XLOC_008869 (BX640522.2)


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_008869
gene name BX640522.2
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007126.7
NCBI id CM002899.2
chromosome length 48040578
location 282731 ~ 290507 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00017533
CTGAAGCTCACCGCTAGAGCtaaactttgtagaacagcagtgtcaaacttagttcctggaTGGCTATAGTCCtgaacagtttagttccaaccctgctccaacacacatacttgttttagacaagcctgaaggactcatttAGTTTGACCAGGTGTGTTTacttagggttggaactaaactgtgcagagctgcggccctcgacctgagtttgacacctgtgctgtagaaTATCTCAAATTAAGTAAACATTGTCCTGCCTTGATCCAGGAGCAGGAGCAGTTCCGGGTGGGGCTGGGGTTCTACCTGGTGGCGCTGGAGTTCTTCCTGGTGGGGCTGGAGGAATCTACCCTGCACCCGGAggtaaaaaaagatataaaagtatataaaaagatATTTGGAGCAACAGAATGTGTTTATGGTTTTAGTAATGTCTTACATTTTCAGTCTTTAACATGTAATTCAGAGTCTATTTTATTGGTCCTATAACAGCTTTTCTATCGAGACAACATTATCCTATTCTCATCTGTGACCTCAGTCCTATCCTCACCCTCTCACTGTCTAAGATGAATGATTTATTAGGAAAAAGGATGTCTTGCCAAAAACCGCTTGACAGTCAGTCTATTAGAATGATATAGTAGTGCTaaatctttgttgttgttgtttacctgtGTGTGAAGGTGCTGGTGCACTCTCCCCCGCTCAGGCAAAAGCTGCTAAATATGGTAAGCATGTGTATTTACTGATATACCTGGGTTACTTAATTACATCTCAAGTTAATCTTACCTAAACAAGCCAATAAATGTCTTTAGTTAAAAGTACAAGATAAAGCTCACTGTTCGACTTAGACTCTGTAGAACAATAGTCCTCTTGCAGCAGGACTTAAGACACCTGAAACATAAAATTGGGAATCTCAGATTAAGTGTCCATTGTCCTGCCTTTATCCAGGAGCAGTTCCTGGTGGTGCTGGAGTTCTTCCTGGTGGTGCTGGAGTTCTTCCTGGTGGTGCTGGAGTTCTTCCTGGTGGGGCCGGGATTGTGCCAGGAGCTGGAGGAGTCTATCCTGCGCCAGGAGGTGCTGGTGCACTCTCCCCCGCTCAGGCAAAAGCTGCTAAATATGGTGCAGGAGCAGTTCCTGGTGGTGCCGGGATTCTTCCTGGTGGTGCCGGGATTCTTCCTGGTGGTGCTGGGATTGGGCCAGGAGGAGTTTACCCTGGAACAGGAGGTGCTGGTGCACTCTCCCCTGCTCAGGCAAAAGCTGCTAAATATGGTGCAGGAGCAGTTCCTGGTGGGGCTGGGGTTCTTCCTGGTGGTGCCGGTATTGTTCCAGGTAGGACTGGGATTGTTCCTGCTGGACCTGGGATTGTTCCAGGAGCTGGGGGAGTCTACCCTGCAACAGGAGGTCTTACACCAGCTCAAGCCAAAGCAGCTAAATACGGTCTAGGTGCGGCAGGTGGAGCTGGTGCTGTTCCGGGTGTTGGAGGACTGTACCCTGGAGCAGGGGGAGCTGGAGTTGCCCCAGGCTATGGTTCTGTGGCTGGGCTTGGAGGACAGCTTGGGGCTGGAGGGCTAGCAGCTGGAGCCAAACCTCCTAAATATGGTAAGGGCTTGACTCTTTTCTGTTTCAGCTGTCTTGGCAGTGTTATTCAGCTGTTTGTACATGTGTTGCTCTACAGTTTGTGTTTGAATGTTGTTTGTAATAGAAAATAG
>TCONS_00017532
CTGAAGCTCACCGCTAGAGCtaaactttgtagaacagcagtgtcaaacttagttcctggaTGGCTATAGTCCtgaacagtttagttccaaccctgctccaacacacatacttgttttagacaagcctgaaggactcatttAGTTTGACCAGGTGTGTTTacttagggttggaactaaactgtgcagagctgcggccctcgacctgagtttgacacctgtgctgtagaaTATCTCAAATTAAGTAAACATTGTCCTGCCTTGATCCAGGAGCAGGAGCAGTTCCGGGTGGGGCTGGGGTTCTACCTGGTGGCGCTGGAGTTCTTCCTGGTGGGGCTGGAGGAATCTACCCTGCACCCGGAggtaaaaaaagatataaaagtatataaaaagatATTTGGAGCAACAGAATGTGTTTATGGTTTTAGTAATGTCTTACATTTTCAGTCTTTAACATGTAATTCAGAGTCTATTTTATTGGTCCTATAACAGCTTTTCTATCGAGACAACATTATCCTATTCTCATCTGTGACCTCAGTCCTATCCTCACCCTCTCACTGTCTAAGATGAATGATTTATTAGGAAAAAGGATGTCTTGCCAAAAACCGCTTGACAGTCAGTCTATTAGAATGATATAGTAGTGCTaaatctttgttgttgttgtttacctgtGTGTGAAGGTGCTGGTGCACTCTCCCCCGCTCAGGCAAAAGCTGCTAAATATGGTAAGCATGTGTATTTACTGATATACCTGGGTTACTTAATTACATCTCAAGTTAATCTTACCTAAACAAGCCAATAAATGTCTTTAGTTAAAAGTACAAGATAAAGCTCACTGTTCGACTTAGACTCTGTAGAACAATAGTCCTCTTGCAGCAGGACTTAAGACACCTGAAACATAAAATTGGGAATCTCAGATTAAGTGTCCATTGTCCTGCCTTTATCCAGGAGCAGTTCCTGGTGGTGCTGGAGTTCTTCCTGGTGGTGCTGGAGTTCTTCCTGGTGGTGCTGGAGTTCTTCCTGGTGGGGCCGGGATTGTGCCAGGAGCTGGAGGAGTCTATCCTGCGCCAGGAGGTGCTGGTGCACTCTCCCCCGCTCAGGCAAAAGCTGCTAAATATGGTGCAGGAGCAGTTCCTGGTGGTGCCGGGATTCTTCCTGGTGGTGCTGGGATTCTTCCTGGTGGTGCTGGGATTCTTCCTGGTGGTGCCGGGATTCTTCCTGGTGGTGCTGGGATTGTGccaggagctggaggagtttacCCTGGAGCAGGAGGTGCTGGTGCACTCTCCCCCGCTCAGGCAAAAGCTGCTAAATATGGTGCAGGAGCAGTTCCTGGTGGGGCTGGGGTTCTTCCTGGTGGTGCCGGTATTGTTCCAGGTAGGACTGGGATTGTTCCTGCTGGACCTGGGATTGTTCCAGGAGCTGGGGGAGTCTACCCTGCAACAGGAGGTCTTACACCAGCTCAAGCCAAAGCAGCTAAATACGGTCTAGGTGCGGCAGGTGGAGCTGGTGCTGTTCCGGGTGTTGGAGGACTGTACCCTGGAGCAGGGGGAGCTGGAGTTGCCCCAGGCTATGGTTCTGTGGCTGGGCTTGGAGGACAGCTTGGGGCTGGAGGGCTAGCAGCTGGAGCCAAACCTCCTAAATATGGTAAGGGCTTGACTCTTTTCTGTTTCAGCTGTCTTGGCAGTGTTATTCAGCTGTTTGTACATGTGTTGCTCTACAGTTTGTGTTTGAATGTTGTTTGTAATAGAAAATAG
>TCONS_00017534
GTGTGGGCTCTTTAGGGGTCTCTGCTGCACAGGCCAAAGCTGCTAAATATGGTAAATATGGtattaaattaaatcacaaaCCCAATATATCGGTCAGACAGGGACATTAGGATGTTTGGTAATGGTTCACTTCATATTTCTGCAGGTGCTGGTGCTGGTTTAGGTGGAGCTGGAGCCTTTCCTGGTGGTGTTGGTGCTGGTTTAGGTGGAGCTGGAGCCTTTCCTGGTGGTGCTGGTGGATTTTACCCTGGCGCAGTAGGTACAGGTGGTCTTACACCAGCACAAGCTAAGGCAGCTAAATATGGTGCTGTCCCTGGTGCTACTGGGATTGGTGGCCTACCAGGTGCAGGTGGACTGTTTCCTGGGCCAGGAGTAGGAGGTGAGATACAAATCAGTGCCATTAGAGCTGACAGTAAGTTTATTAGAATGATATAATAGTgctaaatgttgttgttgttgttgtttacctgtGTGTGAAGGTGCTGGTGCACTCTCCCCCGCTCAGGCAAAAGCTGCTAAATATGGTGCAGGAGCAGTTCCTGGTGGTGCCGGGATTCTTCCTGGTGGTGCCGGGATTCTTCCTGGTGGTGCTGGGATTGGGCCAGGAGGAGTTTACCCTGGAACAGGAGGTGCTGGTGCACTCTCCCCTGCTCAGGCAAAAGCTGCTAAATATGGTGCAGGAGCAGTTCCTGGTGGGGCTGGGGTTCTTCCTGGTGGTGCCGGTATTGTTCCAGGTAGGACTGGGATTGTTCCTGCTGGACCTGGGATTGTTCCAGGAGCTGGGGGAGTCTACCCTGCAACAGGAGGTCTTACACCAGCTCAAGCCAAAGCAGCTAAATACGGTCTAGGTGCGGCAGGTGGAGCTGGTGCTGTTCCGGGTGTTGGAGGACTGTACCCTGGAGCAGGGGGAGCTGGAGTTGCCCCAGGCTATGGTTCTGTGGCTGGGCTTGGAGGACAGCTTGGGGCTGGAGGGCTAGCAGCTGGAGCCAAACCTCCTAAATATGGTAAGGGCTTGACTCTTTTCTGTTTCAGCTGTCTTGGCAGTGTTATTCAGCTGTTTGTACATGTGTTGCTCTACAGTTTGTGTTTGAATGTTGTTTGTAATAGAAAATAG

