G162550


Basic Information

Item Value
gene id G162550
gene name NA
gene type non-coding
species grasscarp (Ctenopharyngodon idella)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CI01000030
NCBI id null
chromosome length 11638347
location 9859491 ~ 9863964 (+)
genome version v1_2015/06_NatureGenetics_grasscarp_Genome

Sequence

>TU184619
GAAACATTATGAGCAAGATGGCAGAAAACTGTACATTTCTTGTCTATAACCACCCACTGCAACTTATACCAACGACGGAAATAAGCGCAGTTATAATAGCAAAATATGTGGGAGAGCGTTGCTACAGTGACAATATTGTATTGTTAATACAATATTGTTAATGTTAGTATTAATGTTAATACTAAATCAAAACTAGTTAGCTCATCATTTGTAATAGAAAGGGTTTAATGACAATATCTGATTATGGTTACACTTAAAATAATTACAAAATAGATGTATGAGATGATAAAATCATATACCATTAATCGTACCCAGCATGTATGTCAAAAGTTACCTGAGAGATAGAGAGAGACCAAGAAAAGCCAAGAATCAAAGAGACAGAGCAACAGTTACAATCCATGTGACTGAAACCAAAATATGAGACATTCAAACTGACCAATCAGGAAATTAAAACTTCCCCCACTGTACTAAAGGTGTGACCATTTGTAGACCCCCGATGTATATACATTTTGGCCCACAGGCCTTGATCACCTTCAACACCTTTGTGCCTTCCAAATGGCCCTTGTAGCAAGAGAGAGGGGGTTGAAACAGTAAAGCAAATGTCTTTGTTCGTTTTAAAATATCTTAAGATATTTTCAGTCTTACAGAACGTTAAAATACAATTTAGTATTTTGAAATCAATCCAGATTTATGAAATTGTTTGCATATTTATTTCATGTTGATAGCATGATTTGGCATGTTGCACTGCAAAAAATGCCTTTCTTACTTAATATATTATGTCTTCTTAAAATGACAGATATTTCAAAATCAAAATGAAGTGAGTTTTTGCTTAAAACAAGCAAAAATATCTGCCAATGGGGTAAGAAAAATAATCTTGTTCAGCATCTGGATTTAAGAATTTTTAGATATTTAGACTGGAAACGCAACAAAAATACTAAATAAGAAAAGTTTTTTTGCAGTGTGCTAACATGATTTAGTACATTGTGAGTAAGATTTAACACATTGATGGCATGTTAGCATGATTTAGTATGTTGTCAATGCAACTTTGTTATTAACATGGGTAGAATGTTTCTAGTGTTATTTACCATGTTGCTAGCATGTTGCTAACATGTTACCATGATTTAACACATTGCTAGGATGCACGTTGCTAATATGTTGTTAGCATGTTGCTAACATGATTTAACGTATTAACATGATTTAGCACATTGGATGATTTACCATGTTGCTAGCATGATTTAACACACTGTTAGCATGATTTGGTATGTTGCATGATTTGGTATGTTGCATGATTTGTACATTGCTTAGATGTTACTTTAACACATTACTAGCATGATGCTAAAATTAAGCTGATTTCTTCTTTTTTTTGTTTGAAAACAAAAAATGAAAAAAGACACCTTTTTTCATTTTTCTGATTTCAATATTAAATTAAAAAATGAATGATCAGAAGATAGCCTGGTCTAGGGTATCTGGAGGAGCTCCAGCCCTGTACATTTTTTTATGTCTCTCTATATCTGACACATCCAGTCTTTAATAATGAGCTCATGAGTTGAATCAGGTGTGACAGATGAGGGAGACATAAAAATGTGCAGTGCTGGTGGTACTCCAGGACAGGTTTGAGAACCACTGTCCAAGTGTATGGCACTATGCACTGACATTGAATATGTTGGCGCCGATAGCCTAGTGGTTAGCTCACTGACATATTCTACACCATTTGTGCACCACAAAATTAAACACAGAGAAACATTTCAGACATAACAGTATCAATTTATGAAAAAAAAAACAAAAACAACAACAAAAAAAAACAAAACATGAAATTACATGATGTGATACAAAAAGCAAAATCAAATGACAGAAGTAAATATACTGGCAGAAAATAAATATGAACTAAGAGGTGTGAGTCAGTGAGCTTGAACATTTATTCCAGCAGATGCAGCATTGAATCGCTGTATTGTCATGCGGTTTTCATACACGGTCTCCTCCTTTGATTTCTTTTTTTTGTCTTTTTGGTCTAATGAATGAATCAGTTCTGTGGTTCTCCCGGATCACGACTGCATTAACAATAATCACAGATGTGTGAAAACAACAAACCTTTCAATCTTAAATTGAAATCTGTGCCTTATAAAAGATAAATATTTCAACATTAATTACTTGCTGTACTGACCTCTTTTTCTACTTTTCTTGCAGAGGCAGCAGATCACGACTAGAGCGACTATTAGAAGAGATCCAGCAGCAGCAGCAGAGATCAGCACTATCAGAGAGACTGGAGAAACTG
