XLOC_008609


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_008609
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007126.7
NCBI id CM002899.2
chromosome length 48040578
location 31182740 ~ 31187391 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00018988
CAGACAGAGTacaacaattttattatttattccaaTAGCTAATAAACATCTGGATTCAAGAAAAGTCCAGAACTTGAAATAGTCTCAAGTGAATGATGTGATACGGAACAATCACTTTTATTTTGGACAAGTAGACAAAGAGTCAGTTCATTTGAGAATAATACTCCTCAGAAGAAACAAGGGGGACAGAAAAATAATGGCAAGATCAATTActtcacatatataaaaaaacGGCAATTTGCGTGTACAGTTGCTTCCTTCCAATATAAATAGTACATTCCACTAATTGTAAAGACCCACTATAAATCATGTGGCTCACACGCTACACATCAGATCCTCCAACTAAACCTCTCCCACATGAAGACTGAAGGTGAATATGGGGATCTTGAAAAAACTGGGTAAACGCACAACATGTAGTCAAGAAAAGGAGATTGGCTGCAAAATGAAGCAGACATGACTCATAATAGAGACAACGCTACTCTGCCTGTTATTGAAGCCTCTGCGCTAGTAAGATCTCAGTTTTAATTGTGCTTCAAGCAGAAAGTGAAATGAGAGCAAGTTCCCTGAGAGGACAAAATATGTTATGAAGCAGGATGGAAGGGAAAATCTCACTTAGTCGTGCCCATGAATGACAGATGACAGCAGTAGCTTGTTCACACCAATAACCATAActataatgataaaaatgtaaagaaacactccacttttttgcaTATACGCTAATAACAGtagagttttatcatttttgaagCCATTCAGATGATCTCCAGATATGGCAGacacacttttagcttagcataagtcattgaattagattagaccattagcatctcactcaaataaagcatttttaatttaaagcttgactcttctgtagttacatcgacAGACTAACGGAAACTGAAAAGTTGTTACTTTGTAGTTTGTAGGTTGATATGGCTAGGAAATATACTTGCATAATATATATGGTCATATACTGGTCATTCTGGCATAAAAATCAAGGAGCTTTGTTgcagtaccatggctgcagcaggtgcaataaTATTATGCATCACTTAATTGGATTCAAAAATGTTTAAGGTGAGTTtttaaatgagcctatttccataAAAAGTGGattgtttgtttaactgttttcaaaACAACCTCTGAATCCTTGTTCACCATTTACTATAATAGTCCACAGTAGTCCACTTGATTTTCCACTGTGTGGTATGGGTCGTTTTGCTTGGTACCGTTTGCATTTCCACTGTAGTTTAGTACTGCTTAAAGTGGTGAATTTTTACCTAGAGctgttccaacacaatctcaccgcAATTGGTAAcgtttttatttagtggctaattcatataaattactacgatctaattcgtacaatttagtacaaattgttcatcacctaatgacggttggggttagggatgggcgccatgtctccttttaaaaatcttacattttcctATGACTGAACTCATGTATTCATACGGATTAGCCACTAGACTGaccaaacgtaaaatacttacgttttcttgtgagatcaggctagcTGTTCACATTTGTGAATTCTTGAATAGGAGACAAATGATTGACTATTGAGGTCACATGGTACAAGTTGTAGCTCTCTGAAATTTCAGAATTTGAAGAAATGTGTTTAGTACTAGCCAGAATCTTGGAactatgagatgatgtgaaagcaACTATGGAcctttttcacaagactgttatgatgacGTGTTCAACGTTTTTGGCTTAATccccttattaatcaggtgtcgccacagctgaatgaacctccaacttatccagcacatgttttacacagcggataccctgcaacccaacactgggaaattgaaagtttttaatatctaataaattaaataaatattaaataaaaaagtaaatgaacGTATTATTTTATGctctatatatgtattatttcatttttgcatcaaattacaaataaCGAATTACCACCAGTGTATGGGCAGGACAATAAATCTGgcgttgttctctcttctggctgccgttatcagtctcacaggACTTTAAAGAGATTACTTGTTGTACTCTCCCGTTTATTGTGCTCTAAGTTTAGTTTAcgcccaactatgatgactttcgCTACttagaaacctggaaatgtgaaaagggtccattcaTTTTCCACAACCCCTTACAACTGCATCATGGGTCATTTCTAGTCCTTGAATATATGATCCAATTCCAAACGGCACACTTCATGAGCACTTTTGCTCTTGCaaattttgatagtttttttgtTCCCAGGTCGGCAAAGCTTACATGGAAAGTACTGCAAAGTAACATGGAGTGCACCTGGTAAGTCATCCCTAGTTCGAACACCACTTTACTGTGATCTGCCACTTGTGTTTACATACTTTATGGCAGCTTAGATTCTGATTGGCAGTCAGGGTTTTTAGTGTTAATCAGCTAGGGCAAAATCATTATGCTTGTGATGTGGAGTctgctatttatttaaaattgtaaccATTTTTGTATTGTTAACATTATAGTTATCGTTCTTGGTATGAACGTGCCTTTACTTCTCTCAACAAGGTTTTGCTGTTTATAAAACTGTCATTTTCAAAACTGGCTACTCTGCACCAGAGAACAACAACCTTGCATGGGCACCATAACATTTCATAATGGCTATTATTACTCTTCACAGAACATATAATTATGTGATGCCTAAGACGACTGATATAATTTGTTCTATAATGTCAAAAGGTGATGTAATAGGTAAAAGACTTCATATTCATAACAATGccctttaaataaaactattaagccCCATTAGCCATATTTAGTACATTTCAGGAGCTCAAAAGTGAATCAGAAACATGGTACAGTCGTCTCTCAGCACATATTACACTATGACGCAGTGGTTTCAAACTAACAGACTGAACTATTGGACAACCTGATGTACATGaagtcaaaacaaacagacaTCATCACACAGTGTGTTCCCATGGGCTATTTTGCACTGAATCAATACTGAGATGCACAACACTCAAAGCAACATAATGGCACATTCTTATTGGTGGCGATCTCTGATCTTAAAGTCACATGACCTACTGGAAGCACAGCAGAAGGGGAAATTATTCAGTGTGATTTGCGAAAAAAGCAAAGCACACAGCAGCTTTTGGTTGGTTCGAGGACAGCATTATGCATTGTGTTCATATCGAAAATACCAGAAGATAAAAGATGGCAACTATACTGGCTTAAACAAGGAATATAATTgcatttcacaaaataaaatgttttatgaaaCAGATATGGCAGTGCAAATATGAGAACCTTTTTCGACTGAAATCTATTTTGCTTGTCATTAGAGGAACTACACAGTGTGCTCTAGCATCTAAATGAACGATTTAGATTTAACTGATGCAAAGGTAGTATGGAAATGGACTATTCAGCACCCTAAAATCACATCAGACCtgaatgttttcttttccttaaAGGGAAAGTGCAATCAAACATGAATATCTGCAGTCAATTTACTCAGACAATCCAAGATGCAGGTGACTTCTTCAGAAgagcattaaagaagatttttagccaAAACTGTGGTCATTGGcgatttataaaatgcaagtcTTCACCCaccagcaatatatacagtatatccaaaaaaagataaatacATCAGccaattcaaatataatcactCGACTTAATGGGGATTATCAGTCTTATGCAATTTATAGATGATAAACTCCGTTGGATAattgataacagccttctgaaccTATCAGAAGGCGCAGAAGGCCACTCTGGCCCAAAACTATCAGCTGATAACGCCCAATCAATCGAGTAATAACAATCAAAGCGGGTGTAACATTGgccttttaaatgttaaatggatCTAATCCATGTTTAGTTGATATAATAATTCAGCTAGTGTTATTACAGGTGAGCAAATTACACAGTTCATAACTGGGATTTGGTAATAATGTTCAATGTTTTTGCACAAAGCAATGGTTTTGATAAAATCCCAATGCATCATCATATAAGCCATGTAAATTAATTCAATTTTgactgaatatgtttttttttgtctatttaatCTTGCTTTATGAAAATGGATCACCCAATACTACATGctttcattaattcattgattcattcattgatcaattcattcattttcaattggCTTAGTCCccgatttatcaggggtcgccaccagaatgaactgtcaactatttcagcatatgttttacgtagcagatgcccttccagctgcaacctaggactgggaaacgcccatacactcacacattcacacataacactacgggcaattttgtttacccatttcacctatgtCATTGGACTTGGGGAAAACCGgtgcacctgaa

