G152465


Basic Information

Item Value
gene id G152465
gene name NA
gene type non-coding
species grasscarp (Ctenopharyngodon idella)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CI01000029
NCBI id null
chromosome length 9486966
location 2901660 ~ 2992153 (+)
genome version v1_2015/06_NatureGenetics_grasscarp_Genome

Sequence

>TU173183
ACTTAAACCCAATTGAGCATCTCTGGAGAGACCTAAAAATGGCTGTCCACCAACGTTTACCATCCAACCTGACAGAACTGGAGAGGATCTGCAAGGAGGAATGGCAGAGGATCCCCAAATCCAGGTGTGAAAAACTTGTTGCATCTTTCCCAAAAAGACTCATGGCTGTATTAGATCAAATGGGTGCTTCTACTAAATACTGAGCAAAGGGTCTGAATACTTAGGACCATGTGATATTTCAGTTTTTCTTCTTTAATAAATCTGCAAAAATGTCAACAATTCTGTGTTTTTCTGTCAGTATGGGGTGCTGTGTGTACATTAATGAGGAAAAAAAATGAACTTAAATGATTTTAGCAAATGGCTGCAATATAAGAAAGAGTGAACAATTTAAGGGGGTCTGAATACTTTCCGTACCCACTGTGTGTACATTAATGAGGAAAAAAACTTAAATGATTTTAGCAAATGGCTGCAATATAACAAAGAGTGAAAAATTTAAGGGGGTCTGAATACTTTCCGTACCCACTGTGTGTGTATATATATATATATATATATATATAATCTCCAAGAATTGGGCAGTTTTATGGTGTATGTTGCATTAGATCATTCCTACAGTCTTCACCTTGACTTCCTACCAAGGACATCCTGCTCTTTAAGCTCCTGAAGTGTGTCAAATGCTCAAGCCATCATCCAGTACCTGCCCTCATACGGTTCCTCCTGCAGACATGAATTCCAGCAAATTCCACATTTGCTCTTTGTTAACTATTCAAGAGGGGAAAGTTTCCCCTCATGCATAAACATAAGTCCTTCATTACGTGTTTTTTTTTTTTCTATGTTCCCCTTGGTTAAAGTCAAGCAGCCTGAAGCATTTCTCTATTTTTACTGTTTCTTCCGTCTCTTCGCTTTGCGGAATGTAGAGAAATTTGTCTGCTTTCCTGCACATCCTCCTCTTTTACCCTTTCTGTCGTCAGCCCATCTAGTCGTGTACATGTGACTGTTGACCCCTGTTGCTGAAGAGTGTTTCAACGTCCTCTGCTCAGTGAAATATTTTTCATGGTCATTTTTTCCACAGCTTATCTCTCTTCCACACTCCATCCTGGTGCCTTTTACGAGAGCTTGAAAGGCAGATAAAGGATTCCAAAATCAAATTTACCGTGCCACCTGTCTGACATCACTTTGATTCTGTTTAACTTCCTTCACTTCAAATAAACTGAAGAGTCCTGCATGTTGCATGGTCAAGAGAAGAGTGAAGTCATTGAATACAAGCTGGTTAAATCCATGCTTTTAACCTCTGACCATCTAATTCTAGATATACCCTTTTTTTTATACTGTACTCATGCCAAAGAGCTGGAATAGGTTAAAAAAAAAAAAAAAAGTTACATGTAAGTGTTTCACCACAGCAACAACGCTGTGACATCCATCCTAATTAGTGGCGCTTGCAAAGAAAACATCGCAATTAAAATAACTAATACCTCAGGGTATTAAGGGGAATTCACACTTAGAGTGACTGAATGCTTTTTTTTTTTTTTTTGACTTCTGGTTTTGATTTCTGGTTACTTAACATTGTCTGCTGATAATGTAACAAAGTTCAGCAAACTTGTAGTTATATGCAGATGAGCTGTGATGGAGCAAATAGCAATGGCAAGGAATTTTTATACTTGCCCAGACCGGCCAGACATTAAATTTAATTAATTTAGAATGTTATATTTTAAATTGAAATTTAAAATTTTTACATTTATTATCTGATATTGAACAGTCAGCATGATAAAATTCTCTGTGAAGTTTATTTTTTTTTATTTCTTAACCACCGCCATCGATGCGGCACTTGTAAAAATGTACAAATTCAACAGAACAATACATTTAAAGGCAATCACTGTCGGGTGTCATATCACCATTTGAGAGCAATTTTTACATTTTTATGCAGAAACCGAAGGTTTATTTCAGAGATTAAACAAGAGAGTCTATTCTTTATAGGGTGGTACTCACTTTCAGATGTGCAATTTTTCACCCAGTAAATGATGAAATCCCTTAAAAAAAAATTTATTAAGTCCCTCTTTAGTCAATAATTTTATCCCTTTAAACCCATCTTTGATCACCAAAATGACATATTTAAATGTTTTTTTCATGTGAAAAAAAATAAAAATAAATAATAATTCTTCATGCCTTAAAATAGCTTGCATATAAATGAAGCAAGAGTGTAGAGTTACATTCATTTATACGCCTCCACTCAATCACAAGCTCAGAATACCTTACTGTAGTAAACACTACACAATGGCAAGTGGAAATACTGGTTTAATTCAACCATATATTTTTGAAGCACAAACTGATTCAGAAGTAGTGGAAGAGTGAATTATACAGGCTTGTATACAAGTCGATGTATCAGAATGGTAATGCGTTTTATGTATAGCTCTCTACAACGTCGGACACATAACGGTAATTATGATCAGGTTGTGATTTATGGAAAAAAAAAAAACAGATGGGGGATGTTTTGAAAAGCTTTTTTCCCCTTGGGAAAAAAACAAACCACATCGGAGCTATATATATACTGTGTGTGTGTATCAATCGGTAGTTATTGATATTTTGAATAGAATAACGAGATACAAACCTGTTCGCGTTAGCTCCCATTTATTTTTGATCACAGTGGTTCGCTACCTAACATACAAACTTTTAGTCCAAAAGTGCACACATTTGGAGAAATATGTATTCACACGTTTACCTAATATTTCTTTAAATAGAATAGAGCCGTAATTTCTTAATGACTCACAGAAAGACTATCAGTGAATATTGCGTGATCATAATTCCCACATCACGATGACGGTAAACTTCTACATTCTGTCTCATAATACATTTATGCATCAGTTTATTATATACAATATCTGCATTAGGTTGCAGTAGAGTGAGTTTTGAGCAGAAACACTGTAATAATCTCATACTGTCACTCTGAAATAGATTAATGGCACTTGCTGACTTTCTGAAAAGCTGTGCATGGATTGAGGCGCATTAACCAGGATCACAAATCCCGGATGGTCAGCAGGAGCAAAAAAGTCCTAATAAAGTCAATTTCTGGCTTTATTGTTGTTTGTATTGTCATGTTGCAGCGTTTTACTTGGTGATGTTTTAAATAATATTTTTATTTTGGTATTTTATATGCTCTGTTGGTGGTTGGTGGAGTAGCATCACCCGTGGGGGATTTATTTTTTTATCCCCACCGGGTATAAAAAATAACTTAACAGAGGCAACGATACATAGACCAGAAAGGGTCTATGTATCGCACACTAATTATGATTACGATAATTCTATGATTATCCTTTTTCTTGACTACGTTATCAAACAGCTCATGTGCTGCTAATGTTACAAACTATGTTCCCGTTCGCCATCTCAGTCTGCCTTCTAAACATCAGCTTCCTTAGAATCACTTTGAACAACTTAGAACATCAGTGGAGAAAGGATTATAATGAATCATAACATCGTAATATGCATCATATACATAATTCACTGCTAAATGTACCCGATTTTTGATATCAACAGAAAAAAATACCAGGATAACCTGGCTTCTCTTGAGAGTCCCCTGCTTCGCAGCATAGTTAATGATATGCTAAAGCCCACCTGCACATTGACTGGATTGTTTACAACATATTTGTGACGTAGAGAACAAGGCCGATTTTCATACCAGGAGAAAATACTCAGCAATGGTGTTGACTTATGAATTTGCACATTGTTTGTTTTAAAGCACATTAAAAACACCACATAGACATATAAACAACATTAAAAACTTGATTTTCACCGCAGGGGGACATTAAGGGCTCTTCTGATTTGGACCGGTAATCAATCACCCTAGCAACCACATAACAAACGCACTAGAAACAACTTCGAATAACTTCCTGGCAACCACTTTAGCATCATGGCAAGTTTTGCACAGGCAAACACCAGTAAATTTTTCTTTAAAATAAAAGGAAAATCTATTTCCCCCTGATGGCGATGATGTATTTGTACATGCAGCAGTGAGTCACACCAACGGAACAAACATGCACGCTTGAATAAGAAACACTCAAGAAAGTTATCGAGTGTGAATCAACACTAATTTTCTATTGAGGTGGGTAAATGTGCCTTTCACGTAATGTATTCGTCTCATAAAAAGGCAAGACAGTAACTGCTTGACGATTGCACCTCGCTGAGATGTTCAGTATTGGTTGGAAACGTAAGCTTCATAACGACGCTTTGAATAGACCACATGCTGTGTGCTTTTCTGCCATCATTTTCCTCTCCAGATAATTGATGTCCTCTAAATGGTATTTTACAATTGTTCACATTTATTTCAGTTACTCATCTATTACGGGCATACGTAGGGGTTACATAACAGGCATATTTATGCCTGATGGATGCTTCTAAGAGGGATTGATGAGGCCATTTCTTCTGGTCGTGCCAAAAAAAAAAAGCAGAAGGAGAAAGTGAGAAGTCCGATAATAATGAGACATTACACTCCTCTCTCCCTCCTCTGAGAGCTACAGCTCCGTTTGATCCATTTTTAGGACTCTCCTCTCATCCCCAAAGAAATAAAATCGACAGAAAATTGTTTTACGGTTTAATTGAGCTTTACATTAAGCAGATGTCATGGAGTAAAGAATGGTATAAACGTTTTTTTACTAATCTTCATTTTATTATGACAAACGGCTGAGTCGCCACCATGCCCCGGGTGCTTAAACTCTAGCTGGGTAATCAATTCAGAAGACTTGGGCTGTTAGGAGTATGTGCGTGACACGATTAGCCTAATTTCAGAGGCATTTTGCTGTTGCTCAGTGCTAGAGCAGTCAAAACCGTTACATTTAAGGCTCTGCTGTTGTATTGTCTGCAAAGTTAAACATATTGCATCCTGTCTGATCAATATCACTGTTTTGTGGGGTACGACAGCTTTATAGATCTCTGTAATGTATAGCATGCATATGTGGCCTCTGGCCTACATAAATGAAATGTTAGGTTGTGAACGAGAGAGATGGAGAGTGTCA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Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU173183 True 9039 lncRNA 0.37 2 2901660 2992153

