G143476


Basic Information

Item Value
gene id G143476
gene name NA
gene type non-coding
species grasscarp (Ctenopharyngodon idella)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CI01000027
NCBI id null
chromosome length 10680226
location 8277268 ~ 8319468 (-)
genome version v1_2015/06_NatureGenetics_grasscarp_Genome

Sequence

>TU163007
CCTGACCATGTATTGCTTAAGTGTTATCTGACACAATTAAGATTAATTTTTTCTGACACAGTTTAACTCTGAGATCTTGTCGTATTTTATTACCATTTTTTTTTAAACTATAGTGAATAAACTGTAATAATGAATGAAATGTTCAAGGTGTCTGAATAAATTTTGTTGTGACTGTATATATAAGGGGTGTAACAGTACATGTATTTGTCCCGAACCGTCACGGTACTGACATCTCGGTTCGGTGCATACAAGACAACAAATACAGTCGGTCACAGGTGATCCACACTCCAATCCAGAAGAGGGCGCACACGGTAATGCAACACTGTTTGCTAACCGCCACAACAGGAAAAAGCGCAGCAAATTTTTAAACAGTATATTAAATTAAAAAAAATTTTAGAATAAAAATTAGAATGAAAATGCAAAAGGAATTTTAGCCAATTTAATCAATTTAATTATACAGTATATGCTAATGAAATTTCAAATCCCATCTCAAAACAGCATATATCAATATGTATTAATAAAAGCAAGCAAAATCTTATTTTGCTAAATAAACGAATCACTCAAATAGTATATTAACTTCTGAAGCCACTGTTTGCAGCGTTTGTTTTATTTCCATGAATAAAACACTGCTTATCACATTCACTGTGAATACAAGTAGTACTTGATGCCTGGTTCGGACACAGTGTTACAAATGTTCTGTGGAGAATGTTGCGGTTCATGCTCAAACATGTATTGTTGTGTATGTGTGCCGACAAGTATAGCTTCTCTTTGAAGTACAGTATATCTTCTCTACCTCACGCTGCGTTCTCCAATCCAAGCCTGCGCACTCTGAACTGAGACCAATCTGCCATTTTCTCCATCCAGTTCTAGCCCAAAGAGTATATTACAAGAGCAGCATTTACAGAGACCTCTCAAAGGCTTAGACTACACAGCTGTGTAAGAGACCCCTGCAGAACCGGTCATTAGGCCATATGGTCACAAGGTCAATTTCCCCTTAATAAACATCCAGTCAGCAACTCAACATTTAAAACACACCATCTGAAAGCTCCAGTATCAGCTATATAAAAAGCAACCAGCTACTTTTAATACTTTTTTAATGACTTTCCATGAGTTTTCTTTGACCTTCCAGTCATTTGTGTTAACTGGGTTTTTAGAGAAATTACAAAAGGTTGCAGGGCAGATATACAGTTCATTTAAAAGTCAGGCATCATATATTAAAATTAATCTGCGAAGTACATGAACATTATTATTTAATCATTCAGATACCAATATACCGATCAGGCTTGAAAGGAAAAAGAAAAGTTTTTTTTTTTTTTTTTAAATACACTTTTTTCCTAAGTATTTCCTTTTGCCACTTTATCAGTTCTGTGATCTGAATATGTGAGTATAGATCAAACATAAACCTAATTTCAACTCAAATCTTAATGGCTTCAGACTGTTTCTGTCTGATCTCTCTCATGACAAGATGCCAGCTGGTGTCCCTGCCTTTAATCTGATTAATTGGAAACTATATGAGGTGGCACCTGGTCAAGAGTGAGGCCTATAGATGTGCTAACATCGAATTCTAATCACACGCTCAATGATGACACAGATTCTTCTGGTCTTCCAATGGGATAATCCCACATGTAATCCTAATCTCAATCTCCAACCATTAATCTCAATCCCAGACCTGATTAAAAGATCAAACGTGGCTCAGAAACCACTCTAATTAAGGCTCCCTCACTGTGGCATCCCATATCAATTTGCATTGTATATTAATATTTTGCATCTCTTCTACAATCTGTTAATTATCTAGAATCAGAACACACTTTAGCAGAGCTACAGAGAGAAAGAACCTACAACCAGATAGACCTTCAGTTTTATACAAAAAAAAAGAGAGAAAAATGTATCATTTACTCACCCTCACCATGTTTTGCATCATTGAAGGATGAATATGCACAAGCGCAAATGAGATTCTAAAAGATTTAGTATAAAACTGACAGATTTTGGTCTGTTTCTCACACAAAGCTATTGTAAGCCTTGACATATGAAGTATGAGTCACATGCTCTAGTTTATGGTGCTCTTTTCTCTTTTTTGACAGCTTGACAAGAAAGTAAATGATGACAGAATTTTCATTTTTGGGTGAACTGTTCCTTTAAGTGTTCTGCTAAAGGTTCCTGAACAGTGTATGTTAATGTATTTGTGCATGTCTGAATGGAACAGACTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTAACGCCCTTGGTTTGGTGTCAGTAAGCGTGTGTGTGTTTGTGTGTATGTGTGATAAATGCACTCCGCTTGTCAGATTTGAGATTCTCATTAGTCTGAGCAAGAGGCATTGAGAGGCCATTACTCTTCTGCCTCACTGACGTGTGTGTGAGTGCGTGTTTTCAGCGACGTGTGTTGGTCTTCTAAAATGAGGAGGCAAAATCTGCACTCTGATTTTGGTTGTAAATTTCTAAAATTTGTAAATTTGTCACTTGTCAACAAGTAACCAATACCATAATTACTTTATTTTTACAGTATGTTCACATAATTATTATAATCAAATCACATAAAAATGTAAGCATTTTAAAAGTTTTTTACATTAAACCACAATAACTACAACAAATTAGTAAGTGAATTTGAATTGAATTGGCCACACCCCACAGGATGCTGAATTGCAATGACAGGAAGAGGAATTTACTGGATAGCAAATCAAAGAAATTCAACAGGTAACGGCATTCTGGGAAATTAAGTGTTCTTCCGTCCGGGTCCATGCCTCTGTCTGTAAAGACAGTAATAAAGTATTTAATAGTTATTAATAAAATATTTTTTCTAAAAAGTCATTCTTGACAAACCTTTTTTGTTAAAATACAGTTCTTTAGGTTATGAGTTGATATGAAATTTATGGAATTACATGATTTGATTTGCATTTCCAATTCAATTCCTGAATGTAAGCAGAATTAAAATGGACTCAAATTTCAAGAAATTTGTATAACATTTTTAGTAGACAATAAAAGTTTGTCAAGAAATTTGATGGTTTATAGTCTGGATGGATGGATGGATTCACTTTTGTGGACCAGAGAGGAAGAACAATTAATTAACTAGAATGCATTAACTGTTTTTTTTTTTATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAAATGACACAGGATAAGAACAATGTAAGAGACAGGTATGTAGACAAAAAAATTAGGTTTAAAAAAAGCTCAGAATATGCAGACAGGCAGGCGGAGATATGAAAAGAGGTGACATTGGTATACGAAGCAGGCATACGAGTGAGAGAGTGGGGGCCGTACGAGCACTCTGGCCTTTCAAATGGCTCGTTATCGTTCTTTGCAAAAGGGCAGAGACACAGATAAATGCAATATCATTAACGCAGAACACACACATAACACACGCTACCTTTAGTGGTTACCACGGATACAGCTGTTCCGTCGGCATCTTGGCCCGATTACAAAAGCTCAAATTCACAACGGTGGATATTTTCTAATCATTTGAAAACAGGCTGTGCTTAAAAGGTTTTAAATTAAAAGGAGACCATGTCAATACATTCGATTTTTGACCGCAAAGCCTTTAAACCATTTAAAGCCTACCAAAATTTGCATTCTGTCTGTGTAAAGTCACCCGACTTAACAGCCACACAGGAGGGAAACAGGTAAAGAAGTCTGCTTGTCCTCACAGATGTGCTGGGCTACAACAAGAACCGCGGGACCTTTAATGCAAGCTAGCGGATAGGTGGAAGTACAGAATGACTGCAGGCCTCTGTCACACCAATTACATCCCGGCAGACATTTCTCACCTCCCTCAAGCAAAGGCCTGCAGCTGTGCACAACACAGCCCTGAGAAAAGACATTCAGAGTCCACACAAAAAGCCAGAGAAGTTCAGAGAAAGAGAAACTTGCACCCAAGTGTGTGTGTGTGTCTGTACACCAGTGTTAAGAAAGCTACTTTTGAAACTGCGGCTTACCAAACTAATTTAAAATACTTCAACAATTGTCAAGCTATTCTAAAAGTTACTTAAAGTACATTAAGGGGCAATATATTTAAGATATAAATCATTACATATATCAAATTATACATTGTCAAAAAAAAAAATTTAACAGCCCAGTGACAGTCTATGCAACTACCATTTTGATGCTTCAAAACATTCATAAAGACATCATAAAACTAATCCATATGAATTAAGTGGTTTAATCCGAATTTTCTGAAGAGACACAATCACTTTATATGATGAACAGATTTAATTTAGGCTTTTATTCACATATAAAACATTCATCAACTCACACATCAGATATGGTAAACGGAAGCTCAAGCATGTTTGCTTGACGTGCGAGAACCAATGAGGTTCATTCTCGTGTCTTACGCAGAACGTTTGAGCTTCCGCAAGAACCAATGAAGTTTGTTCTCGCATGTCAAGCAAGTTCTGTTTACGTTCCCTGATTAATGTTTATATGTGAATAAAACCGTAAATTTCATCAGTTCAGCATATAAAGCGATCGTGTCCCTTCAGAAAATTTAGACTAAACCGCTCAATTCATATGGATTTTTTTTTTACGATCTCTTTATGAACTTTTTGAAGTGTCAAAGTGATAGTTGCTTAGCTGCATATATGGAGGGACAGAAATCTCTCAGATTTCATTAAAAATATCTTTATTTGTGTTCCGAAGATGAACAAAAGTCTTACAGGTTTAAAAGGATGTGAGGATGAGTAAATTATGACATTATTTTCATTTTTGGGTGAACTAACCCTCTAAGTAGTTTTGCTACTTCCAGTTAGTTAAAGGGTTAGTTCACCCAAAAATGAAAATAATGTCATTTATTACTCACCCTCATATCGTTCCACACCCGTAAGGCCTTCGGAACACAAATTAAGTTCAATCATGACAACTCTCGGAGTGGATTAAATTCAACCAGCATTTATTGGCATGGGGCATGAAGTATACATGGCTTGATTTTGGCGTACGAGATCTGCTACGCTGCTGCTGTTGCTGCT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Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU163007 True 6469 lncRNA 0.37 3 8277268 8319468

