G151495


Basic Information

Item Value
gene id G151495
gene name NA
gene type unknown
species grasscarp (Ctenopharyngodon idella)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CI01000029
NCBI id null
chromosome length 9486966
location 366541 ~ 371922 (+)
genome version v1_2015/06_NatureGenetics_grasscarp_Genome

Sequence

>TU172068
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>TU172069
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>TU172071
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>TU172072
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>TU172075
AGCAGAAGATCAGACTATTTTTGGAGAGGGTGAAGAGGATCACAGATTGAAATATTAAACTACTTGCACGAGTTGTGGATTTTTTTTTCTGATATAAAACTGTTTAATAATTATACTGCAGTATACTACCCCTTTTTTGGCTGCCTGAAGATTCTTTAAAAAGGATCCTTTTGTGGCATATGAAAAAACAACAGTGGCAGAACAAAGCATCCGCCGCTCCGCCACTAAGACGTGTGGCAGGAAGCAAGTCTATAAATAGGCCCTTGCTGTATGCGTCTGAATAAAAATAACCTCCAAACTTAAAGTGAAGAGCCACGCCATGTCCCCGGGGACCCCGCAGCACATTGTGATGTACCACGTAGAGTGTCACCATTCATCTTCACCGGCCGGACAAAATCTATTTCTCCAGATTGTCCTTCCTGTGAAGCTCAAATGCAAAGCATAGTAAATCACAGGTCCTCTGGTATTCTGCAAAGAGCTCAAAATCCAATGGTCAGGGAGCAATTAATCTTTCACGCTGGGCTAGCCTTGCAATAAGACTGAGTATCTGAGGGGTCCAGATCATTAGGGACACCATAAATGGCTGGCTGAAGCTTAAGAGGTGAGTATACAGTACAGCACCGAGCATTATTACCTTTGATCCACAAGCTCCACAAGGACATTCACGATCATAAAATCCTACAGTGCACTCAGTTTCTTTACTGACAATGTTGCCGTCTTCTTAAATTGGGAAGCCACATGTAATCGTTGTTTGATTATTCTATTGCGCTGCTACAATAACCAAACCCATCGTAGCGACTGACAGAGAATAAGAAGAAGCTGTAAGCGGTTATTCTCCGCAGGTTGTAATTGTGCTTTTGTACCTTGTATATCATTGTTTTGCGAGAATCATGATTCTACCTCCACAGGAGAAAACAAATTGACGCGCTTTAAATCCGAAGCTAATTAGTTCCACTCAGTTGAGGGTTGTGACAGTCATCACCTAAGGGCATCTAATGCAACCTAGACAGGTGTAAACTCTAAGGGTGTTTTAACACCTGCGAGATGTGTTGAGTTTGGAGTTCGTTAAATTTCCAAGTTTGTTTTAGCTTGCTAGATTGTGTTCCCAGGGGTCCGCAAAAATAACACAGCAGAAAGAACACAGCACTGTTGGAAATTAATGACTGTTCCTTATTATTCTCCCAAAATGCATGAGCAATAGAAAGAAAGTGATTAATTCTGCAGACTAAAAGGTTCCTTCAGATTCATACTGCAATTATTGGTGCAATGACAGGTGTTTGCTATCTAATATCAGTTTTTGGATTTACTACATTATTAATTCTGAAATAAGTTTCAGTCAAGCATGTGTTTTATGGAGGAGACCAGATTTTACATTGGTCATCAAGTGGATCTAACACAGTAGGAAAATCATACAAAAATAAACAAAATGCCATCAAAAATCAAATATCAAAATCAATATTGTTCTATATTATTCTTCATCTCTCTGCTTATCCATTTATTTTTCTGTGACTCTTAGCAGGTTACACACAGTTATGCCAGAAGGTGGCGATATGTGACTTTATGTAAGTCAGTGAATCATTCACTAAGCCGATTCATTCAAAACACTTGTTCGTTTAAGAAAAAGAGAGTTGCTGTGCCCTCCAGAGGTCACATTTGTCGGCCACATATGTCATCGAGGTGGTCTCATTTAAAAAAAAAAAAACGTTAGATTGCAAAGTAAAAAAGAAATAACAGTATTTTACACCTCACAAGGAATAACAGTCAATTTTATTATGGTTACTTTTCTTAAATAAGACATCCTTGATGACGTATGCAGCCTACAAATGCGACCTCCGGAGGACACAGCCTCCGAAATGAGACACAGCAAATGAATCATTCAATCAACAGATTCATTGAAAAACATCCATCCATTTTAGGGACGAAAGAGTCATTGAATCATTCACTCATTCATTCAGGAACTAAACACTACTACTGTGTGTTACTCGGAGATGGTTGATTCTGTTGGAACTATTTCCACTGACAGAGCAAAAATACGAGCAATATTGTGTTTAAAATGTAAGTTATTCAAAATTAACTACAAAATAAAAAATAAAAAATTCTGTTGCTGAACCGCAGGTGAGAACCACTGCACTACATCAATGTGTTCCACCACACCATGATTGTTCTATATTCTCCTTCTGTAATGGTGAAGCCCATTGTTGCACAAGCACTGACCCTGATGACTGCTGTGGAAAACAATTACATCCCCCCCACCTCCTGAGGAGTCACACAGCAATTATAATAATCCTATATGCAATCACCACAGTATCCGTGAACAAAGCTGCACTTACCCATGGCAAAAAAGGGGATCCCAAGCAACGTAGAGTTAAATTTCCCATCAGAGATGAAAAAAATCCCAGCTGCCGTCACATTGGCGATGCAGATGGTGAGGACGCCCAACAGGCCCAGGAAGGGTTTCCCACGCAAGCAGTCCCGCATAGAGCTGGAGATGGTGGCTGCCAGGAGCACCAGCACCAAGCTGACCAATACCTCGCTTTTGGCCAGTACTCCTGTCTTGTGGAAGTCCCGCCATAAGCTGAAGGATGTAAGCGACTGGATTTGTAGCTCCTGGCTGTCTGTAGCCAGCTGGTACACCAGCTTACAGAATTCACTCTCCCACTTTTCAGCAATGATGTCCTGCACCACTGGGCCAAGGTTACGGAGGTAGTAGGTGATTTGGATGGCGCGAGCAAACTTGACCTGTTGGTCCCGGCTATTTGTGGACAAGGCCACGCCGCCCAGCTGATGGCCAATAAAGGACACCCGACCATCCTAGGGCCAAAACAAACCAGTTACTAATTTATTTTACTAATTTATTCATTAAAGGAAACTGTTATGAGTGAAATTCGGTTTGAATTCAATCTCACAAGTGTACTTTGCAATCAGTAAAAATCAGCTGCCGTCCAAAAATATGTTAAATAATTGGAACATCTGAGGATTACTAAAGTTGATTAACCAATAAAACTCCAACTTTAATCCATAAAATTTACCTTAAATATATAATAAAATATATCCTATAAACTCATACATCCCTAGTTAATACATCAATATACATTTTTACACTATACATTTGTAAACTGCAGTTTTATGAGTGGGAGAATCTTACTCCAATTCCTGACTGCATTTTAACATTAATTCCATGTTATAATCATGTGTGACTTGCAGAATCAGCAAACCAGTTAATGAGCAGCTTTGTTGGTGTGGATTTGTTCTGGTATTTGAATGGATTTAA