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
CI01000029_02860076_02868432 NA coding upstream 32723 2858909 ~ 2868937 (+)
CI01000029_02772065_02813214 TBC1D32 coding upstream 87169 2772065 ~ 2814491 (+)
CI01000029_02750295_02751549 NA coding upstream 150102 2747982 ~ 2751558 (+)
CI01000029_02684591_02727897 NA coding upstream 173493 2682519 ~ 2728167 (+)
CI01000029_02583370_02587687 SERINC1.L, SERC1, SERINC1, SERINC1.S coding upstream 313963 2583370 ~ 2587697 (+)
CI01000029_03166200_03260925 FAM184A coding downstream 174047 3166200 ~ 3260925 (+)
CI01000029_03266557_03286137 NA coding downstream 274330 3266483 ~ 3286145 (+)
CI01000029_03291762_03308373 NA coding downstream 299609 3291762 ~ 3308793 (+)
CI01000029_03324084_03378615 CEP85L coding downstream 331931 3324084 ~ 3378615 (+)
CI01000029_03499444_03499713 NA coding downstream 507040 3499193 ~ 3500186 (+)
G152446 NA non-coding upstream 165609 2735816 ~ 2736051 (+)
G152433 NA non-coding upstream 276913 2624445 ~ 2624747 (+)
G152432 NA non-coding upstream 277751 2623482 ~ 2623909 (+)
G152426 NA non-coding upstream 287377 2613991 ~ 2614283 (+)
G152424 NA non-coding upstream 290906 2610530 ~ 2610754 (+)
G152522 NA non-coding downstream 60342 3052495 ~ 3052730 (+)
G153405 NA non-coding downstream 150834 3142987 ~ 3184240 (+)
G153423 NA non-coding downstream 199440 3191593 ~ 3201635 (+)
G153430 NA non-coding downstream 404692 3396845 ~ 3490373 (+)
G153449 NA non-coding downstream 462157 3454310 ~ 3456618 (+)
G152451 NA other upstream 138721 2761594 ~ 2762939 (+)
CI01000029_01526863_01527414 NA other upstream 1373761 1526754 ~ 1527899 (+)
G151495 NA other upstream 2529738 366541 ~ 371922 (+)
G151415 NA other upstream 2676415 170521 ~ 225245 (+)
G153475 NA other downstream 552972 3545125 ~ 3562004 (+)
G153790 NA other downstream 1741436 4733589 ~ 4740107 (+)
G154587 NA other downstream 2278867 5271020 ~ 5271535 (+)
CI01000029_05461497_05468985 BATF other downstream 2465088 5461497 ~ 5470346 (+)
G155079 NA other downstream 3290532 6282685 ~ 6288398 (+)

Expression


Co-expression Network