Function

GO:

id name namespace
GO:0051180 vitamin transport biological_process
GO:0005576 extracellular region cellular_component
GO:0008131 primary amine oxidase activity molecular_function
GO:0004304 estrone sulfotransferase activity molecular_function

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000117256

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00017533 False 1706 lncRNA 0.48 9 282731 289577
TCONS_00017532 False 1754 lncRNA 0.48 9 282731 289577
TCONS_00017534 True 1114 lncRNA 0.52 10 282731 290507

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_008868 NA coding downstream 21918 255285 ~ 260813 (-)
XLOC_008867 limk1a coding downstream 29918 168002 ~ 252813 (-)
XLOC_008866 BX640522.1 coding downstream 119145 119057 ~ 163586 (-)
XLOC_008865 apoa1b coding downstream 174317 102925 ~ 108414 (-)
XLOC_008864 bace1 coding downstream 185526 93131 ~ 97205 (-)
XLOC_008870 FP102887.1 coding upstream 58944 349451 ~ 349567 (-)
XLOC_008871 NA coding upstream 83873 374380 ~ 378187 (-)
XLOC_008872 psph coding upstream 123036 413543 ~ 419597 (-)
XLOC_008873 CABZ01056628.1 coding upstream 135188 425695 ~ 425756 (-)
XLOC_008874 NA coding upstream 137912 428419 ~ 429647 (-)
XLOC_008863 NA non-coding downstream 193492 84837 ~ 89239 (-)
XLOC_008862 NA non-coding downstream 198516 81571 ~ 84215 (-)
XLOC_008885 NA non-coding upstream 332202 622709 ~ 633408 (-)

Expression


Co-expression Network