Function

GO:

id name namespace
GO:0016071 mRNA metabolic process biological_process
GO:0000375 RNA splicing, via transesterification reactions biological_process
GO:0000377 RNA splicing, via transesterification reactions with bulged adenosine as nucleophile biological_process
GO:0006397 mRNA processing biological_process
GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome biological_process
GO:0016607 nuclear speck cellular_component
GO:0005681 spliceosomal complex cellular_component
GO:0005685 U1 snRNP cellular_component

KEGG:

id description
ko03040 Spliceosome

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU172068 False 1740 TUCP 0.43 4 366541 371724
TU172069 False 1766 TUCP 0.42 4 366580 371789
TU172071 False 1899 TUCP 0.42 4 366580 371922
TU172072 False 1701 TUCP 0.43 4 366580 371724
TU172075 True 3271 TUCP 0.40 4 366580 371724

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
CI01000029_00321187_00331540 NA coding upstream 34666 320130 ~ 331875 (+)
CI01000029_00263434_00300185 CD2AP coding upstream 66165 263434 ~ 300376 (+)
CI01000029_00443200_00452374 SPATS1, CNIH3 coding downstream 69209 441131 ~ 453072 (+)
CI01000029_00469836_00474738 NA coding downstream 97914 469836 ~ 474946 (+)
CI01000029_00643229_00643768 SRP09, SRP9 coding downstream 270641 642563 ~ 644285 (+)
CI01000029_00645958_00649352 EPHX1 coding downstream 274036 645958 ~ 649924 (+)
CI01000029_00711035_00714680 NA coding downstream 339030 710952 ~ 714948 (+)
G151418 NA non-coding upstream 17635 341479 ~ 348906 (+)
G151493 NA non-coding upstream 26297 339988 ~ 340244 (+)
G151471 NA non-coding upstream 117457 248744 ~ 249084 (+)
G151409 NA non-coding upstream 178609 183240 ~ 187932 (+)
G151408 NA non-coding upstream 183441 181368 ~ 183100 (+)
G151681 NA non-coding downstream 87236 459158 ~ 461878 (+)
G151702 NA non-coding downstream 152987 524909 ~ 525212 (+)
G151705 NA non-coding downstream 155730 527652 ~ 528002 (+)
G151677 NA non-coding downstream 163145 535067 ~ 535586 (+)
G151672 NA non-coding downstream 178899 550821 ~ 559637 (+)
G151415 NA other upstream 141296 170521 ~ 225245 (+)
CI01000029_01526863_01527414 NA other downstream 1154864 1526754 ~ 1527899 (+)
G152451 NA other downstream 2389672 2761594 ~ 2762939 (+)
G153475 NA other downstream 3173203 3545125 ~ 3562004 (+)
G153790 NA other downstream 4361667 4733589 ~ 4740107 (+)
G154587 NA other downstream 4899098 5271020 ~ 5271535 (+)

Expression


Co-expression Network