XLOC_009051


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_009051
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007126.7
NCBI id CM002899.2
chromosome length 48040578
location 11989063 ~ 11992903 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00019126
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>TCONS_00017833
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>TCONS_00017831
attctcactcccaactcgtcatatactgacgcttggtcaggaaccctcggcgtaagttattgacgcacagggtacccctttagcgtcatatttagacgtgcagggattccctatagaatctgtgcctgagcctgaggcgtcatagggagacgctggaggctcgtataattaccaatagatgtcaacgcaatttttaaaacctgatttacgcctattatcttagttttctttttttaaaaatatgtaatttttattttgttcacgaaaagcgtctgtaaactgggtcgaaactactgtatgaataaacttcggtccacgtgacatcccttcacgtctatgctcgctatcccaaggttcattgcgatcccaagcttcactgcggttttccacaagatgcagaaacttttgacatatgaattcatcttgactaaggaactcttcacagcactgcatctgaacagtcacaacctcacagagctgcacaactgccccactcaagatcagtgttgaagctgaaacctcatcttgtgtacagcaaaggcagagctgaaaattcactgtttgtcttgtattgtgtgtggcaaaacctggaataacacatgggagccctccaggaattcctGACACTTTACACCCAAGTCTCCTCATGCCAACCGGattgcaatatgacagtctagtcagcataaacacctggactcaccaagcacactttggttctcagtgttttgtaaaaattgtttttgctattcttcagtaaatacttgaatatgttttgaacttattctacttttgatgtttaagttcagaaagttgttgttattataaacataatttgcatttgtcatgaacttgacttcttgttgttgtgaaagctgtttattataatggcatttccaaaggcatcatttgaaaagatttattgcagtgcagttttacttgagcttgagcataccagatgtatgacatgaataaatatcacaaaataaatataataataataatacaaaatatacatttccttcaattataattgtttttaatcatttatatatgtatggtaatatattattgcattaaaaactgttataaaatatatttttttggtttttgcatttttgcatgatttttattatttattttatttgtggcattataaataaattatgtttcattaaaaa
>TCONS_00017832
ACTTACATTACTTTACAACTGCTTAATGCAGTACTGAGGTATCAAGTAGTTTAGTGGGTTTAACTaatgtcacatctgtttttatttatttcagatgcagaaacttttgacatatgaattcatcttgactaaggaactcttcacagcactgcatctgaacagtcacaacctcacagagctgcacaactgccccactcaagatcagtgttgaagctgaaacctcatcttgtgtacagcaaaggcagagctgaaaattcactgtttgtcttgtattgtgtgtggcaaaacctggaataacacatgggagccctccaggaattcctGACACTTTACACCCAAGTCTCCTCATGCCAACCGGattgcaatatgacagtctagtcagcataaacacctggactcaccaagcacactttggttctcagtgttttgtaaaaattgtttttgctattcttcagtaaatacttgaatatgttttgaacttattctacttttgatgtttaagttcagaaagttgttgttattataaacataatttgcatttgtcatgaacttgacttctt

Function

GO:

id name namespace
GO:0009057 macromolecule catabolic process biological_process
GO:0044265 cellular macromolecule catabolic process biological_process
GO:0010499 proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process biological_process
GO:0044424 obsolete intracellular part cellular_component
GO:0005839 proteasome core complex cellular_component
GO:1905368 peptidase complex cellular_component
GO:1905369 endopeptidase complex cellular_component
GO:0032991 protein-containing complex cellular_component
GO:0005622 intracellular anatomical structure cellular_component
GO:0000502 proteasome complex cellular_component
GO:1902494 catalytic complex cellular_component
GO:0070003 threonine-type peptidase activity molecular_function
GO:0004298 threonine-type endopeptidase activity molecular_function

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000102703

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00019126 False 1347 lncRNA 0.32 4 11989063 11992708
TCONS_00017833 False 2803 lncRNA 0.31 2 11989063 11992708
TCONS_00017831 False 1178 lncRNA 0.35 5 11989063 11992903
TCONS_00017832 True 560 lncRNA 0.38 3 11989382 11991397

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_009050 CR848025.1 coding downstream 12803 11976143 ~ 11976260 (-)
XLOC_009049 PRLHR coding downstream 32082 11952956 ~ 11956981 (-)
XLOC_009048 NA coding downstream 113107 11870184 ~ 11875956 (-)
XLOC_009047 NA coding downstream 163182 11818484 ~ 11825881 (-)
XLOC_009046 fkrp coding downstream 305534 11679759 ~ 11683529 (-)
XLOC_009052 si:dkey-202l22.6 coding upstream 11874 12004777 ~ 12011390 (-)
XLOC_009053 dscaml1 coding upstream 78134 12071037 ~ 12229874 (-)
XLOC_009054 si:dkey-36i7.3 coding upstream 258141 12251044 ~ 12270857 (-)
XLOC_009055 fxyd6 coding upstream 281044 12273947 ~ 12319134 (-)
XLOC_009056 tmprss13a coding upstream 333258 12326161 ~ 12360409 (-)
XLOC_009045 NA non-coding downstream 565959 11414691 ~ 11423104 (-)
XLOC_009042 BX293559.1 non-coding downstream 889343 11097869 ~ 11099720 (-)
XLOC_009057 NA non-coding upstream 418081 12410984 ~ 12416138 (-)
XLOC_009059 NA non-coding upstream 523285 12516188 ~ 12545683 (-)
XLOC_009061 BX897750.1 non-coding upstream 1831569 13824472 ~ 13824604 (-)
XLOC_009063 NA non-coding upstream 2069710 14062613 ~ 14064350 (-)
XLOC_009068 NA non-coding upstream 2236345 14229248 ~ 14232070 (-)

Expression


Co-expression Network