>TU184620
GAAACATTATGAGCAAGATGGCAGAAAACTGTACATTTCTTGTCTATAACCACCCACTGCAACTTATACCAACGACGGAAATAAGCGCAGTTATAATAGCAAAATATGTGGGAGAGCGTTGCTACAGTGACAATATTGTATTGTTAATACAATATTGTTAATGTTAGTATTAATGTTAATACTAAATCAAAACTAGTTAGCTCATCATTTGTAATAGAAAGGGTTTAATGACAATATCTGATTATGGTTACACTTAAAATAATTACAAAATAGATGTATGAGATGATAAAATCATATACCATTAATCGTACCCAGCATGTATGTCAAAAGTTACCTGAGAGATAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGCCCAAGAAAAGCCAAGAATCAAAGAGACAGAGCAACAGTTACAATCCATGTGACTGAAACCAAAATATGAGACATTCAAACTGACCAATCAGGAAATTAAAACTTCCCCCACTGTACTAAAGGTGTGACCATTTGTAGACCCCCGATGTATATACATTTTGGCCCACAGGCCTTGATCACCTTCAACACCTTTGTGCCTTCCAAATGGCCCTTGTAGCAAGAGAGAGGGGGTTGAAACAGTAAAGCAAATGTCTTTGTTCGTTTTAAAATATCTTAAGATATTTTCAGTCTTACAGAACGTTAAAATACAATTTAGTATTTTGAAATCAATCCAGATTTATGAAATTGTTTGCATATTTATTTCATGTTGATAGCATGATTTGGCATGTTGCACTGCAAAAAATGCCTTTCTTACTTAATATATTATGTCTTCTTAAAATGACAGATATTTCAAAATCAAAATGAAGTGAGTTTTTGCTTAAAACAAGCAAAAATATCTGCCAATGGGGTAAGAAAAATAATCTTGTTCAGCATCTGGATTTAAGAATTTTTAGATATTTAGACTGGAAACGCAACAAAAATACTAAATAAGAAAAGTTTTTTTGCAGTGTGCTAACATGATTTAGTACATTGTGAGTAAGATTTAACACATTGATGGCATGTTAGCATGATTTAGTATGTTGTCAATGCAACTTTGTTATTAACATGGGTAGAATGTTTCTAGTGTTATTTACCATGTTGCTAGCATGTTGCTAACATGTTACCATGATTTAACACATTGCTAGGATGCACGTTGCTAATATGTTGTTAGCATGTTGCTAACATGATTTAACGTATTAACATGATTTAGCACATTGGATGATTTACCATGTTGCTAGCATGATTTAACACACTGTTAGCATGATTTGGTATGTTGCATGATTTGGTATGTTGCATGATTTGTACATTGCTTAGATGTTACTTTAACACATTACTAGCATGATGCTAAAATTAAGCTGATTTCTTCTTTTTTTTGTTTGAAAACAAAAAATGAAAAAAGACACCTTTTTTCATTTTTCTGATTTCAATATTAAATTAAAAAATGAATGATCAGAAGATAGCCTGGTCTAGGGTATCTGGAGGAGCTCCAGCCCTGTACATTTTTTTATGTCTCTCTATATCTGACACATCCAGTCTTTAATAATGAGCTCATGAGTTGAATCAGGTGTGACAGATGAGGGAGACATAAAAATGTGCAGTGCTGGTGGTACTCCAGGACAGGTTTGAGAACCACTGTCCAAGTGTATGGCACTATGCACTGACATTGAATATGTTGGCGCCGATAGCCTAGTGGTTAGCTCACTGACATATTCTACACCATTTGTGCACCACAAAATTAAACACAGAGAAACATTTCAGACATAACAGTATCAATTTATGAAAAAAAAAACAAAAACAACAACAAAAAAAAACAAAACATGAAATTACATGATGTGATACAAAAAGCAAAATCAAATGACAGAAGTAAATATACTGGCAGAAAATAAATATGAACTAAGAGGTGTGAGTCAGTGAGCTTGAACATTTATTCCAGCAGATGCAGCATTGAATCGCTGTATTGTCATGCGGTTTTCATACACGGTCTCCTCCTTTGATTTCTGGAAGGAAAAACATTCAATCAGGAACCTGCTGATGCAACAGTTTAAAAAGTATAGACGTTTAATACAATTTTACTTCAAATTCACTAACTTGAGTCCAACCTTTACAAGACCTTAATAAAGTTTCTGTAAAATAATTTCTTTGACTGGTCACTAGGCCCCGGTCTTTCCCTCC