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
CI01000027_08134523_08134951 NA coding downstream 141959 8134487 ~ 8135309 (-)
CI01000027_08091338_08097220 NA coding downstream 180048 8091293 ~ 8097220 (-)
CI01000027_08081583_08083496 TNFAIP8L2B, TNFAIP8L2 coding downstream 193772 8081269 ~ 8083496 (-)
CI01000027_08073979_08077754 SCNM1 coding downstream 199514 8073661 ~ 8077754 (-)
CI01000027_08016916_08025375 NA coding downstream 251813 8016529 ~ 8025455 (-)
CI01000027_08422679_08426771 CCT3, TCPG, CCT3.L coding upstream 103211 8422679 ~ 8426771 (-)
CI01000027_08429132_08434558 NA coding upstream 108844 8428312 ~ 8436258 (-)
CI01000027_08443968_08446252 NA coding upstream 123709 8443177 ~ 8446436 (-)
CI01000027_08483034_08503082 LMNA coding upstream 163471 8482939 ~ 8503082 (-)
CI01000027_08514843_08515829 MC5RB, MC5R, MC5RA coding upstream 195020 8514488 ~ 8518341 (-)
G143504 NA non-coding downstream 43880 8233185 ~ 8233388 (-)
G143502 NA non-coding downstream 48896 8228151 ~ 8228372 (-)
G143422 NA non-coding downstream 106456 8170586 ~ 8170812 (-)
G143403 NA non-coding downstream 159722 8115839 ~ 8117546 (-)
G143395 NA non-coding downstream 183675 8093317 ~ 8093593 (-)
G143557 NA non-coding upstream 39354 8358822 ~ 8359102 (-)
G143469 NA non-coding upstream 44204 8363672 ~ 8371459 (-)
G143459 NA non-coding upstream 66493 8385961 ~ 8388109 (-)
G143560 NA non-coding upstream 71990 8391458 ~ 8391661 (-)
G143570 NA non-coding upstream 122041 8441509 ~ 8442365 (-)
G143325 NA other downstream 391219 7884535 ~ 7886049 (-)
G143267 NA other downstream 603499 7669329 ~ 7673769 (-)
G142299 NA other downstream 837077 7439178 ~ 7440191 (-)
G142209 NA other downstream 1119270 7153623 ~ 7157998 (-)
G142203 NA other downstream 1134205 7141094 ~ 7143063 (-)
G144365 NA other upstream 2219312 10538780 ~ 10542148 (-)

Expression


Co-expression Network