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00018988 True 4382 lncRNA 0.36 2 31182740 31187391

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_008608 pimr135 coding upstream 164327 31013578 ~ 31018413 (+)
XLOC_008607 BX000438.2 coding upstream 258708 30922926 ~ 30924032 (+)
XLOC_008606 omgb coding upstream 261181 30917282 ~ 30921559 (+)
XLOC_008605 BX000438.1 coding upstream 272562 30896722 ~ 30910178 (+)
XLOC_008604 BX000438.3 coding upstream 289385 30893237 ~ 30893355 (+)
XLOC_008610 si:ch211-244e12.7 coding downstream 89478 31276869 ~ 31277691 (+)
XLOC_008611 or116-1 coding downstream 109126 31296517 ~ 31298174 (+)
XLOC_008612 or116-2 coding downstream 115964 31303355 ~ 31305451 (+)
XLOC_008613 or117-1 coding downstream 120434 31307825 ~ 31309886 (+)
XLOC_008614 zgc:152857 coding downstream 140064 31327455 ~ 31328963 (+)
XLOC_008463 BX663520.1 misc upstream 9930458 21252191 ~ 21252282 (+)
XLOC_008603 NA non-coding upstream 308250 30861762 ~ 30874490 (+)
XLOC_008602 NA non-coding upstream 601913 30580518 ~ 30580827 (+)
XLOC_008620 NA non-coding downstream 260194 31447585 ~ 31457948 (+)
XLOC_008623 NA non-coding downstream 282969 31470360 ~ 31470945 (+)
XLOC_008624 NA non-coding downstream 283705 31471096 ~ 31476599 (+)
XLOC_008627 AL929092.2 non-coding downstream 292266 31479657 ~ 31480566 (+)
XLOC_008631 NA non-coding downstream 400418 31587809 ~ 31732799 (+)

Expression


Co-expression Network