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU184619 False 2272 lncRNA 0.34 3 9859491 9863964
TU184620 True 2191 lncRNA 0.34 2 9859491 9861707

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
CI01000030_09847512_09854804 NA coding upstream 3815 9847422 ~ 9855676 (+)
CI01000030_09799840_09805801 NA coding upstream 53672 9798003 ~ 9805819 (+)
CI01000030_09754796_09761721 NA coding upstream 95749 9754573 ~ 9763742 (+)
CI01000030_09724422_09740444 NA coding upstream 118913 9724355 ~ 9740578 (+)
CI01000030_09691687_09697272 NA coding upstream 161999 9690796 ~ 9697492 (+)
CI01000030_09876738_09883981 NA coding downstream 11321 9875285 ~ 9884005 (+)
CI01000030_09922237_09930221 NA coding downstream 58085 9922049 ~ 9930368 (+)
CI01000030_09989586_10008913 NA coding downstream 125403 9989367 ~ 10009155 (+)
CI01000030_10039688_10047019 NA coding downstream 175394 10039358 ~ 10047210 (+)
CI01000030_10099125_10101681 NA coding downstream 234994 10098958 ~ 10102160 (+)
G162546 NA non-coding upstream 1776 9830419 ~ 9857715 (+)
G162399 NA non-coding upstream 21662 9833678 ~ 9837829 (+)
G162539 NA non-coding upstream 37476 9812537 ~ 9822015 (+)
G162563 NA non-coding downstream 77924 9941888 ~ 9965500 (+)
G162572 NA non-coding downstream 111353 9975317 ~ 10038293 (+)
G162574 NA non-coding downstream 118747 9982711 ~ 10019123 (+)
G162583 NA non-coding downstream 153934 10017898 ~ 10081460 (+)
G162449 NA other upstream 502477 9356403 ~ 9357014 (+)
G162137 NA other upstream 1287765 8568010 ~ 8571726 (+)
G161986 NA other upstream 1311166 8544582 ~ 8548325 (+)
G162088 NA other upstream 1619887 8237965 ~ 8239604 (+)
CI01000030_07868597_07886123 NA other upstream 1986719 7868292 ~ 7886228 (+)
G162297 NA other downstream 269335 10133299 ~ 10221224 (+)
CI01000030_10473378_10509560 NA other downstream 627482 10471835 ~ 10511071 (+)
CI01000030_10738658_10751094 NA other downstream 874617 10738087 ~ 10751548 (+)
G162821 NA other downstream 1002048 10866012 ~ 10868440 (+)

Expression


Co-expression Network