ~ 26106433 (+)
XLOC_008545 rtn4rl1b coding downstream 496888 26399538 ~ 26402301 (+)
XLOC_008546 CABZ01021926.1 coding downstream 537463 26440113 ~ 26440227 (+)
XLOC_008547 slc13a5b coding downstream 671026 26573676 ~ 26593684 (+)
XLOC_008548 slc47a3 coding downstream 697961 26600611 ~ 26610857 (+)
XLOC_008463 BX663520.1 misc upstream 4644183 21252191 ~ 21252282 (+)
XLOC_008536 CU856359.1 non-coding upstream 426620 25469729 ~ 25469845 (+)
XLOC_008533 NA non-coding upstream 496891 25395901 ~ 25399574 (+)
XLOC_008532 NA non-coding upstream 518971 25370567 ~ 25377494 (+)
XLOC_008549 NA non-coding downstream 773335 26675985 ~ 26680699 (+)
XLOC_008552 AL954322.1 non-coding downstream 1394026 27296676 ~ 27300833 (+)
XLOC_008553 NA non-coding downstream 1429207 27331857 ~ 27332639 (+)

Expression


Co-expression Network